HIRSearch - УПСометрический сайт

[napobo3]

Читая эту статью http://genomebiology.com/2009/10/1/R7, наткнулся на описание критериев отброса данных SNP, в частности упоминается и участок 6-й хромосомы:
"Eigenstrat analysis
To find Eigenstrat axes, we started with autosomal SNPs with minor allele frequency >0.01 from the set of SNPs that overlapped between the Illumina Infinium HumanHap550 version 1, Illumina Infinium HumanHap550 version 3, and the Infinium HD 610-quad chips. In order to prevent over-representation of regions with more redundant SNPs, we used the -- indep-pairwise command in the plink software package [11] to reduce linkage disequilibrium between the remaining variants by eliminating any SNP that had a pairwise r2 > 0.3 with any other SNP in a 1,500 bp window (step size 150 bp). We also removed SNPs from certain known high LD regions (chr8:8000000...12000000, chr6:25000000...33500000, chr11:45000000...57000000, chr5:44000000...51500000)..."

Спасибо, Ян, надо будет учесть и исключить из рассмотрения эти участки.
В вишлист.

[Mich Glitch]

Свершилось!!!
23эндМи устранило ограничение на 200 персон в контакт листе для УПСометра.
Я всю свою братву не порастерял. Ни одного зашаренного не сбросил!
Ждал и верил.
И даждалси...
Вот так выглядит новый встроеный УПСометр.
Тут вам и в снипах, и в сантиморганах. Да ещё можно добавить парочку членов семьи. Песня!!!

[I2a1a]

Михаил так торопился поделится своей радостью, что в конечном итоге забыл сказать,как узреть это чудо. Для этого нужно зайти в раздел Ancestry Labs (ссылка на него есть на главной странице аккаунта) и выбрать Family Inheritance: Advanced View.

[Mich Glitch]

Интересно было бы посмотреть пример для Сергея с Матвеем и кем-нибудь из их родичей.
Не знаю, есть ли кто из близких родственников, протестированных napobo3. А вот у javax точно есть бабушка.
Хорошо бы, если картинками поделились.
Точные координаты фичи не дал умышленно. 
С тем, чтобы люди полазили по не слишком перегруженному интерфейсу портала - вдруг что-то новое найдут. 

По работе последних опций (релфайндер и УПСометр). Они (у меня во всяком случае) работают всего быстрее. Старый УПСометр-диаграмма зависает. А его основное достоинство - возможность посмотреть УПСы для других персон. Что необходимо для попыток детализации фамильных линий методом перекрёстных ссылок.

Новая же версия пошустрее, так как ограничились с правой стороны вводом только 3 персон. То что добавили сантиМорганы, количество вычислений (время обработки) увеличивает не намного

[Mich Glitch]

Кстати, на старом диаграммном УПСометре исчез мой, бывший долгое время единственным, родич (сантиМорганы - надо полагать расставили всё по местам).
А вот баг с отрицательными значениями не устранили, а просто сделали невидимым. Т.е. раньше, если Вы сравнивались сами с собой, выползал отрицательный УПС и количество баз превышало реальных 2.99 Гига.
Сейчас же не показывается ничего. Ни половинное, ни полное совпадения. Поэтому и предположил, что просто добавили проверку по отрицательному значению (отсутствие графического вывода), не устранив причин.
И последнее, пора покупать новое железо. Где-то 2 минуты после загрузки старого УПСометра процессор молотил на 100%.

[Anode]

Выдалось время в выходные: сделана первая версия УПСоискателя.
Благодаря помощи napobo3, конечно. Помучил я его в личке вопросами изрядно, и получил отличный ликбез по УПСам и их вычислениям.
Новая версия заапложена на сорсфорж.
Пока без сантиморганов (но их по идее добавить недолго).

[napobo3]

Выдалось время в выходные: сделана первая версия УПСоискателя.
Благодаря помощи napobo3, конечно. Помучил я его в личке вопросами изрядно, и получил отличный ликбез по УПСам и их вычислениям.
Новая версия заапложена на сорсфорж.
Пока без сантиморганов (но их по идее добавить недолго).

Поздравляю! Быстродействие и автора, и программы - на уровне.

[Anode]

спасибо.
я бы сделал и сантиморганы, там всё подготовлено.
Но такая дилемма. Что вам лучше: быстрота (и появление требования к компьютеру на минимум памяти, например - 512M-1Г), или же возможность запустить прогу на любом компьютере -за счёт более медленной обработки?
Сантиморганов самих по себе - много. Т.е. если их грузить все одним махом - прога начинает жрать память, но остаётся быстрой (но свалится, если запустите на старом компьютере). Потому что надо сразу передавать проге пол-гига или типа того.
Либо  как альтернатива - могу побить файл с сантиморганами на куски, и во время обработки каждой хромосомы - зачитывать только сантиморганы той хромосомы. Т.е. для каждой пары обрабатываемых файлов - я буду быстро считывать ещё 24 файла с мапами снова и снова. Эта бодяга позволит продолжать работать на компьютерах с минимумом памяти (да хоть с 64М RAM), за счёт интенсивной работы с диском.
Если скажете первое (типа, не заморачивайся - все компьютеры на которых это будет пускаться - будут иметь по гигу) - то и большие пакетные обработки будут значительно быстрее.
Ваша рекомендация?

[napobo3]

спасибо.
я бы сделал и сантиморганы, там всё подготовлено.
Но такая дилемма. Что вам лучше: быстрота (и появление требования к компьютеру на минимум памяти, например - 512M-1Г), или же возможность запустить прогу на любом компьютере -за счёт более медленной обработки?
Сантиморганов самих по себе - много. Т.е. если их грузить все одним махом - прога начинает жрать память, но остаётся быстрой (но свалится, если запустите на старом компьютере). Потому что надо сразу передавать проге пол-гига или типа того.
Либо  как альтернатива - могу побить файл с сантиморганами на куски, и во время обработки каждой хромосомы - зачитывать только сантиморганы той хромосомы. Т.е. для каждой пары обрабатываемых файлов - я буду быстро считывать ещё 24 файла с мапами снова и снова. Эта бодяга позволит продолжать работать на компьютерах с минимумом памяти (да хоть с 64М RAM), за счёт интенсивной работы с диском.
Если скажете первое (типа, не заморачивайся - все компьютеры на которых это будет пускаться - будут иметь по гигу) - то и большие пакетные обработки будут значительно быстрее.
Ваша рекомендация?

не заморачивайтесь, коллега! - все компьютеры на которых это будет пускаться - будут иметь по гигу

[I2a1a]

При работе с этой прогой я кроме используемых 2 Гб памяти, всегда включаю ReadyBoost memory на периферийном USB-устройстве.

[Anode]

не заморачивайтесь, коллега! - все компьютеры на которых это будет пускаться - будут иметь по гигу

ок, не заморачиваюсь
Отписал в ветке PLINK - что зааплодил новую версию..

[napobo3]

Наконец-то сегодня в наш упсомер были загружены данные клиента Decodeme, не тестировавшегося в 23ия. Это значит, что мы стали сервисом, который не на словах, а на деле не привязан ни к какому поставщику. Vendor-neutral tool, говоря понятным языком.
На очереди - переход на сантиморганы (спасибо Василию), улучшение интерфейса (спасибо Павлу) и много всего другого.

[Аббат Бузони]

Что-то мало форумчан в базе. 

[napobo3]

Что-то мало форумчан в базе. 

Форумчане - это прежде всего качество, а не количество.
Присылайте ваши зипы и будет больше.

[napobo3]

База данных нашего упсомера была обновлена - спасибо Василию за ценный софт для подготовки данных.
Изменения:
1. Все данные по хромосомам 1-22 - для ген. дистанции 5сМ и выше
2. Добавлены данные по Х хромосоме (без отбора по ген. дистанции)
3. Перешли на постоянный домен. Новый адрес:

    http://hirs.snpology.com/

Плюсы выставлять javax'у и Anode'у.
Критику - посылать мне.
Кто не прислал сыродату - высылать, не откладывая.