АвторТема: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы  (Прочитано 2798 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #15 : 11 Сентябрь 2016, 06:56:41 »
Очевидно, что полный геном (ну таких у нас единицы пока) и данные FF и 23&Me (но там ограниченный набор снипов Х-хромосомы).
Да, в файлах от FTDNA (FF) я нашел только два снипа из перечисленных авторами.

У моего отца Ancestral allele по двум этим снипам:
"rs12845083","X","141656627","AA"
"rs5908365","X","141659498","CC"

А как и где это смотреть? У меня кстати есть результаты не только FF - но и 23andMe и Anchesry, может в них не два нерекомбинируемых снипа а больше? 

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6255
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1131/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #16 : 11 Сентябрь 2016, 11:44:20 »
Честно говоря, не пытался всё это сделать.
Хотя в статье по ссылке скачал приложения. Там есть таблицы, которые содержат для каждого региона PHAX список аллельных значений снипов, которые идентифицируют гаплогруппу.
По ссылке можно скачать здесь:
http://biorxiv.org/highwire/filestream/18597/field_highwire_adjunct_files/1/067835-2.xlsx

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6255
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1131/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #17 : 05 Май 2017, 21:45:11 »
Вышла свежая статья про нерекомбинирующие участки Х-хромосомы.

Для анализа были использованы  филогеографически информативные гаплотипы на аутосомах и Х хромосоме (PHAXs). Три такие последовательности на Х-хромосоме, охватывающих в общей сложности ~ 49 т.п.н. были секвенированы для 240 мужчин из Европы, Ближнего Востока и Африки со средним покрытием 181х. Все три локуса показали весьма однородные модели по всей Европе и оказались высоко дифференцированы от африканского образца.

http://haplogroup.org/sources/signatures-of-human-european-palaeolithic-expansion-shown-by-resequencing-of-non-recombining-x-chromosome-segments/

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6255
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1131/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #18 : 07 Май 2017, 09:07:01 »
На Anthrogenica.com начали обсуждать и определять гаплогруппы по X-хромосоме.
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?9619-Post-your-PHAX-haplotypes-here

Но насколько я понял из обсуждения, по FF или 23&Me данным гаплогруппу не определишь. То есть это актуально только для тех, кто имеет WGS.
Такие есть на форуме?

Для тех, кому интересно даю ссылку на файл, в котором определены гаплогруппы (см. таблицы S2-S4).

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11363
  • Страна: az
  • Рейтинг +2080/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #19 : 07 Май 2017, 09:33:11 »
Цитировать
гаплогруппы по X-хромосоме
Это, безусловно, хорошие новости. Перспектива структуризации древа Х-хромосомы позволит расширить поле поиска. Это будет подмогой для женщин, исследующих собственную патернальную линию (и для мужчин, разрабатывающих линию матернального деда).

Шаду 100500 плюсов за энтузиазм в данном вопросе.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6255
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1131/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #20 : 07 Май 2017, 10:41:46 »
Получен комментарий от napobo3 - он считает, что предлагаемый WGS4x слабоват и нужны более серёзные опции х10, х15 и выше.
Так что остается подождать информацию от тех, у кого уже есть WGS. 

Оффлайн Oleg V.

  • Сообщений: 730
  • Страна: ru
  • Рейтинг +150/-0
  • GEDmatch: T159830; FTDNA: 543061
  • Y-ДНК: R1a-Z92>YP569
  • мтДНК: ?
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #21 : 07 Май 2017, 11:41:14 »
Получен комментарий от napobo3 - он считает, что предлагаемый WGS4x слабоват и нужны более серёзные опции х10, х15 и выше.
Так что остается подождать информацию от тех, у кого уже есть WGS.

Я слышал ещё, что если полный геном идёт как 30x, то в случае мужчины это будет 15x на Y-хромосому и 15x на X-хромосому, то есть по 15x на каждую "половину" генома. Такое писал человек из Full Genomes. В Big Y на одну конкретную Y-хромосому приходится хотя бы 55X, и даже с таким большим покрытием вопросы иногда возникают. Сомневаюсь, что 10X будет достаточно.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1005
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #22 : 09 Май 2017, 12:06:10 »
Цитировать
то в случае мужчины это будет 15x на Y-хромосому и 15x на X-хромосому, то есть по 15x на каждую "половину" генома. Такое писал человек из Full Genome
А можно конкретную цитату или ссылочку? Тем более, что Х у человека то же могут быть разные, и что это получается - по 15х на каждую половину? Попахивает недопониманием.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6255
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1131/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Снипы и гаплогруппы X-хромосомы
« Ответ #23 : 09 Июнь 2019, 21:28:06 »
Цитировать
то в случае мужчины это будет 15x на Y-хромосому и 15x на X-хромосому, то есть по 15x на каждую "половину" генома. Такое писал человек из Full Genome
А можно конкретную цитату или ссылочку? Тем более, что Х у человека то же могут быть разные, и что это получается - по 15х на каждую половину? Попахивает недопониманием.

Вот ссылка на статью: https://www.nature.com/articles/ejhg2016207
Signatures of human European Palaeolithic expansion shown by resequencing of non-recombining X-chromosome segments

Delser et al., 2017

Цитировать
Abstract
Human genetic diversity in Europe has been extensively studied using uniparentally inherited sequences (mitochondrial DNA (mtDNA) and the Y chromosome), which reveal very different patterns indicating sex-specific demographic histories. The X chromosome, haploid in males and inherited twice as often from mothers as from fathers, could provide insights into past female behaviours, but has not been extensively investigated. Here, we use HapMap single-nucleotide polymorphism data to identify genome-wide segments of the X chromosome in which recombination is historically absent and mutations are likely to be the only source of genetic variation, referring to these as phylogeographically informative haplotypes on autosomes and X chromosome (PHAXs). Three such sequences on the X chromosome spanning a total of ~49 kb were resequenced in 240 males from Europe, the Middle East and Africa at an average coverage of 181 ×. These PHAXs were confirmed to be essentially non‐recombining across European samples. All three loci show highly homogeneous patterns across Europe and are highly differentiated from the African sample. Star-like structures of European-specific haplotypes in median-joining networks indicate past population expansions. Bayesian skyline plots and time-to-most-recent-common-ancestor estimates suggest expansions pre-dating the Neolithic transition, a finding that is more compatible with data on mtDNA than the Y chromosome, and with the female bias of X-chromosomal inheritance. This study demonstrates the potential of the use of X-chromosomal haplotype blocks, and the utility of the accurate ascertainment of rare variants for inferring human demographic history.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100