АвторТема: Дерево mtFull???  (Прочитано 916 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AlexanderKАвтор темы

  • Сообщений: 1978
  • Страна: ru
  • Рейтинг +345/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Дерево mtFull???
« : 28 Август 2016, 11:03:52 »
Куда можно залить mtFull? Строит ли кто-нибудь по ним деревья?

Гаплогруппа - Н11а1, очень распространенная среди финнов. У меня в mtDNA полных совпаденцев по mtFull - с Genetic Distance 0 - около 40 человек. Причем бабушка по маминой линии родилась в Екатеринбургской губернии, в каком-то маленьком городке и про финнов в роду ничего никогда не слышала. Правда там был горнорудный завод и известно что родители его там работали не рабочими, а какими-то служащими или инжерерами. Так что теоретическки туда могло и финнов занести...

Еще что смущает - из этих 40 полных совпаденцев по mtFull у 25 сделан и Family Finder - так вот, ни с одним из этих 25 пересечения по аутосомам в FF не найдено :(

В общем, интересно: строит ли кто-нибудь деревья по полным mt-тестам по тому же принципу как их строят по Y-тестам?  Может там можно как-то давность общего предка смотреть, есть какое-то ветвление и т.д.? 

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5515
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1644/-11
  • Главный редактор RJGG
  • мтДНК: H1b
Re: Дерево mtFull???
« Ответ #1 : 28 Август 2016, 12:56:53 »
Куда можно залить mtFull?
В Генбанк: http://forum.molgen.org/index.php/topic,1363.0.html
Для науки :)
« Последнее редактирование: 28 Август 2016, 13:37:37 от пенелопа »

Оффлайн AlexanderKАвтор темы

  • Сообщений: 1978
  • Страна: ru
  • Рейтинг +345/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Дерево mtFull???
« Ответ #2 : 29 Август 2016, 14:01:43 »
Куда можно залить mtFull?
В Генбанк: http://forum.molgen.org/index.php/topic,1363.0.html
Для науки :)

Почитал инструкцию вот тут:
http://wiki.molgen.org/doku.php?id=en:ftdna-genbank

Там говорится про то что надо скачать FASTA file и приаттачить его к письму которое отослать Яну Логану (ну а HVR1 и HVR2 просто скопипастить в тело письма). Так вот, у меня на странице с сертификатами, той что на скриншоте инструкции, просто-напросто нет ссы\лки на скачивание этого самого FASTA файла. Только красивые сертификатики.

Оффлайн AlexanderKАвтор темы

  • Сообщений: 1978
  • Страна: ru
  • Рейтинг +345/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Дерево mtFull???
« Ответ #3 : 29 Август 2016, 14:34:47 »
Нашел где теперь FASTA - он теперь не на странице с сертификатами а в нижнем правом углу страницы mtDNA - Results
Сгенерил при помощи формы на вот этой странице http://www.ianlogan.co.uk/checker/submission_maker.htm из FASTA файла - файл с расширением *.sqn
Отправил этот файл некой Susan Schafer на мыло gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov
Получил "автоответчик" что файл они получили

Все правильно? Теперь ждать от них чего-то?


Оффлайн Mukovnikov

  • Сообщений: 1399
  • Страна: ru
  • Рейтинг +168/-6
  • Y-ДНК: N-Y5611; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Дерево mtFull???
« Ответ #4 : 05 Март 2017, 10:08:36 »
Подскажите кто-нибудь, пожалуйста: а где мито-дерево от GenBank находится?
Год назад залил туда полный митосиквенс, и дерево это смотрел. Обновиться дерево должно было в феврале-марте 2017 года, но сейчас не могу найти нужную ссылку.

залитый митосиквенс, который, надеюсь, уже появился на дереве:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1036141021?report=fasta

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2022
  • Страна: ru
  • Рейтинг +544/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Дерево mtFull???
« Ответ #5 : 05 Март 2017, 11:05:20 »
Подскажите кто-нибудь, пожалуйста: а где мито-дерево от GenBank находится?
Год назад залил туда полный митосиквенс, и дерево это смотрел. Обновиться дерево должно было в феврале-марте 2017 года, но сейчас не могу найти нужную ссылку.

залитый митосиквенс, который, надеюсь, уже появился на дереве:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1036141021?report=fasta

Я только такое знаю: http://www.phylotree.org

Оффлайн Mukovnikov

  • Сообщений: 1399
  • Страна: ru
  • Рейтинг +168/-6
  • Y-ДНК: N-Y5611; мжм: N
  • мтДНК: K1c1e; мж - V13; ммж - J1c4b; мммж - H
Re: Дерево mtFull???
« Ответ #6 : 05 Март 2017, 11:34:50 »
Я только такое знаю: http://www.phylotree.org
Спасибо! Именно его я и искал.

Его, оказывается, раз в два года обновляют, еще год ждать...
« Последнее редактирование: 05 Март 2017, 11:43:52 от Mukovnikov »

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2022
  • Страна: ru
  • Рейтинг +544/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Дерево mtFull???
« Ответ #7 : 05 Март 2017, 12:17:57 »
Я только такое знаю: http://www.phylotree.org
Спасибо! Именно его я и искал.

Его, оказывается, раз в два года обновляют, еще год ждать...

Сложно сказать (если это где-то не озвучено)  ???   Вот статистика - http://www.phylotree.org/previous_builds.htm

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100