АвторТема: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200  (Прочитано 15167 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 167
  • Страна: ru
  • Рейтинг +78/-0
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #150 : 26 Октябрь 2017, 16:41:44 »
Я в том смысле, что цены могут обвалиться.
Вашими бы устами..!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30612
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2236/-36
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #151 : 26 Октябрь 2017, 17:47:17 »
Простой пример. Брал 23эндМи за 500 с лишним долларов. А потом цена рухнула до 180 долларов.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30612
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2236/-36
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #152 : 26 Октябрь 2017, 17:49:35 »
Если большая компания выпустит популярный продукт, все обвалится.
Сейчас ФФ 69 долларов. Вот и сравнивайте его с 1500 долларами разорившейся ДекодМи десятилетней давности.

:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30612
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2236/-36
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #153 : 26 Октябрь 2017, 17:51:02 »
Полный сиквенс - тест сравнительный. Буду, похоже, ждать чего-то от ФТДНА.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 929
  • Страна: ru
  • Рейтинг +262/-5
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY89957
  • мтДНК: V7a1
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #154 : 12 Ноябрь 2017, 21:57:44 »
В днешней статье https://geektimes.ru/post/295313/ (Задачи отечественного секвенаторостроения) пишут, что КНРская контора BGI забабахала, с помощью агрегата BGISEQ-500, полногеномный тест за 600$.


Эти агрегаты, по своей пропускной способности, в 50-60 раз хилее Illumina NovaSeq 6000, НО(!) есть еще ряд интересных фактов:
1) за 14 лет (2016-2030 годы) КНР хочет прочесть 100 000 000 геномов;
2) суммарная пропускная способность двух КНРских контор BGI (BGISEQ-500 * 150 шт.) + Novogene (NovaSeq 6000 * 25 шт.) = 50 000 + 250 000 = 300 000 геномов в год.
Т.е. один BGISEQ-500 за год делает 333.3333 прочтения, а один NovaSeq 6000 - 10 0000 прочтений!


Следовательно, план в 100 000 000 геномов, при текущих мощностях, будет выполнен через 333 года. Т.е. с опозданием на 319 лет. Вряд ли это кому-нибудь понравится.


Если опираться только на свои "читалки" от BGI, то их надо 21 428.6. Появление такого количества читалок и постановка на поток реагентов/чипов к ним колоссально удешевит полногеномное чтение! А если они научатся, как предлагают умельцы из РФ, повторно использовать чипы, то цена в 50$ уже не выглядит фантастикой.

Оффлайн karwiso

  • Сообщений: 25
  • Страна: 00
  • Рейтинг +13/-0
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #155 : 13 Ноябрь 2017, 14:25:52 »
200 долл конечно утопия сейчас, но лет через 5 может и вообще 100 будет.
Пока мне удавалось заказывать WGS от Dante Labs за 399€, иногда со скидкой за 359€. А как-то была распродажа - так можно было купить WGS за примерна 270€ (но это была наверное просто попытка привлечь внимание, раскрутиться). Но при желании уже цену можно считать весь приемлемой, 1-2 важных человека можно протестировать уже сейчас.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 167
  • Страна: ru
  • Рейтинг +78/-0
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #156 : 11 Январь 2018, 14:10:02 »
И снова Китай: http://www.directgenomics.com/index.php/portal/js_article/newsdetail/id/34
Компания Direct Genomics начинает массово выпускать новый тип секвенсеров (GenoCare single-molecule genome sequencer).
И, хотя характеристики устройства мне пока не удалось найти - его предлагают для использования в медицине (значит, качество должно быть вполне на уровне).
Главное - ожидается, что в течение 2 лет стоимость теста упадет до $148.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 807
  • Страна: ru
  • Рейтинг +257/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #157 : 11 Январь 2018, 14:46:43 »
TK, не совсем понятно, имеют ли они ввиду стоимость теста всего генома, но по-моему тут гораздо интереснее сама технология. Похоже, что молекулы резать не собираются, мне кажется это очень круто.
p.s. Впрочем, я, наверное, чего-то не понимаю, нашёл статью про сравнение с Illumina MiSeq на примере кишечной палочки, там не всё так радужно. Почему-то чтение целой молекулы, но кусками по 25-30 bp...
p.p.s. Собственно, научная статья и ещё одна более поздняя, где длина чтения увеличена. Развиваются...
« Последнее редактирование: 11 Январь 2018, 15:09:25 от rLin »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 4752
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1642/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #158 : 11 Январь 2018, 16:13:33 »
Почему-то чтение целой молекулы, но кусками по 25-30 bp
Как я понял, single molecule означает, что для анализа не нужно амплифицировать (размножать) ДНК. Что и должно позволить снизить стоимость.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 807
  • Страна: ru
  • Рейтинг +257/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #159 : 11 Январь 2018, 17:15:54 »
Srkz, да, похоже я неправильно перевёл, про целые молекулы никто и не упоминал. Вот и статья в Википедии нашлась про что-то похожее.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 929
  • Страна: ru
  • Рейтинг +262/-5
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY89957
  • мтДНК: V7a1
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #160 : 18 Январь 2018, 08:57:24 »
Цены на жёсткие диски тормозят развитие доступного ДНК-секвенирования
https://3dnews.ru/964213

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100