АвторТема: Как правильно считать расстояния между гаплотипами - особые случаи  (Прочитано 332 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн antipaАвтор темы

  • Сообщений: 1
  • Рейтинг +0/-0
Добрый день, друзья.

Не прошло и 9 лет после регистрации на этом форуме (это произошло сразу же по прочтении книги А.Клёсова), как я сподобился определить свой гаплотип. :) ведь лучше поздно, чем никогда. :) Определял в FTDNA, сделал 111 маркеров. Моя гаплогруппа - R1a1. Теперь стоит задача уточнить субклад. Но "движок" FTDNA дает слишком общие оценки по субкладам - мне выдал R-M198. Хотелось бы уточнить хотя бы до уровня z280. Прежде чем делать анализ по снипам, который не сказать, чтобы дешевый, я хотел бы найти "ближайших соседей" в открытых базах данных. Проблема в том, что на сайте FTDNA система находит "соседей" только по 12 маркерам (40 точных совпадений) и 25 маркерам (два человека, а по факту - один, поскольку эти два - отец и сын - с расстоянием 2). По 37 и выше маркерам ничего не находит, вероятно, отсекает результат, если максимальное расстояние больше какого-то порога (хотя я выставляю "любое" расстояние). Думаю, это баг сайта FTDNA, но мне от этого не легче.

Соответственно, я хочу поискать по открытым базам и найти наиболее близкие мне гаплотипы, посмотреть их снипы и заказать анализ на такие же. В связи с чем возникает следующий вопрос: как измерять расстояния между двумя гаплотипами при наличии особых случаев: 

1. В базе проекта R1a1 на FTDNA есть гаплотип с DYS19 = "17-18" (id=2483), хотя там должно быть одно число. Что это означает? Как считать расстояние до "нормального" гаплотипа? Просто взять (17+18).2 = 17.5? Или все сложнее? Слава богу, такой случай всего один.

2. А вот таких случаев достаточно много - там, где "двойной" (например, DYS385) и "четверной" (DYS464) маркер, иногда встречается больше чисел, чем должно быть. Для двойного - 3 или 4, для четверного - до 8. Как определять расстояния до "нормального" гаплотипа в этом случае?

3. Я правильно понимаю, что DYS389ii включает в себя DYS389i для FTDNA, поэтому прежде чем определять расстояние, i надо вычесть из ii, - по-моему, где-то у Клёсова я видел ремарку по этому маркеру (он отмечал, что привык записывать его иначе).

Надеюсь на вашу помощь.

Оффлайн Maxim0605

  • Сообщений: 717
  • Страна: ru
  • Рейтинг +141/-2
  • Y-ДНК: I1-L258, R1a1a-Z92
  • мтДНК: J1b1a, H13a1a1a (отец)
На 37 фтдна вам покажет совпаденцев до  4, на 67 до 7 и на 111 до 10.
К сожалению, это предустановленные пороги.
Судя по   отсутствию близких ветка редкая.
При 111 маркерах коллеги с форума посоветовать могут калькулятор- предиктор. Он поможет с более точной веткой

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2926
  • Страна: ru
  • Рейтинг +966/-4
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
А открытых баз по факту и нет уже.

Онлайн DELTA

  • Сообщений: 635
  • Страна: ru
  • Рейтинг +191/-0
  • Y-ДНК: I2a1a2b1a1a1c, Din-S, I-PH908*; род деда N1a-L551
  • мтДНК: W6a
Опубликуйте результаты Y-111, посмотрим и посчитаем предикторами, в частности Невген https://www.nevgen.org/
Вступайте в проекты R1a для получения прогноза от администраторов, в таблицах проектов много гаплотипов и после прогноза администратора Вы сможете обрабатывать результаты родственников из свой прогнозной ветви и ниже расположенных ветвей.
Расчет по маркерам подходит для относительно близкого периода, да и то для людей из Вашей ветви, а то могут попадаться похожие гаплотипы на параллельных ветвях.

Также опубликуйте гаплотип в профильной теме форума Re: Новички R1a: интерпретация, советы http://forum.molgen.org/index.php/topic,207.6180.html для прогноза ветви знатоками.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 27
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-ДНК: J-Y94477
Добрый день, друзья.

Не прошло и 9 лет после регистрации на этом форуме (это произошло сразу же по прочтении книги А.Клёсова), как я сподобился определить свой гаплотип. :) ведь лучше поздно, чем никогда. :) Определял в FTDNA, сделал 111 маркеров. Моя гаплогруппа - R1a1. Теперь стоит задача уточнить субклад. Но "движок" FTDNA дает слишком общие оценки по субкладам - мне выдал R-M198. Хотелось бы уточнить хотя бы до уровня z280. Прежде чем делать анализ по снипам, который не сказать, чтобы дешевый, я хотел бы найти "ближайших соседей" в открытых базах данных. Проблема в том, что на сайте FTDNA система находит "соседей" только по 12 маркерам (40 точных совпадений) и 25 маркерам (два человека, а по факту - один, поскольку эти два - отец и сын - с расстоянием 2). По 37 и выше маркерам ничего не находит, вероятно, отсекает результат, если максимальное расстояние больше какого-то порога (хотя я выставляю "любое" расстояние). Думаю, это баг сайта FTDNA, но мне от этого не легче.

Соответственно, я хочу поискать по открытым базам и найти наиболее близкие мне гаплотипы, посмотреть их снипы и заказать анализ на такие же. В связи с чем возникает следующий вопрос: как измерять расстояния между двумя гаплотипами при наличии особых случаев: 

1. В базе проекта R1a1 на FTDNA есть гаплотип с DYS19 = "17-18" (id=2483), хотя там должно быть одно число. Что это означает? Как считать расстояние до "нормального" гаплотипа? Просто взять (17+18).2 = 17.5? Или все сложнее? Слава богу, такой случай всего один.

2. А вот таких случаев достаточно много - там, где "двойной" (например, DYS385) и "четверной" (DYS464) маркер, иногда встречается больше чисел, чем должно быть. Для двойного - 3 или 4, для четверного - до 8. Как определять расстояния до "нормального" гаплотипа в этом случае?

3. Я правильно понимаю, что DYS389ii включает в себя DYS389i для FTDNA, поэтому прежде чем определять расстояние, i надо вычесть из ii, - по-моему, где-то у Клёсова я видел ремарку по этому маркеру (он отмечал, что привык записывать его иначе).

Надеюсь на вашу помощь.
Скопировал данные из публичных проектов, почти всех что были открыты. Получилось около 200 тыс. строк уникальных.
По 12 маркерам отфильтровал всех кто больше чем на 5 отличается. Причем двойной DYS385 не считал. Полученные данные закинул на сайт http://scaledinnovation.com/gg/yClustering.html
Все кто там ближе всего в отдельный список.
Если nevgen дает глубокий результат его тоже в исследование. Найти на Yfull наиболее глубокую свою ветку. Посмотреть на модальные гаплотипы, все соседние, сравнить со своими маркерами. Если те совпаденцы что у вас есть сделали BigY их результат как ориентир можно использовать.
Ну и snp точечный тест всегда уступает нормальному BigY в самом главном, а именно в том, чем генотипирование отличается от секвенирования. Очень советую послушать
https://zen.yandex.ru/media/sciteam/tomas-kran-o-sekvenirovanii-genoma-5e2c2386a1bb8700b092f54c

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100