АвторТема: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations  (Прочитано 8470 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #30 : 11 Октябрь 2016, 13:36:18 »
Цитировать
Raw data for 279 genomes for which the informed consent documentation is consistent with fully public data release are available through the EBI European Nucleotide Archive under accession numbers PRJEB9586 and ERP010710. For the remaining 21 genomes (designated by code ‘Y’ in the seventh column of Supplementary Data Table 1), data are deposited at the European Genome-phenome Archive (EGA), which is hosted by the EBI and the CRG, under accession number EGAS00001001959. Data for these 21 genomes can be obtained by submitting to the EGA Data Access Committee a signed letter containing the following text: “(a) I will not distribute the data outside my collaboration; (b) I will not post the data publicly; (c) I will make no attempt to connect the genetic data to personal identifiers for the samples; and (d) I will not use the data for any commercial purposes.” Compact versions of the SGDP dataset and software for accessing it are available at (http://genetics.med.harvard.edu/reichlab/Reich_Lab/Datasets.html). The short tandem repeat (STR) genotypes are available through dbVar under accession number nstd128 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar).

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #31 : 12 Октябрь 2016, 02:15:41 »
Вопрос: у кого-нибудь за двое суток есть успешный опыт скачивания файла?
Сколько заняло времени, какая скорость канала и применяемые хитрости? :)
Успешно скачал fastq файл образца Even. Скачивание заняло четверо суток. Без всяких хитростей.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #32 : 13 Октябрь 2016, 07:36:44 »
Список мужских образцов из этой статьи, обработанных в YFull. Часть не была обработана из-за ограниченной лицензии или из-за дублирования с существующими образцами из проекта "1000 геномов".

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9685
  • Страна: gr
  • Рейтинг +904/-133
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #33 : 13 Октябрь 2016, 09:35:10 »
Список мужских образцов из этой статьи, обработанных в YFull. Часть не была обработана из-за ограниченной лицензии или из-за дублирования с существующими образцами из проекта "1000 геномов".
Первый образец из этой ветви из какого региона?
https://yfull.com/tree/J-Y23162/

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #34 : 13 Октябрь 2016, 11:00:45 »
Список мужских образцов из этой статьи, обработанных в YFull. Часть не была обработана из-за ограниченной лицензии или из-за дублирования с существующими образцами из проекта "1000 геномов".
Первый образец из этой ветви из какого региона?
https://yfull.com/tree/J-Y23162/
Самаритянин с горы Герезим из Израиля.
Пожалуйста смотрите прилагаемые к указанной статье таблицы с указанием этнической принадлежности образцов.

Оффлайн Arame

  • Сообщений: 959
  • Страна: am
  • Рейтинг +387/-1
  • J1-Z1842
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #35 : 13 Октябрь 2016, 11:20:20 »
F2* из Китая  ;D  Мы все китайцы.  ;D

Семаргл спасибо за проделанную работу. 
 

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9685
  • Страна: gr
  • Рейтинг +904/-133
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #36 : 13 Октябрь 2016, 15:31:04 »
F2* из Китая  ;D  Мы все китайцы.  ;D

Семаргл спасибо за проделанную работу.
CF восточная я это давно писал
И писал что западная расовая ветвь(Кавказоиды, Бербериды,  Негроиды, Восточные Африканцы) связаны изначально с гг E
А CF изначально были среди основных предков Монголоидов Ведоидов Уралоидов Негритосов прочих восточных и  Америдийцев

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #37 : 13 Октябрь 2016, 15:52:58 »
F2* из Китая  ;D  Мы все китайцы.  ;D

Семаргл спасибо за проделанную работу.
CF восточная я это давно писал
И писал что западная расовая ветвь(Кавказоиды, Бербериды,  Негроиды, Восточные Африканцы) связаны изначально с гг E
А CF изначально были среди основных предков Монголоидов Ведоидов Уралоидов Негритосов прочих восточных и  Америдийцев
Я бы уточнил: CF - БлижнеВосточная. CF - formed 68500 ybp, TMRCA 65900 ybp.
Европейцы I и J тоже пошли от CF.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #38 : 15 Октябрь 2016, 00:56:43 »
Вопрос: почему тема помещена в раздел "Публикации на тему Аутосомной ДНК", хотя обсуждаем в основном Y? Даже не сразу нашел эту тему после небольшого перерыва.

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9685
  • Страна: gr
  • Рейтинг +904/-133
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #39 : 16 Октябрь 2016, 08:54:40 »
Список мужских образцов из этой статьи, обработанных в YFull. Часть не была обработана из-за ограниченной лицензии или из-за дублирования с существующими образцами из проекта "1000 геномов".
У вас на дереве есть два интересных образца F* и F2 они оба негативны на общие снипы остальных GHIJK?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #40 : 16 Октябрь 2016, 10:40:10 »
Список мужских образцов из этой статьи, обработанных в YFull. Часть не была обработана из-за ограниченной лицензии или из-за дублирования с существующими образцами из проекта "1000 геномов".
У вас на дереве есть два интересных образца F* и F2 они оба негативны на общие снипы остальных GHIJK?
Практически да. HG02040 на дереве давно и имеет абсолютное позиционирование. ERR1347713 добавлен только что, и в следующий релиз дерева добавится один небольшой подуровень. Так что ожидайте следующую версию нашего дерева.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.