дДНК из Латвии и Украины, мезолит и неолит

[пенелопа]

Появились: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB18067

[Teresh]

Эх, жалко, что Latvia_HG1 - женский образец. 
На могильнике Звейниеки более 300 погребений раскопали (размазанные по времени на несколько тысячелетий). Может еще узнаем, когда туда R1b пришли и кто там до этого был. Имена bam-фалов дают надежду, что и другие образцы пытались тестировать.

[Yaroslav]

Ukraine_HG1  Mesolithic        I2a2a-M223    calls    (9193-8641 cal BC)

Днепро-донецкий кузен из Вовниг моего уважаемого земляка zastrug'а?

[Arthwr]

Ukraine_HG1  Mesolithic        I2a2a-M223    calls    (9193-8641 cal BC)

Днепро-донецкий кузен из Вовниг моего уважаемого земляка zastrug'а?

HG1 не днепро-донецкий, а мезолитский, и не из Вовниг, а из Васильевки

[Yaroslav]

HG1 не днепро-донецкий, а мезолитский, и не из Вовниги, а из Васильевки

Тьфу ты! Путаюсь я ещё в этих останках: кто, когда и откуда!

Ладно, чтобы людей тут не смешить, вернусь-ка я обратно в свои Кубенские леса, проводить там следствие)))

Спасибо, что поправили!

[Arthwr]

Генетикер уже и до HG3 добрался:
Latvia_HG3   Mesolithic        pre-R1b1a1a1-M73
https://genetiker.wordpress.com/2017/02/04/y-snp-calls-from-mesolithic-and-neolithic-latvia-and-ukraine/

[Pre Slav]

показал одинаковыми овалами вариативность WHG и и EHG

вариативность одинаковая, у WHG даже больше если включить латвийские образцы, замечу что по PC1 EHG практические не изменяется, только по PC2 он меняется, также ведут себя иранский неолит, который даже больше меняется, и халколит, а так же ямники.

[FenriR]

Что-то меня смущает 10%-примесь CHG в украинских и латышском образце.
она должна быть, учитывая относительную близость Кавказа, но большинство инструментов ее не видят:
PCA Поляко основан на всех снипах - не видит ее
PCA EastPole основан на результатах в этно-калкуляторе Basal rich k7 - не видит ее, но видит сдвиг в сторону EHG/ANE
D-статистика не видит ее, но видит явное усиление связи с MA1
Модель Поляко:

Davidski said...
My qpAdm model suggests that there may be some CHG in Ukraine HG/N. But keep in mind I'm only using 9,000 SNPs here. So take from this what you will.

Ukraine_HG/N
Caucasus_HG 0.177±0.081
Eastern_HG 0.576±0.110
Western_HG 0.247±0.120

chisq 6.574 tail_prob 0.832496

On the other hand, there's no need for CHG when modeling Latvia HG. In fact, the model fails if I try it. Using almost 35,000 SNPs for this though.

Latvia_HG
Eastern_HG 0.288±0.040
Western_HG 0.712±0.040

chisq 6.886 tail_prob 0.865047

помещает ее в пределы примеси EHG у CHG, согласно Лазаридису.
на бОльшем числе снипов (9k<35k)  CHG-примесь пропадает у латышских охотоников-собирателей.

Во второй моделис 11k снипов:

Davidski said...
Swapping Satsurblia with Iran_Neolithic in the right pops, and adding Satsurblia to CHG, just to make sure, and trying two different models, with and without CHG. The fit is better with CHG, but not much better, so I'd say Ukraine HG/N probably has minor CHG. This is based on 11,000 SNPs.

In any case, I wouldn't dismiss the notion that Ukraine HG/N has CHG ancestry based on some D-stats, because D-stats are a really chunky way to look for admixture signals and often miss a lot of stuff.

Ukraine_HG/N
Caucasus_HG 0.125±0.094
Eastern_HG 0.588±0.108
Western_HG 0.288±0.103

chisq 4.933 tail_prob 0.895611

Ukraine_HG/N
Eastern_HG 0.659±0.096
Western_HG 0.341±0.096

chisq 6.690 tail_prob 0.823614

Иранский неолит немногим хуже CHG, что долно говорить о, скорее, "южном" характере примеси, а не об общем ANE-источнике.

Но опять же, она попадает в пределы примеси восточных охотников-собирателей у кавказских.
Немного странно...

Возможно, влияние CHG было "опосредованным", через движение какой-то степной-лесостепной популяции, происходящей с территории между Предкавказьем и Уралом. Это могло бы объяснить и появление Y-hg у еще одного мезолитического "карела". Если бы движение CHG было "прямым" (значительная миграция с Кавказа), то их примесь была бы намного более явной, вроде той, которая есть у самих кавказских HG или в степном энеолите/латышском неолите.

[Arthwr]

Появился и HG2 у Генетикера:
Latvia_HG2   Mesolithic        pre-R1b1a1a1-M73
https://genetiker.wordpress.com/2017/02/04/y-snp-calls-from-mesolithic-and-neolithic-latvia-and-ukraine/

[Pre Slav]

еще один PCA где даже лучше видны комоненты, на нем компонент 1 дает 65% дисперсии, компонент 2 28%... прекрасно видно что EHG по всем компонентам отличается  даже меньше чем WHG,  по компоненту 1 EHG изменяется на 0.016 пунктов, а WHG  на 0.035

[rozenblatt]

Где же во время мезолита находились M269 

Ну вот откуда у нас есть нормального качества дДНК в промежутке от 10 до 5 тысяч лет до н.э.:


Неисследованных мест куча.

[FenriR]

Появился и HG2 у Генетикера:
Latvia_HG2   Mesolithic        pre-R1b1a1a1-M73
https://genetiker.wordpress.com/2017/02/04/y-snp-calls-from-mesolithic-and-neolithic-latvia-and-ukraine/

Где же во время мезолита находились M269 

да ближе к степям Восточной Европы, скорее всего...

[Arthwr]

Появился и HG2 у Генетикера:
Latvia_HG2   Mesolithic        pre-R1b1a1a1-M73
https://genetiker.wordpress.com/2017/02/04/y-snp-calls-from-mesolithic-and-neolithic-latvia-and-ukraine/

Где же во время мезолита находились M269 

да ближе к степям Восточной Европы, скорее всего...

напомню что М73 так же нашли у Russia    Sok River, Samara [I0124/SVP 44]    M    5650-5555 BC
https://www.familytreedna.com/groups/r-1b-basal-subclades/about/background

Причём они практически единовременны:
Latvia_HG2 7,791-7,586 cal BP (5841-5636 cal BC)
Latvia_HG3 7,252-6,802 cal BP (5302-4852 cal BC)

Может Генетикер ошибся? Ждём анализа от Малышева.

[smal]

Может Генетикер ошибся? Ждём анализа от Малышева.

Не ошибся, вот они на дереве

[Arame]

Пре Слав

Я бы не стал называть украинского охотника EHG. Попытаетесь получить Ямную культуру смешая украинского охотника + Нечто.  Вас изумит это Нечто. Думаю у вас получится 'исход из Индии' .  Факт в том что река Дон ( и многие реки в регионе ) была серьезной преградой для миграции охотников. Поэтому и мы видим разных охотников на Волге и у Днестра.