АвторТема: Whole Genome Test (15x) от YSEQ  (Прочитано 3251 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Виталий77Автор темы

  • Однодворец ищущий свои корни
  • Сообщений: 1176
  • Страна: ru
  • Рейтинг +296/-0
  • FTDNA: 297613; ySearch: ZH52M
  • Y-ДНК: R1a-A7015, R1a1a1b1a2b3a1c2c2a1~(ISOGG)
  • мтДНК: H13a1a1c
Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« : 10 Январь 2017, 07:39:29 »
YSEQ анонсировал новый продукт (https://www.yseq.net/product_info.php?cPath=29&products_id=42468&osCsid=91b21aa4c9ae160a072717902636775f):
Цитировать
Introducing YSEQ's Whole Genome Test (15x)
Due to high demand we've extended our product line by our first NGS test. We immediately jumped on the Whole Genome Test (15x) because of the known drawbacks of the enrichment procedure.
The 15x WGS is run on a HiSeq X-Ten platform with PCR-free protocol (when gDNA quality permits) to provide a high quality, even coverage of the 2x 151 bases paired end reads.
   
This WGS test is specifically designed for genealogy researchers and includes:

    Full Mitochondrial Genome (Fasta file & haplogroup)
    Annotation of all Y-SNP names and Y haplogroup information from Ybrowse.org
    Separate VCF files for derived and novel Y-SNPs
    User friendly autosomal allele files that can be immediately uploaded to genealogy tools like GedMatch
    All raw data (FastQ, BAM, VCF etc.) supplied for free download or on SD card by mail
    FREE Sanger sequencing confirmation of up to 10 novel Y-SNPs (for well prepared submission to the ISOGG tree)
    Turn around time less than 3 months (after sample arrival)

In other words: This is the ultimate Y-DNA / mtDNA / Autosomal DNA Test in one package!

IMPORTANT! Most products in this shop only make sense for male test takers! Female test takers can only be tested on their mtDNA because they don't have a Y chromosome.

FREE shipping on all orders over $100!
Over 42,000 single Y-SNPs are available in our catalog and the portfolio is growing every day.
Стоимость $899 или 715.33€

Оффлайн Oleg V.

  • Сообщений: 686
  • Страна: ru
  • Рейтинг +124/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92>YP569
  • мтДНК: ?
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #1 : 10 Январь 2017, 09:20:14 »
А у FGC разве не дешевле? Получается не так уж выгодно.
« Последнее редактирование: 10 Январь 2017, 10:56:59 от Oleg V. »

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 977
  • Страна: ru
  • Рейтинг +154/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #2 : 10 Январь 2017, 11:03:49 »
FGC не дешевле. С каким конкретно продуктом FGC сравниваете ? Тот же Y Elite - дешевле, но он не содержит аутосом....

Оффлайн Oleg V.

  • Сообщений: 686
  • Страна: ru
  • Рейтинг +124/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92>YP569
  • мтДНК: ?
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #3 : 10 Январь 2017, 11:34:12 »
FGC не дешевле. С каким конкретно продуктом FGC сравниваете ? Тот же Y Elite - дешевле, но он не содержит аутосом....

У них продукт называется GenomeGuide, это полный геном и тоже покрытие 15x, как и в YSEQ.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 977
  • Страна: ru
  • Рейтинг +154/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #4 : 10 Январь 2017, 12:10:58 »
Все равно напрямую сравнивать, не уверен, что корректно.

Фулл Геном 15x стоит у FGC $795 + H&S (примерно еще 30-40$ накинуть).

А у YSEQ - все включено, включая новели и интерпретацию...

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8482
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1937/-8
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #5 : 10 Январь 2017, 16:41:46 »
Это отлично, что такой продукт предложили!
Но я подожду усеченный вариант: без аутосом, без мито, но подешевле. Хотя бы долларов на 300.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 977
  • Страна: ru
  • Рейтинг +154/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #6 : 10 Январь 2017, 16:51:53 »
Без аутосом и без мито это же BigY получается ?!  ;D
А если серьезно, то я как понял, Y тестирование (нормальное) мито включает бонусом (особенность технологии). И если из полного вычесть аутосомное и мито, то должен как раз Y получиться ? А подешевле - это индивидуальные условия в FGC можно попросить (вот они скидку для молгена в 200$ и делают)
Если yseq тоже пойдут навстречу - это будет круто!!!  :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #7 : 10 Январь 2017, 17:00:16 »
Даёшь 200 (максимум 300 долларов) за полный геном с покрытием не менее х30   !!!     >:(

И чтобы данные на центральном серваке забесплатно хранились.    :)

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1051
  • Страна: by
  • Рейтинг +374/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #8 : 10 Январь 2017, 20:03:35 »
Но я подожду усеченный вариант: без аутосом, без мито, но подешевле. Хотя бы долларов на 300.

Вы не понимаете, усеченный вариант - это плохо. Главная проблема усеченных тестов типа BigY или Y Elite 2.1 в том, что в них присутствует этап обогащения библиотеки ДНК Y хромосомными фрагментами. Т.е. перед собственно секвенированием специально отбираются последовательности, характерные для Y хромосомы. Но невозможно равномерно отобрать все последовательности с Y хромосомы. Какие-то ее части попадают с большей вероятностью, какие-то с меньшей. Это уже зависит от дизайна процесса обогащения. И проблема не только в том, что какие-то части Y хромосомы не отсеквенируются вообще, проблема в том, что это обогащение будет негативно влиять на вычисления возраста мутаций. А кроме того такое обогащение - дорогой процесс и его, в отличие от полного сиквенса, практически нереально существенно удешевить.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #9 : 10 Январь 2017, 20:47:02 »
полный геном с такими техн характеристиками как 15х / 150bp - это все равно ни о чем, для игрека глубина низкая, для медицины и подавно, ну и цена... поэтому пока что для игрек-генеалогии биг - это наилучшее по цене-качеству , пусть и обогащение и библиотеки и тд. более менее качественный сиквенс начинается на мой взгляд с глубины покрытия 60-70х (лучше конечно хотя бы 80х), а фрагменты 300-350 bp (чем больше тем лучше) ну и цена до 1000 (чем меньше тем лучше :)

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5997
  • Страна: ru
  • Рейтинг +943/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #10 : 10 Январь 2017, 21:08:36 »
полный геном с такими техн характеристиками как 15х / 150bp - это все равно ни о чем, для игрека глубина низкая, для медицины и подавно, ну и цена... поэтому пока что для игрек-генеалогии биг - это наилучшее по цене-качеству , пусть и обогащение и библиотеки и тд. более менее качественный сиквенс начинается на мой взгляд с глубины покрытия 60-70х (лучше конечно хотя бы 80х), а фрагменты 300-350 bp (чем больше тем лучше) ну и цена до 1000 (чем меньше тем лучше :)

Ну я так и предположил, что для YFull не пойдет...
А без перманентного обновления как это реализовано в YFull этот WGS будет просто "кладбищем данных".

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #11 : 10 Январь 2017, 21:43:40 »
Ну я так и предположил, что для YFull не пойдет...
я не говорил что не подойдет... я предполагаю по качеству это будет похоже на "GenomeGuide 15x Whole Genome" от fgc..
нужно смотреть в живую, так я затрудняюсь комментировать и давать оценки
выше было мое имхо, как юзера

зы в базе и на дереве же есть 1000 геномные семплы - кач 3-4х, и ю-азиатские 7х, правда качество не дает возможности расчета возрастов ну и по снипам тоже много контроверсий и тд. хотя все они секвенированы по разному, тоже вырезаны из WGS

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5997
  • Страна: ru
  • Рейтинг +943/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #12 : 10 Январь 2017, 22:01:54 »
Ну я так и предположил, что для YFull не пойдет...
я не говорил что не подойдет... я предполагаю по качеству это будет похоже на "GenomeGuide 15x Whole Genome" от fgc..
нужно смотреть в живую, так я затрудняюсь комментировать и давать оценки
выше было мое имхо, как юзера

зы в базе и на дереве же есть 1000 геномные семплы - кач 3-4х, и ю-азиатские 7х, правда качество не дает возможности расчета возрастов ну и по снипам тоже много контроверсий и тд. хотя все они секвенированы по разному, тоже вырезаны из WGS

Тогда будем оптимистами. Подождем.

Оффлайн Виталий77Автор темы

  • Однодворец ищущий свои корни
  • Сообщений: 1176
  • Страна: ru
  • Рейтинг +296/-0
  • FTDNA: 297613; ySearch: ZH52M
  • Y-ДНК: R1a-A7015, R1a1a1b1a2b3a1c2c2a1~(ISOGG)
  • мтДНК: H13a1a1c
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #13 : 30 Июнь 2017, 12:43:11 »
Цитировать
Whole Genome Sequence
[WGS]
Whole Genome Sequence This is a Whole Genome NGS Specifically for Genealogy Researchers.

A new sample kit with 4 brushes is required (included in the price). All available raw data will be provided for download (free) or alternatively sent by mail on a micro SD card ($90 for the SD card and shipping fees will be added).

YSEQ extracts the DNA in-house and performs a quality assurance test which includes quantification and a YSEQ Alpha Y-STR profile (or HVR1 mtDNA for females) to make sure the correct sample is handled. After QC (quality control) we send the sample to our partner laboratory, for NG sequencing on their HiSeq X-Ten platform. After the raw FastQ files are returned, YSEQ will perform an in depth analysis of the dataset focusing on genealogy relevant topics. We'll annotate every named Y-chromosome SNP from Ybrowse to a VCF document with their ancestral and derived states. You'll receive separate files for your derived SNPs and for your novel SNP candidates and the InDel mutations. The novel SNPs will be qualified by an experienced scientist manually and up to 10 novel mutations can be verified with your sample by Sanger sequencing (optional Sanger confirmation package).

The analysis includes the complete mitochondrial DNA sequence with your mt haplogroup information. We also export the autosomal alleles in a 23andMe compatible format which can be used for many genealogy tools.

The YSEQ analysis does not contain any medical relevant information since the purpose is genealogy. But of course health related information is contained in the raw data and can be extracted from a third-party expert. When ordering this test, you'll need to sign a written consent form stating that you understand the medical implications and the risks associated with decoding this information. You'll need to indemnify YSEQ from any responsibility associated with health information encoded in your raw data. A 15x coverage is not sufficient for extracting reliable health information from the raw data files!

15x coverage means ca. 45Gb raw data per sample
30x coverage means ca. 90Gb raw data per sample
50x coverage means ca. 150Gb raw data per sample

This is usually more than sufficient for the given coverage on autosomes and half of this on the Y chromosome. However bacerial contamination in your sample may reduce this coverage. Therefore we urgently ask you to provide a fresh high quality sample exactly according to the instructions. We will measure the bacterial contamination upfront in your extracted DNA and we will notify you if the bacterial contamination is higher than usual and you will be able to provide a replacement sample or risk a run with lower coverage on the human reference sequence.
Available Options:

Coverage:
15x - $740
30x - (+$510)
50x - (+$1060)

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8482
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1937/-8
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: Whole Genome Test (15x) от YSEQ
« Ответ #14 : 13 Июль 2017, 08:24:39 »
Кусается пока цена  :-\

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100