АвторТема: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы  (Прочитано 2441 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1980
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #15 : 11 Сентябрь 2016, 06:56:41 »
Очевидно, что полный геном (ну таких у нас единицы пока) и данные FF и 23&Me (но там ограниченный набор снипов Х-хромосомы).
Да, в файлах от FTDNA (FF) я нашел только два снипа из перечисленных авторами.

У моего отца Ancestral allele по двум этим снипам:
"rs12845083","X","141656627","AA"
"rs5908365","X","141659498","CC"

А как и где это смотреть? У меня кстати есть результаты не только FF - но и 23andMe и Anchesry, может в них не два нерекомбинируемых снипа а больше? 

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6180
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1060/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #16 : 11 Сентябрь 2016, 11:44:20 »
Честно говоря, не пытался всё это сделать.
Хотя в статье по ссылке скачал приложения. Там есть таблицы, которые содержат для каждого региона PHAX список аллельных значений снипов, которые идентифицируют гаплогруппу.
По ссылке можно скачать здесь:
http://biorxiv.org/highwire/filestream/18597/field_highwire_adjunct_files/1/067835-2.xlsx

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6180
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1060/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #17 : 05 Май 2017, 21:45:11 »
Вышла свежая статья про нерекомбинирующие участки Х-хромосомы.

Для анализа были использованы  филогеографически информативные гаплотипы на аутосомах и Х хромосоме (PHAXs). Три такие последовательности на Х-хромосоме, охватывающих в общей сложности ~ 49 т.п.н. были секвенированы для 240 мужчин из Европы, Ближнего Востока и Африки со средним покрытием 181х. Все три локуса показали весьма однородные модели по всей Европе и оказались высоко дифференцированы от африканского образца.

http://haplogroup.org/sources/signatures-of-human-european-palaeolithic-expansion-shown-by-resequencing-of-non-recombining-x-chromosome-segments/

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6180
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1060/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #18 : 07 Май 2017, 09:07:01 »
На Anthrogenica.com начали обсуждать и определять гаплогруппы по X-хромосоме.
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?9619-Post-your-PHAX-haplotypes-here

Но насколько я понял из обсуждения, по FF или 23&Me данным гаплогруппу не определишь. То есть это актуально только для тех, кто имеет WGS.
Такие есть на форуме?

Для тех, кому интересно даю ссылку на файл, в котором определены гаплогруппы (см. таблицы S2-S4).

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10898
  • Страна: az
  • Рейтинг +1721/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #19 : 07 Май 2017, 09:33:11 »
Цитировать
гаплогруппы по X-хромосоме
Это, безусловно, хорошие новости. Перспектива структуризации древа Х-хромосомы позволит расширить поле поиска. Это будет подмогой для женщин, исследующих собственную патернальную линию (и для мужчин, разрабатывающих линию матернального деда).

Шаду 100500 плюсов за энтузиазм в данном вопросе.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6180
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1060/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #20 : 07 Май 2017, 10:41:46 »
Получен комментарий от napobo3 - он считает, что предлагаемый WGS4x слабоват и нужны более серёзные опции х10, х15 и выше.
Так что остается подождать информацию от тех, у кого уже есть WGS. 

Оффлайн Oleg V.

  • Сообщений: 727
  • Страна: ru
  • Рейтинг +146/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92>YP569
  • мтДНК: ?
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #21 : 07 Май 2017, 11:41:14 »
Получен комментарий от napobo3 - он считает, что предлагаемый WGS4x слабоват и нужны более серёзные опции х10, х15 и выше.
Так что остается подождать информацию от тех, у кого уже есть WGS.

Я слышал ещё, что если полный геном идёт как 30x, то в случае мужчины это будет 15x на Y-хромосому и 15x на X-хромосому, то есть по 15x на каждую "половину" генома. Такое писал человек из Full Genomes. В Big Y на одну конкретную Y-хромосому приходится хотя бы 55X, и даже с таким большим покрытием вопросы иногда возникают. Сомневаюсь, что 10X будет достаточно.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 991
  • Страна: ru
  • Рейтинг +161/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #22 : 09 Май 2017, 12:06:10 »
Цитировать
то в случае мужчины это будет 15x на Y-хромосому и 15x на X-хромосому, то есть по 15x на каждую "половину" генома. Такое писал человек из Full Genome
А можно конкретную цитату или ссылочку? Тем более, что Х у человека то же могут быть разные, и что это получается - по 15х на каждую половину? Попахивает недопониманием.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100