АвторТема: Whole Genome Sequencing  (Прочитано 2677 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6255
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1131/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Whole Genome Sequencing
« : 29 Ноябрь 2016, 21:55:51 »
Рейтинг компаний предлагающих услуги полного секвенирования генома

Цитировать
Whole Genome Sequencing
We found 38 labs offering this service with prices from $350.00 to $99,000.00 per sample.
97% positive ratings across 66 reviews.

https://www.scienceexchange.com/services/whole-genome-seq

Номером 1 идет Калифорнийский университет (UCLA)
30X coverage: $1450 with data analysis
Turnaround time: 4-6 weeks


Для YFull подойдет

Оффлайн Oleg V.

  • Сообщений: 731
  • Страна: ru
  • Рейтинг +152/-0
  • GEDmatch: T159830; FTDNA: 543061
  • Y-ДНК: R1a-Z92>YP569
  • мтДНК: ?
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #1 : 29 Ноябрь 2016, 22:04:25 »
Я в списке не вижу Veritas Genetics, тем не менее они предлагают 30x за $999. https://www.veritasgenetics.com/mygenome

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1060
  • Страна: by
  • Рейтинг +407/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #2 : 29 Ноябрь 2016, 22:13:03 »
Я в списке не вижу Veritas Genetics, тем не менее они предлагают 30x за $999. https://www.veritasgenetics.com/mygenome

Да, сейчас в PGP проекте много их файлов появилось.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34820
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3009/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #3 : 29 Ноябрь 2016, 22:13:20 »
Не смотрел достаточно внимательно.

Основной вопрос - какие компании выдают клиентам выходные файлы, а какие ограничиваются одними лишь интерпретациями?

Оффлайн Oleg V.

  • Сообщений: 731
  • Страна: ru
  • Рейтинг +152/-0
  • GEDmatch: T159830; FTDNA: 543061
  • Y-ДНК: R1a-Z92>YP569
  • мтДНК: ?
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #4 : 29 Ноябрь 2016, 22:16:44 »
Как я понял, Veritas выдают только vcf-файл и за дополнительные $99. И ещё непонятно, отправляют ли за пределы США. Но цена шикарная просто на данный момент, и фирма не выглядит однодневкой. Возможно, BAM'ы тоже подтянутся со временем.

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1060
  • Страна: by
  • Рейтинг +407/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #5 : 29 Ноябрь 2016, 22:25:37 »
Как я понял, Veritas выдают только vcf-файл и за дополнительные $99.

Про цену не скажу, но в PGP проекте лежат их bam-ы, так что они точно есть.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34820
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3009/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #6 : 30 Ноябрь 2016, 00:24:27 »
Спасибо за уточнения.
Для себя выбрал два критерия.
1. Цена ниже 1000 долларов.
2. ВАМ файливходит в вышеназванную цену.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5271
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2571/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #7 : 30 Ноябрь 2016, 10:55:44 »
Как я понял, Veritas выдают только vcf-файл и за дополнительные $99.

Про цену не скажу, но в PGP проекте лежат их bam-ы, так что они точно есть.
Обрабатывали несколько разных образцов из Veritas. BAM'ы были стандартные. Покрытие очень хорошего качества.
Для сравнения результат одного человека, протестированного в разных конторах:

FGC (не знаю версию продукта):
Length coverage:   22948994 bp (89.46%)   
Mean depth coverage:   57.82X   
Median depth coverage:   29X   
Length coverage for age:   8419169

Big Y от FTDNA
Length coverage:   13732116 bp (53.53%)   
Mean depth coverage:   70.46X   
Median depth coverage:   45X   
Length coverage for age:   7510483 bp

Veritas
Length coverage:   25624863 bp (99.89%)   
Mean depth coverage:   43.68X   
Median depth coverage:   22X   
Length coverage for age:   8466344 bp

Стоит сказать, что я не знаю, тот ли это тест от VG, что продается у них на сайте за $999.
Насколько я помню, Veritas является своеобразным spin-off от PGP.
https://www.veritasgenetics.com/content/veritas-genetics-breaks-1000-whole-genome-barrier-2
http://www.completegenomics.com/about-us/complete-genomics-advisory-board/
Думаю по указанным ссылкам не составит труда связать вместе VG и знаменитую BGI  ;D

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +567/-2
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #8 : 30 Ноябрь 2016, 18:54:04 »
Номером 1 идет Калифорнийский университет (UCLA)
30X coverage: $1450 with data analysis
Turnaround time: 4-6 weeks


так FGC долгое время делали сиквенсы именно в UCLA, не знаю как щас

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6255
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1131/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #9 : 30 Ноябрь 2016, 20:23:13 »
Сравниваем.
UCLA - Starting at $1,450.00 USD per sample
FGC - Whole Genome Sequencing 30x $1250

FGC делает дешевле. Хотя судя по формулировке цены UCLA и ссылке на он-лайн форму заказа при массовом заказе цена может быть другая. Но для этого нужно запастись нужным количеством образцов и терпением.

Оффлайн hart

  • Сообщений: 36
  • Рейтинг +6/-0
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #10 : 26 Апрель 2017, 07:21:48 »

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #11 : 19 Февраль 2018, 13:31:23 »
Обзор рынка от NEO.LIFE

Сравнение предложений по полногеномному секвенированию :



https://medium.com/neodotlife/dna-analysis-and-sequencing-from-23andme-veritas-ancestry-human-longevity-arivale-family-tree-and-others-20f5ce7a0786


Оффлайн Oleg V.

  • Сообщений: 731
  • Страна: ru
  • Рейтинг +152/-0
  • GEDmatch: T159830; FTDNA: 543061
  • Y-ДНК: R1a-Z92>YP569
  • мтДНК: ?
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #12 : 19 Февраль 2018, 13:42:52 »
Тут не учитывается, за сколько времени делают тесты. Технические параметры тоже не учтены. К тому же нет YSEQ и Dante Labs. Ещё не учтено, что не все компании согласны отправлять наборы в любые страны. Таблица ни о чём.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #13 : 19 Февраль 2018, 14:48:34 »

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1005
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Whole Genome Sequencing
« Ответ #14 : 19 Февраль 2018, 17:29:32 »
Тут не учитывается, за сколько времени делают тесты. Технические параметры тоже не учтены. К тому же нет YSEQ и Dante Labs. Ещё не учтено, что не все компании согласны отправлять наборы в любые страны. Таблица ни о чём.
полностью согласен! К сожалению, таблица не дает понимания к кому идти и с какой целью

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100