АвторТема: Перспективы генетической генеалогии  (Прочитано 709 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SubbotaAntonАвтор темы

  • Сообщений: 229
  • Страна: ru
  • Рейтинг +117/-0
  • FTDNA: 594904, Gedmatch: T280867, Genbank MF278748
  • Y-ДНК: N-M231 L1027
  • мтДНК: I3d2
Вопрос про перспективы генетической генеалогии. Помимо простого расширения базы протестированных, что очень здорово, и поможет выявить новых родственников, выявить новые мужские-женские линии и так далее, какие еще есть перспективы у генеалогии?

Скажем, кол-во маркеров увеличивалось от года к году, и теперь максимум - 111 (или Y-full и есть максимум)?

Митохондриальный тест вроде бы уже покрывает все, что можно?

Тест по аутосомам - есть ли куда расти качественно? Более детальные тесты, новые участки хромосом, и так далее.

Возможно, уже сейчас есть понятны перспективы, но еще нет технологий (или они слишком дороги). Поделитесь этим видением.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5675
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1814/-12
  • мтДНК: H1b
Re: Перспективы генетической генеалогии
« Ответ #1 : 27 Апрель 2017, 17:17:21 »
Перспектива одна - полногеномный анализ по доступной цене. Он есть, но цена пока кусачая.
Быстро, дешево, гарантированное качество. Пока небыстро и недешево.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34632
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Перспективы генетической генеалогии
« Ответ #2 : 27 Апрель 2017, 18:24:47 »
По мито достигли потолка.

По игрек СТРам - ИгрекФулл, условно, и есть потолок. Но можно ещё долго расти по качеству.

По игрек снипам - полнохромосомные ждём исчерпывающие тесты.

По аутосомам - тоже есть, где развернуться. Как уже выше отметили, вплоть до доступного и массового сравнения полных геномов. Тут ещё и мощные компьютеры нужны, и хорошие алгоритмы, - чтобы сравнивать десятки (а далее и сотни!) тысяч файлов, каждый из которых больше десятка ГБ.


Особняком стоит Х полнохромосомное тестирование. Надо бы ещё сначала разобраться с датировками. Они не вполне совпадают с аутосомами. То есть, нужен какой-то свой подход.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34632
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Перспективы генетической генеалогии
« Ответ #3 : 27 Апрель 2017, 18:29:27 »
Обычно задаюсь немного видоизменённым вопросом: на какую среднюю глубину определения ВБОП можно рассчитывать при сравнении двух полных геномов?

Сдаётся мне, что не далее поколений 10-15.     :(

То есть, ситуация с игрек хромосомой и мито ДНК - стояла и стоять будет особняком.   

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34632
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Перспективы генетической генеалогии
« Ответ #4 : 27 Апрель 2017, 18:42:16 »
Арифметическое обоснование.    :)

1. Для уверенного детектирования родства, необходимо иметь последовательные цепочки снипов размером в несколько тысяч (скажем, 3-5 тысяч).

2. Предположим используемый аутосомный геном равным 3 миллиардам баз.

3. Допустим, что 95% геномов всех людей - совпадают. Говоря иначе, для рассмотрения используем оставшихся 5%.

4. Будем использовать идеальную логарифмическую модель по основанию 2.

Считаем.
На глубине 15 поколений для двух протестированных можно ожидать совпадающую цепочку размером в:

3*109 * 0.05 / 215 = 4578 снипов.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34632
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Перспективы генетической генеалогии
« Ответ #5 : 27 Апрель 2017, 18:45:53 »
Не забываем про случайный характер наследования. (Уже с дедушек-бабушек простое деление на 2 не пляшет.)

Помним про сходный этнофон (одно дело сравнивать шведа и австралийского аборигена; совсем другое - сравнивать двух европейцев).

Ну, и почти неразрешимая проблема обработки множественных родственных пересечений. (Обработать-то её можно. Но всё сведётся к вероятностным градациям.)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100