Олег, слово "почернен" часто встречается в качестве приписок к детям боярским в дворовых тетрадях. В том числе эта запись есть в отношении Никиты Афанасьевича Карцова, казненного Грозным в 1570-м году по новгородскому делу. Но эта запись намного более ранняя. Лет на 20-30. Он тогда был в опале. Потом его восстановили и даже повысили. Я предположил, что может "почернение" означает лишение титулов, а может и в монастырь постригли, но это менее вероятно.
"... в рукописи на полях встречаются многочисленные толкования или пояснения отдельных слов и выражений.
Выписываем их сполна,- помещая в начале слова текста, к которым они относятся. Текст:
...
поятОе — „почернённое" "
/Очерки из истории западнорусской литературы XVI-XVII веков. Архангельский А.С. 1898/
почернИть - 2) помарАть или похерить написанное/Словарь церковно-славянского и русского языка. Том 3/
ПоЯтый - прил. Взятый, поведённый/Словарь Академии Российской. Том 2/
Взять (брать, имать, принять)По славянски -
яти, пояти/Сравнительные словари всех языков и наречий, собранные десницей Высочайшей Особы (императрицей Екатериной II). Том 2, Паллас П./
А с другой стороны в значении вычеркнутый (из списков):
<<Но в первом случае он «почернен» (зачеркнут), т. е. служба по Кашире у него была более поздней. И действительно, в приговоре 1566 г. он находится перед каширянами Юрием и Замятней Петровичами Степановыми.>>
<<Помета "Почернен" около В. П. Борисова возникла после 1557 г., потому что летом 1557 г. он последний раз упомянут в разрядах>>
<<Отсюда помета «почернен» при имени боярина и дворецкого Д. Р. Юрьева — его «почернили» из-за потери должности.>>
<<По Юрьеву — «литва дворовая» «Андрюшка Федоров сын Путятин. Помечен: в разбое. Почернен». >>
<<около 1565 г. появилась помета "Почернен" рядом с Д. И. Немым, потому что в феврале 1565 г. он был пострижен в монахи.>>