АвторТема: Deep sequencing of 10,000 human genomes  (Прочитано 6945 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #15 : 06 Октябрь 2016, 13:08:06 »
@Semargl, Nimissin

Спасибо, получилось
В базе один Q1b, что составляет менее 0,1% от выборки
При этом он Q-YP1035
https://www.yfull.com/tree/Q-YP1035/

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5510
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2902/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #16 : 06 Октябрь 2016, 13:15:43 »
поискал свои приватные снипы
значит моих приватных снипов уже меньше можно считать?
Какие ваши приватные снипы вы нашли в научной базе данных?
если я все сделал правильно
у меня из 8 best qual только один есть
и один мой снип отсутствует с какими либо значениями
остальные не совпадают
Весьма интересно. Какая позиция у вашего приватного снипа, присутствующего в этой базе?

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9161
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #17 : 06 Октябрь 2016, 13:26:01 »
Есть <0.1% R1a-YP682.


Они свои названия снипам дают? PNPLA4P1 - YP683? TSPY16P - YP682? CDY2A - YP684?
« Последнее редактирование: 06 Октябрь 2016, 13:52:33 от Lesla »

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5510
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2902/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #18 : 06 Октябрь 2016, 13:29:40 »
вот этот снип ChrY: 19307129 C to A
конвертированный в hg38 chrY:17195198-17195299
Вы наверное что-то не так сделали. Позиция этого вашего приватного снипа по hg38 - 17195249. В научной базе он не представлен.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2213
  • Рейтинг +649/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #19 : 06 Октябрь 2016, 13:38:01 »
Есть один C3(M407+) (позиция - chrY:2882367:A:G), с пометкой - unobserved
Предполагаю, что пометка unobserved означает отсутствие в БД образца с искомой мутацией.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9161
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #20 : 06 Октябрь 2016, 13:51:07 »
уважаемый Лесла отпровлял снипы Мусина-Пушкина в Yseq и один из них оказался известный
Такого не было. Вы что-то путаете. Тот снип, из отправленных в YSEQ что оказался известным, - A8998 у Огородова. Больше пока ничего.
У Мусина-Пушкина пока YP682*.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9161
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #21 : 06 Октябрь 2016, 13:51:57 »
Есть один C3(M407+) (позиция - chrY:2882367:A:G), с пометкой - unobserved
Предполагаю, что пометка unobserved означает отсутствие в БД образца с искомой мутацией.
Спасибо!
Т.е. снип знают, образца нет.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9161
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #22 : 06 Октябрь 2016, 13:54:59 »
вот этот снип ChrY: 19307129 C to A
конвертированный в hg38 chrY:17195198-17195299
Вы наверное что-то не так сделали. Позиция этого вашего приватного снипа по hg38 - 17195249. В научной базе он не представлен.
У меня тоже chrY:17195249-17195249 получается.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 15039
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3193/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893 > ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #23 : 06 Октябрь 2016, 14:04:20 »
Будьте так добры и снисходительны, если есть возможность, не могли бы глянуть, есть там кто-нибудь J1-M267 (hg19 22741818 T->G) или J1a3a-Z1842 (hg19 21138032 T->C)? Нет сейчас возможности проверить самому. Был бы крайне признателен.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9161
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #24 : 06 Октябрь 2016, 14:05:37 »
Снип FGC14580 оказался в подвешенном состоянии, по нему непонятно.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #25 : 06 Октябрь 2016, 14:34:59 »
Будьте так добры и снисходительны, если есть возможность, не могли бы глянуть, есть там кто-нибудь J1-M267 (hg19 22741818 T->G) или J1a3a-Z1842 (hg19 21138032 T->C)? Нет сейчас возможности проверить самому. Был бы крайне признателен.

1.3%
sequence
EIF1AY
rs9341313
chrY:20579932 T→G | c.100+241T>G [ucsc]

<0.1%
intergenic
TTTY14
rs745885033
chrY:18976146 T→C | n.18976146A>G [ucsc]

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #26 : 06 Октябрь 2016, 14:48:40 »
@Semargl, Nimissin

Спасибо, получилось
В базе один Q1b, что составляет менее 0,1% от выборки
При этом он Q-YP1035
https://www.yfull.com/tree/Q-YP1035/

Интересно получается. Уровень Q-YP1035 - оба снипа присутствуют: YP1035+, YP1036+
https://www.yfull.com/tree/Q-YP1035/
Два уровня ниже - ни одного снипа. Всё по нулям.
Нет ли такого ощущения, что в базу попали только "известные снипы"? Или это действительно образец, который является Q-YP1035* ? В принципе, один человек такой есть (тестировался на Q-L245 SNP Pack).
« Последнее редактирование: 06 Октябрь 2016, 14:54:50 от Шад »

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #27 : 06 Октябрь 2016, 16:58:19 »
Кто-нибудь уже сложным поиском пользовался? С логическими операторами.
Вот допустим - есть у нас два снипа, которые расположены иерархически один под другим.
Нужно проверить - является ли второй снип терминальным или это залетный снип из другого суюбклада?

Пробуем: chrY:9923824:C:T AND chrY:8060228:G:A
На выходе - 0
Ошибка или второй снип - залетный?

UPD Работает! Только вместо AND нужно ставить +

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6290
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1221/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #28 : 06 Октябрь 2016, 20:56:12 »
с пометкой - unobserved

Что же значит "незамеченный"? Менее, чем 0,1%? Или просто именованный снип, который внесен в базу, но не обнаружен пока ни в одном образце?

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9161
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2354/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Deep sequencing of 10,000 human genomes
« Ответ #29 : 06 Октябрь 2016, 21:54:41 »
Или просто именованный снип, который внесен в базу, но не обнаружен пока ни в одном образце?
Видимо это.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100