АвторТема: Full Genomes vs FTDNA  (Прочитано 18818 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #45 : 03 Январь 2017, 18:38:27 »
Времени у меня дофига. Все исследование может занять 10+ лет. Поэтому можно не торопиться.

Вот это самое главное!
:)

Без спешки. Без ожидания каких-то практических благ. Как хобби.
У меня такой же подход.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #46 : 03 Январь 2017, 18:39:37 »
* патернальная линия мамы (документально довел до ~1750 г., дальше нет документов). Для y-dna воспользуемся ее братом;

Прекрасно.
Вот видите, есть человек.
Тестируете дядю (СТРы, БигИгрек). Смотрим, что получится.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #47 : 03 Январь 2017, 18:42:43 »
* патернальная линия бабушки, т.е. мамы папы (документально опять же ~1700 г., шведское имя, возможно крестьянин был введен из Швеции);

Возможно удастся найти кузенов, троюродных и далее братьев.
Если совсем тухло, то только статобработка без особой надежды на внятный окончательный результат. Т.е. делается ФФ у человека, максимально близкого по родству к бабушке, а затем накапливаете и анализируете информацию по её генетическим родичам. Степень родства, регионы происхождения, предковые фамилии, гаплогруппы.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #48 : 03 Январь 2017, 18:45:23 »
* взаимосвязь с совпаденцем (моим) по игреку с центральной полосы РФ (у него генеалогия обрывается на 1700-х. Вероятно предок был ссыльным. Я свою линию пока не строил, но через архив обязательно попробую).

И тут набор рекомендаций достаточно очевиден:
1. Построение родословного дерева.
2. Тест по СТРам (у Вас и у Вашего генетического родича), оценка ВБОПа.
3. БигИгрек (опять же у обоих) с последующей интерпретацией ИгрекФулл.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #49 : 03 Январь 2017, 18:50:21 »
* Восстановление боковых веток (например, неизвестен ЯЖЖМ) и примерная их балансировка (уверен, что можно все выровнять так или иначе по границе XVIII - XIX вв.)

Сначала строим документальное дерево.
От предков стараемся сразу сводить потомковые ветви.
По личному опыту скажу, что иной раз даже по родословиям крепостных крестьян удаётся найти потомков для тестирования на глубину 9 поколений.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #50 : 03 Январь 2017, 18:51:22 »
Александр, спасибо за совет, я сам думал о Backbone. Возможно, снипами и займусь, а на маркеры забью просто. Смутило то, что в проектах рекомендуют СТР-апгрейд, а не Backbone.

IMHO, даже в этом случае всё равно придётся вернуться к апгрейду STRов. В результате снип-пакета Вы конечно же узнаете свой терминальный на сегодняшний день субклад. Но в этом субкладе Вы найдёте энное количество людей, и нужно будет понять, кто из них к Вам ближе/дальше, вот тут и нужны будут STRы.

Насколько я помню, у Вас на данный момент 12-маркерный гаплотип, по которому ничего ниже R1a предположить нельзя. Если не ошибаюсь, в R1a есть другие снип-пакеты для более молодых, чем R1a, субкладов, с более тщательным тестированием снипов в пределах этих субкладов. Может, лучше спросить спецов по R1a, стоит ли вначале сделать апгрейд до 37, и, если он поможет с большей точностью предположить Ваш субклад ниже R1a со своим снип-пакетом?

В конце концов, даже если апгрейд до 37 не поможет более точному прогнозу Вашего субклада ниже R1a, Вы ничего не потеряете, в силу того, о чём я говорил в первом абзаце.
« Последнее редактирование: 03 Январь 2017, 19:00:29 от Yaroslav »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #51 : 03 Январь 2017, 18:53:14 »
Ну, и самое общее пожелание.
Протестируйте сначала своих самых престарелых родственников. Как со стороны мамы, так и с отцовской стороны.
Естественно, тестируйте в ФТДНА, а не в какой-то левой компании, которая сегодня есть, а завтра о ней никто и не вспомнит.

Оффлайн gecube_ruАвтор темы

  • Сообщений: 1418
  • Страна: hu
  • Рейтинг +264/-6
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #52 : 03 Январь 2017, 19:22:42 »
Mich Glitch
Цитировать
Тестируете дядю (СТРы, БигИгрек). Смотрим, что получится.
Это следующий этап. Комплект для него едет. Существенный плюс FT-DNA, что образцы они хранят 25 лет, т.е. можно будет докупать тесты без лишних почтовых расходов :-)
План по дяде - FF + Y-DNA12, дальше посмотрим.
Цитировать
Возможно удастся найти кузенов, троюродных и далее братьев.
По FF уже кое-что высветилось, будем развивать. Выявлен новый персонаж - опрашиваем его, двигаемся дальше. Единственное, что сложно все-таки искать общие корни на уровне 6 поколений назад.... Тут скорее обычно "не везет", чем "везет"
Цитировать
И тут набор рекомендаций достаточно очевиден:
1. Построение родословного дерева.
2. Тест по СТРам (у Вас и у Вашего генетического родича), оценка ВБОПа.
3. БигИгрек (опять же у обоих) с последующей интерпретацией ИгрекФулл.
А чем я занимаюсь? Подчеркну, что пока что мне BigY кажется менее вкусным вариантом, чем FGC Y Elite 2.1 ("+" - рассрочка, скидки, бОльшее покрытие, mtDNA). Заодно соблазнительно немного прикоснуться к своей mt-DNA (это как раз ЯЖЖЖЖЖ...ЖЖЖЖЖ линия)
Цитировать
Сначала строим документальное дерево.
в процессе...
Цитировать
От предков стараемся сразу сводить потомковые ветви.
Именно так. В коммерческой генеалогии это называется "популяционной генеалогией", а не просто восстановление предковых линий. По эстонцам это вообще был отдельный и очень положительный опыт (удалось найти столько боковых веточек, что просто офигеваешь, причем они ведут чуть ли не к нашему времени ))))
Цитировать
Протестируйте сначала своих самых престарелых родственников. Как со стороны мамы, так и с отцовской стороны.
это тоже мне стало очевидно, как сделал FF для себя. Очень позитивно на меня повлияла рождественная распродажа. Ждем следующих сезонов скидок. Ну, и надеемся, что анализы в будущем будут только дешеветь....
Цитировать
Естественно, тестируйте в ФТДНА, а не в какой-то левой компании, которая сегодня есть, а завтра о ней никто и не вспомнит.
FF - только в FT-DNA... я еще думал о потенциальной возможности делать в 23andMe... а потом делать перенос, чтобы совпадений по бОльшему числу баз было... но даже не знаю.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #53 : 03 Январь 2017, 19:41:32 »
В коммерческой генеалогии это называется "популяционной генеалогией"

Без глупостей смешинок не можете.  :-\

Вообще-то, популяционная генетика - имеет мало отношения к коммерческой генеалогии. Точнее, вообще почти не имеет. Использует в основном только свои, а не коммерческие базы. Полагает это (использование результатов коммерческих лабораторий) за моветон. Несмотря на то, что критерии качества у многих любителей в разы превосходят отбор профессионалов.
А вот генеалоги-практики результатами исследований популяционных генетиков охотно пользуются. В части этно-анализа и исторических реконструкций.

Потомков же призвал Вас сводить для анализа предковых ветвей. По иному (отметая призрачные надежды на анализ дДНК) - никак нельзя.

В качестве примера приведу своё кондово-крестьянское родословие со стороны отца.
Видите, под многими персонами указаны их игрек, или мито субклады?
Как бы я их по Вашему получил, не найдя нужных потомков для тестирования?!     :o

Оффлайн gecube_ruАвтор темы

  • Сообщений: 1418
  • Страна: hu
  • Рейтинг +264/-6
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #54 : 04 Январь 2017, 00:33:42 »

Спецов я спрашивал, можете посмотреть в теме новичков. Один человек посоветовал маркеры, один не дал конкретных советов, и вот Александр в этой теме посоветовал Backbone. Получается 50/50. Ну и спецы на вышеупомянутом сайте R1a пишут, что в большинстве случаев снип-паки полезнее. Не будут ли STR-совпадения ложными? Можно ли им доверять в определении ВБОП?
А временные рамки у Вас какие ?
Условно - положим, Вы закажете сейчас снипы. Ну, по моим прикидкам они будут готовы через месяца два-три. Тогда можно будет думать дальше.
Или можно подкопить денег и через год заказать бигбургер (или лучше - пока не убедили в обратном - элит 2.1).

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #55 : 04 Январь 2017, 00:56:04 »
Ну и спецы на вышеупомянутом сайте R1a пишут, что в большинстве случаев снип-паки полезнее. Не будут ли STR-совпадения ложными? Можно ли им доверять в определении ВБОП?

Я в том плане, что в гаплогруппе R1a по идее помимо снип-пакета R1a должны быть ещё и другие снип-пакеты, субкладные, охватывающие большее количество снипов (типа, снип-пакет R1a-Z280 и т.п.). Просто, если вдруг после апгрейда до 37 прояснится Ваша ветвь уровня Z280, Z284 или Z93, у которой возможно есть свой снип-пакет, то лучше его заказать, так как он тщательней Вас проснипирует, чем общий для всех R1a SNP Pack.

Если владеете английским, можете, кстати, админа Вашего гаплогруппного проекта спросить (Лукаш Лапинский, если не ошибаюсь?). Лучше него, наверно, никто не посоветует :)

Я своему двоюродному брату (гаплогруппа I2a1b2a1a1-Z16971*, моя ЖМ предковая линия) тоже после первоначального заказа Y37 сразу снип-пакет заказал, потому что ветка такая гомоплазивная, аж жуть. Без пакета не разобраться. Но потом всё же проапгрейдил до 67. Теперь по STR сравниваю только с теми, кто подтверждённо является Z16971+ A2423- A815-, как и он :)
« Последнее редактирование: 04 Январь 2017, 01:19:27 от Yaroslav »

Оффлайн Таракан

  • "На стяге твоем такой же кот, лишь только цвет другой" (с)
  • Сообщений: 2145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +265/-0
    • Татарский ДНК-проект "Идель"
  • Y-ДНК: R1a-YP5233
  • мтДНК: U4 (Ulrike)
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #56 : 04 Январь 2017, 06:43:36 »
Если владеете английским, можете, кстати, админа Вашего гаплогруппного проекта спросить (Лукаш Лапинский, если не ошибаюсь?). Лучше него, наверно, никто не посоветует :)

Если он ответит. Лапински может быть и лучший специалист, но не самый разговорчивый. Если и писать, то лучше Милевски, может быть Майке, последнему не писал, но вроде он отвечает. Хотя непонятно что другое они могут посоветовать, кроме как сперва увеличить маркеры, а уже потом на снип-паки смотреть. По мне - человека просто сбивают с толку советуя сперва снип-пак заказать.

Касаемо данной темы, все-таки хотелось бы услышать мнение тех, кто непосредственно работает с бам-файлами от ФТДНА И Элита. Чем принципиально лучше Элита? Действительно ли там покрытие лучше и это сказывается на выявлении новых приватных снипов?

Ну и главное, на мой взгляд. Даже если у Элиты в 10 раз лучше покрытие - это мало что дает, если остальные делают обычный Биг-У... Лучше там или не лучше, но элементарно сравниваться не с кем. Хотя это не повод не делать Элиту, если средства позволяют.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #57 : 04 Январь 2017, 11:48:51 »
Если он ответит. Лапински может быть и лучший специалист, но не самый разговорчивый. Если и писать, то лучше Милевски, может быть Майке, последнему не писал, но вроде он отвечает.

Спутал, значит. Лапинский, Милевский. На форуме время от времени на слуху, видимо, в памяти перемешалось.

Хотя непонятно что другое они могут посоветовать, кроме как сперва увеличить маркеры, а уже потом на снип-паки смотреть. По мне - человека просто сбивают с толку советуя сперва снип-пак заказать.

Да вот, самого такая идея насторожила. А STR апгрейд до 37 (а потом до 67) никогда не помешает, о чём говорил выше. Даже если вдруг и на 37 будет непонятно, что за субклад. Но, так как в R1a полный профан, а на форуме, насколько я понял, было получено 2 противоположных ответа, поэтому всё же решил посоветовать спросить у админа гаплопроекта.
« Последнее редактирование: 04 Январь 2017, 13:06:22 от Yaroslav »

Оффлайн gecube_ruАвтор темы

  • Сообщений: 1418
  • Страна: hu
  • Рейтинг +264/-6
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #58 : 04 Январь 2017, 12:12:33 »
Цитировать
Лучше там или не лучше, но элементарно сравниваться не с кем
Что значит "не с кем", если результаты пойдут в YFull, а оттуда, как я понимаю, в само дерево на https://www.yfull.com/tree/ и тогда им сможет воспользоваться коммьюнити?
Цитировать
Даже если у Элиты в 10 раз лучше покрытие
для хомячка-обывателя - чем лучше покрытие - тем ниже вероятность получить no-call в определенной позиции и стабильность прочтения основания?

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 2159
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1045/-18
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Full Genomes vs FTDNA
« Ответ #59 : 04 Январь 2017, 13:42:25 »
Цитировать
Лучше там или не лучше, но элементарно сравниваться не с кем
Что значит "не с кем", если результаты пойдут в YFull, а оттуда, как я понимаю, в само дерево на https://www.yfull.com/tree/ и тогда им сможет воспользоваться коммьюнити?
Цитировать
Даже если у Элиты в 10 раз лучше покрытие
для хомячка-обывателя - чем лучше покрытие - тем ниже вероятность получить no-call в определенной позиции и стабильность прочтения основания?

Беда в том, что понять место снипа на древе можно только сравнивая людей друг с другом. Если у двух людей есть общий снип - это новая ветка. Если у толпы людей была цепочка из 10 общих снипов, а тут затестировался еще один, у которых общие - только первые 5, то это новая ветка.

Ну представьте, что есть два теста:
- Уно (покрывает первые 50% Y-хромосомы)
- Прима (покрывает первые 98%)

Первый стоит чуть дешевле второго. Первый заказало 10 человек, а второй - 2. И все эти люди - носители одной ГГ, одного терминального (на данный момент) снипа (назовем его ЖО). У этих 10 обнаружилось по 30 новых снипов (из которых 10 - общие и для 10 человек, купивших Уно, и для еще 2, купивших Приму), а у 2 - те же 30, да еще 25 сверху.

1) Видим, что после уже известного снипа ЖО обнаружено 10 снипов, общих для всех 12 человек - наносим их в древо. Получится как с моей YP1019 - https://www.yfull.com/tree/R-YP1019/ Видите надпись "YP1032 * YP1021 * YP1019+13 SNPs" - это полтора десятка снипов, которые были между YP1019 и вышестоящим CTS1211. Все 13 штук есть у всех нынешних носителей YP1019.

2) Идем дальше - к 20 снипам, которые есть и у 10 Унистов, и у 2 Примистов, но среди них нет ни одного общего для всех и только по 5 штук - общие для 1-5 человек. Каждые 2 (а для надежности 3) человека, имеющих общий снип, позволяют сформировать новую веточку. И с помощью этих 20 снипов для 12 человек будет создано отличное ветвистое древо :)

3) Остаются 2 Примиста и их 25 лишних снипов. Если на этапе 2) они попали в общую ветку, а среди новых 25 снипов нашелся хоть один общий - да, они создадут еще одну подветвь. А если они разошлись на этапе 2), то они так и будут висеть на древе этапа 2) с кучей снипов, которые хрен пойми куда пихать  ;D

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.