АвторТема: GERMLINE  (Прочитано 4479 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
GERMLINE
« : 28 Октябрь 2009, 23:52:31 »
Саша Гусев написал программу GERMLINE, анализирующую 23андме данные.
Посему предлагаю:
1. Сашу пригласить поообщаться на нашем форуме, позадавать ему умные вопросы, уговорить написать статью для журнала.
2. Программу протестировать и обсудить.

Берусь за первую часть пункта 1.
Для пункта 2 ищу добровольцев. Ибо совсем не имею на это времени - собственный УПСомер (или УПСометр?) очень загружает, плюс по примеру ув.МичГлича занялся прикладной ДНК-генеалогией - собираю пробы.
Добровольцы, отзовитесь!

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: GERMLINE
« Ответ #1 : 29 Октябрь 2009, 00:06:12 »
C удовольствием, если дело касается тестирования программы. Ещё больше хотелось бы иметь возможность консультироваться с профи, работающим в нашей области. Такого общения мне очень не хватает.

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GERMLINE
« Ответ #2 : 29 Октябрь 2009, 00:22:07 »
C удовольствием, если дело касается тестирования программы. Ещё больше хотелось бы иметь возможность консультироваться с профи, работающим в нашей области. Такого общения мне очень не хватает.
Отлично, Качайте, осваивайте, нужны будут данные - скажите - пришлю (без нарушения privacy).

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: GERMLINE
« Ответ #3 : 29 Октябрь 2009, 04:07:41 »
Саша Гусев написал программу GERMLINE, анализирующую 23андме данные.
Посему предлагаю:
1. Сашу пригласить поообщаться на нашем форуме, позадавать ему умные вопросы, уговорить написать статью для журнала.
2. Программу протестировать и обсудить.

Берусь за первую часть пункта 1.
Для пункта 2 ищу добровольцев. Ибо совсем не имею на это времени - собственный УПСомер (или УПСометр?) очень загружает, плюс по примеру ув.МичГлича занялся прикладной ДНК-генеалогией - собираю пробы.
Добровольцы, отзовитесь!
Уважаемый Леон,
Потянет ли программа компиляцию под Cygwin-oм?

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GERMLINE
« Ответ #4 : 29 Октябрь 2009, 09:49:59 »
Уважаемый Леон,
Потянет ли программа компиляцию под Cygwin-oм?
Вадим, понятия не имею, да и зачем?
Я дам Вам парабеллум, вернее логин на сервер с нормальной операционкой.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: GERMLINE
« Ответ #5 : 29 Октябрь 2009, 10:29:20 »
Уважаемый Леон,
Потянет ли программа компиляцию под Cygwin-oм?
Вадим, понятия не имею, да и зачем?
Я дам Вам парабеллум, вернее логин на сервер с нормальной операционкой.

Был бы признателен. Под нормальной системой Вы понимаете Unix? :) Очень хорошо, давно я уже под Unix/Linux не работал.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: GERMLINE
« Ответ #6 : 03 Ноябрь 2009, 13:27:26 »
Никак пока не удаётся перекомпилировать исходники GERMLINE в G++ под Виндовс. Проклятая леворукость.  :-\
 
Но я вижу, за дело взялся Вадим Веренич. Вот уж кому сия инвалидность не грозит. Ну а я уж как нибудь, по пятам. Тем более своих данных (с которыми было бы интересно работать) от 23иЯ ещё не получил.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: GERMLINE
« Ответ #7 : 03 Ноябрь 2009, 18:19:36 »
Уважаемый Игорь,
В настоящий момент у меня уже есть откомпилированная под Виндой версия продукта (спасибо Валерию).Если хотите, могу переслать на мейл.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: GERMLINE
« Ответ #8 : 03 Ноябрь 2009, 19:14:55 »
В настоящий момент у меня уже есть откомпилированная под Виндой версия продукта (спасибо Валерию).Если хотите, могу переслать на мейл.

Хочу. А тестовые массивы есть? (кроме тех, что в исходниках?).

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: GERMLINE
« Ответ #9 : 03 Ноябрь 2009, 19:27:49 »
Нет, к сожалению. Я,правда,тестировал программу на предмет багов по данным игрек-хромосомных снипов из базы Адриано Сквекко. Я использовал формат transposed PED, так как его можно гораздо быстрее получить из raw data 23ия, так как не надо менять местами строчки и колонки.Программа отработала быстро и без ошибок. Правда и результатов не было: :)
Minimum match length: 5 cMAllowed mismatching bits: 2 0Word size: 128Target Region: allTotal runtime (sec): 0
cM -это сантоморганы, если я правильно понял


Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: GERMLINE
« Ответ #10 : 03 Ноябрь 2009, 19:32:27 »
Я выслал вам данные и программу. Может у Вас что-то с ними получится?

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GERMLINE
« Ответ #11 : 04 Ноябрь 2009, 18:32:04 »
Я выслал вам данные и программу. Может у Вас что-то с ними получится?
Джентльмены, киньте мне, пожалуйста, требуемый формат, я вам приготовлю датасет для тестирования.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: GERMLINE
« Ответ #12 : 13 Апрель 2010, 00:29:02 »
Решил реанимировать эту незаслуженно забытую тему.

Сегодня из любопытства решил глянуть, как Germline обрабатывает отфазированные данные из проекта HapMap. В качестве примера я использовал данные по 6 хромосоме из панели CEU (205 северо-западные европейцов) HapMap. При запуске программы я установил в качестве порогового значения для поиска генеалогически идентичных по происхождению сегментов генома генетическую дистанцию в 5 сM (что по данным 23andme примерно соответсвует родству в 10-15 поколении).

Всего на обработку массива данных по 6 хромосоме ушло 86 секунд. Гораздо быстрее чем в Plink и Haploview.

Результаты  по 6 хромосоме доказывают низкую степень рекомбинантности интергенных снипов и снипов, ассоциированных с MHC локусами:

0 NA11882   0 NA07034   0   6108491 11587381   rs13202850 rs12215719   6526   5.48   MB   1   0   0
0 NA07022   0 NA06993   0   3896006 11960626   rs6932988 rs6457899   10238   8.06   MB   3   0   0
0 NA07022   0 NA06993   0   17067589 25505056   rs4716102 rs7341239   10277   8.44   MB   2   0   0
0 NA12716   0 NA07345   0   26242089 31380112   rs16891344 rs6918887   7342   5.14   MB   6   0   0
0 NA12762   0 NA07345   0   26196869 31381434   rs2794719 rs9264928   7444   5.18   MB   5   0   0
0 NA11831   0 NA12873   0   26196869 31445759   rs2794719 rs2523529   7593   5.25   MB   2   0   0
0 NA12057   0 NA11992   0   26163347 31683255   rs13220395 rs9348876   8245   5.52   MB   1   0   0
0 NA12057   0 NA12717   0   26163347 31683255   rs13220395 rs9348876   8245   5.52   MB   2   0   0
0 NA12057   0 NA12751   0   26163347 31767710   rs13220395 rs805282   8340   5.60   MB   2   0   0
0 NA12057   0 NA12763   0   26196869 31767710   rs2794719 rs805282   8318   5.57   MB   3   0   0
0 NA12057   0 NA12155   0   26163347 31767710   rs13220395 rs805282   8340   5.60   MB   0   0   0
0 NA12057   0 NA12154   0   26163347 31683255   rs13220395 rs9348876   8245   5.52   MB   1   0   0
0 NA12717   0 NA12154   0   25652403 31767710   rs1410443 rs805282   9011   6.12   MB   3   0   0
0 NA12763   0 NA12154   0   26233321 31704654   rs129128 rs2736165   8186   5.47   MB   2   0   0
0 NA12717   0 NA12155   0   25652403 31717792   rs1410443 rs755714   8951   6.07   MB   2   0   0
0 NA12763   0 NA12155   0   26436441 31767710   rs6939978 rs805282   8076   5.33   MB   1   0   0
0 NA12717   0 NA12751   0   25652403 31717792   rs1410443 rs755714   8951   6.07   MB   6   0   0
0 NA12751   0 NA12763   0   26196869 31767710   rs2794719 rs805282   8318   5.57   MB   2   0   0
0 NA12815   0 NA12891   0   25774663 31767710   rs12525376 rs805282   8830   5.99   MB   0   0   0
0 NA11992   0 NA12751   0   25777475 32174743   rs2064126 rs13199524   9083   6.40   MB   3   0   0
0 NA11992   0 NA12155   0   25792585 32174743   rs13191296 rs13199524   9044   6.38   MB   2   0   0
0 NA11993   0 NA12813   0   27201800 32449331   rs6456768 rs9268402   8318   5.25   MB   0   0   0
0 NA12751   0 NA12154   0   25521807 32519501   rs1995675 rs2239804   10180   7.00   MB   4   0   0
0 NA12155   0 NA12154   0   25473723 32519501   rs12665780 rs2239804   10298   7.05   MB   1   0   0
0 NA11831   0 NA12872   0   25930640 32866197   rs13201341 rs2857164   10366   6.94   MB   2   0   0
0 NA12761   0 NA12891   0   25774663 32942207   rs12525376 rs1871667   10878   7.17   MB   2   0   0
0 NA11881   0 NA06985   0   27183462 33010561   rs9348752 rs10751   9740   5.83   MB   3   0   0
0 NA12751   0 NA12155   0   26436441 33109466   rs6939978 rs380468   10508   6.67   MB   0   0   0
0 NA07022   0 NA06993   0   31488428 44075958   rs2256175 rs2295331   13700   12.59   MB   3   0   0
0 NA07022   0 NA06993   0   43942193 54685177   rs9367179 rs2048113   11646   10.74   MB   0   0   0
0 NA12239   0 NA11995   0   56940788 62053867   rs1016048 rs7748046   1150   5.11   MB   1   0   0
0 NA11882   0 NA12891   0   55736909 62330726   rs228141 rs1414810   2558   6.59   MB   0   0   0
0 NA12264   0 NA12234   0   56877939 62330726   rs9296855 rs1414810   1322   5.45   MB   1   0   0
0 NA12815   0 NA07022   0   57337278 62524771   rs5009314 rs7739893   1274   5.19   MB   2   0   0
0 NA11831   0 NA12815   0   57482211 62519452   rs3805793 rs9444708   1137   5.04   MB   0   0   0
0 NA12056   0 NA12057   0   57482211 62536122   rs3805793 rs9353832   1150   5.05   MB   0   0   0
0 NA12057   0 NA12716   0   56231717 62536122   rs4119564 rs9353832   2105   6.30   MB   1   0   0
0 NA12750   0 NA12815   0   57230953 62536122   rs10080526 rs9353832   1406   5.31   MB   0   0   0
0 NA12761   0 NA07034   0   57482211 62625349   rs3805793 rs518999   1237   5.14   MB   0   0   0
0 NA12875   0 NA07034   0   57607196 62689526   rs4236156 rs1931806   1150   5.08   MB   0   0   0
0 NA12761   0 NA07055   0   57482211 62625349   rs3805793 rs518999   1237   5.14   MB   0   0   0
0 NA12875   0 NA07055   0   57607196 62689526   rs4236156 rs1931806   1150   5.08   MB   0   0   0
0 NA12761   0 NA07056   0   57482211 62625349   rs3805793 rs518999   1237   5.14   MB   0   0   0
0 NA11832   0 NA12264   0   57482211 62689526   rs3805793 rs1931806   1278   5.21   MB   0   0   0
0 NA11832   0 NA12760   0   57482211 62689526   rs3805793 rs1931806   1278   5.21   MB   0   0   0
0 NA11840   0 NA11993   0   57338433 62585889   rs9475885 rs1616414   1314   5.25   MB   0   0   0
0 NA11840   0 NA12815   0   57482211 62680912   rs3805793 rs1879024   1271   5.20   MB   1   0   0
0 NA11993   0 NA12762   0   57482211 62589179   rs3805793 rs484890   1191   5.11   MB   0   0   0
0 NA11993   0 NA12815   0   57482211 62589179   rs3805793 rs484890   1191   5.11   MB   1   0   0
0 NA11993   0 NA12004   0   56518101 62589179   rs7761281 rs484890   1831   6.07   MB   0   0   0
0 NA11995   0 NA12761   0   57482211 62625349   rs3805793 rs518999   1237   5.14   MB   1   0   0
0 NA11995   0 NA12875   0   57607196 62689526   rs4236156 rs1931806   1150   5.08   MB   0   0   0
0 NA12815   0 NA12004   0   57482211 62689526   rs3805793 rs1931806   1278   5.21   MB   0   0   0
0 NA12156   0 NA12004   0   57482211 62689526   rs3805793 rs1931806   1278   5.21   MB   0   0   0
0 NA12044   0 NA12875   0   57607196 62689526   rs4236156 rs1931806   1150   5.08   MB   1   0   0
0 NA12144   0 NA12761   0   57482211 62625349   rs3805793 rs518999   1237   5.14   MB   1   0   0
0 NA12144   0 NA12875   0   57607196 62689526   rs4236156 rs1931806   1150   5.08   MB   0   0   0
0 NA12146   0 NA12761   0   57482211 62625349   rs3805793 rs518999   1237   5.14   MB   0   0   0
0 NA12146   0 NA12875   0   57607196 62689526   rs4236156 rs1931806   1150   5.08   MB   0   0   0
0 NA12264   0 NA12875   0   57607196 62689526   rs4236156 rs1931806   1150   5.08   MB   0   0   0
0 NA12761   0 NA12813   0   57482211 62625349   rs3805793 rs518999   1237   5.14   MB   1   0   0
0 NA12761   0 NA12875   0   57607196 62689526   rs4236156 rs1931806   1150   5.08   MB   0   0   0
0 NA12813   0 NA12875   0   57607196 62689526   rs4236156 rs1931806   1150   5.08   MB   0   0   0
0 NA12874   0 NA06993   0   57672328 62755705   rs6931894 rs6455128   1226   5.08   MB   0   0   0
0 NA12056   0 NA07000   0   57607196 62775830   rs4236156 rs1516710   1263   5.17   MB   1   0   0
0 NA11839   0 NA07000   0   57607196 62753884   rs4236156 rs12207267   1257   5.15   MB   1   0   0
0 NA11831   0 NA07000   0   57607196 62753884   rs4236156 rs12207267   1257   5.15   MB   1   0   0
0 NA12763   0 NA07000   0   57607196 62753884   rs4236156 rs12207267   1257   5.15   MB   1   0   0
0 NA12892   0 NA07000   0   57607196 62753884   rs4236156 rs12207267   1257   5.15   MB   1   0   0
0 NA07000   0 NA12249   0   56202047 62753884   rs1925145 rs12207267   2409   6.55   MB   1   0   0
0 NA12874   0 NA07022   0   57607196 62755705   rs4236156 rs6455128   1258   5.15   MB   1   0   0
0 NA12144   0 NA07034   0   57482211 62795872   rs3805793 rs1949365   1406   5.31   MB   1   0   0
0 NA12239   0 NA07034   0   57230953 62795872   rs10080526 rs1949365   1662   5.56   MB   1   0   0
0 NA12144   0 NA07055   0   57269517 62751843   rs6932506 rs9445749   1606   5.48   MB   1   0   0
0 NA12239   0 NA07055   0   57482211 62751843   rs3805793 rs9445749   1383   5.27   MB   1   0   0
0 NA12144   0 NA07056   0   57405705 62751843   rs7750805 rs9445749   1455   5.35   MB   0   0   0
0 NA12239   0 NA07056   0   57482211 62751843   rs3805793 rs9445749   1383   5.27   MB   0   0   0
0 NA11831   0 NA12873   0   57607196 62755705   rs4236156 rs6455128   1258   5.15   MB   0   0   0
0 NA11831   0 NA12874   0   57672328 62755705   rs6931894 rs6455128   1226   5.08   MB   0   0   0
0 NA11839   0 NA12762   0   57607196 62755705   rs4236156 rs6455128   1258   5.15   MB   0   0   0
0 NA11839   0 NA12873   0   57482211 62755705   rs3805793 rs6455128   1386   5.27   MB   0   0   0
0 NA12144   0 NA11995   0   56940788 62751843   rs1016048 rs9445749   1767   5.81   MB   0   0   0
0 NA12006   0 NA12815   0   57607196 62722072   rs4236156 rs17351796   1192   5.11   MB   1   0   0
0 NA12144   0 NA12044   0   57230953 62775830   rs10080526 rs1516710   1647   5.54   MB   2   0   0
0 NA12056   0 NA12873   0   57482211 62775830   rs3805793 rs1516710   1391   5.29   MB   0   0   0
0 NA12056   0 NA12248   0   57482211 62795872   rs3805793 rs1949365   1406   5.31   MB   1   0   0
0 NA12056   0 NA12236   0   56940788 62795872   rs1016048 rs1949365   1790   5.86   MB   0   0   0
0 NA12144   0 NA12264   0   57482211 62795872   rs3805793 rs1949365   1406   5.31   MB   0   0   0
0 NA12144   0 NA12813   0   57482211 62751843   rs3805793 rs9445749   1383   5.27   MB   0   0   0
0 NA12144   0 NA12873   0   57482211 62775830   rs3805793 rs1516710   1391   5.29   MB   1   0   0
0 NA12144   0 NA12891   0   57482211 62795872   rs3805793 rs1949365   1406   5.31   MB   0   0   0
0 NA12762   0 NA12156   0   57482211 62795872   rs3805793 rs1949365   1406   5.31   MB   0   0   0
0 NA12239   0 NA12761   0   57482211 62795872   rs3805793 rs1949365   1406   5.31   MB   1   0   0
0 NA12239   0 NA12813   0   57550949 62751843   rs9382801 rs9445749   1331   5.20   MB   1   0   0
0 NA12239   0 NA12873   0   57336338 62755705   rs6459202 rs6455128   1526   5.42   MB   3   0   0
0 NA12873   0 NA12249   0   56022323 62795872   rs4712112 rs1949365   2688   6.77   MB   0   0   0
0 NA12264   0 NA12761   0   57482211 62795872   rs3805793 rs1949365   1406   5.31   MB   0   0   0
0 NA12750   0 NA12874   0   57607196 62795872   rs4236156 rs1949365   1278   5.19   MB   1   0   0
0 NA12761   0 NA12873   0   57482211 62795872   rs3805793 rs1949365   1406   5.31   MB   1   0   0
0 NA12762   0 NA12815   0   57482211 62795872   rs3805793 rs1949365   1406   5.31   MB   0   0   0
0 NA12763   0 NA12873   0   56311697 62755705   rs9370523 rs6455128   2259   6.44   MB   1   0   0
0 NA12873   0 NA12892   0   57482211 62755705   rs3805793 rs6455128   1386   5.27   MB   0   0   0
0 NA12249   0 NA06985   0   57482211 62817818   rs3805793 rs9342639   1422   5.34   MB   1   0   0
0 NA12750   0 NA06993   0   57607196 62833883   rs4236156 rs12199820   1303   5.23   MB   2   0   0
0 NA11831   0 NA07022   0   57589778 62817818   rs9476176 rs9342639   1317   5.23   MB   1   0   0
0 NA11831   0 NA12249   0   57482211 62817818   rs3805793 rs9342639   1422   5.34   MB   0   0   0
0 NA11839   0 NA12249   0   57482211 62817818   rs3805793 rs9342639   1422   5.34   MB   0   0   0
0 NA11994   0 NA12716   0   57482211 62817818   rs3805793 rs9342639   1422   5.34   MB   1   0   0
0 NA12056   0 NA12249   0   57482211 62817818   rs3805793 rs9342639   1422   5.34   MB   1   0   0
0 NA12812   0 NA12156   0   57505968 62969842   rs7771114 rs12191151   1508   5.46   MB   1   0   0
0 NA12812   0 NA12249   0   57230953 62969842   rs10080526 rs12191151   1790   5.74   MB   0   0   0
0 NA12892   0 NA12249   0   56940788 62817818   rs1016048 rs9342639   1806   5.88   MB   0   0   0
0 NA12812   0 NA07000   0   56022323 63193408   rs4712112 rs2639395   3072   7.17   MB   1   0   0
0 NA12873   0 NA07000   0   56202047 63145294   rs1925145 rs2842794   2761   6.94   MB   1   0   0
0 NA11832   0 NA12043   0   58072274 63193408   rs7452662 rs2639395   1406   5.12   MB   1   0   0
0 NA11839   0 NA12236   0   57607196 63127905   rs4236156 rs2842809   1574   5.52   MB   1   0   0
0 NA12043   0 NA12004   0   58072274 63128622   rs7452662 rs2814649   1321   5.06   MB   0   0   0
0 NA12264   0 NA12004   0   57781133 63128622   rs4562144 rs2814649   1449   5.35   MB   0   0   0
0 NA12005   0 NA12043   0   58072274 63193408   rs7452662 rs2639395   1406   5.12   MB   1   0   0
0 NA12005   0 NA12264   0   57482211 63193408   rs3805793 rs2639395   1790   5.71   MB   1   0   0
0 NA12005   0 NA12873   0   57752785 63193408   rs6459301 rs2639395   1562   5.44   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA12156   0   57607196 63193408   rs4236156 rs2639395   1662   5.59   MB   3   0   0
0 NA12892   0 NA12236   0   57482211 63127905   rs3805793 rs2842809   1702   5.65   MB   0   0   0
0 NA12762   0 NA12812   0   58072274 63193408   rs7452662 rs2639395   1406   5.12   MB   0   0   0
0 NA12762   0 NA12873   0   58072274 63145294   rs7452662 rs2842794   1353   5.07   MB   0   0   0
0 NA12146   0 NA06985   0   57482211 63287376   rs3805793 rs1360758   1918   5.81   MB   4   0   0
0 NA12812   0 NA06985   0   57482211 63287376   rs3805793 rs1360758   1918   5.81   MB   2   0   0
0 NA12891   0 NA06985   0   57752785 63287376   rs6459301 rs1360758   1690   5.53   MB   0   0   0
0 NA11831   0 NA06993   0   57607196 63194922   rs4236156 rs2814670   1669   5.59   MB   1   0   0
0 NA12264   0 NA06993   0   57482211 63194922   rs3805793 rs2814670   1797   5.71   MB   0   0   0
0 NA12717   0 NA07034   0   57597689 63231252   rs3805805 rs676473   1721   5.63   MB   0   0   0
0 NA11882   0 NA12717   0   57740828 63287376   rs4639340 rs1360758   1713   5.55   MB   1   0   0
0 NA11992   0 NA12751   0   58072274 63231252   rs7452662 rs676473   1454   5.16   MB   3   0   0
0 NA12146   0 NA12717   0   57740828 63282265   rs4639340 rs969664   1703   5.54   MB   1   0   0
0 NA12717   0 NA12813   0   57550949 63226956   rs9382801 rs9354997   1780   5.68   MB   3   0   0
0 NA12056   0 NA12763   0   57482211 63442536   rs3805793 rs4526175   2082   5.96   MB   1   0   0
0 NA12763   0 NA06994   0   58072274 63658107   rs7452662 rs4466233   1893   5.59   MB   0   0   0
0 NA11831   0 NA12763   0   57672328 63518006   rs6931894 rs2474880   2052   5.85   MB   3   0   0
0 NA11839   0 NA12763   0   57482211 63518006   rs3805793 rs2474880   2212   6.04   MB   4   0   0
0 NA11992   0 NA12716   0   58072274 63650840   rs7452662 rs1577826   1891   5.58   MB   1   0   0
0 NA11992   0 NA12155   0   57420880 63650840   rs9475972 rs1577826   2336   6.23   MB   0   0   0
0 NA11993   0 NA12716   0   58501828 63688485   rs1224775 rs10943300   1790   5.19   MB   2   0   0
0 NA11993   0 NA12155   0   58072274 63688485   rs7452662 rs10943300   1918   5.62   MB   1   0   0
0 NA12872   0 NA12155   0   58456567 63688485   rs12214353 rs10943300   1810   5.23   MB   2   0   0
0 NA12155   0 NA12248   0   58456567 63688485   rs12214353 rs10943300   1810   5.23   MB   1   0   0
0 NA12155   0 NA12236   0   58072274 63688485   rs7452662 rs10943300   1918   5.62   MB   1   0   0
0 NA12716   0 NA12248   0   58501828 63688485   rs1224775 rs10943300   1790   5.19   MB   1   0   0
0 NA12763   0 NA12249   0   57230953 63688485   rs10080526 rs10943300   2558   6.46   MB   4   0   0
0 NA12264   0 NA12763   0   58456567 63518006   rs12214353 rs2474880   1720   5.06   MB   0   0   0
0 NA12716   0 NA12872   0   58501828 63688485   rs1224775 rs10943300   1790   5.19   MB   1   0   0
0 NA12763   0 NA12812   0   56212542 63518006   rs12209422 rs2474880   3211   7.31   MB   3   0   0
0 NA12763   0 NA12892   0   57482211 63658107   rs3805793 rs4466233   2277   6.18   MB   2   0   0
0 NA12005   0 NA06993   0   58501828 63819111   rs1224775 rs4710241   1918   5.32   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA06993   0   58722373 63819111   rs2244296 rs4710241   1790   5.10   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA06994   0   58458049 63819111   rs6938229 rs4710241   1937   5.36   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA07345   0   58458049 63819111   rs6938229 rs4710241   1937   5.36   MB   1   0   0
0 NA12145   0 NA07345   0   58456567 63819111   rs12214353 rs4710241   1938   5.36   MB   1   0   0
0 NA11840   0 NA07345   0   58072274 63819111   rs7452662 rs4710241   2046   5.75   MB   1   0   0
0 NA12043   0 NA07345   0   58072274 63819111   rs7452662 rs4710241   2046   5.75   MB   0   0   0
0 NA12751   0 NA07345   0   58476590 63819111   rs1539604 rs4710241   1928   5.34   MB   3   0   0
0 NA12762   0 NA07345   0   58072274 63819111   rs7452662 rs4710241   2046   5.75   MB   1   0   0
0 NA12872   0 NA07345   0   58476590 63819111   rs1539604 rs4710241   1928   5.34   MB   2   0   0
0 NA07345   0 NA12248   0   58544609 63819111   rs1224752 rs4710241   1896   5.27   MB   1   0   0
0 NA07345   0 NA12003   0   58072274 63819111   rs7452662 rs4710241   2046   5.75   MB   2   0   0
0 NA07345   0 NA12004   0   58072274 63819111   rs7452662 rs4710241   2046   5.75   MB   0   0   0
0 NA07345   0 NA12154   0   57500006 63819111   rs9476076 rs4710241   2406   6.32   MB   2   0   0
0 NA12005   0 NA11829   0   58722373 63726474   rs2244296 rs6931035   1682   5.00   MB   0   0   0
0 NA12006   0 NA11831   0   58458049 63819111   rs6938229 rs4710241   1937   5.36   MB   1   0   0
0 NA12005   0 NA11832   0   57607196 63819111   rs4236156 rs4710241   2302   6.21   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA11839   0   58458049 63819111   rs6938229 rs4710241   1937   5.36   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA11840   0   57607196 63819111   rs4236156 rs4710241   2302   6.21   MB   2   0   0
0 NA12006   0 NA11881   0   58501828 63819111   rs1224775 rs4710241   1918   5.32   MB   1   0   0
0 NA12005   0 NA11994   0   57687945 63763803   rs4541747 rs4604252   2170   6.08   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA12003   0   58458049 63819111   rs6938229 rs4710241   1937   5.36   MB   2   0   0
0 NA12005   0 NA12004   0   57607196 63819111   rs4236156 rs4710241   2302   6.21   MB   0   0   0
0 NA12006   0 NA12004   0   57607196 63819111   rs4236156 rs4710241   2302   6.21   MB   1   0   0
0 NA12005   0 NA12760   0   57607196 63763803   rs4236156 rs4604252   2214   6.16   MB   2   0   0
0 NA12006   0 NA12145   0   58458049 63819111   rs6938229 rs4710241   1937   5.36   MB   0   0   0
0 NA12006   0 NA12056   0   58458049 63819111   rs6938229 rs4710241   1937   5.36   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA12043   0   58072274 63819111   rs7452662 rs4710241   2046   5.75   MB   0   0   0
0 NA12006   0 NA12264   0   58466855 63819111   rs11962988 rs4710241   1933   5.35   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA12751   0   58476590 63819111   rs1539604 rs4710241   1928   5.34   MB   3   0   0
0 NA12006   0 NA12760   0   58722373 63802913   rs2244296 rs10485391   1773   5.08   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA12762   0   57607196 63819111   rs4236156 rs4710241   2302   6.21   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA12812   0   58458049 63819111   rs6938229 rs4710241   1937   5.36   MB   2   0   0
0 NA12006   0 NA12872   0   58476590 63819111   rs1539604 rs4710241   1928   5.34   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA12892   0   58458049 63819111   rs6938229 rs4710241   1937   5.36   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA12248   0   58544609 63819111   rs1224752 rs4710241   1896   5.27   MB   1   0   0
0 NA12006   0 NA12154   0   58072274 63819111   rs7452662 rs4710241   2046   5.75   MB   0   0   0
0 NA06994   0 NA06985   0   58878583 63955388   rs12198702 rs7747963   1838   5.08   MB   0   0   0
0 NA12145   0 NA06993   0   58722373 63934847   rs2244296 rs6454059   1885   5.21   MB   0   0   0
0 NA11832   0 NA06993   0   57607196 63952960   rs4236156 rs3842919   2426   6.35   MB   0   0   0
0 NA12043   0 NA06993   0   58072274 63952960   rs7452662 rs3842919   2170   5.88   MB   0   0   0
0 NA11994   0 NA06993   0   57338433 63892610   rs9475885 rs17416220   2615   6.55   MB   0   0   0
0 NA12760   0 NA06993   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   1   0   0
0 NA12004   0 NA06993   0   57338433 63955388   rs9475885 rs7747963   2686   6.62   MB   2   0   0
0 NA12056   0 NA06994   0   58118667 63913556   rs9476425 rs12524039   2099   5.79   MB   0   0   0
0 NA11831   0 NA06994   0   58420439 63913556   rs9377800 rs12524039   2028   5.49   MB   0   0   0
0 NA12043   0 NA06994   0   58722373 63952960   rs2244296 rs3842919   1914   5.23   MB   0   0   0
0 NA11994   0 NA06994   0   58722373 63913556   rs2244296 rs12524039   1858   5.19   MB   0   0   0
0 NA12264   0 NA06994   0   58072274 63955388   rs7452662 rs7747963   2174   5.88   MB   0   0   0
0 NA12760   0 NA06994   0   58722373 63955388   rs2244296 rs7747963   1918   5.23   MB   0   0   0
0 NA12812   0 NA06994   0   58072274 63944645   rs7452662 rs3846788   2154   5.87   MB   2   0   0
0 NA12891   0 NA06994   0   58868960 63943079   rs12199299 rs1020804   1818   5.07   MB   0   0   0
0 NA12892   0 NA06994   0   58072274 63927913   rs7452662 rs12197789   2130   5.86   MB   0   0   0
0 NA06994   0 NA12249   0   58072274 63955388   rs7452662 rs7747963   2174   5.88   MB   2   0   0
0 NA12762   0 NA07000   0   58072274 63955388   rs7452662 rs7747963   2174   5.88   MB   0   0   0
0 NA12264   0 NA07034   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   0   0   0
0 NA07034   0 NA07055   0   57482211 63952960   rs3805793 rs3842919   2554   6.47   MB   0   0   0
0 NA12146   0 NA07055   0   58501828 63955388   rs1224775 rs7747963   2046   5.45   MB   0   0   0
0 NA12044   0 NA07055   0   58511977 63943079   rs1224703 rs1020804   2017   5.43   MB   1   0   0
0 NA11882   0 NA07055   0   58722373 63943079   rs2244296 rs1020804   1895   5.22   MB   0   0   0
0 NA11995   0 NA07055   0   57270662 63952960   rs12183900 rs3842919   2775   6.68   MB   1   0   0
0 NA12813   0 NA07055   0   57482211 63952960   rs3805793 rs3842919   2554   6.47   MB   1   0   0
0 NA12873   0 NA07055   0   57482211 63952960   rs3805793 rs3842919   2554   6.47   MB   1   0   0
0 NA12891   0 NA07055   0   57482211 63943079   rs3805793 rs1020804   2535   6.46   MB   0   0   0
0 NA12264   0 NA07056   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   1   0   0
0 NA11829   0 NA12264   0   58466855 63955388   rs11962988 rs7747963   2061   5.49   MB   1   0   0
0 NA11831   0 NA12812   0   57607196 63825007   rs4236156 rs7383753   2303   6.22   MB   1   0   0
0 NA11831   0 NA12892   0   57607196 63952960   rs4236156 rs3842919   2426   6.35   MB   0   0   0
0 NA11839   0 NA12812   0   57482211 63825007   rs3805793 rs7383753   2431   6.34   MB   1   0   0
0 NA11839   0 NA12892   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   0   0   0
0 NA11840   0 NA11881   0   58501828 63861147   rs1224775 rs789942   1955   5.36   MB   0   0   0
0 NA11840   0 NA12751   0   58501828 63955388   rs1224775 rs7747963   2046   5.45   MB   0   0   0
0 NA11840   0 NA12762   0   57482211 63908236   rs3805793 rs704496   2497   6.43   MB   0   0   0
0 NA11840   0 NA12872   0   58501828 63908236   rs1224775 rs704496   1985   5.41   MB   0   0   0
0 NA11840   0 NA12248   0   58544609 63908236   rs1224752 rs704496   1963   5.36   MB   0   0   0
0 NA11840   0 NA12154   0   58072274 63920822   rs7452662 rs9352586   2116   5.85   MB   2   0   0
0 NA12043   0 NA11881   0   58501828 63950987   rs1224775 rs9350765   2039   5.45   MB   0   0   0
0 NA11881   0 NA12762   0   58476590 63950987   rs1539604 rs9350765   2049   5.47   MB   0   0   0
0 NA11881   0 NA12872   0   57781133 63955388   rs4562144 rs7747963   2302   6.17   MB   1   0   0
0 NA11992   0 NA11993   0   58072274 63955388   rs7452662 rs7747963   2174   5.88   MB   2   0   0
0 NA11993   0 NA12872   0   58456567 63955388   rs12214353 rs7747963   2066   5.50   MB   0   0   0
0 NA11993   0 NA12248   0   58456567 63952318   rs12214353 rs3911627   2061   5.50   MB   0   0   0
0 NA12145   0 NA11994   0   58722373 63825007   rs2244296 rs7383753   1791   5.10   MB   0   0   0
0 NA11994   0 NA12892   0   58722373 63952960   rs2244296 rs3842919   1914   5.23   MB   0   0   0
0 NA11995   0 NA12264   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   1   0   0
0 NA12762   0 NA12004   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   0   0   0
0 NA12872   0 NA12004   0   58072274 63955388   rs7452662 rs7747963   2174   5.88   MB   0   0   0
0 NA12145   0 NA12043   0   58072274 63952960   rs7452662 rs3842919   2170   5.88   MB   0   0   0
0 NA12043   0 NA12892   0   58722373 63952960   rs2244296 rs3842919   1914   5.23   MB   1   0   0
0 NA12044   0 NA12264   0   57482211 63947329   rs3805793 rs9343778   2543   6.47   MB   1   0   0
0 NA12056   0 NA12812   0   57482211 63825007   rs3805793 rs7383753   2431   6.34   MB   2   0   0
0 NA12056   0 NA12892   0   57482211 63952960   rs3805793 rs3842919   2554   6.47   MB   1   0   0
0 NA12057   0 NA12872   0   58072274 63955388   rs7452662 rs7747963   2174   5.88   MB   0   0   0
0 NA12144   0 NA12146   0   57338433 63908236   rs9475885 rs704496   2625   6.57   MB   1   0   0
0 NA12145   0 NA12762   0   58456567 63952960   rs12214353 rs3842919   2062   5.50   MB   0   0   0
0 NA12146   0 NA12239   0   57550949 63908236   rs9382801 rs704496   2445   6.36   MB   1   0   0
0 NA12146   0 NA12264   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   0   0   0
0 NA12762   0 NA12154   0   58072274 63952960   rs7452662 rs3842919   2170   5.88   MB   0   0   0
0 NA12872   0 NA12154   0   58476590 63955388   rs1539604 rs7747963   2056   5.48   MB   2   0   0
0 NA12762   0 NA12248   0   58476590 63950987   rs1539604 rs9350765   2049   5.47   MB   1   0   0
0 NA12264   0 NA12249   0   58072274 63955388   rs7452662 rs7747963   2174   5.88   MB   1   0   0
0 NA12264   0 NA12812   0   58722373 63944645   rs2244296 rs3846788   1898   5.22   MB   1   0   0
0 NA12264   0 NA12813   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   0   0   0
0 NA12264   0 NA12873   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   1   0   0
0 NA12264   0 NA12892   0   58072274 63955388   rs7452662 rs7747963   2174   5.88   MB   0   0   0
0 NA12751   0 NA12762   0   58476590 63955388   rs1539604 rs7747963   2056   5.48   MB   1   0   0
0 NA12751   0 NA12872   0   57482211 63955388   rs3805793 rs7747963   2558   6.47   MB   0   0   0
0 NA12760   0 NA12892   0   58722373 63955388   rs2244296 rs7747963   1918   5.23   MB   0   0   0
0 NA12762   0 NA12872   0   58476590 63955388   rs1539604 rs7747963   2056   5.48   MB   1   0   0
0 NA12812   0 NA12891   0   58072274 63943079   rs7452662 rs1020804   2151   5.87   MB   0   0   0
0 NA12812   0 NA12892   0   57482211 63908236   rs3805793 rs704496   2497   6.43   MB   1   0   0
0 NA12813   0 NA12874   0   58868960 63955388   rs12199299 rs7747963   1841   5.09   MB   6   0   0
0 NA12873   0 NA12874   0   58722373 63950987   rs2244296 rs9350765   1911   5.23   MB   1   0   0
0 NA12891   0 NA12892   0   58072274 63952960   rs7452662 rs3842919   2170   5.88   MB   0   0   0
0 NA11839   0 NA06994   0   58420439 64123900   rs9377800 rs1711915   2216   5.70   MB   0   0   0
0 NA12874   0 NA07056   0   58868960 64029874   rs12199299 rs9343910   1935   5.16   MB   5   0   0
0 NA11839   0 NA11831   0   57607196 64123900   rs4236156 rs1711915   2558   6.52   MB   0   0   0
0 NA11831   0 NA12264   0   58456567 64023375   rs12214353 rs9352719   2155   5.57   MB   0   0   0
0 NA11839   0 NA11994   0   58722373 64123900   rs2244296 rs1711915   2046   5.40   MB   0   0   0
0 NA11839   0 NA12264   0   58466855 64123900   rs11962988 rs1711915   2189   5.66   MB   0   0   0
0 NA11839   0 NA12760   0   58722373 64123900   rs2244296 rs1711915   2046   5.40   MB   0   0   0
0 NA11839   0 NA12891   0   58868960 64052432   rs12199299 rs6454130   1955   5.18   MB   1   0   0
0 NA11881   0 NA12154   0   58501828 64123900   rs1224775 rs1711915   2174   5.62   MB   2   0   0
0 NA11992   0 NA12248   0   58072274 64123900   rs7452662 rs1711915   2302   6.05   MB   2   0   0
0 NA11994   0 NA12264   0   57482211 64023375   rs3805793 rs9352719   2647   6.54   MB   0   0   0
0 NA12145   0 NA12004   0   57338433 64123900   rs9475885 rs1711915   2814   6.79   MB   0   0   0
0 NA12751   0 NA12004   0   58072274 64123900   rs7452662 rs1711915   2302   6.05   MB   2   0   0
0 NA12004   0 NA12154   0   58072274 64123900   rs7452662 rs1711915   2302   6.05   MB   0   0   0
0 NA12043   0 NA12264   0   58072274 64123900   rs7452662 rs1711915   2302   6.05   MB   1   0   0
0 NA12056   0 NA12264   0   58722373 64123900   rs2244296 rs1711915   2046   5.40   MB   0   0   0
0 NA12056   0 NA12891   0   58722373 64052432   rs2244296 rs6454130   2032   5.33   MB   1   0   0
0 NA12145   0 NA12154   0   58456567 64123900   rs12214353 rs1711915   2194   5.67   MB   0   0   0
0 NA12716   0 NA12154   0   58843839 64123900   rs2343013 rs1711915   1978   5.28   MB   3   0   0
0 NA12751   0 NA12154   0   58476590 63995264   rs1539604 rs9448619   2105   5.52   MB   4   0   0
0 NA12248   0 NA12154   0   58501828 64123900   rs1224775 rs1711915   2174   5.62   MB   2   0   0
0 NA12239   0 NA12891   0   57781133 64052432   rs4562144 rs6454130   2416   6.27   MB   0   0   0
0 NA12264   0 NA12760   0   57781133 64123900   rs4562144 rs1711915   2430   6.34   MB   1   0   0
0 NA12264   0 NA12891   0   57781133 64023375   rs4562144 rs9352719   2391   6.24   MB   0   0   0
0 NA12760   0 NA12891   0   58722373 64052432   rs2244296 rs6454130   2032   5.33   MB   0   0   0
0 NA12812   0 NA12873   0   56212542 64123900   rs12209422 rs1711915   3685   7.91   MB   0   0   0
0 NA12146   0 NA07034   0   58501828 64271824   rs1224775 rs2622298   2302   5.77   MB   0   0   0
0 NA12813   0 NA07034   0   57597689 64271824   rs3805805 rs2622298   2697   6.67   MB   1   0   0
0 NA12873   0 NA07034   0   57597689 64271824   rs3805805 rs2622298   2697   6.67   MB   1   0   0
0 NA07056   0 NA07034   0   57482211 64271824   rs3805793 rs2622298   2814   6.79   MB   1   0   0
0 NA11995   0 NA07056   0   57482211 64211811   rs3805793 rs1857565   2773   6.73   MB   2   0   0
0 NA12813   0 NA07056   0   57482211 64211811   rs3805793 rs1857565   2773   6.73   MB   0   0   0
0 NA11831   0 NA12760   0   58722373 64223812   rs2244296 rs7745873   2140   5.50   MB   0   0   0
0 NA11831   0 NA12891   0   58868960 64271824   rs12199299 rs2622298   2097   5.40   MB   1   0   0
0 NA11881   0 NA12751   0   57781133 64271824   rs4562144 rs2622298   2558   6.49   MB   1   0   0
0 NA11882   0 NA12813   0   57482211 64271824   rs3805793 rs2622298   2814   6.79   MB   1   0   0
0 NA11994   0 NA12760   0   57482211 64193936   rs3805793 rs1631333   2747   6.71   MB   2   0   0
0 NA12760   0 NA12004   0   57482211 64271824   rs3805793 rs2622298   2814   6.79   MB   1   0   0
0 NA12248   0 NA12004   0   58544609 64187471   rs1224752 rs2677028   2206   5.64   MB   1   0   0
0 NA12146   0 NA12044   0   58511977 64271824   rs1224703 rs2622298   2296   5.76   MB   0   0   0
0 NA12044   0 NA12813   0   57597689 64271824   rs3805805 rs2622298   2697   6.67   MB   3   0   0
0 NA12146   0 NA12891   0   57515389 64271824   rs9357978 rs2622298   2783   6.76   MB   0   0   0
0 NA12813   0 NA12891   0   57515389 64271824   rs9357978 rs2622298   2783   6.76   MB   0   0   0
0 NA12873   0 NA12891   0   57482211 64271824   rs3805793 rs2622298   2814   6.79   MB   1   0   0
0 NA11882   0 NA07034   0   57482211 64314593   rs3805793 rs6454261   2833   6.83   MB   0   0   0
0 NA11995   0 NA07034   0   55850059 64314593   rs3807014 rs6454261   4388   8.46   MB   1   0   0
0 NA12264   0 NA07055   0   57482211 64409318   rs3805793 rs4351235   2869   6.93   MB   0   0   0
0 NA12146   0 NA07056   0   57482211 64646554   rs3805793 rs11759067   2942   7.16   MB   2   0   0
0 NA12873   0 NA07056   0   57482211 64646554   rs3805793 rs11759067   2942   7.16   MB   2   0   0
0 NA11832   0 NA12004   0   57778987 64408554   rs4426992 rs13195981   2613   6.63   MB   1   0   0
0 NA11840   0 NA12004   0   57338433 64437353   rs9475885 rs3778647   3011   7.10   MB   0   0   0
0 NA11881   0 NA12248   0   57781133 64388503   rs4562144 rs11754293   2604   6.61   MB   2   0   0
0 NA11881   0 NA12004   0   58501828 64411606   rs1224775 rs3757350   2359   5.91   MB   0   0   0
0 NA12146   0 NA11882   0   57482211 64646554   rs3805793 rs11759067   2942   7.16   MB   0   0   0
0 NA12044   0 NA11882   0   58511977 64314593   rs1224703 rs6454261   2315   5.80   MB   0   0   0
0 NA11992   0 NA12236   0   58072274 64646554   rs7452662 rs11759067   2558   6.57   MB   2   0   0
0 NA11993   0 NA12236   0   58072274 64502416   rs7452662 rs1029091   2516   6.43   MB   2   0   0
0 NA11994   0 NA12004   0   56518101 64408554   rs7761281 rs13195981   3508   7.89   MB   2   0   0
0 NA12146   0 NA11995   0   57482211 64646554   rs3805793 rs11759067   2942   7.16   MB   2   0   0
0 NA12044   0 NA11995   0   57482211 64314593   rs3805793 rs6454261   2833   6.83   MB   3   0   0
0 NA11995   0 NA12873   0   57482211 64646554   rs3805793 rs11759067   2942   7.16   MB   1   0   0
0 NA11995   0 NA12891   0   57482211 64409318   rs3805793 rs4351235   2869   6.93   MB   0   0   0
0 NA12043   0 NA12003   0   58072274 64408554   rs7452662 rs13195981   2484   6.34   MB   2   0   0
0 NA12043   0 NA12760   0   58072274 64408554   rs7452662 rs13195981   2484   6.34   MB   0   0   0
0 NA12056   0 NA12760   0   58072274 64646554   rs7452662 rs11759067   2558   6.57   MB   0   0   0
0 NA12239   0 NA12264   0   57482211 64409318   rs3805793 rs4351235   2869   6.93   MB   0   0   0
0 NA12239   0 NA12760   0   58834383 64646554   rs9404775 rs11759067   2240   5.81   MB   3   0   0
0 NA12239   0 NA12875   0   58067773 64579027   rs6904350 rs7762059   2546   6.51   MB   0   0   0
0 NA12056   0 NA11831   0   57607196 64666974   rs4236156 rs443657   2833   7.06   MB   1   0   0
0 NA11839   0 NA12043   0   58722373 64789216   rs2244296 rs9344659   2430   6.07   MB   1   0   0
0 NA12239   0 NA11994   0   57482211 64789216   rs3805793 rs9344659   3070   7.31   MB   1   0   0
0 NA12043   0 NA11994   0   58072274 64789216   rs7452662 rs9344659   2686   6.72   MB   2   0   0
0 NA12144   0 NA12239   0   57336338 64789216   rs6459202 rs9344659   3210   7.45   MB   1   0   0
0 NA12891   0 NA12249   0   58072274 64661944   rs7452662 rs729451   2576   6.59   MB   0   0   0
0 NA12762   0 NA12814   0   58722373 64659477   rs2244296 rs7748577   2319   5.94   MB   0   0   0
0 NA12044   0 NA07056   0   56940788 64902553   rs1016048 rs4710465   3490   7.96   MB   4   0   0
0 NA11832   0 NA11994   0   57230953 65029561   rs10080526 rs9344936   3454   7.80   MB   0   0   0
0 NA11832   0 NA12236   0   58722373 65395106   rs2244296 rs4710278   2942   6.67   MB   0   0   0
0 NA12056   0 NA11839   0   57482211 65395106   rs3805793 rs4710278   3582   7.91   MB   1   0   0
0 NA11992   0 NA12872   0   58072274 65386098   rs7452662 rs6454921   3177   7.31   MB   3   0   0
0 NA12751   0 NA12248   0   58072274 65375866   rs7452662 rs10440808   3158   7.30   MB   4   0   0
0 NA12872   0 NA12248   0   58072274 65305281   rs7452662 rs12215860   3075   7.23   MB   0   0   0
0 NA12057   0 NA12248   0   57482211 65482729   rs3805793 rs1587123   3710   8.00   MB   4   0   0
0 NA12248   0 NA12236   0   57482211 65482729   rs3805793 rs1587123   3710   8.00   MB   3   0   0
0 NA11832   0 NA12716   0   58722373 65631873   rs2244296 rs7751211   3198   6.91   MB   0   0   0
0 NA11995   0 NA12813   0   57482211 65542716   rs3805793 rs1495542   3744   8.06   MB   1   0   0
0 NA12146   0 NA12813   0   57338433 65489058   rs9475885 rs13199892   3847   8.15   MB   2   0   0
0 NA12146   0 NA12873   0   58501828 65489058   rs1224775 rs13199892   3207   6.99   MB   1   0   0
0 NA12716   0 NA12155   0   58456567 65631873   rs12214353 rs7751211   3346   7.18   MB   1   0   0
0 NA12872   0 NA12236   0   58072274 65583094   rs7452662 rs11961876   3399   7.51   MB   1   0   0
0 NA12760   0 NA12812   0   58722373 65631873   rs2244296 rs7751211   3198   6.91   MB   0   0   0
0 NA12044   0 NA07034   0   58511977 65661547   rs1224703 rs2181545   3379   7.15   MB   1   0   0
0 NA11829   0 NA12873   0   57928457 65822684   rs6905897 rs9363329   3735   7.89   MB   1   0   0
0 NA11832   0 NA12155   0   58878583 65861045   rs12198702 rs1952996   3374   6.98   MB   2   0   0
0 NA11882   0 NA11995   0   58722373 65844126   rs2244296 rs16880341   3445   7.12   MB   1   0   0
0 NA12813   0 NA12873   0   56518101 66004287   rs7761281 rs573938   4922   9.49   MB   2   0   0
0 NA07022   0 NA06993   0   57607196 67792899   rs4236156 rs9345950   6762   10.19   MB   3   0   0
0 NA11882   0 NA07345   0   83473713 88612646   rs12180068 rs6454653   4869   5.14   MB   1   0   0
0 NA12892   0 NA07345   0   80546263 88642632   rs9448821 rs9444562   8318   8.10   MB   1   0   0
0 NA11882   0 NA12892   0   83428944 88642632   rs2989879 rs9444562   4990   5.21   MB   1   0   0
0 NA07345   0 NA12155   0   83261111 88949107   rs6934417 rs1406976   5456   5.69   MB   1   0   0
0 NA07022   0 NA06993   0   89797746 95181920   rs205227 rs6914307   6337   5.38   MB   1   0   0
0 NA12239   0 NA11831   0   113775507 120470144   rs9320441 rs2031113   6362   6.69   MB   0   0   0
0 NA11882   0 NA07034   0   121022754 140039937   rs7452053 rs6904272   19198   19.02   MB   3   0   0



Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3208
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: GERMLINE
« Ответ #13 : 13 Апрель 2010, 00:36:23 »
Саша Гусев написал программу GERMLINE, анализирующую 23андме данные.
Посему предлагаю:
1. Сашу пригласить поообщаться на нашем форуме, позадавать ему умные вопросы, уговорить написать статью для журнала.
2. Программу протестировать и обсудить.

Берусь за первую часть пункта 1.

И каковы успехи по первой части? Очень интересно!

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1336
  • Страна: il
  • Рейтинг +337/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GERMLINE
« Ответ #14 : 18 Апрель 2010, 20:08:38 »
Саша Гусев написал программу GERMLINE, анализирующую 23андме данные.
Посему предлагаю:
1. Сашу пригласить поообщаться на нашем форуме, позадавать ему умные вопросы, уговорить написать статью для журнала.
2. Программу протестировать и обсудить.

Берусь за первую часть пункта 1.

И каковы успехи по первой части? Очень интересно!
Сашу пригласил, жду результатов.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100