АвторТема: Утилита для создания усреднённого генома  (Прочитано 2777 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SSlava

  • Сообщений: 952
  • Страна: 00
  • Рейтинг +60/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Re: Утилита для создания усреднённого генома
« Ответ #45 : 30 Октябрь 2015, 20:32:03 »
Цитировать
Вроде идея простая. Вроде и все достоинства её реализации понятны. Вроде не важно, как и на чём человек программирует, лишь бы результат выдал.
А не вышло.
Вместо того. чтобы пустословить. могли бы написать четкий алгоритм в одном сообщении конкретно?

Я пока представляю алгоритм так (да уже и накидал этот код):

1) загружаются файлы выбранные в программу через openfiledialog
2) считываются значения все в массивы, строки разбиваются по элементам массива по определенным разделителям (для ФТДНА это запятые для 23эндМи это как смотрел вроде знак табуляции) .
3) происходит перебор в циклах значений,  поиск по входу снипов во всех файлах, ищутся средние значения и недостающие снипы
4) компилируется и сохраняется уже окончательный файл.

 ;D но как найти средние значения вы так и не объяснили конкретно, а если я не понял напишите еще раз подробно про это.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 33952
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2790/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Утилита для создания усреднённого генома
« Ответ #46 : 30 Октябрь 2015, 20:36:48 »
Вместо того. чтобы пустословить. могли бы написать четкий алгоритм в одном сообщении конкретно?

Вы правы. Вместо того, чтобы время терять, посмотрю, что уже сделал полезного Феликс, да, и отпишу ему не мешкая.

Опаньки. А что это тут у нас за полезная вещица:

Цитировать
The Imputer
If you had done your autosomal DNA testing and you want to know the genotypes of all possible untested SNPs, this is the tool. The Imputer accurately predicts all genotypes of untested SNPs. The tool supports FTDNA, 23andMe and Ancestry autosomal build 37 files.

Usage: Select the autosomal DNA input file, enter the output filename and select an option for what to do for unidentified allele, then click 'Impute'.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 33952
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2790/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Утилита для создания усреднённого генома
« Ответ #47 : 30 Октябрь 2015, 20:41:05 »
Ой, а всё ведь можно привести к одному формату:

Цитировать
Assembly Converter
Converts human genome coordinates from one assembly to another on raw autosomal DNA files. The tool supports FTDNA, Ancestry and 23andMe autosomal files. This tool replaces the obsolete build converter.

Usage: Select the autosomal DNA input file, appropriate LiftOver chain file and enter the output filename, then click 'Convert'. The output will be in exact same format as the input, except the coordinates changed.

Prerequisites: Microsoft .Net Framework 4.0

Оффлайн SSlava

  • Сообщений: 952
  • Страна: 00
  • Рейтинг +60/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Re: Утилита для создания усреднённого генома
« Ответ #48 : 30 Октябрь 2015, 20:41:39 »
 ;D ну и Бог с вами, если честно смешно уже.

Пишете кому хотите или делайте что хотите как считаете нужным. Меня это никак не заденет и ничем не обидит.
А если тем более программу нашли уже зачем изобретать велосипед?

Короче бред какой-то, а вы как я понял уже и по-тому что раньше писали крайне задиристый не приятный человек, когда пишут издевательски "мой друг" сразу не хочется с такими людьми уже общаться, многое о характере говорит.

До свидания.
 ;D

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 33952
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2790/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Утилита для создания усреднённого генома
« Ответ #49 : 31 Октябрь 2015, 07:09:53 »
Попытка номер два.   :)

Отправил Феликсу следующее письмецо:

Цитировать
Hello Felix,
Could you create a tool to generate a summary output genotype from two or more input genotypes, please?
For two input genotypes they choose the value from the 1st file (in case of no-call, they take any available value).
For three or more input genotypes they take a modal value.
Thank you very much in advance!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100