Потому что маркеров всего 67 и если среднее расстояние между гаплотипами двух ветвей 20, то на него оказали сильное влияние обратные и параллельные мутации. Учитывая разный порядок скоростей маркеров, то на быстрых маркерах - это очень большое влияние. По сути, эти расстояния складываются из мутаций на паре десятков маркеров.
И самое важное, имея дело с конкретным деревом мы можем оценить, что происходило около первых ветвлений - влияние тех мутаций на среднее расстояние между гаплотипами двух ветвей огромно.
Поэтому просто делить 6000(12000) на 20(или если возьмете 30, 40) - очень поверхностно.
Вы же не всеобщую теорию строите. Изучите те мутации, которые происходили у корня L550+ и существующих ветвей L550-.