АвторТема: мтДНК: Гаплогруппа K  (Прочитано 40107 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн R1a-Stolin

  • Сообщений: 668
  • Страна: by
  • Рейтинг +342/-1
  • Y-ДНК: R-FT64992 - Сіціцк, Беларусь
  • мтДНК: H - Ананьїв, Україна
Re: мтДНК: Гаплогруппа K
« Ответ #195 : 13 Сентябрь 2020, 16:20:28 »
Причина, по которой сломался алгоритм у FTDNA, мне кажется стала приватная мутация C152T!!. Позиция 152 находится в HVR2(HVS-II). Это быстромутирующий регион, а сама позиция нестабильная. В ней наблюдаются постоянные мутации T->C->T etc.
FTDNA не нашли мутацию T152C!, одну из трех кодирующих субклад K1a4c и не стали проверять далее, отбросив две положительных мутации A12612G и A13827G, которые значительно более медленные и стабильные, находятся в регионе CR(ND5), что реально вызывает удивление.

FTDNA всегда поднимается на уровень выше, если нет хотя бы одной кодирующей мутации в митохондриальной ДНК. Почему вы в Yfull делаете по-другому, это вопрос. Не знаю, насколько нестабильна позиция 152, возможно вы и правы, и ее можно игнорировать. А может и нельзя и произойдёт очередной апдейт и "внезапно" на YFull  у Umba будет гаплогруппа K1a4 как на FTDNA.

:)

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5514
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2902/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: мтДНК: Гаплогруппа K
« Ответ #196 : 13 Сентябрь 2020, 17:31:43 »
Причина, по которой сломался алгоритм у FTDNA, мне кажется стала приватная мутация C152T!!. Позиция 152 находится в HVR2(HVS-II). Это быстромутирующий регион, а сама позиция нестабильная. В ней наблюдаются постоянные мутации T->C->T etc.
FTDNA не нашли мутацию T152C!, одну из трех кодирующих субклад K1a4c и не стали проверять далее, отбросив две положительных мутации A12612G и A13827G, которые значительно более медленные и стабильные, находятся в регионе CR(ND5), что реально вызывает удивление.

FTDNA всегда поднимается на уровень выше, если нет хотя бы одной кодирующей мутации в митохондриальной ДНК. Почему вы в Yfull делаете по-другому, это вопрос. Не знаю, насколько нестабильна позиция 152, возможно вы и правы, и ее можно игнорировать. А может и нельзя и произойдёт очередной апдейт и "внезапно" на YFull  у Umba будет гаплогруппа K1a4 как на FTDNA.

:)

"FTDNA всегда поднимается на уровень выше, если нет хотя бы одной кодирующей мутации в митохондриальной ДНК." - очень смешной подход, применительно к mtDNA. Получается 1 > 2? ) А куча положительных мутаций расположенных ниже? Тоже в топку?
""внезапно" на YFull  у Umba будет гаплогруппа K1a4 как на FTDNA." - нет, так как мы говорим о положении образца на классическом филодереве, а не на экспериментальном дереве YFull. Которое развивается и изменяется. Могу только сказать, что у этого образа будет субклад, ниже K1a4c1.
Ну и все-таки стоило бы посмотреть отсыл к гаплогреппу - это действительно авторитет, в отличие от FTDNA.

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 15047
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3193/-11
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084 > Y39893 > ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: мтДНК: Гаплогруппа K
« Ответ #197 : 13 Сентябрь 2020, 18:00:38 »
После обновление древа YFull K1a4c1 разбилась на две части. K1a4c1* (те кто без снипа A13710G) и K1a4c1a (снип A13710G).
Моя новая гаплогруппа K1a4c1*. (По мнению YFull)

https://www.yfull.com/mtree/K1a4c1/

Могу только сказать, что у этого образа будет субклад, ниже K1a4c1.

Внезапно.

Результат уважаемого Umba ещё более продвинулся вперёд, и теперь он в гаплогруппе K1a4c1b, с общей мутацией A11582G у него и ещё у двоих человек на дереве YFull, один из которых армянин.
« Последнее редактирование: 13 Сентябрь 2020, 18:09:19 от Yaroslav »

Оффлайн Arthwr

  • Сообщений: 1186
  • Страна: ua
  • Рейтинг +676/-5
    • r1b-pf7562.blogspot.com
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Re: мтДНК: Гаплогруппа K
« Ответ #198 : 13 Сентябрь 2020, 21:01:14 »
Что касается ошибок в позиционировании, допускаемых YFull, то они связаны в основном с NGS тестами, где плохо маппированы большие InDels. Такие инделы являются редкими, очень стабильными и структурообразующими мутациями. Если такой индел плохо прочитан, то и позицонирование неверное. Но по возможности на отдел, занимающийся мито, быстро реагирует на такие случаи и исправляет ошибки. Это общая беда NGS.

Та да ))

У меня NGS тест от FGC сначала дал на YFull митогруппу R, сейчас показывает N...

То ли дело WGS от Dante: и Томас Кран (при выравнивании на hg38), и YFull сразу определили K1c1e :)
https://yfull.com/mtree/K1c1e/
« Последнее редактирование: 13 Сентябрь 2020, 21:20:44 от Arthwr »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100