АвторТема: The haplomatch program for comparing Y-chromosome STR-haplotypes...  (Прочитано 1028 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5675
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1814/-12
  • мтДНК: H1b
The haplomatch program for comparing Y-chromosome STR-haplotypes and its application to the analysis of the origin of Don Cossacks

Article (PDF Available) in Russian Journal of Genetics 52(5):521-529 · May 2016 with 58 Reads
Impact Factor: 0.45 · DOI: 10.1134/S1022795416050045

Abstract

STR haplotypes of the Y chromosome are widely used as effective genetic markers in studies of human populations and in forensic DNA analysis. The task often arises to compare the spectrum of haplotypes in individuals or entire populations. Performing this task manually is too laborious and thus unrealistic. We propose an algorithm for counting similarity between STR haplotypes. This algorithm is suitable for massive analyses of samples. It is implemented in the computer program Haplomatch, which makes it possible to find haplotypes that differ from the target haplotype by 0, 1, 2, 3, or more mutational steps. The program may operate in two modes: comparison of individuals and comparison of populations. Flexibility of the program (the possibility of using any external database), its usability (MS Excel spreadsheets are used), and the capability of being applied to other chromosomes and other species could make this software a new useful tool in population genetics and forensic and genealogical studies. The Haplomatch software is freely available on our website www.genofond.ru. The program is applied to studying the gene pool of Cossacks. Experimental analysis of Y-chromosomal diversity in a representative set (N = 131) of Upper Don Cossacks is performed. Analysis of the STR haplotypes detects genetic proximity of Cossacks to East Slavic populations (in particular, to Southern and Central Russians, as well as to Ukrainians), which confirms the hypothesis of the origin of the Cossacks mainly due to immigration from Russia and Ukraine. Also, a small genetic influence of Turkicspeaking Nogais is found, probably caused by their occurrence in the Don Voisko as part of the Tatar layer. No similarities between haplotype spectra of Cossacks and Caucasus populations are found. This case study demonstrates the effectiveness of the Haplomatch software in analyzing large sets of STR haplotypes.

Ссылка

Оффлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12300
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2365/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: The haplomatch program for comparing Y-chromosome STR-haplotypes...
« Ответ #1 : 09 Июнь 2016, 10:50:35 »
Не понял, там что, регистрироваться надо, чтобы скачать? Так не скачивается, а при регистрации требуют доказать, что мой e-mail - это e-mail компании, что я researcher. Обожаю эти дебильные формы для регистраций.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5675
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1814/-12
  • мтДНК: H1b
Re: The haplomatch program for comparing Y-chromosome STR-haplotypes...
« Ответ #2 : 09 Июнь 2016, 11:03:56 »
Не знаю. Написано, что программа на генофонд ру выложена, но и там ничего не видно, а многие страницы уже давно не работают.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5675
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1814/-12
  • мтДНК: H1b
Re: The haplomatch program for comparing Y-chromosome STR-haplotypes...
« Ответ #4 : 13 Июль 2016, 15:40:06 »
Комментарий.
Цитировать
Помимо представленных в статье данных коллектив авторов располагает неопубликованными результатами по целому ряду казачьих популяций, генотипированных по широкогеномным аутосомным панелям (то есть в масштабе всего генома). По результатам этого исследования только готовится публикация, но уже можно сказать, что полногеномные данные подтверждают результаты, полученные по маркерам Y-хромосомы. Миграционный поток в казаки шел преимущественно из южных и центральных областей России и Украины – именно эти мигранты и создали современный генофонд донских казаков.
http://генофонд.рф/?page_id=9006

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100