Что говорят нам эти цифры? Только математическое общие генетические – генеалогические данные? Можно ли каким то образом по ним ориентироваться в плане генеалогии, с какой либо предсказуемостью линий и возраста отдаления общего предка?
Какая реальная польза от знания этих данных?
Comparison
Half IBD 11 cM
# segments 1
Comparison
Half IBD 18 cM
# segments 2
Comparison
Half IBD 21 cM
# segments 3
Если подходить к анализу этих данных объективно, то должен заметить, что на самом деле единственное, что мы можем достоверно определить на основе этих данных - это наличие совпадающих у двух лиц участков хромомсомы и генетическое "дистанцию" этих участков (т.е. вероятность кроссоверинга (хромосомного перекреста, рекомбинации) в процентах. Чем короче "расстояние" (меньше сантиморган), тем вероятнее неравновесное сцепление, т.е неслучайная комбинация-сцепление генетических признаков.
Тут важно различать 2 понятия
длина HIR (Half IBD)-участка и
генетическая дистанция (которая выражается в сантоморганах).
Вообще выражение генетическая дистанция не очень удачный, в том смысле, что он сразу ассоциируется в мышлении с топологической размерности (в теминах генетической карты сцепления генов, так он и есть), хотя на самом деле - имеется ввиду процентная вероятность рекомбинации участка хромосомы/гена.
Совершенно очевидно, что
чем длинее совпадащий участок и чем больше таких длинных участков - тем генетически ближе являются сравниваемые индивиды. Однако эмпирическим (опытным) образом было доказано, что одни участки хромомсомы рекомбинирует быстро, другие -медленее, третьи -характеризуются высокой степенью сцепления генов. Поэтому, рассуждая об этих участках, необходимо помнить о наличии генетической дистанции между ассоциированными генами, выраженной в вероятности рекомбинации (процентное отношение). То есть, совпадающий фрагмент у тестантов на гомологичной хромосоме может быть и длинным, но при этом приходится на участок с большой вероятностью случайной рекомбинации (большим сантоморганом). Например, при расстоянии/вероятности в 21 сантоморгана, cуществуют вероятность 21% недетерминированной родством рекомбинации биаллелей.
Теперь о генеалогической трактовке. На самом деле, я не видел еще ни одной работы, где бы ставился вопрос не только о методлогии, но хотя бы самой возможности вычисления общего предка тестантов по аутосомным и X-хромосомным снипам. Михаил вот считает, что нужно исходить из положения, что в случае, если 23andme не показывает у сравнимых индивидов хотя бы минимального количества сегментов, то пороговая точка схождения генетических линий (по одной или нескольким из всех возможных генетических линий) к общему предку -13 поколений. Какова вероятность или %-поправка к этому пороговому значению, мне не совсем ясно.
Я в этой оценке сомневаюсь, но и предложить в качестве альтернативы пока ничего не могу.
Это, конечно, весьма упрощенная схема, но она вполне соответствует духу и букве учения Томаса Моргана о наследственности.