АвторТема: FAQ по определению аутосомного родства  (Прочитано 14400 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #15 : 05 Сентябрь 2016, 00:22:01 »
... По одиночному даже не знаю, что полезного можно сделать.
Т.е. к диагнозу поставленному FTDNA сложно что либо добавить?


Можно посмотреть в GedMatch - там тесты не только FTDNA но и из 23&America и Anchestry и совпаденцы ищутся и с маленькими общими сегментами!

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11275
  • Страна: az
  • Рейтинг +2023/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #16 : 08 Сентябрь 2016, 07:51:32 »
Вопрос: Я получил результаты теста Family Finder со списком родственников, обозначенных как 1st Cousin...5th Cousin/Remote Cousin. Что это за степени родства?
Ответ: 1st Cousin...5th Cousin/Remote Cousin соответствуют родственникам, обозначенным на данной схеме:



Оффлайн Sarkhan Bashirov

  • Сообщений: 333
  • Страна: ru
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: E-PF6747*
  • мтДНК: J2a1a1
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #17 : 09 Сентябрь 2016, 13:02:26 »
Такой вопрос интересует. Если предки какого-либо человека лет 200-250 были одной национальности, а сам человек принадлежит к другой (в результате ассимиляции одного этноса другим), но живущей в той же местности, FF покажет наличие родственников той же национальности, что и предки того человека или нет? Если нет, то примерно с какого периода он начнет их показывать (если ассимиляция произошла 5 поколений, 6 поколений назад и т.д)?

Оффлайн valera27

  • Сообщений: 658
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-0
  • Y - R1a1a-YP682(xYP1260,YP612,YP1696); mt - H1a
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #18 : 09 Сентябрь 2016, 14:51:04 »
Такой вопрос интересует. Если предки какого-либо человека лет 200-250 были одной национальности, а сам человек принадлежит к другой (в результате ассимиляции одного этноса другим), но живущей в той же местности, FF покажет наличие родственников той же национальности, что и предки того человека или нет? Если нет, то примерно с какого периода он начнет их показывать (если ассимиляция произошла 5 поколений, 6 поколений назад и т.д)?

Сложный вопрос. Скорее да, но надо понимать, что 200-250 лет - это уже "пограничный" временной интервал для обнаружения родства. Из-за неравномерности рекомбинации аутосомных генов "вклад" конкретного отдельно взятого предка к этому моменту может либо совсем выйти в ноль, либо доставшиеся от него участки будут раздроблены до размеров, которыми алгоритмы расчета родства уже пренебрегают. Тут может помочь уменьшение значения фильтра минимальной длины общего сегмента, например до 3 сМ (как делает например Skrz в своих этноплотах), но чем меньше - тем больше оговорок, а меньше 3 вообще не имеет смысла - получится, что все люди братья.
И да, для того, чтобы что-то предполагать, искомый этнос должен:
а) Сильно отличаться от основного этноса потомка, и формироваться длительное время в изоляции от последнего (например бессмысленно у русского искать украинские и белорусские примеси таким способом, ибо украинских и белорусских совпаденцев у него будет куча вне зависимости от)
б) Иметь достаточное количество протестированных представителей, а не 3,5 человека

Оффлайн Sarkhan Bashirov

  • Сообщений: 333
  • Страна: ru
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: E-PF6747*
  • мтДНК: J2a1a1
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #19 : 09 Сентябрь 2016, 19:43:44 »
Такой вопрос интересует. Если предки какого-либо человека лет 200-250 были одной национальности, а сам человек принадлежит к другой (в результате ассимиляции одного этноса другим), но живущей в той же местности, FF покажет наличие родственников той же национальности, что и предки того человека или нет? Если нет, то примерно с какого периода он начнет их показывать (если ассимиляция произошла 5 поколений, 6 поколений назад и т.д)?

Сложный вопрос. Скорее да, но надо понимать, что 200-250 лет - это уже "пограничный" временной интервал для обнаружения родства. Из-за неравномерности рекомбинации аутосомных генов "вклад" конкретного отдельно взятого предка к этому моменту может либо совсем выйти в ноль, либо доставшиеся от него участки будут раздроблены до размеров, которыми алгоритмы расчета родства уже пренебрегают. Тут может помочь уменьшение значения фильтра минимальной длины общего сегмента, например до 3 сМ (как делает например Skrz в своих этноплотах), но чем меньше - тем больше оговорок, а меньше 3 вообще не имеет смысла - получится, что все люди братья.
И да, для того, чтобы что-то предполагать, искомый этнос должен:
а) Сильно отличаться от основного этноса потомка, и формироваться длительное время в изоляции от последнего (например бессмысленно у русского искать украинские и белорусские примеси таким способом, ибо украинских и белорусских совпаденцев у него будет куча вне зависимости от)
б) Иметь достаточное количество протестированных представителей, а не 3,5 человека
Благодарю за ответ! Если, например, в сер.18 в. произошло вливание части одного народа в состав другого и после этого они не смешивались, в этом случае 200-250 лет можно считать длительным периодом или нет. И еще, достаточное количество протестированных это примерно какой процент от общей численности народа?

Оффлайн valera27

  • Сообщений: 658
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-0
  • Y - R1a1a-YP682(xYP1260,YP612,YP1696); mt - H1a
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #20 : 10 Сентябрь 2016, 02:40:14 »
Мы получаем ровно по 50% только от родителей, а доля бабушек-дедушек уже начинает варьировать (например соотношение бабушкиных/дедушкиных генов 30%/20% уже в порядке вещей), и чем дальше, тем больше варьирует доля конкретного предка. Тут уж как повезёт.
А протестированных... Наверное сотни, ещё лучше тысячи. Во-первых, нужно чтобы присутствовали все возможные варианты (субэтносы), а не только родственники конкретного энтузиаста. Во-вторых, для выводов нужно, чтобы было довольно много совпаденцев (1-2 совпаденца могут быть случайностью, кроме того, всегда есть люди, у которых обратное соотношение этносов, о котором не обязательно им известно, и именно это может быть причиной родства с ними). В общем случае, чем меньше в этносе генетического разнообразия, тем меньше требуется человек для "репрезентативности".

Онлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5434
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2199/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #21 : 10 Сентябрь 2016, 17:31:16 »
Такой вопрос интересует. Если предки какого-либо человека лет 200-250 были одной национальности, а сам человек принадлежит к другой (в результате ассимиляции одного этноса другим), но живущей в той же местности, FF покажет наличие родственников той же национальности, что и предки того человека или нет? Если нет, то примерно с какого периода он начнет их показывать (если ассимиляция произошла 5 поколений, 6 поколений назад и т.д)?
Думаю, что родство может проявляться на протяжении тысячелетий. Можно опять вспомнить многочисленных финнов у северных русских, в целом родство русских и западноевропейцев... Но ради интереса я решил рассмотреть другой народ и случайным образом выбрал один геном из числа мишар Татарстана, вот его наибольшие сегменты с образцами из IBD-выборок:
Chuvash   19,5551 (с этим образцом сумма двух сегментов по 9-10 сМ)
Tatar-Volga   16,2873 (отсюда и далее по одному сегменту, здесь только сегменты более 8 сМ)
Tatar-Volga   13,4884
Norwegian   12,56268
Chuvash   11,7161
Chuvash   11,7138
Oroqen   10,4032
Bashkir   10,2765
Slovak   10,1749
Mari   10,0736
Veps   9,7301
Udmurt   9,414
Chuvash   9,3024
Tatar-Volga   9,217
Komi   9,1695
Tatar-Volga   9,1405
Buryat   9,0253
Tuvinian   8,7434
Burmese   8,671
French   8,659

Komi   8,646
Polish   8,6359
Finnish-East   8,623
Han   8,5708
Jordanian   8,50399
Druze   8,452

Russian-West   8,44711
Finnish-West   8,408
Spanish   8,38426
Tuscan   8,33977
Basque   8,337
Slovenian   8,299
Palestinian   8,27289

Russian-West   8,262
Bosnian   8,2344
Greek_Azov   8,23406
Jordanian   8,21792
Palestinian   8,199
Nogay   8,159
Nogay   8,155
Pathan   8,1285

Mari   8,11
Tuscan   8,102
Bashkir   8,0695
Burmese   8,052
Greek   8,02798
Balkarian   8,01967
Russian-North-Kargopol   8,012


Допустим, родство с народами Поволжья и русскими все может быть относительно свежим (хотя не думаю). Но в списке есть Дальний Восток (уже седьмым идет орочон - вероятно, родство времен Золотой Орды или ранее), Европа (в том числе испанский и баскский образцы), Ближний Восток, Афганистан.
« Последнее редактирование: 10 Сентябрь 2016, 17:38:26 от Srkz »

Онлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5434
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2199/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #22 : 08 Октябрь 2016, 06:46:01 »
С какой вероятностью происходит кроссинговер пар хромосом? Что-то вроде 1 раза в одно поколение, 10 раз в одно поколение, 23 раза в одно поколение, редко 1 раз в десять поколений и так далее. Это известно?
Самая короткая, 21-я хромосома имеет длину около 70 сМ, самая длинная, первая - около 290 сМ. Каждый сМ это 1% вероятности рекомбинации при кроссинговере. Грубо говоря, самые короткие пары хромосом рекомбинируют дважды за три поколения, самые длинные по несколько раз за поколение.

Оффлайн нн

  • Сообщений: 256
  • Рейтинг +148/-72
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #23 : 08 Октябрь 2016, 11:42:59 »
С какой вероятностью происходит кроссинговер пар хромосом? Что-то вроде 1 раза в одно поколение, 10 раз в одно поколение, 23 раза в одно поколение, редко 1 раз в десять поколений и так далее. Это известно?
Самая короткая, 21-я хромосома имеет длину около 70 сМ, самая длинная, первая - около 290 сМ. Каждый сМ это 1% вероятности рекомбинации при кроссинговере. Грубо говоря, самые короткие пары хромосом рекомбинируют дважды за три поколения, самые длинные по несколько раз за поколение.
Вопрос совсем о другом. Не о вероятности рекомбинации в сМ при кроссинговере, а вероятность появления самого кроссинговера. Вероятность появления кроссинговера между парой хромосом на поколение, а не рекомбинации участков при уже произошедшем кроссинговере.

Онлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5434
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2199/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #24 : 08 Октябрь 2016, 15:18:21 »
Кроссинговер это и есть часть процесса рекомбинации (одной из ее разновидностей, которая нас и интересует в этой теме)
Цитировать
(англ. crossingover — перекрест), перекрест, взаимный обмен гомологичными участками гомологичных хромосом в результате разрыва и соединения в новом порядке их нитей — хроматид; приводит к новым комбинациям аллелей разных генов.
Цитировать
У эукариотических организмов, размножающихся половым путём, рекомбинация происходит в мейозе при независимом расхождении хромосом и при обмене гомологичными участками между гомологичными хромосомами (кроссинговере).

Онлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5434
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2199/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #25 : 08 Октябрь 2016, 16:53:03 »
Да всё это понятно, но вопрос совсем в другом, в частоте самого кроссинговера, а не в длинах участков которые обмениваются и которые измеряются в cM. Т. е., как часто происходит кроссинговер, с какой вероятностью на один мейоз он происходит.
Ну если все понятно, то и отвечать бесполезно, видимо ;D
Грубо говоря, самые короткие пары хромосом рекомбинируют дважды за три поколения, самые длинные по несколько раз за поколение.
Цитировать
Кроссинговер это и есть часть процесса рекомбинации

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2527
  • Страна: ru
  • Рейтинг +761/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #26 : 08 Октябрь 2016, 19:16:57 »
Ваши ответы совершенно бесполезны, они совсем не в тему, поскольку вас об том на что вы отвечали совсем не спрашивали. По моему, вы даже не попытались понять суть вопроса, а просто написали первое попавшееся имеющее слово "кроссинговер", что и так всем известно. Никто не спрашивал "что такое кроссинговер" , что такое "рекомбинации" и тд., а я спрашивал о частоте или вероятности кроссинговера, в том же смысле как например, частота или вероятность мутации SNP или STR на поколение.

Но поскольку вы вникать в суть вопроса не хотите, то может кто другой знает?

1. Градус критичности надо понижать. С лично незнакомыми так не разговаривают.

2. Суть Вашего вопроса не понимают профессионалы-специалисты.   Что это означает? ;D

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34632
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #27 : 08 Октябрь 2016, 20:34:46 »
спрашивал о частоте или вероятности кроссинговера, в том же смысле как например, частота или вероятность мутации SNP или STR на поколение.

Но поскольку вы вникать в суть вопроса не хотите, то может кто другой знает?

нн,

Абстрагируясь от самих вопросов (ответа на которых не знаю, и, честно сказать детально не совсем понимаю), задам два наводящих вопроса:

1. Ответ на поставленный Вами вопрос, как-то связан с определением степени родства по аутосомным хромосомам? Т.е., с темой данной ветки?

2. Анализ пар родитель-ребёнок может ответить на Ваш вопрос? Собрать статистические данные, иначе говоря?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34632
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2956/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #28 : 10 Октябрь 2016, 20:30:45 »
Реинкарнация. Дубль третий.
Первый клон был самый интересный, с лошадкой.
А вот запашок не спрячешь никак. Никакие прокси не помогут.      :)

Я чувствую. Я всегда чувствую.    ©

Оффлайн hgv

  • Сообщений: 533
  • Страна: ua
  • Рейтинг +113/-0
  • Y-ДНК: N1c1
Re: FAQ по определению аутосомного родства
« Ответ #29 : 04 Январь 2017, 19:34:34 »
Интересная тема, спасибо автору!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100