АвторТема: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200  (Прочитано 15154 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн hart

  • Сообщений: 36
  • Рейтинг +6/-0
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #15 : 03 Ноябрь 2016, 09:48:38 »
Ещё хорошо бы в ветке периодически вываливать данные о том, сколько заказов из 500 уже сделано.
мой номер 176

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1036
  • Страна: ru
  • Рейтинг +213/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #16 : 03 Ноябрь 2016, 10:10:18 »
Все-таки халява - страшная вещь! заказал 177. Теперь буду мучительно думать - для кого  ???

Оффлайн kirroidАвтор темы

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1001
  • Страна: by
  • Рейтинг +282/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #17 : 03 Ноябрь 2016, 10:28:33 »
Все-таки халява - страшная вещь! заказал 177. Теперь буду мучительно думать - для кого  ???
Да хотя бы для себя. Если все сделают, как обещают, то благодаря более широкому охвату только на BigY получите кучу дополнительных снипов по сравнению с BigY.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 807
  • Страна: ru
  • Рейтинг +257/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #18 : 03 Ноябрь 2016, 10:38:19 »
Наверное можно будет из BAM-файла выделить данные в формате FTDNA (или любом другом) и загрузить потом на Gedmatch или, ради интереса, сравнить результаты с данными FTDNA или 23andMe...
И ещё...если заявленная точность Q30 на 75% генома и более, значит теоретически 25% генома может быть не охвачено?
И ещё смущает, что ДНК режут на мелкие куски. Вероятность что-то с чем-то перепутать при таком подходе мала, но есть..Так что, по-хорошему, лет через 10 всё равно переделывать, когда начнут секвенировать участками подлиннее, для надёжности.
...Ушёл бороться с жадностью, всё же 12 000 рублей...

Оффлайн mikhail a.

  • Сообщений: 1036
  • Страна: ru
  • Рейтинг +213/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #19 : 03 Ноябрь 2016, 11:16:34 »
Да хотя бы для себя. Если все сделают, как обещают, то благодаря более широкому охвату только на BigY получите кучу дополнительных снипов по сравнению с BigY.
Я себе в FullGenomes делал. У них покрытие хорошее, так что вряд ли существенная  разница будет. Если имеет смысл с  медицинской точки зрения, то, как вариант, - сыну.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 4963
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2153/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #20 : 03 Ноябрь 2016, 13:00:37 »
Отлично значит и Y тоже ...
Игрек там если и есть, то стремится к минимуму . К сожалению.
Не могли бы Вы подробнее свои мысли об этом раскрыть? Я думаю, что большинство людей (по крайней мере на нашем форуме) заинтересовалось бы этим тестом именно для Y-DNA тестирования.
Спасибо.

в первом сообщ вы сделали ошибку написав "3 млн баз" - в анг тексте вроде как 3 млрд баз - это фактически 100% генома.. думаю Семаргл исходил из этих 3 млн на весь геном - это мало, поэтому решил что на игрек там ничего не останется
Спасибо, я действительно сделал ошибку в описании. Исправлено.
Действительно, я исходил из 3 млн. что очень мало.
3 млрд - это наоборот очень хороший показатель.
Заказал пару - номер заказа 180  :)
« Последнее редактирование: 03 Ноябрь 2016, 13:10:57 от Semargl »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 4751
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1641/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #21 : 03 Ноябрь 2016, 13:36:22 »
Заказал один (181-й). Сбербанк списал 11930 рублей.

Оффлайн Murzalar

  • Сообщений: 3423
  • Страна: ru
  • Рейтинг +200/-1
  • Y-ДНК: I1
  • мтДНК: U5
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #22 : 03 Ноябрь 2016, 14:25:41 »
Не лохотрон ли это все?

Оффлайн kirroidАвтор темы

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1001
  • Страна: by
  • Рейтинг +282/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #23 : 03 Ноябрь 2016, 15:04:18 »
*** Очень хотелось бы, чтобы с постсоветского славянского пространства было бы десяток-два сэмплов.
Форумчане, ау! Цена-то ведь не запредельная. А как хлопцы пишут, инвестирование на всю оставшуюся жизнь.    ::)

Добрый день. Я новичок в теме, но я так понимаю ничего лучше данного продукта нет и не будет в обозримом будущем?
Сделал заказ, они отправят сразу или лишь в случае набора 500 человек?
Здравствуйте.
Если качество теста будет соответствовать заявленому, то это действительно будет продукт не имеющий равных в такой ценовой категории.
Забор сэмплов будет инициирован только при успешном старте, т.е. при регистрации 500 человек или более.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 807
  • Страна: ru
  • Рейтинг +257/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #24 : 03 Ноябрь 2016, 16:12:44 »
Murzalar, не похоже на лохотрон, но может и провалиться.
Я нашёл упоминание о них на сайте организации при сиднейском университете, которая занимается раскручиванием стартапов:
https://incubate.org.au/2016/10/16/on-campus-entrepreneur-program-incubate-to-double-size/
Это вроде нашего Сколково. Сам стартап, возможно, организовали студенты.
"Австралийское Сколково" вряд ли дало деньги на стартап, они обычно только организовывают, Afr.com - информационное агентство, остаются в качестве спонсоров только корейцы из Macrogen:
http://www.macrogen.com/eng/company/intro.html
Кстати, как раз у этих корейцев есть соответствующая аппаратура для секвенирования (впрочем, в Австралии в одном из университетов тоже есть) задёшево, у одних из немногих в мире. Возможно они таким образом пытаются её загрузить и, возможно, заработать. На сайте у них упоминания о Genomix нет.
Подробной информации о стартапе немного.Но по совокупности факторов моё личное мнение состоит в том, что это не лохотрон.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 4751
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1641/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1a
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #25 : 03 Ноябрь 2016, 16:30:34 »
Цитировать
To lower the cost of whole genome sequencing for the individual from thousands to only a few hundred, we will partner with researchers directly or indirectly in life and health extension research who will subsidise the rest of the cost of whole genome sequencing for the individual. Individuals get access to their own genomic raw data and researchers get access to anonymised genomic data contributed by individuals.
Возможен такой вариант (как наихудший, но противоречий этой версии в тексте не вижу) - студенты набирают желающих, затем ищут спонсоров, которых заинтересуют эти образцы. Заинтересовавшие получают тест по сниженной цене, остальные ждут своей очереди неопределенное время.

Оффлайн hart

  • Сообщений: 36
  • Рейтинг +6/-0

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 807
  • Страна: ru
  • Рейтинг +257/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #27 : 03 Ноябрь 2016, 16:43:28 »
Srkz, генетическая пирамида? Этакий "Австралийский дом Сноуи-Ривер"? В принципе такой вариант возможен, я недавно много историй наслушался про то, как люди давали деньги на стартапы, которые казались им надёжными и потенциально прибыльными, а в итоге в логике создателей обнаруживались сложноустранимые пробелы и всё глохло.
Моё мнение таково, что с этими "студентами" поработали бизнес-профи из Incubate, помогли им довести бизнес-проект до ума, нашли потенциального спонсора в виде Macrogen, который вложился в создание сайта и сказал: покажите нам рынок (заинтересованных пользователей, причём не только тестируемых, но и исследователей готовых купить геном) и мы дадим ещё денег. Ну вот они и показывают.
Ещё предположение. У Macrogen уже куплено оборудование Illumina и реагенты, но на нужный для удешевления процесса уровень в 18 000 геномов в год они не выходят, поэтому остались свободные мощности, которые нечем загрузить. И даже если они по 200$ за геном соберут, может быть это будет частичной компенсацией затрат.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 166
  • Страна: ru
  • Рейтинг +78/-0
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #28 : 03 Ноябрь 2016, 16:55:09 »
По данным http://omicsmaps.com, у Macrogen имеется 21 секвенсер HiSeq. С учетом того, что в списке новостей Macrogen, весной этого года они присоединились к проекту 100,000 геномов Азии (GenomeAsia), у них явно часть оборудования пока простаивает (ну не набрать им за полгода-год столько тестируемых). И даже при загрузке им потом все равно будут нужны и иные образцы, в том числе для отработки методик секвенирования и/или обработки данных. В этой связи 500-1000 геномов - весьма немного по сравнению со 100 тыс.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 807
  • Страна: ru
  • Рейтинг +257/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #29 : 03 Ноябрь 2016, 16:55:45 »
Всё, я кажется врубился. Главная цель - создать платформу, на которой исследователи могут получить нужное количество полных геномов для работы непосредственно от их владельцев (есть возможность проводить спец.опросы, тесты и прочее). Если взлетит - в будущем тест может стать существенно дешевле для новых пользователей, если не взлетит - закроются через год (но заказанные тесты должны сделать). Оценку потребности учёных в данных оценить не берусь, поэтому без понятия, получится ли у них.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100