АвторТема: 23andme - вопросы, результаты  (Прочитано 136372 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30612
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2236/-36
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #60 : 18 Ноябрь 2009, 20:34:44 »
Овод,
Цитировать
Ура! Получил сегодня, наконец, результаты анализа в 23иЯ
О, как здорово, поздравляю!  :D А мы все ждем...
Представляете какое жужание начнётся вскоре?   :o

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #61 : 18 Ноябрь 2009, 20:36:31 »
Кстати, Вадим. А Вы свои результаты от МакДо уже получили?
Не поделитесь с общественностью.  :o
Нет, еще не посылал.

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5039
  • Страна: 00
  • Рейтинг +633/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #62 : 18 Ноябрь 2009, 20:43:24 »
Mich Glitch,
Цитировать
Представляете какое жужание начнётся вскоре?   

Да не то слово, от меня одной сколько будет жужжания  :D...

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30612
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2236/-36
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #63 : 18 Ноябрь 2009, 20:44:49 »
Кстати, Вадим. А Вы свои результаты от МакДо уже получили?
Не поделитесь с общественностью.  :o
Нет, еще не посылал.
Ну, что же Вы?..
Сразу бросились писать собственную программу не воспользовавшись уже имеющимися очень точными инструментами.  :-[

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #64 : 18 Ноябрь 2009, 20:53:42 »
Кстати, Вадим. А Вы свои результаты от МакДо уже получили?
Не поделитесь с общественностью.  :o
Нет, еще не посылал.
Ну, что же Вы?..
Сразу бросились писать собственную программу не воспользовавшись уже имеющимися очень точными инструментами.  :-[
Обязательно отошлю. Михаил, а что Вы думаете по поводу таблицы профессора Мак Миллана
Цитировать
The raw SNP set will be compared with that to the others who have contributed their raw SNP sets. A very large file with the comparison segments between each of those who have contributed is created. After that is done two Excel spreadsheets are derived from the comparisons. One is referred to as a Super GW similarity comparison. That one provides a count of half-identical regions (HIRs) on a chromosome by chromosome basis. The more half-identical segments, the less related two people would be. In theory, a parent child comparison would have one HIR segment per chromosome.The other spreadsheet is more complex. From the few hundred thousand of comparisons, contributor by contributor, chromosome by chromosome, snp by snp, HIR segments are found, some longer, some shorter. The previous spreadsheet mentioned above merely counts them regardless of length. The longer HIR segments are pulled out and incorporated into a second spreadsheet for consideration.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30612
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2236/-36
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #65 : 18 Ноябрь 2009, 21:21:42 »
Обязательно отошлю. Михаил, а что Вы думаете по поводу таблицы профессора Мак Миллана
Вадим, к стыду своему ничего.
У меня до неё руки не дошли.
Кстати, я очень рад, что Вы занялись с Анодом конкретным делом.
Мысль моя проста и прозрачна.
Компания Гентис, по моему мнению, в будущем могла бы выстроить партнёрские отношения с Иллюминой.
Услуга могла бы быть крайне востребованной, особенно учитывая скачок цен у 23эндМи.
Если будет прога, позволяющая добавлять и анализировать raw-data от разных компаний, то есть речь идёт об открытой базе данных, то цены ей не будет.

Можно изменить последовательность. То есть сначала создать открытую базу, принимая данные формата 23эндМи и ДекодМи (на деле речь идёт о разной размерности бед-чипов), а потом уже пытаться вступать в контакт с Иллюминой.

Также в тему будут наработки от парово3 и javax.

С медициной всё вообще проще пареной репки, так как данные в открытом доступе.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1335
  • Страна: il
  • Рейтинг +327/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #66 : 18 Ноябрь 2009, 22:18:04 »
Ура! Получил сегодня, наконец, результаты анализа в 23иЯ и сразу же - несколько предложений "законтачить" от совершенно незнакомых людей.
 
Кстати, сын Сергея Лутака, Матвей - тоже.
 
Глаза разбегаются, что теперь делать в первую очередь. Проверить отцовскую линию? Материнскую? Свой популяционный портрет? Сравнить себя с контактёрами?
 
Может кто из уже прошедших эту новичковскую стадию посоветует?
Поздравляю!
1. Добавьте себя в список россиян http://tr.im/23russia - там самообслуживание - каждый сам себя добавляет, пошлите приглашения всем остальным в списке.
2. Следуйте инструкции http://tr.im/23howto
3. Пошлите свои Y данные Адриано Сквекко - инструкция - тут: http://daver.info/ysub/
4. Пошлите свои все данные ХИРопракторам - чтобы включили в http://tr.im/HIRopractic - адрес там внизу слева.
5. ...

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #67 : 18 Ноябрь 2009, 22:46:19 »
Поздравляю!
1. Добавьте себя в список россиян http://tr.im/23russia - там самообслуживание - каждый сам себя добавляет, пошлите приглашения всем остальным в списке.
2. Следуйте инструкции http://tr.im/23howto
3. Пошлите свои Y данные Адриано Сквекко - инструкция - тут: http://daver.info/ysub/
4. Пошлите свои все данные ХИРопракторам - чтобы включили в http://tr.im/HIRopractic - адрес там внизу слева.

Спасибо, Леон.
 
Локомотив Вы наш реактивный.  :)
 
Скоро Вам такой "бронепоезд" прицепят - мало не покажется.  :o

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1335
  • Страна: il
  • Рейтинг +327/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #68 : 18 Ноябрь 2009, 23:25:56 »
...Скоро Вам такой "бронепоезд" прицепят - мало не покажется.  :o
Теперь нам ничего не страшно - Anode обещал помочь.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #69 : 19 Ноябрь 2009, 00:02:29 »
Часть сообщений перенесена в раздел программного обеспечения Plink.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #70 : 21 Ноябрь 2009, 09:59:33 »
Пошло оно по трубам:
Цитировать
Data is now available
Sincerely,
The 23andMe Team

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +60/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a* (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #71 : 21 Ноябрь 2009, 13:09:32 »
Спецы по 23andMe подскажите!
Percent similarity to Matvey Lutak over 559316 SNPs самые близкие:
German Gulevich 74.42%
Alexandr Belikov  74.41%
Beatrix Kiddo      74.40%
Странно, эти люди самые близкие, но с этими людьми нет УПСов. ???

УПСы есть с теми, с кем подобие - 74.38% и 74.08%?!

Helene Gulevic vs. Matvey Lutak
Chromosome 16, Start point: 12000000, End point: 17000000, Genetic distance: 7.0 cM, #SNPs: 864,
Half IBD: 7 cM, # segments - 1, Half-identical (0 Gb)

Harry Banaharis vs. Matvey Lutak
Chromosome 10, Start point: 97000000, End point: 102000000, Genetic distance 5.5 cM, #SNPs: 1195,
Half IBD: 6 cM, # segments - 1, Half-identical (0 Gb)

Это, как я понимаю родственники с 10-ти -12-тиюродным родством? Или более далёкие?
А почему, УПСы есть, а подобие с ними малое?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30612
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2236/-36
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #72 : 21 Ноябрь 2009, 16:05:08 »
Общая похожесть показывает на этно-сходство.
Ну, а УПСы указывают непосредственно на родство.
Например, для группы земляков-неродственников может быть очень высокая общая похожесть. А вот УПС может быть с негром - потомком предка-миссионера.

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +60/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a* (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #73 : 21 Ноябрь 2009, 17:42:22 »
Спасибо, Михаил.
Ещё вопрос. Если есть УПС с матерью - Helene Gulevic (#SNPs: 864,
Half IBD: 7 cM, # segments - 1, Half-identical (0 Gb), а с её сыном - German Gulevich УПСов уже нет, говорит ли это о том, что родство моего сына с Helene Gulevic находится как раз на "границе метода" - 10-12 поколений?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: 23andme - вопросы, результаты
« Ответ #74 : 21 Ноябрь 2009, 17:49:02 »
Спецы по 23andMe подскажите!
Percent similarity to Matvey Lutak over 559316 SNPs самые близкие:
German Gulevich 74.42%
Alexandr Belikov  74.41%
Beatrix Kiddo      74.40%
Странно, эти люди самые близкие, но с этими людьми нет УПСов. ???

УПСы есть с теми, с кем подобие - 74.38% и 74.08%?!

УПCы или HIRs в  понятиях 23ия - то же самое, что генетики называют IDB - идентичные по происхождению фрагменты хромосом, находящиеся на которых гены сцеплены таким образом, при котором частота рекомбинации относительна низка.  Об уровне рекомбинации судят по величине сантиморганов.
Цитировать
Единицей измерения расстояний при генетическом картировании является один сантиморган (сМ), т.е. такое расстояние, при котором вероятность рекомбинации между генами равно 1%.
Наиболее существенным недостатком генетических карт является их неаддитивность, то есть, если известно, что расстояние между генами A и B равно 3 сМ, B и C - 5 сМ, то это вовсе не значит, что расстояние между A и C равно 8 сМ. Одной из причин этого является то, что в разных районах генома рекомбинация происходит с разной частотой.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100