АвторТема: BigY: pro et contra  (Прочитано 15440 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Sylvester

  • European 97% EE:70%_SE:14%_Fin:9%_Sca:4% C.Asia:<2%_Siberia:<2%
  • Сообщений: 1514
  • Страна: ru
  • Рейтинг +480/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF01670 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians SWE>RUS
  • мтДНК: N1a1a1a1a +{146C,3531A} LBK>Sintashta(RISE391) RUS,KAZ,BGR,HUN
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #30 : 25 Апрель 2016, 02:14:51 »
Вопрос к специалистам по BigY:
имеется 2 человека, от одного из которых до БОП, судя по документам и прочим бумажным делам, 19 поколений, а от второго 21 поколение. По маркерам мы родня.
Я заказал себе BigY - если этот тест закажет и мой родич, то сможем ли мы подтвердить, что между нами и БОП, в среднем, 20 поколений? Ну или обратный вопрос - сможем ли мы приблизительно узнать, сколько поколений от нас до БОП в среднем? ::)
Да, уже давно выработана методика расчета  возраста БОП по снипам. В Yfull вам возраст посчитают.
Сначала по раздельности по каждой из линий посчитают ваши "качественные" приватные снипы(из диапазона combBED). Каждая такая отобранная мутация происходит в среднем раз в 144 года. Количество снипов сначала нормализуют с поправкой на покрытие, а затем умножив на скорость(144) и прибавив усредненный возраст тестируемого(60 лет) получат возраст до БОП по каждой из линий. Затем оба возраста усредняют и уже усредненный возраст(TMRCA) отражают на дереве Ytree. Поделив возраст на 31.5 получите примерное количество поколений от вас до БОП.
Погрешность в расчетах по снипам достаточно большая если всего два образца. С увеличением количества протестированных точность повышается(за счет усреднения).
 Можете еще и по STR посчитать возраст(из BAM файла Yfull определит почти все маркеры), и потом сравнить результаты, обычно что по снипам что по str получаются примерно одни и те же возраста.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 946
  • Страна: ru
  • Рейтинг +273/-6
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY89957
  • мтДНК: V7a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #31 : 25 Апрель 2016, 10:08:03 »
Вопрос к специалистам по BigY:
имеется 2 человека, от одного из которых до БОП, судя по документам и прочим бумажным делам, 19 поколений, а от второго 21 поколение. По маркерам мы родня.
Я заказал себе BigY - если этот тест закажет и мой родич, то сможем ли мы подтвердить, что между нами и БОП, в среднем, 20 поколений? Ну или обратный вопрос - сможем ли мы приблизительно узнать, сколько поколений от нас до БОП в среднем? ::)
Да, уже давно выработана методика расчета  возраста БОП по снипам. В Yfull вам возраст посчитают.
Сначала по раздельности по каждой из линий посчитают ваши "качественные" приватные снипы(из диапазона combBED). Каждая такая отобранная мутация происходит в среднем раз в 144 года. Количество снипов сначала нормализуют с поправкой на покрытие, а затем умножив на скорость(144) и прибавив усредненный возраст тестируемого(60 лет) получат возраст до БОП по каждой из линий. Затем оба возраста усредняют и уже усредненный возраст(TMRCA) отражают на дереве Ytree. Поделив возраст на 31.5 получите примерное количество поколений от вас до БОП.
Погрешность в расчетах по снипам достаточно большая если всего два образца. С увеличением количества протестированных точность повышается(за счет усреднения).
 Можете еще и по STR посчитать возраст(из BAM файла Yfull определит почти все маркеры), и потом сравнить результаты, обычно что по снипам что по str получаются примерно одни и те же возраста.

Спасибо! Значит дело за малым :)

Оффлайн Sylvester

  • European 97% EE:70%_SE:14%_Fin:9%_Sca:4% C.Asia:<2%_Siberia:<2%
  • Сообщений: 1514
  • Страна: ru
  • Рейтинг +480/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF01670 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians SWE>RUS
  • мтДНК: N1a1a1a1a +{146C,3531A} LBK>Sintashta(RISE391) RUS,KAZ,BGR,HUN
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #32 : 27 Апрель 2016, 18:27:56 »
Не обязательно иметь близких минимум двух протестированных,
Что Вы понимаете под "близких" ?
Цитировать
бигигреков уже много сделано
Сколько ?
Цитировать
Есть даже несколько китов в проекте у которых вообще нет никаких матчей ни на 111 ни на 67,37,25,12 , а по снипам у них ВБОП около 1000 лет.
Сколько мутаций было между этими китами на 67,37,25,12 ?
Цитировать
Для близких дистанций конечно лучше FF, но 8 колен наверно не пробьет.
И больше 8 пробивает.
Под 'близких' в данном случае имел ввиду наличие матчей на str 67. Т.е. отсутствие матчей на 67 не является противопоказанием для заказа бигY.

Сколько бигY сделано где? в FTDNA? Достаточно много, чтобы любой сделавший бигY смог найти свое место на дереве относительно других сделавших.

Цитировать
Сколько мутаций было между этими китами на 67,37,25,12 ?
Вот например, сделано str111, матчей нет вообще даже на str12.
А если смотреть по снипам, то у него 4 кузена(по оценке Yfull возраст снипа 1250 ybp). Дистанции на str от него до них вот такие:
12:  6/6/7/7
25:  6/7/8/9
37:  8/8/10/11
67:  12/15/15/18
111: 18/24/24/25
Т.е. не повезло с мутациями на первых 12 str, их там слишком много, а к 111 мутации уже укладываются в норму(24 на 111 это как раз примерно 1250 ybp).

По поводу FF 'пробьет' и 'пробивает', это не совсем одно и то же. Может 8 колен и пробьет, а может нет, и даже если и пробьет, то результат 5th-remote cousin малоинформативен, нельзя посчитать уровень родства, может 6 а может 36 колен.
« Последнее редактирование: 27 Апрель 2016, 21:34:36 от Sylvester »

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 946
  • Страна: ru
  • Рейтинг +273/-6
  • Y-ДНК: R1a-Y35177/BY89957
  • мтДНК: V7a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #33 : 28 Апрель 2016, 14:21:51 »
имеется 2 человека, от одного из которых до БОП, судя по документам и прочим бумажным делам, 19 поколений, а от второго 21 поколение. По маркерам мы родня.
В каком веке родился общий предок ? Сколько поколений до него по STR получилось ?

Пока что ситуация гипотетическая: по семейной легенде предок родился в XIV веке и у него было 2 сына - один основал Смоленскую ветвь, а второй - Новгородскую, от которой произошли все остальные. Вот я и думаю - если я найду потомка Смоленской ветви, то смогу ли я проверить эту легенду на точность датировки жизни предка?

Онлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10240
  • Страна: az
  • Рейтинг +1422/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #34 : 28 Апрель 2016, 16:54:25 »
И не только возраст, но и вообще сам факт его существования

Оффлайн XPOMOBАвтор темы

  • Сообщений: 33
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #35 : 28 Апрель 2016, 18:57:13 »
Уважаемый Srkz,
чтобы проследить логику, почитайте дискуссию, из которой уважаемый Сильвестр процитировал мой комментарий. Повторяю, это другая тема.

Прочитал, дискуссии там не увидел. Вот Ваши слова:

1) После провала BigY, FTDNA переключилось не бюджетный сегмент, продвигая весьма сомнительный продукт по достаточно высокой цене. У кого-нибудь есть хоть один образец, для которого имело бы смысл проверить четыре-пять SNP с этой панели?

2) Возможно, это попытка откорректировать новую, ёщё более нелепую, чем предыдущая, версию Y-дерева FTDNA за счёт своих клиентов. Во всяком случае, N-сообщество достаточно хорошо информировано и организовано, для того, чтобы покупаться на такие дешёвые маркетинговые уловки.

Из чего мне становится интересным следующее (по Вашим пунктам):

1) В чём был провал Big Y? У Вас есть финансовый план FTDNA, который не оправдали тесты Бига? Люди перестали тестироваться на Биг (особенно в период скидок)? Вопрос из моего примера: если фабрика выпускает линию более дешёвой продукции, причём несколько иного назначения, это провал в продажах предыдущей?

2) Как видите, сообщество купилось и продолжает покупаться на эти дешёвые маркетинговые уловки ;D Только цель у них несколько иная, чем Вы её описали.

Уважаемый Ярослав, чтобы не засорять интернет-пространство, отвечу в двух словах. В один прекрасный момент, компания FTDNA возвестила об очередном суперпродукте - SNPpack’е. За какую-то сотню доларов предлагалось проверить сотню SNP. Казалось бы, превосходная цена. Однако, компания даже не намекнула своим клиентам, что из этой сотни для каждого из них полезны 3-4(в этом я вижу маркетиноговый трюк). Позже оказалось, что количество SNP на панели отличается от того, что было заявлено в рекламной рассылке. Таким образом, для кого-то из полезных 3-4-х SNP могли остаться 1-2 (напоминаю, за сотню долларов). Результаты протестировавшихся показали, что некоторые SNP определяются неправильно, сводя полезность теста для некоторых образцов, практически, к нулю. Продукт однозначно произвёл впечатление сделанного наспех для срочного латания финансовой прорехи. Стоило запускать эти панели в таком виде, если бы в то время FTDNA устраивал объём продаж BigY’ка? Если же он был удовлетворительным, и компания как можно скорее стремилась охватить новый ценовой сегмент некачественным продуктом, то это ещё хуже.
Если интересует тема SNPpack’ов, то лучше перейти в соответствующий раздел.


Оффлайн XPOMOBАвтор темы

  • Сообщений: 33
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #36 : 28 Апрель 2016, 19:55:07 »
Уважаемый Ярослав,
от BigY’ка я ожидаю только то, что содержится в описании этого теста:
http://isogg.org/wiki/Y-DNA_SNP_testing_chart
(всегда лучше перепроверить).

Заказывая NGS (в общем случае) было бы хорошо:
#1 определить конечный SNP (из известных);
#2 найти в образце один или несколько частных SNP и сделать их общественными;
#3 обнаружить подавляющее большинство своих, ранее неизвестных, SNP для последующей автокоррекции позиции образца на Дереве.

FGC, по каким-то причинам, публикуют дерево с довольно-таки низким разрешением, хотя имеющиеся у них данные позволяют построить достаточно подробную структуру. Дерево YFull построено как на результатах BigY, так и Y Elite. BigY тесты внесли огромный вклад в детализацию структуры Дерева благодаря своей массовости.
Вы справедливо заметили, что недостатки BigY’ка могут всплыть в каких-то очень подробно протестированных ветвях.
У уважаемого 393188  Skog  BigY не определил конечный SNP. Если BigY, как Вы утверждаете, находит место на Дереве, то почему некоторые образцы “зависли”?:
https://yfull.com/tree/J-Y14193/
https://yfull.com/tree/R-L51/
https://yfull.com/tree/I-Z2337/
https://yfull.com/tree/R-FGC14590/
https://yfull.com/tree/R-L2/
https://yfull.com/tree/R-P312/
Это могут быть и результаты Y Elite, можно проверить. Суть в том, что не для всех нашлось своё место.


Оффлайн smal

  • Сообщений: 1051
  • Страна: by
  • Рейтинг +374/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #37 : 28 Апрель 2016, 20:18:53 »
XPOMOB, к сожалению, идеальные тесты существуют только в мечтах. Все мультилокусные тесты имеют вероятностную природу.

Онлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8524
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1960/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #38 : 28 Апрель 2016, 20:50:21 »
Если BigY, как Вы утверждаете, находит место на Дереве, то почему некоторые образцы “зависли”?:
У них есть свое место на дереве. У них есть свои конечные снипы. На древе YFull показывают те снипы по которым есть совпадение между двумя и более образцами. Значит пока нет такого совпадения, будет в будущем. Но свой набор пока приватных снипов у них есть, просто этот список не показывается на древе, т.к. это бы усложнило визуализацию древа.

Оффлайн XPOMOBАвтор темы

  • Сообщений: 33
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #39 : 28 Апрель 2016, 20:53:11 »
XPOMOB, к сожалению, идеальные тесты существуют только в мечтах. Все мультилокусные тесты имеют вероятностную природу.

Мне это очевидно. Речь идёт о том, что BigY 100%-й гарантии не даёт.
И если уж говорить о близкой к ней, то это точно не текущая версия BigY'ка.

Онлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8524
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1960/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #40 : 28 Апрель 2016, 20:58:29 »
В один прекрасный момент, компания FTDNA возвестила об очередном суперпродукте - SNPpack’е. За какую-то сотню доларов предлагалось проверить сотню SNP. Казалось бы, превосходная цена. Однако, компания даже не намекнула своим клиентам, что из этой сотни для каждого из них полезны 3-4(в этом я вижу маркетиноговый трюк). Позже оказалось, что количество SNP на панели отличается от того, что было заявлено в рекламной рассылке. Таким образом, для кого-то из полезных 3-4-х SNP могли остаться 1-2 (напоминаю, за сотню долларов). Результаты протестировавшихся показали, что некоторые SNP определяются неправильно, сводя полезность теста для некоторых образцов, практически, к нулю.
Снип-паки советуют в случае сложности прогноза по гаплотипу, чтобы не перебирать снипы по отдельности. И в итоге снип-пак экономит кучу средств.
В итоге находится один конечный на данный момент положительный снип (терминальный). Но он этих денег стоит. Плюс к этому, часто важны и отрицательные результаты.
Снип-пак свои деньги отрабатывает. ФТДНА еще умудряется их (паки) модернизировать, что-то отбрасывая, что-то дополняя. Так что имеющиеся и случающиеся минусы лихвой покрываются плюсами от тестирования снип-паков.
Уточнение: в тех случаях, когда снип-пак рекомендован. Бывают случаи, когда достаточно протестировать один-два снипа. Тогда снип-пак не нужен.

Онлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8524
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1960/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #41 : 28 Апрель 2016, 21:00:32 »
Речь идёт о том, что BigY 100%-й гарантии не даёт.
И если уж говорить о близкой к ней, то это точно не текущая версия BigY'ка.
Гарантии чего?

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1051
  • Страна: by
  • Рейтинг +374/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #42 : 28 Апрель 2016, 21:06:37 »
Мне это очевидно. Речь идёт о том, что BigY 100%-й гарантии не даёт.
И если уж говорить о близкой к ней, то это точно не текущая версия BigY'ка.

100% гарантию дает только рай (или ад), не переживайте уж так из-за этой безнадежной реальности где все не так.

Онлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8524
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1960/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #43 : 28 Апрель 2016, 21:13:43 »
Вообще нахождение своего места на древе - процесс постоянный. Нельзя сказать, что вот оно мое место. Оно твое на данный момент. Завтра, с новым протестированным Big Y, у тебя может новая ступенька образоваться. А может не у тебя, а у твоего соседа.  :)

Оффлайн XPOMOBАвтор темы

  • Сообщений: 33
  • Страна: ru
  • Рейтинг +6/-0
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #44 : 28 Апрель 2016, 21:20:24 »
Речь идёт о том, что BigY 100%-й гарантии не даёт.
И если уж говорить о близкой к ней, то это точно не текущая версия BigY'ка.
Гарантии чего?

Гарантии этого -
"окончательное решение вопроса имеющихся у Вас снипов"
http://forum.molgen.org/index.php/topic,3315.msg337301.html#msg337301

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100