АвторТема: Еврейская ветвь I2c  (Прочитано 3030 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #30 : 26 Январь 2017, 19:08:07 »
BY2807 в минусе, BY2808 пока не готов

А можно Вас попросить еще создать в YSEQ снип BY181?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #31 : 26 Январь 2017, 20:09:46 »
BY2807 в минусе, BY2808 пока не готов

А можно Вас попросить еще создать в YSEQ снип BY181?

Не рекомендуют. Астрид пишет:
Цитировать
We don't recommend BY181 because it is located in between two homo-polymers and it is flanked by a very long  homo-polymer which makes it very hard to sequence this segment reliably.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #32 : 27 Январь 2017, 02:26:26 »
Не рекомендуют. Астрид пишет:
Цитировать
We don't recommend BY181 because it is located in between two homo-polymers and it is flanked by a very long  homo-polymer which makes it very hard to sequence this segment reliably.

Что-то подобное говорили и ребята из YFull - они считают надежным только BY423...  И у FTDNA сниппак "обходит" BY181 и тестирует несколько снипов ниже:
BY2807>BY2808
BY428
BY2818>BY4300
BY4177>BY4298
BY3335>BY3334>BY4299,BY4176

Но:
1) Тестировать все эти снипы по одному даже по прайсу YSEQ получается дороже чем сниппак FTDNA
2) У меня все перечисленные выше снипы получились отрицательными
3) Я BY181 заказывал в FTDNA отдельно - положительный. И в составе BigY он у меня тоже прочитался нормально и тоже положительный

Что посоветуете? Мне этот образец интересен, так что готов подкинуть еще денежку на продолжение его тестирования...

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #33 : 27 Январь 2017, 12:49:13 »
1) YSEQ тоже принимает заказы на сниппаки (заказ произвольного сниппака стоит 10 долларов). Разумеется, что снипы, которые не могут быть достоверно прочитаны по методу Сангера (а ни используют именно его, а не NGS) они не включают. Насколько я понимаю случай с BY181 из этой серии.
Вот примеры сниппаков: https://www.yseq.net/index.php?cPath=25&osCsid=d471e78209967dfd9e516a6168b4b310
Снип обходится дешевле в сниппаке, по сравнению с заказом по одному.

2) насколько я понимаю, наша задача - более четко позиционировать образец YS8137 (и в целом еврейскую ветвь I2c) относительно образцов полного сиквенса на дереве YFull.
Вот что мы имеем:

1) YS8137 BY2808 (вероятно плюс, но пока нет результата)
2) в проекте I2c мы видим двух протипированных представителей еврейской ветви:
N81331
A4783+, A619+, BY181+, BY2328+, BY2807+, BY2808+, BY417+, BY418+, BY421+, BY423+, BY4301+, CTS10058+, CTS1006+, CTS11441+, CTS2134+, CTS2193+, CTS2514+, CTS3296+, CTS3517+, CTS3654+, P215+, CTS4039+, CTS4088+, CTS4437+, CTS4848+, CTS4982+, CTS5650+, CTS5727+, CTS5884+, CTS5908+, CTS7831+, CTS8333+, CTS8345+, CTS8420+, CTS88+, CTS8876+, CTS9240+, CTS9264+, CTS6265+, CTS674+, CTS6932+, CTS7329+, F3692+, F719+, L104+, L132+, L15+, L16+, L350+, L403+, L41+, L468+, L498+, L578+, L596+, L597+, F1209+, L68+, P108+, P124+, P125+, P126+, P127+, P129+, P130+, P133+, P134+, P135+, P136+, P138+, P139+, P14+, P140+, P141+, P143+, P145+, P146+, P148+, P149+, P151+, P157+, P158+, P159+, P160+, P161+, P163+, P166+, P187+, L748+, L751+, L756+, L758+, L772+, L986+, M168+, M170+, M213+, M235+, M258+, M294+, M299+, M42+, M438+, M89+, M94+, P212+, P305+, P316+, P9+, P97+, PAGES00026+, PAGES00081+, PF2591+, PF2608+, PF2611+, PF2615+, PF2747+, PF2748+, PF2749+, PF2770+, PF3562+, PF3574+, PF3626+, PF3634+, PF3639+, PF3640+, PF3641+, PF3644+, PF3651+, PF3652+, PF3657+, PF3658+, PF3660+, PF3664+, PF3666+, PF3667+, PF3669+, PF3671+, PF3672+, PF3675+, PF3677+, PF3780+, PF3800+, PF3801+, PF3802+, PF3804+, PF3809+, PF3811+, PF3812+, PF3814+, PF3815+, PF3819+, PF3820+, PF3822+, PF3827+, PF3836+, PF3837+, PF3849+, PF3898+, PF6464+, PH4230+, PK1+, V221+, V241+, V250+, Y1869+, Y1909+, YSC0000207+, YSC0000227+, YSC0000256+, YSC0000272+, YSC0000281+, PF3889+, S4063+, Z26391+, Z26403+, Z5997+, S4442-, PF3892-, Z17694-, Z17911-, Z2222-, Z2338-, Z23532-, S19819-, S2348-, PF6469-, PF6470-, PF6477-, PF6479-, PF6520-, PF6909-, PF3904-, PF3916-, PF3918-, PF3924-, PF3933-, PF5371-, PF6328-, PF3876-, PF3885-, P53_3-, P314-, M9771-, M3453-, P195_2-, L701-, F2044-, L643-, L415-, L416-, L362-, L1065-, L1066-, L1272-, CTS7767-, DF41-, F1008-, CTS623-, CTS4092-, L39-, M223-, P217-, P37-, L473-, CTS3802-, CTS10834-

199586 Goldstick
BY2808+, BY423+, BY418+, BY433+, CTS1006+, CTS1037+, BY53+, L596+, L986+, PF3827+, PH4230+, PF3889+, S4063+, S6800+, Z26391+, Z5997+, ZS6903-, S8361-, PF3892-, S6656-, S6685-, S6687-, S6716-, S10141-, S10292-, S11003-, S14736-, S18874-, S19638-, PF3885-, M9096-, PF3904-, PF3916-, PF3918-, PF3924-, PF3933-, PF6328-, PF6909-, PF6914-, BY56-, BY57-, F2044-, CTS12449-, CTS12450-, FGC16098-, FGC18078-, FGC18079-, FGC18087-, FGC18106-, FGC18117-, FGC18138-, FGC18564-, FGC18583-, L104-, L1251-, L415-, L416-, L417-, BY428-, BY4298-, BY4299-, BY43-, BY4300-, BY44-, BY443-, BY444-, BY445-, BY446-, BY46-, BY48-, BY49-, BY51-, BY2818-, BY3334-, BY3335-, BY3336-, BY3337-, BY4176-, BY19-, BY20-, BY2209-, BY23-, BY24-, BY26-, BY2776-, BY2792-, BY2797-, BY28-, BY2800-, BY2807-, BY4177*, BY4301*, BY434*, BY438*, BY421*, CTS7767*, FGC15912*, PF3898*, S6648*

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #34 : 27 Январь 2017, 13:19:27 »
У обоих образцов PF3904- PF3918- PF3924- PF3933- (можно в принципе продолжить дальше) - всё это снипы уровня https://www.yfull.com/tree/I-S6635/
Таким образом, наш гипотетический "еврейский" уровень I2c расположен выше.

Продолжим: BY421+ у обоих образцов. Так это же ветвь: https://www.yfull.com/tree/I-Y16419/
В принципе, можно поискать совпадения и дальше, но в текущем моменте не располагаю временем...

Итого: мы презюмируем, что исследуемый нами и доступный для заказа в YSEQ дополнительных снипов или "Y16419 снип пака" образец принадлежит к тому же субкладу, что и два упомянутых выше еврейских образца.
В результате этого, мы можем определить - какие снипы из этого кавказского субклада пересекаются с "еврейскими образцами" I2c.

Но есть и второй, более простой вариант - и нужно сначала пойти по нему. По 199586 и N81331 - откуда снипы? Это NatGeo, SNP Pack или BigY? Если BigY, то не проще ли им будет оплатить анализ в YFull, на условии анонимности, если это для них критично.




« Последнее редактирование: 27 Январь 2017, 13:33:44 от Шад »

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #35 : 28 Январь 2017, 02:11:28 »
Но есть и второй, более простой вариант - и нужно сначала пойти по нему. По 199586 и N81331 - откуда снипы? Это NatGeo, SNP Pack или BigY? Если BigY, то не проще ли им будет оплатить анализ в YFull, на условии анонимности, если это для них критично.

N81331 - есть у меня в совпаденцах по BigY.
------------
Mr. Andre Koretsky 
Ancestral Surnames: Koretsky [Ukraine], Reznik [Ukraine], Romanov [Russia]
Non-matching known SNPs:  CTS1533 CTS11841 PF810
------------

Кстати именно CTS1533 является у меня non-matching с большинством совпаденцев по БигУ:





« Последнее редактирование: 28 Январь 2017, 18:01:36 от Шад »

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #36 : 28 Январь 2017, 18:00:10 »
Не рекомендуют. Астрид пишет:
Цитировать
We don't recommend BY181 because it is located in between two homo-polymers and it is flanked by a very long  homo-polymer which makes it very hard to sequence this segment reliably.

Что-то подобное говорили и ребята из YFull - они считают надежным только BY423...  И у FTDNA сниппак "обходит" BY181 и тестирует несколько снипов ниже:
BY2807>BY2808
BY428
BY2818>BY4300
BY4177>BY4298
BY3335>BY3334>BY4299,BY4176

Но:
1) Тестировать все эти снипы по одному даже по прайсу YSEQ получается дороже чем сниппак FTDNA
2) У меня все перечисленные выше снипы получились отрицательными
3) Я BY181 заказывал в FTDNA отдельно - положительный. И в составе BigY он у меня тоже прочитался нормально и тоже положительный

Что посоветуете? Мне этот образец интересен, так что готов подкинуть еще денежку на продолжение его тестирования...

Кстати, BY423 у обоих положителен.
UPD Z26391 также.
Всё это уровень I-Y16419
« Последнее редактирование: 28 Январь 2017, 18:20:24 от Шад »

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #37 : 28 Январь 2017, 18:09:13 »
Цитировать
Non-matching known SNPs:  CTS1533 CTS11841 PF810

Все три снипа - "барахло". Присутствуют во множестве субкладов и филогенетической ценности не имеют.
Это проверяется так: https://www.yfull.com/tree/I-Y16419/ и в правом углу Search, вводите название снипа. Выдается ссылка на субклад на дереве. Или видите, что таких много. Очень много. В таком случае филогенетическая ценность этих снипов равна нулю.

Почтовый адрес Вашего совпаденца я убрал, чтобы не светить на форуме.
Вы можете сами связаться и попробовать затащить его на анализ в YFull. Это будет явно дешевле, чем по снипам тестировать мой подопечный образец. Так как из их популяционной близости можно делать достаточно уверенные допущения типа А=Б.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #38 : 28 Январь 2017, 20:02:53 »
Почтовый адрес Вашего совпаденца я убрал, чтобы не светить на форуме.
Вы можете сами связаться и попробовать затащить его на анализ в YFull. Это будет явно дешевле, чем по снипам тестировать мой подопечный образец. Так как из их популяционной близости можно делать достаточно уверенные допущения типа А=Б.

Ну чтобы затаскивать кого-то в YFull мне надо вначале дождаться пока мой результат появится на дереве. Без этого я не смогу аргументировать ..

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #39 : 28 Январь 2017, 22:42:49 »
Странно, что отсутствует в совпаденцах 199586 Goldstick. Или у него не BigY, а SNP Pack? Просто не знаю - есть ли SNP Pack для I2c...

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8725
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2089/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #40 : 28 Январь 2017, 23:04:33 »
Просто не знаю - есть ли SNP Pack для I2c...
Есть - L596 SNP Pack

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #41 : 28 Январь 2017, 23:42:47 »
Просто не знаю - есть ли SNP Pack для I2c...
Есть - L596 SNP Pack

Да-да. Я же писал, что он тестирует в числе прочего следующие снипы ниже BY181 (при этом сам BY181 в него не входит):
BY2807>BY2808
BY428
BY2818>BY4300
BY4177>BY4298
BY3335>BY3334>BY4299,BY4176

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #42 : 29 Январь 2017, 10:16:39 »
Кстати, обратил внимание на то, что на станице проекта I2c есть такое дерево:
I2c  L596/PF6907/S292, L597/S333
                     I2c1  PF3892, PF3904, PF3918, PF3924, PF3933                                                                        * No Group B
                     !2c2  BigY                                                                                                                          * L1251, CTS7767 Group and A Group 
                             I2c2a  BigY                                                                                                                * No Group A1
                                      I2c2a1 L1251    is what I
                                                I2c2a1a  BigY
                                                             I2c2a1a1  BigY
                                                             I2c2a1a2  BigY
                                                I2c2a1b  BigY
                                      I2c2a2  Big Y                                                                                                    *L7767 and A2 Groups
                                                 I2c2a2a  Big Y                                                                                       *L7767 Group and part of A2 Group
                                                            I2c2a2a1  Big Y                                                                          *part of L7767 Group
                                                            I2c2a2a3  Big Y                                                                          *part of L7767 Group
                                                            I2c2a2a3 CST7767                                                                      *part of L7767 Group
                                                                         I2c2a2a3a  BigY                                                            *Clan Wallace part of L7767 Group   
                                                                         I2c2a2a3b  PF6328       
                                                                                         I2c2a2a3a1  BigY
                                                                                         I2c2a2a3a2  BigY
                                                                                         I2c2a2a3a3  BigY
                                                                                                          I2c2a2a3a  F2044
                                                                                                                          I2c2a2a3a3a1  BigY
                                                                                                                          I2c2a2a3a3a2  BigY
                                     I2c2a3  BigY                                                                                                     *part of A2 Group
                              I2c2b  BigY                                                                                                              *A1 Group
                    I2c3  PF3827                                                                                                                      *Group B
                            !2c3a  BigY
                            !2c3b  BigY
199586 и N81331 отнесены к I2c2a1 (BY2808, BY2807)
См: https://www.familytreedna.com/public/I2nosubcladeM170P215?iframe=yresults
На их дереве вышестоящий субклад I2c2a1 маркирован снипом L1251 и имеет три нижележащих субклада. По всем есть BigY.
Это не стыкуется с деревом YFull, которому я имею основание доверять больше.
Например L1251 никак не может быть корневым для еврейского субклада, так как он находится под https://yfull.com/tree/I-S6635/
Похоже, что они давно не обновляли данные на странице проекта, несмотря на большое количество BigY. Или где-то ведется более актуальная таблица?

Короче, еще одно доказательство, что в доработке дерева FTDNA сильно отстает от YFull. И прежде всего в силу меньшей мобильности. Хотя и по YFull, я думаю, что Вам нужно проделать определенную предварительную работу, что облегчить анализ своих и близких к своим данным.
Напишите им, чтобы они внесли в свою базу по именам все снипы BY, относящиеся к субкладу. Да и в целом, именнованные снипы из сниппака не мешало бы проверить - некоторых я не увидел. Дело в том, что YFull за исключением своих, вновь открытых снипов серии Y, просто не видит снипы серии BY, выявленные FTDNA в процессе анализа данных BigY тестов, которые не попали на анализ в YFull. Поэтому до попадения соответствующего образца (а точнее двух - чтобы была выделена ветвь), они останутся неименованными и не имеющими филогенетической позиции на дереве. Если администратор проекта по этой гаплогруппе или клиент не напишет им относительно включения в базу этих снипов.
« Последнее редактирование: 29 Январь 2017, 10:32:23 от Шад »

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #43 : 29 Январь 2017, 10:35:56 »
@AleksanderK

Обратите внимание, нашел вот такой фрагмент дерева. Похоже, что здесь информация более актуальна
http://www.worldfamilies.net/surnames/i2/results

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Еврейская ветвь I2c
« Ответ #44 : 29 Январь 2017, 20:55:44 »
@AleksanderK

Подвожу итоги небольшого анализа.
Из общих положительных снипов анализируемых нами двух образцов убрал то, что относится к вышестоящим субкладам: CTS1006+ (корневой субклад I) и L986+ (A1), PF3889+ и L596+ (I-L596), а также то, что относится к дублям - снипам, маркирующим ветви в других субкладах (Z5997 aka Y1727 в E) и мусор (PF3827 и возможно BY418).
Остались снипы, общие для субклада I-Y16419: BY423, PH4230, Z26391. BY421 о котором я ранее писал как о положительном не уверенно прочитан в одном из двух обрацов и пока исключается.
Из кандидатов на ветвеообразующие снипы: BY2808 (точно) и S4063 (качество так себе).

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100