Кто как считает, какие настройки лучше всего подходят для сравнения one-to-one на Гедматче с целью выявления общности по происхождению с тем или иным этносом (субэтносом, территориальной общностью, сословной группой и т.д.)?
Отметем сразу простые случаи - то есть пусть искомый этнос будет генетически разнообразным, без ощутимых бутылочных горлышек в анамнезе (иначе все будет ясно при любых настройках). А доля его возможного присутствия в родословной испытуемого - ничтожно мала
- в разумных пределах, конечно (т.е. где-то 1/16 - 1/32; понятно что при меньших долях ничего определенного сказать невозможно в принципе).
Имеет ли хоть какой-нибудь смысл сравнивать куски менее 3 сМ?
Какое будет оптимальное соотношение между количеством см и снипов? Где-то я читал, что оптимально 100 SNP на 1сМ, то есть можно например ставить настройку 3 сМ и 300 SNP; завышать снипы якобы можно (но без особого фанатизма), а вот брать меньше 100 на 1 - точно не имеет смысла. Это все так?
PS Вопрос для самых продвинутых - как различаются (для данного вида сравнения) киты A, F и М (а также разные версии от 23andMe - V3, V4). Может быть для них следует использовать разные нюансы в настройках?
Тема: Настройки при сравнении one-to-one для выявления этнофона (Прочитано 1796 раз)