АвторТема: BigY: pro et contra  (Прочитано 49183 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2258
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #225 : 28 Июнь 2017, 16:34:40 »
На днях вводил в Семаргл гаплотип Кадырова (245566). Из 111 маркеров потери 19 маркеров. К уважаемой команде YFull конечно же никаких претензий - они считывают то, что могут считать с полученного BAMа, да и вообще делают эту услугу в качестве бонуса. Но, вот если вернуться к сотни раз поднимавшейся мною теме о предложениях самого экономного по средствам тестирования: Y12 + Big Y (а YFull остальное вытащит), как по мне, это всё-таки не вариант.
У меня тоже 18 маркеров не прочиталось  :(. Тестю повезло чуть больше - 13 не прочитано. Но вот апгрейдится до 111 маркеров - смысла не вижу. Это не изменит моей позиции на дереве YFull.

Оффлайн Таракан

  • "На стяге твоем такой же кот, лишь только цвет другой" (с)
  • Сообщений: 2145
  • Страна: ru
  • Рейтинг +265/-0
    • Татарский ДНК-проект "Идель"
  • Y-ДНК: R1a-YP5233
  • мтДНК: U4 (Ulrike)
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #226 : 28 Июнь 2017, 16:43:48 »
Простите, а какой интерес в СТР-ах для человека, сделавшего Биг-У?
Кроме альтруистической помощи тем, кто продолжает "прогнозировать" свой терминальный снип, не делая Биг-У. Я имею в виду косвенную помощь через обогащение проектов, базы Семаргла и пр.

Это процесс обоюдный. Или Вам не интересно где ваша ветвь распространена, на какой дистанции, какое разнообразие? Глупо думать, что все сделают Биг-У или даже терминальный снип.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #227 : 28 Июнь 2017, 17:07:03 »
Простите, а какой интерес в СТР-ах для человека, сделавшего Биг-У?
Пока это в копилку.. но есть смысл, когда ветка имеет небольшой возраст, и уже нет отделяющих снипов, а в ветке скажем 10 человек (такие есть и много), так вот можно эту группу на основе стр разбить уже внутри этого субклада... такая фича уже давно запланирована в todo, возможно будет реализована, ну и другие вещи, как вы уже написали, выявление характерных маркеров для веток и тд. вобщем по любому нужно выжать из теста максимум информации, какая возможна! в хозяйстве пригодится всегда...

Оффлайн varang

  • Сообщений: 5364
  • Страна: fi
  • Рейтинг +1823/-8
    • Проект "R1a-Y417 & Subclades" (M458>L1029>YP417)
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777
  • мтДНК: H2a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #228 : 28 Июнь 2017, 17:36:10 »
Простите, а какой интерес в СТР-ах для человека, сделавшего Биг-У?
Пока это в копилку.. но есть смысл, когда ветка имеет небольшой возраст, и уже нет отделяющих снипов, а в ветке скажем 10 человек (такие есть и много), так вот можно эту группу на основе стр разбить уже внутри этого субклада... такая фича уже давно запланирована в todo, возможно будет реализована, ну и другие вещи, как вы уже написали, выявление характерных маркеров для веток и тд. вобщем по любому нужно выжать из теста максимум информации, какая возможна! в хозяйстве пригодится всегда...

Если в этом случае, то да, конечно. Если по YTree уже все "на кончике", члены одной фамилии и рода ( в биолог. смысле) в пределах последних 200 лет.

Многие, как я вижу, просто читают разговоры об этом и неправильно их истолковывают.




Оффлайн TAPAHTAC

  • Сообщений: 216
  • Страна: cy
  • Рейтинг +65/-0
  • Интересы: I2-Y12911; G2-Y12975
  • Y-ДНК: J1-BY76
  • мтДНК: H1b1a
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #229 : 28 Июнь 2017, 20:52:13 »
Многие, как я вижу, просто читают разговоры об этом и неправильно их истолковывают.
Вот я точно неправильно истолковываю.
Вот например: как можно судить о близости родства по маркерной дистанции, если все флюктуации обратимы?
Если сравнивать человека с дистанцией 0 от меня с другим, у которого дистанция 2, то нет оснований утверждать, что первый мне ближе в смысле родства, чем второй. Никаких оснований. Можно лишь утверждать, что это два разных человека.
И сделав Биг-У только убеждаешься: маркерные дистанции скорее вводят в заблуждение, чем показывают реально ближайших родственников.
Каждый может привести множество таких случаев.
Что касается примера, где 10 человек исчерпали свои приватные снипы и полностью идентичны в рамках покрытия Биг-У, то зачем им СТР-анализ? Они родственники в 4-5м колене, причём по прямой мужской линии. Даже, если в детстве родители их не познакомили, нетрудно поделиться своими бумажными изысканиями и вычислить БОПа буквально за кружкой пива.
Америкосы бы мне тут же выкатили слащавую историю о нелёгкой судьбе негритянского подкидыша, который не знал своих родителей, зато в 75 лет обрёл своего брата-японца. И всё благодаря 111-и маркерам! Но мы-то "слава богу, не в Америке живём".

Оффлайн varang

  • Сообщений: 5364
  • Страна: fi
  • Рейтинг +1823/-8
    • Проект "R1a-Y417 & Subclades" (M458>L1029>YP417)
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777
  • мтДНК: H2a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #230 : 28 Июнь 2017, 21:41:42 »
Многие, как я вижу, просто читают разговоры об этом и неправильно их истолковывают.
Вот я точно неправильно истолковываю.
Вот например: как можно судить о близости родства по маркерной дистанции, если все флюктуации обратимы?
Если сравнивать человека с дистанцией 0 от меня с другим, у которого дистанция 2, то нет оснований утверждать, что первый мне ближе в смысле родства, чем второй. Никаких оснований. Можно лишь утверждать, что это два разных человека.
И сделав Биг-У только убеждаешься: маркерные дистанции скорее вводят в заблуждение, чем показывают реально ближайших родственников.
Каждый может привести множество таких случаев.
Что касается примера, где 10 человек исчерпали свои приватные снипы и полностью идентичны в рамках покрытия Биг-У, то зачем им СТР-анализ? Они родственники в 4-5м колене, причём по прямой мужской линии. Даже, если в детстве родители их не познакомили, нетрудно поделиться своими бумажными изысканиями и вычислить БОПа буквально за кружкой пива.
Америкосы бы мне тут же выкатили слащавую историю о нелёгкой судьбе негритянского подкидыша, который не знал своих родителей, зато в 75 лет обрёл своего брата-японца. И всё благодаря 111-и маркерам! Но мы-то "слава богу, не в Америке живём".

Я имею ввиду, что YTree и снипы - по умолчанию безусловный приоритет для всех.

И пока не выстроено дерево до самого последнего возможного терминального снипа возрастом, например, 150 лет, то этот последний пунктик по STR (от Centurion'a) не активизируется.
Но если вы уже выстроили максимально возможное  дерево, и у вас под одним снипом пол-аула кавказского или степного, и при этом нет возможности уточнить по документальной генеалогии, то тогда включается снова STR.

Ув. Centurion,  я правильно этот момент понял?

Но если так, то это не contra BigY, а снова STR лишь как доп. инструмент.
« Последнее редактирование: 28 Июнь 2017, 21:48:02 от varang »

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #231 : 28 Июнь 2017, 22:19:22 »
Что касается примера, где 10 человек исчерпали свои приватные снипы и полностью идентичны в рамках покрытия Биг-У, то зачем им СТР-анализ? Они родственники в 4-5м колене, причём по прямой мужской линии.
нет, есть ветки где по 800 лет и нет больше снипов для разбивки.. 5 пок это 150 лет примерно, я не про такие случаи написал

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1936
  • Страна: ru
  • Рейтинг +357/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #232 : 28 Июнь 2017, 22:55:12 »
Простите, а какой интерес в СТР-ах для человека, сделавшего Биг-У?
Пока это в копилку.. но есть смысл, когда ветка имеет небольшой возраст, и уже нет отделяющих снипов, а в ветке скажем 10 человек (такие есть и много), так вот можно эту группу на основе стр разбить уже внутри этого субклада... такая фича уже давно запланирована в todo, возможно будет реализована, ну и другие вещи, как вы уже написали, выявление характерных маркеров для веток и тд. вобщем по любому нужно выжать из теста максимум информации, какая возможна! в хозяйстве пригодится всегда...

А планируется ли в YFull возможность догрузить недостающие маркеры из тестов Y37-Y67-111 маркеров (скажем через Семаргл) чтобы закрыть дырки в вытащенных из ВАМа?

Оффлайн TAPAHTAC

  • Сообщений: 216
  • Страна: cy
  • Рейтинг +65/-0
  • Интересы: I2-Y12911; G2-Y12975
  • Y-ДНК: J1-BY76
  • мтДНК: H1b1a
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #233 : 29 Июнь 2017, 00:10:45 »
Что касается примера, где 10 человек исчерпали свои приватные снипы и полностью идентичны в рамках покрытия Биг-У, то зачем им СТР-анализ? Они родственники в 4-5м колене, причём по прямой мужской линии.
нет, есть ветки где по 800 лет и нет больше снипов для разбивки.. 5 пок это 150 лет примерно, я не про такие случаи написал
Что-то я нынче торможу даже больше, чем обычно ...
Но раз вычислен возраст 800 лет для терминального снипа, значит под ним есть как минимум 2 человека с приличным количеством приватных снипов, разве не так? Тогда что значит "нет больше снипов для разбивки", если у них по 5-7 приватных на каждого?
Возможно, вы имели в виду, что нет пересечений по этип снипам и нельзя немедленно создать следующие (вниз) терминальные группы. Но тут, мне кажется, можно просто скромно ждать новых китов.
Ведь если у меня с вами терминальный снип удалён в прошлое примерно на 800 лет, то, даже если по маркерам у нас дистанция 0, наш БОП жил всё те же ~800 лет назад. И имеющиеся у каждого из нас 5-7 приватных из рассмотрения не выкинешь.
Реально не догоняю :-(

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 18704
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4679/-14
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #234 : 29 Июнь 2017, 00:31:31 »
800 лет... Завидую я вам :)

У меня YFull насчитал 38 приватных снипов. Торчу уже 3 года как... из узла ZS3114. Тут без STR никак. Хотя, с заказом Y111, наверно, в своё время поторопился, да ладно, пусть уж будут. Упомянутый мною выше Кадыров попал в FGC4453* (усреднённый ВБОП ~2000 лет), и какие из тамошних арабов к нему ближе/дальше и насколько тоже без STR не прикинуть.

Big Y бесспорно произвёл революцию, но и STR, как думаю, ещё долго будут полезны.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1936
  • Страна: ru
  • Рейтинг +357/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #235 : 29 Июнь 2017, 01:12:39 »
Что касается примера, где 10 человек исчерпали свои приватные снипы и полностью идентичны в рамках покрытия Биг-У, то зачем им СТР-анализ? Они родственники в 4-5м колене, причём по прямой мужской линии.
нет, есть ветки где по 800 лет и нет больше снипов для разбивки.. 5 пок это 150 лет примерно, я не про такие случаи написал
Что-то я нынче торможу даже больше, чем обычно ...
Но раз вычислен возраст 800 лет для терминального снипа, значит под ним есть как минимум 2 человека с приличным количеством приватных снипов, разве не так? Тогда что значит "нет больше снипов для разбивки", если у них по 5-7 приватных на каждого?
Возможно, вы имели в виду, что нет пересечений по этип снипам и нельзя немедленно создать следующие (вниз) терминальные группы. Но тут, мне кажется, можно просто скромно ждать новых китов.
Ведь если у меня с вами терминальный снип удалён в прошлое примерно на 800 лет, то, даже если по маркерам у нас дистанция 0, наш БОП жил всё те же ~800 лет назад. И имеющиеся у каждого из нас 5-7 приватных из рассмотрения не выкинешь.
Реально не догоняю :-(

ФТДНА считывает отнюдь не все снипы. И как я понимаю два человека могут полностью совпадать по снипам проверенным BigY, а иметь общего предка 500 лет назад.

Да и с Н-юродными братьями все не так гладко. У меня с троюродным братом прадед родился в 1865 году. Пра-прадед - общий с четвероюродными (то есть 3rd cousins) - в 1833. А прапрапрадеда, общего с 4th cousins я знаю только по имени (точнее отчеству пра-прадеда) и родился он в те времена когда эта часть Армении принадлежала Персии.  То есть с 5th cousin  я общего предка 99.9% не найду, разве что он живет в Иране и у него сохранился семейный архив за 18-й век!

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1332
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #236 : 29 Июнь 2017, 01:39:31 »
нет, есть ветки где по 800 лет и нет больше снипов для разбивки.. 5 пок это 150 лет примерно, я не про такие случаи написал
Что-то я нынче торможу даже больше, чем обычно ...
Но раз вычислен возраст 800 лет для терминального снипа, значит под ним есть как минимум 2 человека с приличным количеством приватных снипов, разве не так? Тогда что значит "нет больше снипов для разбивки", если у них по 5-7 приватных на каждого?
Возможно, вы имели в виду, что нет пересечений по этип снипам и нельзя немедленно создать следующие (вниз) терминальные группы. Но тут, мне кажется, можно просто скромно ждать новых китов.
Ведь если у меня с вами терминальный снип удалён в прошлое примерно на 800 лет, то, даже если по маркерам у нас дистанция 0, наш БОП жил всё те же ~800 лет назад. И имеющиеся у каждого из нас 5-7 приватных из рассмотрения не выкинешь.
Реально не догоняю :-(
Допустим общий предок 3 людей жил 800 лет назад, а общий предок 2 их них жил 500 лет назад. И допустим, что мы не можем видеть по снипам, что эти два человека ближе друг к другу, т.к. за 300 лет (между 800 лет назад и 500 лет назад) не случилось ни одного снипа. Такое бывает. Но STR в это время спокойно мутировали. Из 400 STR (прочитанных у всех трех семплов) мутирует примерно 12. Гомоплазия если и случится, то где в 1-2 маркерах (это я на глазок). Таким образом, STR покажут ясную картину деления этого субклада из-за наличия 12 общих значений маркеров у двух семплов.
Конечно, если вдумываться, то тут имеет значение как далеко ближайший образец за пределами этой ветки (для маленькой гомоплазии в определении предкового значения маркера, а следовательно и разделения приватных и общих значений маркеров). Но европейские ветви достаточно густые и в них такой проблемы не будет.

Оффлайн TAPAHTAC

  • Сообщений: 216
  • Страна: cy
  • Рейтинг +65/-0
  • Интересы: I2-Y12911; G2-Y12975
  • Y-ДНК: J1-BY76
  • мтДНК: H1b1a
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #237 : 29 Июнь 2017, 10:59:44 »
Допустим общий предок 3 людей жил 800 лет назад, а общий предок 2 их них жил 500 лет назад. И допустим, что мы не можем видеть по снипам, что эти два человека ближе друг к другу, т.к. за 300 лет (между 800 лет назад и 500 лет назад) не случилось ни одного снипа. Такое бывает. Но STR в это время спокойно мутировали. Из 400 STR (прочитанных у всех трех семплов) мутирует примерно 12. Гомоплазия если и случится, то где в 1-2 маркерах (это я на глазок). Таким образом, STR покажут ясную картину деления этого субклада из-за наличия 12 общих значений маркеров у двух семплов.
Как же они покажут эту ясную картину?
Предположим, что мутации идут строго раз в 100 лет.
У некого патриарха рода значение маркера ХХХ равно 12.
Через 100 лет после первой мутации половина его потомков будет иметь 11, а вторая половина - 13.
Ещё через 100 лет: 25%-10, 50%-12, 25%-14.
Т.е. все они равно удалены друг от друга и от БОП, но мы по маркерам делаем вывод, что те, у которых по 12 гораздо ближе друг к другу, чем те, у которых 10 и 14.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1419
  • Страна: hu
  • Рейтинг +264/-6
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #238 : 29 Июнь 2017, 13:12:27 »
Допустим общий предок 3 людей жил 800 лет назад, а общий предок 2 их них жил 500 лет назад. И допустим, что мы не можем видеть по снипам, что эти два человека ближе друг к другу, т.к. за 300 лет (между 800 лет назад и 500 лет назад) не случилось ни одного снипа. Такое бывает. Но STR в это время спокойно мутировали. Из 400 STR (прочитанных у всех трех семплов) мутирует примерно 12. Гомоплазия если и случится, то где в 1-2 маркерах (это я на глазок). Таким образом, STR покажут ясную картину деления этого субклада из-за наличия 12 общих значений маркеров у двух семплов.
Как же они покажут эту ясную картину?
Предположим, что мутации идут строго раз в 100 лет.
У некого патриарха рода значение маркера ХХХ равно 12.
Через 100 лет после первой мутации половина его потомков будет иметь 11, а вторая половина - 13.
Ещё через 100 лет: 25%-10, 50%-12, 25%-14.
Т.е. все они равно удалены друг от друга и от БОП, но мы по маркерам делаем вывод, что те, у которых по 12 гораздо ближе друг к другу, чем те, у которых 10 и 14.
Мне кажется, что биекция здесь неверна. Скорее уж триекция. Типа маркер за 100 лет не поменялся - 20%, поменялся вверх - 40%, поменялся вниз - 40%.
И тогда картина получается не такая однозначная.

Оффлайн varang

  • Сообщений: 5364
  • Страна: fi
  • Рейтинг +1823/-8
    • Проект "R1a-Y417 & Subclades" (M458>L1029>YP417)
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777
  • мтДНК: H2a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #239 : 29 Июнь 2017, 16:50:34 »
Что касается примера, где 10 человек исчерпали свои приватные снипы и полностью идентичны в рамках покрытия Биг-У, то зачем им СТР-анализ? Они родственники в 4-5м колене, причём по прямой мужской линии.
нет, есть ветки где по 800 лет и нет больше снипов для разбивки.. 5 пок это 150 лет примерно, я не про такие случаи написал

Ничего себе! 800 лет без снипов под последним снипом. Жесть!
День открытий. Спасибо за науку. Буду знать, что такие случаи есть.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.