АвторТема: 23andme - вопросы, результаты  (Прочитано 144838 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 32788
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2612/-42
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #75 : 21 Ноябрь 2009, 17:49:53 »
Спасибо, Михаил.
Ещё вопрос. Если есть УПС с матерью - Helene Gulevic (#SNPs: 864,
Half IBD: 7 cM, # segments - 1, Half-identical (0 Gb), а с её сыном - German Gulevich УПСов уже нет, говорит ли это о том, что родство моего сына с Helene Gulevic находится как раз на "границе метода" - 10-12 поколений?
Да. В общем случае такое поколенное затухание говорит о том, что работаем по границам метода.
Кстати, её (границу) оцениваю сейчас в 13 поколений. Именно столько поколений было озвученно в двух примерах, имеющих УПСы и документально подтвержденное родство.
Но дистанция может быть и ближе.
Например, у меня и у моей родной сестры значительные расхождения этно-портрета. У неё они в маму, а у меня в отца.
В общем случае поколенное затухание отец-дочь и мать-сын превышает поколенное затухание отец-сын, мать-дочь.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #76 : 21 Ноябрь 2009, 17:52:45 »
Спасибо, Михаил.
Ещё вопрос. Если есть УПС с матерью - Helene Gulevic (#SNPs: 864,
Half IBD: 7 cM, # segments - 1, Half-identical (0 Gb), а с её сыном - German Gulevich УПСов уже нет, говорит ли это о том, что родство моего сына с Helene Gulevic находится как раз на "границе метода" - 10-12 поколений?
У меня с Helen Gulevic 
Цитировать
predicted relationship - 10th cousins% DNA shared - 0,07%shared segments - 1

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 32788
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2612/-42
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #77 : 21 Ноябрь 2009, 17:58:29 »
Спасибо, Михаил.
Ещё вопрос. Если есть УПС с матерью - Helene Gulevic (#SNPs: 864,
Half IBD: 7 cM, # segments - 1, Half-identical (0 Gb), а с её сыном - German Gulevich УПСов уже нет, говорит ли это о том, что родство моего сына с Helene Gulevic находится как раз на "границе метода" - 10-12 поколений?
У меня с Helen Gulevic 
Цитировать
predicted relationship - 10th cousins% DNA shared - 0,07%shared segments - 1
Ну, вот имеем перекрёстное родство. Можно работать по методу перекрёстных ссылок. Или по другому, по методу треугольника.
Правда гипотетически даже на глубине одиннадцатиюродного родства по отношению к стороннему наблюдателю (воспользуемся термином из теории относительности  :o ) вероятность совпадения предка для трёх человек может составить 1 : 1,000,000.

Если без заморочек, то надо локализовывать регионы и сравнивать известные имена предков.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #78 : 21 Ноябрь 2009, 18:10:48 »
Регионы и предки - а также "смежные" фамилии - достаточно хорошо известны, список можете получить у  ее сына, Германа Гулевича, (кстати он зарегистрирован и на Молгене, но в дискуссиях не участвует; многим пользователям forum.vgd.ru он известен, как germanas) который занимается давно генеалогией своих предков.  По линии матери, родословная известна до начала 19 века, регион расселения - северо-восточная Беларусь и Витебщина.

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +60/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #79 : 21 Ноябрь 2009, 18:29:11 »
Вадим, я правильно понимаю, что чем больше сантиМорган, тем меньше вероятность рекомбинации этого участка, а значит и надёжнее значение УПСа.

А количество сантиМорган находиться в обратной зависимости от количества поколений до общего предка? Или для расчёта поколений используются какая-то иная характеристика УПСа (не количество сантиМорган)?

Вадим, а у вас УПС только Еленой Гулевич? Или с Геманом тоже?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #80 : 21 Ноябрь 2009, 19:14:44 »
Вадим, я правильно понимаю, что чем больше сантиМорган, тем меньше вероятность рекомбинации этого участка, а значит и надёжнее значение УПСа.
Я полагаю, что в данном случае, скорее наоборот. Чем больше сантиМорган между участками генов на гомологичной хромосоме, тем больше вероятность перемешивания или перекреста (кроссинговер), который вносит "возмущения" в картину неравновесного сцепленного наследования генов и признаков. Напомню, что под последним понимается неслучайное распределение частот аллелей разных локусов, которое может быть обусловлено не только тесным генетическим сцеплением генов, (близким расположением генов на хромосоме), но и наличием адаптивного преимущества конкретной комбинации аллелей, частота которой соответственно возрастает в сравнении с частотой, ожидаемой при случайном распределении.В чем же состоит практической значение оценки кроссиговера (который есть частный случай рекомбинации) например для молекулярной генеалогии? По мнению профессора МакМилана, в оценке количества снипов приходящихся на один сантиморган (одну единицу генетического расстояния, прямо пропорциональную проценту кроссоверинга).Если посмотреть его таблицы, то очевидно, что он активно использует эту оценку для вычисления  степени родства (каким образом, мне пока еще не доконца ясно), т.е он делит число снипов на идентичном сегменте хромосомы на величину сантиморгана данного участка, получая тем самым некое число cнипов. Но что это может означать и что из этого следует, я пока не понял.
« Последнее редактирование: 21 Ноябрь 2009, 19:30:48 от Vadim Verenich »

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7934
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #81 : 21 Ноябрь 2009, 19:19:09 »
Давайте в этой теме задавать вопросы, а готовые, отфильтрованные ответы выкладывать в закрытой теме Нужные для 23&me ссылки

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7934
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #82 : 21 Ноябрь 2009, 19:20:13 »
Так как же выудить из 23&me:
Данные MtDNA и YDNA?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #83 : 21 Ноябрь 2009, 19:21:24 »
Так как же выудить из 23&me:
Данные MtDNA и YDNA?
Вадим Веренич знает как выудить митоданные.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7934
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #84 : 21 Ноябрь 2009, 19:22:17 »
Простите, можно объединить с темой

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7934
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #85 : 21 Ноябрь 2009, 19:23:20 »
Вадим Веренич знает как выудить митоданные.
Во-во.
А должны знать все в вида инструкции по применению:
1
2
3

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #86 : 21 Ноябрь 2009, 19:33:18 »
Так вроде Аббат давал ссылку на эксель таблицу Энн. Там все просто.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7934
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #87 : 21 Ноябрь 2009, 19:34:18 »
А что он сможет  «выдернуть» из данных?
Что ему написать в письме, о чём просить?

Здесь всё есть:
 
http://daver.info/ysub/
Наверное, я - самый тупой, а на какой вкладке
Цитировать
Downloading a 23andME SNP Raw Data File

·      Login on the 23andME.com website

·      Click “Browse Raw Data” near the bottom of the left side bar
?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 32788
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2612/-42
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #88 : 21 Ноябрь 2009, 19:35:50 »
Простите, можно объединить с темой
Объединил.
 :)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #89 : 21 Ноябрь 2009, 19:42:54 »
Виктор, в новой версии интерфейса 23ия ссылку на раздел Browse Raw Data перенесли в выпадающее меню Account. Оно на главной странице Вашего аккаунта верху справа. Выбираете меню Browse Raw Data. Там будет список хромосом и поисковое окно. Но Вы должны будете нажать на ссылку справа Download Raw Data. При скачивании доступны три опции, можно скачать мито- и игрек-снипы отдельно (мито скачиваете отдельно для таблицы перекодировки данных по mtDNA, данные по игреку отдельно для таблицы Адриано), а также можете скачать "весь геном".
« Последнее редактирование: 21 Ноябрь 2009, 20:59:07 от Vadim Verenich »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100