BigY: pro et contra

[Centurion]

Что касается примера, где 10 человек исчерпали свои приватные снипы и полностью идентичны в рамках покрытия Биг-У, то зачем им СТР-анализ? Они родственники в 4-5м колене, причём по прямой мужской линии.

нет, есть ветки где по 800 лет и нет больше снипов для разбивки.. 5 пок это 150 лет примерно, я не про такие случаи написал

Ничего себе! 800 лет без снипов под последним снипом. Жесть!
День открытий. Спасибо за науку. Буду знать, что такие случаи есть.

800 лет именно эту цифру я взял с потолка просто для примера

[TAPAHTAC]

Мне кажется, что биекция здесь неверна. Скорее уж триекция. Типа маркер за 100 лет не поменялся - 20%, поменялся вверх - 40%, поменялся вниз - 40%.
И тогда картина получается не такая однозначная.

Разумеется, моя схема была упрощённой. Важно лишь то, что и вы подтведили: "вероятность вверх"="вероятность вниз".
Т.е. маркерная дистанция есть функция с МО=0, а значение маркера в среднем у потомков равно предковому. Какая уж тут хронология.

[AlexanderK]

Бардак какой-то у них в BigY.

БигУ троюродного брата готов был ещё 20 июня. Гаплогруппа до сих пор висит J-M267 (J1) - то есть терминальный снип не определили вообще. Матчей по БигУ - пусто, хотя по У67 у него три матча: с дистанцией 1 маркер (я), 3 маркера (Шахриманян) и 5 маркеров (Мадатов). ВАМ - тоже заказан уже почти месяц назад, подтверждение из саппорта на заказ ВАМа приходило. Пару недель назад писал на саппорт (через тикет) с просьбой прояснить ситуацию - неделю назад пришло письмо из саппорта - кейс принят и переслан в лабораторию. И по прежнему никаких сдвигов.

Смотрел VCF - PF7261 у него подтверждён, а вот PF7257 - похоже считался плохо и не подтверждён. Ну так и написали бы PF7257*, присвоили бы J-PF7261 (как они это сделали у Альнассера) - и отдали бы ВАМ. Так нет же, тянут и тянут - и по сути на запросы не отвечают

На форуме несколько раз упоминали что можно написать какому-то начальнику чтобы как-то продвинуть илли хотя бы получить внятный ответ - не напомнит ли кто-нибудь его контакты?

[AlexanderK]

С 1 по 31 августа БигУ будет стоить всего $395!!!

[Farroukh]

Хм, зашёл только что (01.08.2017, 9:50 Мск) - Биг стоит 575$ 
Также пишут что по предзаказу (bill me later) надо оплатить не позже недели после окончания скидок.

[KHAN]

Хм, зашёл только что (01.08.2017, 9:50 Мск) - Биг стоит 575$ 
Также пишут что по предзаказу (bill me later) надо оплатить не позже недели после окончания скидок.

Скидки начнутся сегодня в 18.00 по мск.

[Виталий77]

Также пишут что по предзаказу (bill me later) надо оплатить не позже недели после окончания скидок.

Они всегда так пишут. И цена остается прежней.

[karwiso]

Если посмотреть на страницу https://isogg.org/wiki/Y-DNA_SNP_testing_chart, то  можно сказать, что секвенсирование полного генома даёт больше, чем BigY. BigY дает около 14 миллионов снипов в YFull, тогда как полное секвенсирование даёт около 23 миллионов снипов. BigY покрывает около 76% известных снипов в Y-хромосоме, а полное секвенсирование  97%. BigY даёт 96% STR, а полное секвенсирование - 98%.
Учитывая конкуренцию на рынке, BigY не выгоден и STR111 просто трата денег. Мне удалось заказать полное секвенсирование генома за 270€, а это даёт и Y-снипы, и STR и аутосомальное ДНК. Кто из родственников хочет, тем заказываю полное секвенсирование в других лабораториях, а 37 или 67 маркеров в ФТДНА только для регистрации в базе данных.

[Sylvester]

Если посмотреть на страницу https://isogg.org/wiki/Y-DNA_SNP_testing_chart, то  можно сказать, что секвенсирование полного генома даёт больше, чем BigY. BigY дает около 14 миллионов снипов в YFull, тогда как полное секвенсирование даёт около 23 миллионов снипов. BigY покрывает около 76% известных снипов в Y-хромосоме, а полное секвенсирование  97%. BigY даёт 96% STR, а полное секвенсирование - 98%.
Учитывая конкуренцию на рынке, BigY не выгоден и STR111 просто трата денег. Мне удалось заказать полное секвенсирование генома за 270€, а это даёт и Y-снипы, и STR и аутосомальное ДНК. Кто из родственников хочет, тем заказываю полное секвенсирование в других лабораториях, а 37 или 67 маркеров в ФТДНА только для регистрации в базе данных.

А где в этой сравнительной табличке вы видите секвенсирование полного генома? Y-Elite покруче чем BigY, это понятно, но он и подороже.
А по поводу полного секвенирования в Dante Labs, то если рассматривать этот тест в части качества тестирования Y-хромосомы, то есть мнение эксперта, что длина чтения маловата для Y:

очень короткая длина рида - 100 bp

сравнение только по цене это не серьезно
у них тех характеристики разные

зы и на игреке будет всего 15х в итоге

ИМХО утверждать что BigY не выгоден пока преждевременно.

[karwiso]

Если посмотреть на страницу https://isogg.org/wiki/Y-DNA_SNP_testing_chart, то  можно сказать, что секвенсирование полного генома даёт больше, чем BigY. BigY дает около 14 миллионов снипов в YFull, тогда как полное секвенсирование даёт около 23 миллионов снипов. BigY покрывает около 76% известных снипов в Y-хромосоме, а полное секвенсирование  97%. BigY даёт 96% STR, а полное секвенсирование - 98%.
Учитывая конкуренцию на рынке, BigY не выгоден и STR111 просто трата денег. Мне удалось заказать полное секвенсирование генома за 270€, а это даёт и Y-снипы, и STR и аутосомальное ДНК. Кто из родственников хочет, тем заказываю полное секвенсирование в других лабораториях, а 37 или 67 маркеров в ФТДНА только для регистрации в базе данных.

А где в этой сравнительной табличке вы видите секвенсирование полного генома? Y-Elite покруче чем BigY, это понятно, но он и подороже.
А по поводу полного секвенирования в Dante Labs, то если рассматривать этот тест в части качества тестирования Y-хромосомы, то есть мнение эксперта, что длина чтения маловата для Y:

очень короткая длина рида - 100 bp

сравнение только по цене это не серьезно
у них тех характеристики разные

зы и на игреке будет всего 15х в итоге

ИМХО утверждать что BigY не выгоден пока преждевременно.

Извиняюсь, может быть стоит посмотреть и здесь: https://isogg.org/wiki/Y-DNA_next_generation_sequencing
FullGenomesCorporation WGS x30  даёт 23 миллиона снипов, а BiyY даёт 16 миллионов.
Я заказывал полное секвенсирование от Dante Labs.

По таблице с ISOGG длина чтения на BigY тоже 100 bp. BigY имеет покрытие 60x,  но у меня возникает вопрос - даёт ли 60x существенно больше, чем 30x? Дополнительная доля покрытия падает сильно с увеличением x-ов.

Но даже сравнивая Y Elite и FGC WGS 30x, я бы выбрал просто WGS (полное секвенсирование генома), но не за 1200$... Цена  просто должна снизиться.

[Sylvester]

По таблице с ISOGG длина чтения на BigY тоже 100 bp. BigY имеет покрытие 60x,  но у меня возникает вопрос - даёт ли 60x существенно больше, чем 30x?

Эта таблица устаревшая, BigY уже давно 165 делают.
Вот эту ветку посмотрите, тут обсуждалось влияние длины рида и покрытия на качество конечного результата http://forum.molgen.org/index.php/topic,10410.msg395253.html#msg395253

[AlexanderK]

Имхо - единственные у кого есть шансы на долгосрочную перспективу это 23&Me!!!

[gecube_ru]

Имхо - единственные у кого есть шансы на долгосрочную перспективу это 23&Me!!!

Потому что за ними гугль ?

[Mich Glitch]

Имхо - единственные у кого есть шансы на долгосрочную перспективу это 23&Me!!!

Потому что за ними гугль ?

Уже нет. Давно нет. Развелись.   

Для меня 23эндМи - символ регресса.
Ну, и потом польская барышня (бывшая С.Брина) никогда особо и не скрывала, что генеалогия её интересует мало. Основное же - Паркинсон и Альцгеймер.
Нужно? Да.
Благородно? Допустим. (Не считаю фармакологический бизнес особо достойным. Скорее, наоборот.)

Но вот по части генеалогии - фигня полная.

*** У нас с Александром полярные мнения. Так ведь плюрализЪм.   

[Mich Glitch]

5 лет назад были ещё вместе.
Фото (пардон, за качество) сделал в Смитсоновском музее Вашингтона.