The Divergence of Neandertal and Modern Human Y Chromosomes

[magnusX]

The Divergence of Neandertal and Modern Human Y Chromosomes

Fernando L. Mendez, G. David Poznik, Sergi Castellano, Carlos D. Bustamante

Open Access

DOI:http://dx.doi.org/10.1016/j.ajhg.2016.02.023

Sequencing the genomes of extinct hominids has reshaped our understanding of modern human origins. Here, we analyze ∼120 kb of exome-captured Y-chromosome DNA from a Neandertal individual from El Sidrón, Spain. We investigate its divergence from orthologous chimpanzee and modern human sequences and find strong support for a model that places the Neandertal lineage as an outgroup to modern human Y chromosomes—including A00, the highly divergent basal haplogroup. We estimate that the time to the most recent common ancestor (TMRCA) of Neandertal and modern human Y chromosomes is ∼588 thousand years ago (kya) (95% confidence interval [CI]: 447–806 kya). This is ∼2.1 (95% CI: 1.7–2.9) times longer than the TMRCA of A00 and other extant modern human Y-chromosome lineages. This estimate suggests that the Y-chromosome divergence mirrors the population divergence of Neandertals and modern human ancestors, and it refutes alternative scenarios of a relatively recent or super-archaic origin of Neandertal Y chromosomes. The fact that the Neandertal Y we describe has never been observed in modern humans suggests that the lineage is most likely extinct. We identify protein-coding differences between Neandertal and modern human Y chromosomes, including potentially damaging changes to PCDH11Y, TMSB4Y, USP9Y, and KDM5D. Three of these changes are missense mutations in genes that produce male-specific minor histocompatibility (H-Y) antigens. Antigens derived from KDM5D, for example, are thought to elicit a maternal immune response during gestation. It is possible that incompatibilities at one or more of these genes played a role in the reproductive isolation of the two groups.

[magnusX]

PS: Надеюсь этот раздел подходит. Если нет, пусть уважаемые модераторы перенесут тему в более подходящий раздел форума.

[пенелопа]

PS: Надеюсь этот раздел подходит. Если нет, пусть уважаемые модераторы перенесут тему в более подходящий раздел форума.

Перенесено в раздел дДНК.

[magnusX]

Спасибо

[ankr21]

С вашего позволения прикреплю эволюционное дерево человека. Вытащил из "Беседки".
Видно, общие предки сапиенсов и неандертальцев могли жить примерно 700 т лет назад. Возможно была метисация в более позднее время, но как уже говорилось, от смешанных "браков", если можно так выразится , получались только девочки. Поэтому и по Y нет пересечений.

[ankr21]

А у денисовцев по Y хромосоме результатов нет?

[Людмила]

Спасибо за ссылку. Интересно. Первые данные по сиквенсу У_ неанд.! Это самое главное в статье. Куда делись их У и мито, это каждый может придумать свою сказку.
Правда, отсеквенировано всего порядка 120 кб. Из них у неанд. 24 биаллельных снипа, которые совпадают с шимп.и которых нет у других ( ВТ.и А00), у А00 4 таких снипа, у ВТ.ни одного.
На самом деле, мне не очень понятно, как из этого делают выводы.. надо еще почитать и подумать. Биаллельные — означают гомозиготные? Но  предполагалось, что у неанд.была небольшая популяция и близкородств.скрещивания. это могло увеличить количество биаллельных снипов. Кроме того, 24— означает, что раньше отделились от общего ствола, а 4 — более недавнее? Вроде как наша ветвь должна была накопить не меньше различий?
Вообщем, надо еще почитать (не только в метро). Надеюсь, и другие выскажут свои соображения

[magnusX]

спасибо за таблицу.
визуализация - это всегда хорошо!

[magnusX]

А у денисовцев по Y хромосоме результатов нет?

по денисовцам до сих пор не находил информацию о Y-хромосоме.

[Eiport]

Спасибо за ссылку. Интересно. Первые данные по сиквенсу У_ неанд.! Это самое главное в статье. Куда делись их У и мито, это каждый может придумать свою сказку.
Правда, отсеквенировано всего порядка 120 кб. Из них у неанд. 24 биаллельных снипа, которые совпадают с шимп.и которых нет у других ( ВТ.и А00), у А00 4 таких снипа, у ВТ.ни одного.
На самом деле, мне не очень понятно, как из этого делают выводы.. надо еще почитать и подумать. Биаллельные — означают гомозиготные? Но  предполагалось, что у неанд.была небольшая популяция и близкородств.скрещивания. это могло увеличить количество биаллельных снипов. Кроме того, 24— означает, что раньше отделились от общего ствола, а 4 — более недавнее? Вроде как наша ветвь должна была накопить не меньше различий?
Вообщем, надо еще почитать (не только в метро). Надеюсь, и другие выскажут свои соображения

Я обращаю внимание на новую, исправленную от MENDEZA датировку МРЦА современного человека (Y-Adama).

Уже не 338,000 лет, но 275,000 лет, так, как я вначале предлагал и я имею этого след на своем интернет-сайте

[Eiport]

С вашего позволения прикреплю эволюционное дерево человека. Вытащил из "Беседки".
Видно, общие предки сапиенсов и неандертальцев могли жить примерно 700 т лет назад. Возможно была метисация в более позднее время, но как уже говорилось, от смешанных "браков", если можно так выразится , получались только девочки. Поэтому и по Y нет пересечений. http://s019.radikal.ru/i606/1510/af/74c122b54abd.jpg

A0-T 146,300?

[ankr21]

С вашего позволения прикреплю эволюционное дерево человека. Вытащил из "Беседки".
Видно, общие предки сапиенсов и неандертальцев могли жить примерно 700 т лет назад. Возможно была метисация в более позднее время, но как уже говорилось, от смешанных "браков", если можно так выразится , получались только девочки. Поэтому и по Y нет пересечений. http://s019.radikal.ru/i606/1510/af/74c122b54abd.jpg

A0-T 146,300?

TMRCA = 146 300
https://www.yfull.com/tree/A0-T/

[rozenblatt]

А у денисовцев по Y хромосоме результатов нет?

Единственный хорошо отсеквенированный денисовский геном принадлежит девочке. Насколько я понимаю, Паабо сейчас активно изучает материалы из Денисовой пещеры для секвенирования, так как по его словам в данной пещере необыкновенно хорошая сохранность ДНК. Недавно там нашли ещё одну неандертальскую кость, пока опубликовали мтДНК, надеюсь скоро будет и полный геном: http://scientificrussia.ru/articles/najti-odnu-kost-neandertaltsa-sredi-dvuh-tysyach-fragmentov

[Eiport]

С вашего позволения прикреплю эволюционное дерево человека. Вытащил из "Беседки".
Видно, общие предки сапиенсов и неандертальцев могли жить примерно 700 т лет назад. Возможно была метисация в более позднее время, но как уже говорилось, от смешанных "браков", если можно так выразится , получались только девочки. Поэтому и по Y нет пересечений. http://s019.radikal.ru/i606/1510/af/74c122b54abd.jpg

A0-T 146,300?

TMRCA = 146 300
https://www.yfull.com/tree/A0-T/

234,900 это MRCA Y-Adam = formed A00/A0T, нет Homo Idaltu.

[ankr21]

С вашего позволения прикреплю эволюционное дерево человека. Вытащил из "Беседки".
Видно, общие предки сапиенсов и неандертальцев могли жить примерно 700 т лет назад. Возможно была метисация в более позднее время, но как уже говорилось, от смешанных "браков", если можно так выразится , получались только девочки. Поэтому и по Y нет пересечений. http://s019.radikal.ru/i606/1510/af/74c122b54abd.jpg

A0-T 146,300?

TMRCA = 146 300
https://www.yfull.com/tree/A0-T/

234,900 это MRCA Y-Adam = formed A00/A0T, нет Homo Idaltu.

https://en.wikipedia.org/wiki/Homo_sapiens_idaltu
Все верно - 234,900 это MRCA Y-Adam. То есть общего предка всех мужчин живущих на земле. Но от Homo Idaltu пошли A0-T, а вот A00 раньше отделились или одновременно от Хельмеи. Но это надо еще проверять. Как бы получается A00 не от Homo Idaltu (жил 150-160 тыс. лет назад) исходят - они раньше сформировались.