АвторТема: BigY: pro et contra  (Прочитано 14986 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн TAPAHTAC

  • Сообщений: 175
  • Страна: cy
  • Рейтинг +39/-0
  • Интересы: I2-Y12911; G2-Y12975
  • Y-ДНК: J1-BY76
  • мтДНК: H1b1a
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #240 : 29 Июнь 2017, 10:59:44 »
Допустим общий предок 3 людей жил 800 лет назад, а общий предок 2 их них жил 500 лет назад. И допустим, что мы не можем видеть по снипам, что эти два человека ближе друг к другу, т.к. за 300 лет (между 800 лет назад и 500 лет назад) не случилось ни одного снипа. Такое бывает. Но STR в это время спокойно мутировали. Из 400 STR (прочитанных у всех трех семплов) мутирует примерно 12. Гомоплазия если и случится, то где в 1-2 маркерах (это я на глазок). Таким образом, STR покажут ясную картину деления этого субклада из-за наличия 12 общих значений маркеров у двух семплов.
Как же они покажут эту ясную картину?
Предположим, что мутации идут строго раз в 100 лет.
У некого патриарха рода значение маркера ХХХ равно 12.
Через 100 лет после первой мутации половина его потомков будет иметь 11, а вторая половина - 13.
Ещё через 100 лет: 25%-10, 50%-12, 25%-14.
Т.е. все они равно удалены друг от друга и от БОП, но мы по маркерам делаем вывод, что те, у которых по 12 гораздо ближе друг к другу, чем те, у которых 10 и 14.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 983
  • Страна: ru
  • Рейтинг +155/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #241 : 29 Июнь 2017, 13:12:27 »
Допустим общий предок 3 людей жил 800 лет назад, а общий предок 2 их них жил 500 лет назад. И допустим, что мы не можем видеть по снипам, что эти два человека ближе друг к другу, т.к. за 300 лет (между 800 лет назад и 500 лет назад) не случилось ни одного снипа. Такое бывает. Но STR в это время спокойно мутировали. Из 400 STR (прочитанных у всех трех семплов) мутирует примерно 12. Гомоплазия если и случится, то где в 1-2 маркерах (это я на глазок). Таким образом, STR покажут ясную картину деления этого субклада из-за наличия 12 общих значений маркеров у двух семплов.
Как же они покажут эту ясную картину?
Предположим, что мутации идут строго раз в 100 лет.
У некого патриарха рода значение маркера ХХХ равно 12.
Через 100 лет после первой мутации половина его потомков будет иметь 11, а вторая половина - 13.
Ещё через 100 лет: 25%-10, 50%-12, 25%-14.
Т.е. все они равно удалены друг от друга и от БОП, но мы по маркерам делаем вывод, что те, у которых по 12 гораздо ближе друг к другу, чем те, у которых 10 и 14.
Мне кажется, что биекция здесь неверна. Скорее уж триекция. Типа маркер за 100 лет не поменялся - 20%, поменялся вверх - 40%, поменялся вниз - 40%.
И тогда картина получается не такая однозначная.

Оффлайн varang

  • Сообщений: 2296
  • Страна: fi
  • Рейтинг +468/-4
  • mtHG отца: U5b1e1
    • Генографический проект "Чечерск и вся Гомельская область"
  • Y-ДНК: R1a-L1029-A14777 (Belarus)
  • мтДНК: H2a1* (Ukraine)
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #242 : 29 Июнь 2017, 16:50:34 »
Что касается примера, где 10 человек исчерпали свои приватные снипы и полностью идентичны в рамках покрытия Биг-У, то зачем им СТР-анализ? Они родственники в 4-5м колене, причём по прямой мужской линии.
нет, есть ветки где по 800 лет и нет больше снипов для разбивки.. 5 пок это 150 лет примерно, я не про такие случаи написал

Ничего себе! 800 лет без снипов под последним снипом. Жесть!
День открытий. Спасибо за науку. Буду знать, что такие случаи есть.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +565/-2
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #243 : 29 Июнь 2017, 17:00:14 »
Что касается примера, где 10 человек исчерпали свои приватные снипы и полностью идентичны в рамках покрытия Биг-У, то зачем им СТР-анализ? Они родственники в 4-5м колене, причём по прямой мужской линии.
нет, есть ветки где по 800 лет и нет больше снипов для разбивки.. 5 пок это 150 лет примерно, я не про такие случаи написал

Ничего себе! 800 лет без снипов под последним снипом. Жесть!
День открытий. Спасибо за науку. Буду знать, что такие случаи есть.

800 лет именно эту цифру я взял с потолка просто для примера ;)

Оффлайн TAPAHTAC

  • Сообщений: 175
  • Страна: cy
  • Рейтинг +39/-0
  • Интересы: I2-Y12911; G2-Y12975
  • Y-ДНК: J1-BY76
  • мтДНК: H1b1a
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #244 : 29 Июнь 2017, 19:58:51 »
Мне кажется, что биекция здесь неверна. Скорее уж триекция. Типа маркер за 100 лет не поменялся - 20%, поменялся вверх - 40%, поменялся вниз - 40%.
И тогда картина получается не такая однозначная.
Разумеется, моя схема была упрощённой. Важно лишь то, что и вы подтведили: "вероятность вверх"="вероятность вниз".
Т.е. маркерная дистанция есть функция с МО=0, а значение маркера в среднем у потомков равно предковому. Какая уж тут хронология.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1980
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #245 : 23 Июль 2017, 09:09:46 »
Бардак какой-то у них в BigY.

БигУ троюродного брата готов был ещё 20 июня. Гаплогруппа до сих пор висит J-M267 (J1) - то есть терминальный снип не определили вообще. Матчей по БигУ - пусто, хотя по У67 у него три матча: с дистанцией 1 маркер (я), 3 маркера (Шахриманян) и 5 маркеров (Мадатов). ВАМ - тоже заказан уже почти месяц назад, подтверждение из саппорта на заказ ВАМа приходило. Пару недель назад писал на саппорт (через тикет) с просьбой прояснить ситуацию - неделю назад пришло письмо из саппорта - кейс принят и переслан в лабораторию. И по прежнему никаких сдвигов.

Смотрел VCF - PF7261 у него подтверждён, а вот PF7257 - похоже считался плохо и не подтверждён. Ну так и написали бы PF7257*, присвоили бы J-PF7261 (как они это сделали у Альнассера) - и отдали бы ВАМ. Так нет же, тянут и тянут - и по сути на запросы не отвечают :(

На форуме несколько раз упоминали что можно написать какому-то начальнику чтобы как-то продвинуть илли хотя бы получить внятный ответ - не напомнит ли кто-нибудь его контакты?

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1980
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #246 : 01 Август 2017, 04:01:50 »
С 1 по 31 августа БигУ будет стоить всего $395!!!

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10206
  • Страна: az
  • Рейтинг +1402/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #247 : 01 Август 2017, 10:16:01 »
Хм, зашёл только что (01.08.2017, 9:50 Мск) - Биг стоит 575$  ???
Также пишут что по предзаказу (bill me later) надо оплатить не позже недели после окончания скидок.

Оффлайн KHAN

  • Сообщений: 270
  • Рейтинг +58/-0
  • Y-ДНК: R-S3373*, J-ZS2366*, R-S1327*
  • мтДНК: U5b1, N1b, H7
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #248 : 01 Август 2017, 10:24:07 »
Хм, зашёл только что (01.08.2017, 9:50 Мск) - Биг стоит 575$  ???
Также пишут что по предзаказу (bill me later) надо оплатить не позже недели после окончания скидок.
Скидки начнутся сегодня в 18.00 по мск.

Оффлайн Виталий77

  • Однодворец ищущий свои корни
  • Сообщений: 1197
  • Страна: ru
  • Рейтинг +306/-0
  • FTDNA: 297613; ySearch: ZH52M
  • Y-ДНК: R1a-A7015, R1a1a1b1a2b3a1c2c2a1~(ISOGG)
  • мтДНК: H13a1a1c
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #249 : 01 Август 2017, 11:03:52 »
Также пишут что по предзаказу (bill me later) надо оплатить не позже недели после окончания скидок.
Они всегда так пишут. И цена остается прежней.

Оффлайн karwiso

  • Сообщений: 25
  • Страна: 00
  • Рейтинг +13/-0
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #250 : 18 Ноябрь 2017, 19:20:07 »
Если посмотреть на страницу https://isogg.org/wiki/Y-DNA_SNP_testing_chart, то  можно сказать, что секвенсирование полного генома даёт больше, чем BigY. BigY дает около 14 миллионов снипов в YFull, тогда как полное секвенсирование даёт около 23 миллионов снипов. BigY покрывает около 76% известных снипов в Y-хромосоме, а полное секвенсирование  97%. BigY даёт 96% STR, а полное секвенсирование - 98%.
Учитывая конкуренцию на рынке, BigY не выгоден и STR111 просто трата денег. Мне удалось заказать полное секвенсирование генома за 270€, а это даёт и Y-снипы, и STR и аутосомальное ДНК. Кто из родственников хочет, тем заказываю полное секвенсирование в других лабораториях, а 37 или 67 маркеров в ФТДНА только для регистрации в базе данных.

Оффлайн Sylvester

  • European 97% EE:70%_SE:14%_Fin:9%_Sca:4% C.Asia:<2%_Siberia:<2%
  • Сообщений: 1514
  • Страна: ru
  • Рейтинг +480/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF01670 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians SWE>RUS
  • мтДНК: N1a1a1a1a +{146C,3531A} LBK>Sintashta(RISE391) RUS,KAZ,BGR,HUN
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #251 : 18 Ноябрь 2017, 20:35:30 »
Если посмотреть на страницу https://isogg.org/wiki/Y-DNA_SNP_testing_chart, то  можно сказать, что секвенсирование полного генома даёт больше, чем BigY. BigY дает около 14 миллионов снипов в YFull, тогда как полное секвенсирование даёт около 23 миллионов снипов. BigY покрывает около 76% известных снипов в Y-хромосоме, а полное секвенсирование  97%. BigY даёт 96% STR, а полное секвенсирование - 98%.
Учитывая конкуренцию на рынке, BigY не выгоден и STR111 просто трата денег. Мне удалось заказать полное секвенсирование генома за 270€, а это даёт и Y-снипы, и STR и аутосомальное ДНК. Кто из родственников хочет, тем заказываю полное секвенсирование в других лабораториях, а 37 или 67 маркеров в ФТДНА только для регистрации в базе данных.
А где в этой сравнительной табличке вы видите секвенсирование полного генома? Y-Elite покруче чем BigY, это понятно, но он и подороже.
А по поводу полного секвенирования в Dante Labs, то если рассматривать этот тест в части качества тестирования Y-хромосомы, то есть мнение эксперта, что длина чтения маловата для Y:

очень короткая длина рида - 100 bp

сравнение только по цене это не серьезно
у них тех характеристики разные

зы и на игреке будет всего 15х в итоге
ИМХО утверждать что BigY не выгоден пока преждевременно.

Оффлайн karwiso

  • Сообщений: 25
  • Страна: 00
  • Рейтинг +13/-0
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #252 : 18 Ноябрь 2017, 22:07:29 »
Если посмотреть на страницу https://isogg.org/wiki/Y-DNA_SNP_testing_chart, то  можно сказать, что секвенсирование полного генома даёт больше, чем BigY. BigY дает около 14 миллионов снипов в YFull, тогда как полное секвенсирование даёт около 23 миллионов снипов. BigY покрывает около 76% известных снипов в Y-хромосоме, а полное секвенсирование  97%. BigY даёт 96% STR, а полное секвенсирование - 98%.
Учитывая конкуренцию на рынке, BigY не выгоден и STR111 просто трата денег. Мне удалось заказать полное секвенсирование генома за 270€, а это даёт и Y-снипы, и STR и аутосомальное ДНК. Кто из родственников хочет, тем заказываю полное секвенсирование в других лабораториях, а 37 или 67 маркеров в ФТДНА только для регистрации в базе данных.

А где в этой сравнительной табличке вы видите секвенсирование полного генома? Y-Elite покруче чем BigY, это понятно, но он и подороже.
А по поводу полного секвенирования в Dante Labs, то если рассматривать этот тест в части качества тестирования Y-хромосомы, то есть мнение эксперта, что длина чтения маловата для Y:

очень короткая длина рида - 100 bp

сравнение только по цене это не серьезно
у них тех характеристики разные

зы и на игреке будет всего 15х в итоге
ИМХО утверждать что BigY не выгоден пока преждевременно.

Извиняюсь, может быть стоит посмотреть и здесь: https://isogg.org/wiki/Y-DNA_next_generation_sequencing
FullGenomesCorporation WGS x30  даёт 23 миллиона снипов, а BiyY даёт 16 миллионов.
Я заказывал полное секвенсирование от Dante Labs.

По таблице с ISOGG длина чтения на BigY тоже 100 bp. BigY имеет покрытие 60x,  но у меня возникает вопрос - даёт ли 60x существенно больше, чем 30x? Дополнительная доля покрытия падает сильно с увеличением x-ов.

Но даже сравнивая Y Elite и FGC WGS 30x, я бы выбрал просто WGS (полное секвенсирование генома), но не за 1200$... Цена  просто должна снизиться.

Оффлайн Sylvester

  • European 97% EE:70%_SE:14%_Fin:9%_Sca:4% C.Asia:<2%_Siberia:<2%
  • Сообщений: 1514
  • Страна: ru
  • Рейтинг +480/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF01670 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians SWE>RUS
  • мтДНК: N1a1a1a1a +{146C,3531A} LBK>Sintashta(RISE391) RUS,KAZ,BGR,HUN
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #253 : 18 Ноябрь 2017, 23:19:48 »
Цитировать
По таблице с ISOGG длина чтения на BigY тоже 100 bp. BigY имеет покрытие 60x,  но у меня возникает вопрос - даёт ли 60x существенно больше, чем 30x?
Эта таблица устаревшая, BigY уже давно 165 делают.
Вот эту ветку посмотрите, тут обсуждалось влияние длины рида и покрытия на качество конечного результата http://forum.molgen.org/index.php/topic,10410.msg395253.html#msg395253

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1980
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #254 : 12 Апрель 2018, 15:28:09 »
Имхо - единственные у кого есть шансы на долгосрочную перспективу это 23&Me!!!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100