АвторТема: Учебники по расчетам TMRCA  (Прочитано 8433 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн kgvista

  • Сообщений: 11
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-0
  • Y-ДНК: R1b-U106
Re: Учебники по расчетам TMRCA
« Ответ #60 : 21 Октябрь 2020, 09:08:32 »
Дмитрий, а что означает аббревиатура "obs" в формуле (9)?

Цитировать
При изложении материала предполагается, что предковый гаплотип известен. А на практике, конечно, бывают проблемы при определении предкового аллеля. Причем чем старше генеалогия, тем больше вероятности сделать ошибку. Но то, что он "совершенно неизвестен", - это неверно. Есть модальный гаплотип, который с какой-то вероятностью совпадает с предковым.
Если это пособие для практических расчетов, которыми будет заниматься читатель, то стоит этот момент явно прояснить в тексте. Например, так и написать - если предковый гаплотип не известен, то берем модальный. А ещё лучше дать строгое математическое определение для A_j(0), причём практически вычислимое, и не допускающее двояких толкований в ситуациях "Буриданова осла".

Просьба выделить заголовки глав жирно или увеличенным шрифтом. Сейчас их очень трудно разглядеть в общей "стене текста".

В главе 6 в фразе "Метод ASD – сокращенная аббревиатура от Average Squared Distance" лучше убрать слово "сокращенная". Иначе "масло маслянное" получается.

В главе 13 второй абзац, второе предложение "Вообще говоря, оцениваемый по формуле (62) возраст не совпадает с TMRCA, ..." оказывается в смысловом плане оторванным от третьего абзаца, а первое предложение абзаца - от третьего предложения. Предлагаю указанное второе предложение перенести в третий абзац.

Оставшаяся часть главы 13 как бы подразумевает, что настала пора идеи ветвящегося процесса Холмса-Ватсона из главы 11 как то учесть в вычислениях TMRCA (по крайней мере, у меня сложилось такое ощущение - иначе непонятно, для чего столько страниц посвящены им). И вроде бы формула (64) намекает на эту поправку? Но тут, вроде бы в ключевом месте, как-то всё очень скомкано написано. Сама (64) даётся без всякого вывода, и содержит обозначения, к которым нет никаких пояснений. Что такое t_p? Я долго ломал голову над этим местом... в конце концов нашел, что подразумевается отсылка к формулам (58) и (59), которые были 10 страниц тому назад! Пожалуйста, не делайте таких пазлов :) Нужно прямо написать, что (64) получена из (58) и (59).

И не понятно, почему в (64) t_p "удвоилась" ? Ведь в (59) t_p=1/(A-1)

И самое главное - из изложенного не становится понятным, как практически учесть поправку на Гальтона-Ватсона в вычислении TMRCA?
Если я правильно понял, то читателю нужно самостоятельно из формулы (64) вычленить TMRCA=T(ADSM) + 2/(A-1). Или может быть, TMRCA=T(ADSM) + 1/(A-1) ?
Но я не уверен, что мое понимание этого места верно. Будет лучше, если это место будет разжевано более однозначно.
Тем более из текста главы 12 у меня сложилось вообще ощущение, что Монте-Карло вроде бы показывает, что никаких поправок в оценке TMRCA, по крайней мере к ASD0, вообще не требуется, если L=100 (рис.17).

Кстати, и описание результатов численного моделирования для ASDM в главе 13 как-то непропорционально мало, по сравнению с ASD0 в главе 12.

Мне ASDM внушает априорно больше доверия, чем ASD0, потому что ASD0 апеллирует к модальному гаплотипу, точность определения которого заведомо сомнительна (а процедура определения вообще никак не сформулирована в статье): весьма вероятная ошибка хотя бы в одном локусе даёт систематическую ошибку по всей сумме (16). Поэтому моё пожелание - посвятить ASDM качественно больший объём в статье, чем сейчас, с учётом всей вышеописанной критики главы 13.

И замечания по общему "сюжету".

Во вступлении хорошо бы явно оговорить, какой уровень математической подготовки требуется от читателя (типа знакомство с основами теорвера и матстатистики). И во всем изложении стараться не переходить эту выбранную планку уровня "популярности" изложения. Сейчас эта планка по ходу изложения сильно пляшет, и в целом она получилось слишком высокая, что делает пособие понятным слишком узкому кругу - вряд ли вами преследовалась такая цель.

Если где-то требуется прибегнуть к специальным знаниям, например, знаниям о довольно экзотической модифицированной функции Бесселя 1 рода и её свойствах, то непедагогично мало давать просто ссылку на справочник (это нормально для уровня научной статьи, рассчитанной на профессиональных математиков), лучше посвятить этому небольшую главу между нынешними 3-й и 4-й, либо в приложении, в котором указать читателю-практику, что эта функция не имеет аналитического определения, и как возможно вычислять её практически (ну и что это в общем случае непросто), для наглядности привести графики для функции начальных порядков.

В конце-концов, функция Бесселя нужна в статье лишь для теоретического обоснования правильности дальнейших вычислений. При том, что в самих вычислениях TMRCA, например в (16), все довольно примитивно, никаких Бесселей. Беда в том, что статья начинается именно с Бесселя и "лютого матана" (точнее, теорвера), что само по себе вполне логично, но наверняка отпугивает 99% читателей от дальнейшего вникания в математически более простой материал. Как решить эту проблему изложения, я честно говоря, не знаю, но верю, что выход тут есть :)

Не хватает в конце главы, которая кратко суммировала бы ключевую информацию, как собственно практически делать оценку TMRCA.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2215
  • Рейтинг +649/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Учебники по расчетам TMRCA
« Ответ #61 : 21 Октябрь 2020, 09:18:51 »
Спасибо за замечания. Посмотрю.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100