Забыл добавить - что имея единый фреймвок обработки генетической информации (т.е. где массивы данных большие, и так просто в память не влезают - особенно когда манипулируется многими файлами, мапами итд - нужны алгоритмы работающие на стримах)- теперь легко добавлять самые различные процессоры-расширения к нему, только прописывая конкретные детали очередного процессора (конкретный алгоритм).
Мы уже сделали 2 процессора: конвертор RAW2PED и УПСомер.
Добавление других конвертеров/сравнителей/процессоров - это добавление всего-лишь одного класса-файла.
Билдить очень легко, можно даже дабл-кликом под виндовс (про условии что javac установлен и виднеется в $PATH) или шлёпаньем на шелл под иксами (если chmod u+x) или лучше - с коммандной строки.
Удобно импортить проект прямо в эклипс (с сегодня - из SVN'a). На сорсфорже указан SVN-урл (надо только завести эккаунт девелопера для write-access и связаться со мной).
И вперёд - писать процессоры на все случаи жизни. Преимущество фреймвока - не надо повторять всю инфраструктуру: зачитку аргументов/флагов, конфиг-файлов, глобальных параметров, параметров сохраняющихся после выхода (сессии), кода запускающего все файлы со всеми при любом порядке передачи как файлов так и директорий в параметрах, включая микс директорий с отдельными файлами итд.
Как пример-темплейт - может быть взят например УПСомер для 2х-файлового процессора или RAW2PED-для однофайлового (гуя подсоединена только ко второму, но можно сделать и для первого. Да, опциональная гуя - тоже часть фреймвока).
PLINK, судя по всему, - вещь хорошая, но многого там нет, да и передача параметров - не такая удобная, посему я учёл недостатки и старался сделать удобнее (для запуска в любых комбинациях и порядке аргументов). На базе нашего фреймвока - можно понаделать много всего полезного в будущем, имхо.
Так что - велкам, кто хочет присоединиться.