АвторТема: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations  (Прочитано 8708 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6502
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2723/-13
  • мтДНК: H1b
Комментарии от генофонд.ру: http://генофонд.рф/?page_id=9646



The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations

    Swapan Mallick,   Heng Li,   Mark Lipson,   Iain Mathieson,   Melissa Gymrek,   Fernando Racimo,   Mengyao Zhao,   Niru Chennagiri,   Susanne Nordenfelt,   Arti Tandon,   Pontus Skoglund,   Iosif Lazaridis,   Sriram Sankararaman,   Qiaomei Fu,   Nadin Rohland,   Gabriel Renaud,   Yaniv Erlich,   Thomas Willems,   Carla Gallo,   Jeffrey P. Spence,   Yun S. Song,   Giovanni Poletti,   Francois Balloux,   George van Driem,   Peter de Knijff   et al.

Abstract
Цитировать
Here we report the Simons Genome Diversity Project data set: high quality genomes from 300 individuals from 142 diverse populations. These genomes include at least 5.8 million base pairs that are not present in the human reference genome. Our analysis reveals key features of the landscape of human genome variation, including that the rate of accumulation of mutations has accelerated by about 5% in non-Africans compared to Africans since divergence. We show that the ancestors of some pairs of present-day human populations were substantially separated by 100,000 years ago, well before the archaeologically attested onset of behavioural modernity. We also demonstrate that indigenous Australians, New Guineans and Andamanese do not derive substantial ancestry from an early dispersal of modern humans; instead, their modern human ancestry is consistent with coming from the same source as that of other non-Africans.

http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature18964.html
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9586
« Последнее редактирование: 22 Сентябрь 2016, 14:43:34 от пенелопа »

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 6012
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4223/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #1 : 22 Сентябрь 2016, 10:17:17 »
Комментарии от генофонд.ру: http://генофонд.рф/?page_id=9646
Это по другой статье: http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature18964.html
Вот она как раз действительно интересна по выложенным данным. :)

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1042
  • Страна: by
  • Рейтинг +409/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #2 : 22 Сентябрь 2016, 10:34:45 »
Это по другой статье: http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature18964.html
Вот она как раз действительно интересна по выложенным данным. :)

Было бы интересно увидеть на дереве YFull образцы R1b-L584
LP6005519-DNA_F03 S_Armenian-2
LP6005442-DNA_H04 S_Lezgin-1
LP6005442-DNA_G04 S_Lezgin-2
LP6005592-DNA_E02 S_Polish-1

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #3 : 24 Сентябрь 2016, 22:56:11 »
Вот здесь начали выкладывать BAM файлы.
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/ERA486/ERA486110/bam/

Искать можно также по имени файла здесь: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9586 (в поиске в верхнем правом углу)

В моем wishlist все Q.
SS6004476 HGDP01015 B_Karitiana-3 Karitiana America Brazil ?
LP6007076-DNA_A01 SS6004486 BR_Kashmiri_Pandit-1 Kashmiri_Pandit SouthAsia India Draw, Jammu & Kashmir
LP6007071-DNA_A01 SS6004481 BR_Kharia-1 Kharia SouthAsia India Tapkara, Chattisgarh
LP6005519-DNA_D01 TGBS21 S_Chane-1 Chane America Argentina Salta (province), Tartagal (city)
LP6005441-DNA_G06 HGDP01012 S_Karitiana-1 Karitiana America Brazil ?
LP6005443-DNA_G11 mixa0099 S_Mixtec-1 Mixtec America Mexico San Andres Nuxino
LP6005519-DNA_A03 Mex02 S_Nahua-1 Nahua America Mexico Zitlala
LP6005519-DNA_B03 Mex20 S_Nahua-2 Nahua America Mexico Zitlala
LP6005441-DNA_E10 HGDP01047 S_Pima-1 Pima America Mexico ?
LP6005677-DNA_E01 NA11200 S_Quechua-2 Quechua America Peru Cell_line_repository_sampling_location_unknown
LP6005443-DNA_A12 zapo0098 S_Zapotec-1 Zapotec America Mexico San Juan Guelavia
LP6005677-DNA_D01 zapo0099 S_Zapotec-2 Zapotec America Mexico San Juan Guelavia
LP6005442-DNA_C04 iran17 S_Iranian-1 Iranian WestEurasia Iran migrants_collected_in_Kuwait


Прошу мой пост рассматривать как официальное обращение в ООН YFull :)
« Последнее редактирование: 24 Сентябрь 2016, 23:07:28 от Шад »

Оффлайн kirroid

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1062
  • Страна: by
  • Рейтинг +338/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #4 : 25 Сентябрь 2016, 01:34:33 »

В моем wishlist все Q.

Вы не могли бы объяснить, как определить гаплогруппу?
Большое спасибо.

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9685
  • Страна: gr
  • Рейтинг +904/-133
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #5 : 25 Сентябрь 2016, 08:38:09 »
Вот здесь начали выкладывать BAM файлы.
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/ERA486/ERA486110/bam/


Ссылка не открывается
Как можно найти Кавказские Bam-ы и G2a Bam файлы?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #6 : 25 Сентябрь 2016, 11:27:04 »
Вот здесь начали выкладывать BAM файлы.
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/ERA486/ERA486110/bam/


Ссылка не открывается
Как можно найти Кавказские Bam-ы и G2a Bam файлы?

Открывается. Проверил только что.

И выше было написано где искать еще:
Цитировать
Искать можно также по имени файла здесь: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9586 (в поиске в верхнем правом углу)
Имена файлов по каждому образцу есть в прилагающихся материалах

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9685
  • Страна: gr
  • Рейтинг +904/-133
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #7 : 25 Сентябрь 2016, 13:13:34 »
Снова проверил и тоже самое
Webpage not available

The webpage at ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/ERA486/ERA486110/bam/ might be temporarily down or it may have moved permanently to a new web address.

А для второй ссылки какие номера для G2a и для Кавказских образцов?

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6502
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2723/-13
  • мтДНК: H1b
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #8 : 25 Сентябрь 2016, 13:29:44 »
Давид, ссылка открывается. Проблемы со связью с Вашей стороны.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #9 : 25 Сентябрь 2016, 14:21:25 »
Давид, специально для Вас:))
G:
LP6005442-DNA_C02   abh107   S_Abkhasian-1   Abkhasian
LP6005442-DNA_B04   mg27   S_Georgian-1   Georgian
LP6005443-DNA_A06   NA17374   S_Greek-2   Greek

Кавказ:

LP6005442-DNA_H04   lez49   S_Lezgin-1   Lezgin
LP6005442-DNA_C02   abh107   S_Abkhasian-1   Abkhasian
LP6005442-DNA_D02   abh100   S_Abkhasian-2   Abkhasian
LP6005441-DNA_A01   HGDP01402   S_Adygei-1   Adygei
LP6005442-DNA_G02   armenia293   S_Armenian-1   Armenian
LP6005519-DNA_F03   Armenian222   S_Armenian-2   Armenian
LP6005442-DNA_D03   ch113   S_Chechen-1   Chechen
LP6005442-DNA_B04   mg27   S_Georgian-1   Georgian
LP6005442-DNA_A04   mg31   S_Georgian-2   Georgian
LP6005442-DNA_G04   lez42   S_Lezgin-2   Lezgin

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6335
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1333/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #10 : 25 Сентябрь 2016, 15:04:38 »
Проблема...
Некоторые файлы отсутствуют вообще.
Некоторые файлы в формате FASTQ.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2272
  • Страна: ru
  • Рейтинг +552/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1641
  • Страна: ru
  • Рейтинг +570/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #12 : 25 Сентябрь 2016, 18:00:56 »

В моем wishlist все Q.

Вы не могли бы объяснить, как определить гаплогруппу?
Большое спасибо.
Вот в этой табличке с указанием гаплогрупп:
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/extref/nature18964-s2.xlsx

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9685
  • Страна: gr
  • Рейтинг +904/-133
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #13 : 25 Сентябрь 2016, 19:27:29 »
Давид, ссылка открывается. Проблемы со связью с Вашей стороны.
Разве когда я говорю что у меня не открывается, я имею в виду что у вас не открывается, или же я про мою сторону?

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9633
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2928/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations
« Ответ #14 : 25 Сентябрь 2016, 19:50:07 »
Давид, ссылка открывается. Проблемы со связью с Вашей стороны.
Разве когда я говорю что у меня не открывается, я имею в виду что у вас не открывается, или же я про мою сторону?
А кто знает, что Вы имели ввиду?
У Вас не открывается, у других открывается... Решайте свою проблему сами, если чужие советы Вам не надобны.
« Последнее редактирование: 25 Сентябрь 2016, 20:34:55 от Lesla »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.