АвторТема: Англо-саксы I1  (Прочитано 1273 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19613
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1483/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Англо-саксы I1
« : 19 Январь 2016, 23:33:43 »
Новая публикация по дДНК с I1

Genomic signals of migration and continuity in Britain before the Anglo-Saxons

Rui Martiniano,   Anwen Caffell,   Malin Holst,   Kurt Hunter-Mann,   Janet Montgomery,   Gundula Müldner,   Russell L. McLaughlin,   Matthew D. Teasdale,   Wouter van Rheenen,   Jan H. Veldink, Leonard H. van den Berg,   Orla Hardiman,   Maureen Carroll,   Steve Roskams,   John Oxley, Colleen Morgan,   Mark G. Thomas,   Ian Barnes,   Christine McDonnell,   Matthew J. Collins



http://forum.molgen.org/index.php/topic,70.msg328481.html#msg328481
http://www.nature.com/ncomms/2016/160119/ncomms10326/full/ncomms10326.html

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +540/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Англо-саксы I1
« Ответ #1 : 24 Январь 2016, 20:09:45 »
Цитировать
Norton Bishopsmill, dates to 650–910 AD and was a Christian Anglo-Saxon cemetery excavated in the village of Norton, Teesside, northeast England.
We sampled 3 individuals from burials of 100 skeletons and selected the best preserved, NO3423, for the present study.

The Anglo-Saxon (NO3423) sample was assigned to haplogroup I1-S107.

------------------------------------------------------------------------------
Sample Chromosome Position Marker Haplogroup Mutation Ancestral Reads Derived
 NO3423 (Anglo-Saxon)
chrY  7173143    L16  IJK G->A  G   1 A
chrY  3545070  P212    I   T->A   T   1 A
chrY  6677619  S107   I1  A->C  T   1 G        // у них тут опечатка, правильно должно быть T->G //
------------------------------------------------------------------------------

Этого англо-сакса кто-нибудь более тщательно смотрел в части Y?
I1-S107 и всё?   ???
Для возраста 650–910 AD можно было бы и более точно подветвь определить.
Интересно, можно ли что-то еще вытащить из сырых данных. Похоже они в fastq формате, придется сначала конвертить в BAM  :(
« Последнее редактирование: 07 Февраль 2016, 00:33:19 от Sylvester »

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +540/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Англо-саксы I1
« Ответ #2 : 07 Февраль 2016, 00:47:34 »
Интересно, можно ли что-то еще вытащить из сырых данных. Похоже они в fastq формате, придется сначала конвертить в BAM  :(
Получилось конвертнуть все три его fastq файла(по 7 гигабайт каждый) в формат BAM(в три файла по 2 гигабайта).
Завтра попробую что-нибудь из них вытащить.

Оффлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19613
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1483/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Англо-саксы I1
« Ответ #3 : 07 Февраль 2016, 15:20:05 »
Отлично

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +540/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Англо-саксы I1
« Ответ #4 : 08 Февраль 2016, 01:45:03 »
Завтра попробую что-нибудь из них вытащить.
Пока обработал первый BAM.
Он точно I1, и даже удалось продвинуться на одну ступеньку ниже по дереву.
Есть подтверждения уровня I-DF29 :

Цитировать
5578919   Y1850   (A->C)   IJ   1C
5625159   Y1851   (A->G)   IJ   1G
7922133   PF3522   (G->A)   IJ   1A
18769674   Y1894   (C->G)   IJ   1G
19038302   P124;PF3553   (A->C)   IJ   1C
19166861   F4281;P123;PF3554   (T->C)   IJ   1C
21669123   PF3563   (T->A)   IJ   1A
24426007   F3629;PF3568   (C->T)   IJ   1T
3366638   PF3578   (G->A)   I   1A
5857698   PF3616   (G->A)   I   3A
7338036   CTS1325;PF3636   (G->A)   I   1A
8643763   PF3665   (A->G)   I   1G
9891668   PF3677   (G->A)   I   1A
13914715   PF3695   (A->T)   I   1T
14352669   CTS2536;PF3707   (G->A)   I   1A
15377802   CTS4077;PF3725   (G->A)   I   1A
15615533   L772;PF3731;YSC0000263   (C->A)   I   1A
15759200   CTS4664   (T->C)   I   1C
15862842   CTS4848;PF3736   (C->T)   I   1T
17511797   CTS7502;PF3760   (A->G)   I   1G
17525137   CTS7540;PF3761   (A->G)   I   1G
18992894   CTS9618;PF3786   (T->C)   I   1C
21841289   PF3815   (G->T)   I   1T
21939618   PF3817   (G->A)   I   1A
2812119   CTS209;Z2680   (A->G)   I1   1G
7888014   Z2719   (C->T)   I1   1T
8324592   Y1870   (C->T)   I1   2T
8386255   L750;YSC0000282;Z2725   (C->T)   I1   1T
8820460   Z2730   (A->G)   I1   1G
13237053   Z2744   (G->A)   I1   1A
14047137   CTS1748;Z2749   (A->G)   I1   1G
14071004   L841;YSC0000257;Z2751   (T->A)   I1   1A
14280509   CTS2375;Z2754   (G->A)   I1   1A
14451330   CTS2732;Z2758   (G->A)   I1   1A
15500110   L118   (A->C)   I1   1C
16084583   CTS5247;Z2785   (G->C)   I1   1C
16392707   L842;YSC0000264;Z2789   (G->T)   I1   1T
16737336   CTS6221;Z2802   (G->T)   I1   1T
17390796   CTS7267;Z2809   (A->C)   I1   1C
18160939   CTS8716;Z2822   (C->T)   I1   1T
19056310   CTS9749;Z2833   (A->G)   I1   1G
19284993   CTS10140;Z2837   (T->A)   I1   1A
19563894   CTS10613;Z2840   (G->C)   I1   1C
21582052   Z2851   (A->G)   I1   1G
23303290   L843;YSC0000273;Z2878   (A->G)   I1   1G
3626279   DF29;S438   (A->G)   I-DF29   2G
19103066   V3772;CTS9857   (A->T)   I-DF29   1T

Может по результатам 2-го или 3-го BAM-файла удастся подальше продвинуться.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +540/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Англо-саксы I1
« Ответ #5 : 13 Февраль 2016, 20:48:01 »
Обработал все три его fastq файла(ERR1043160.fastq,ERR1043161.fastq,ERR1043162.fastq) и собрал результаты воедино.
Вот такие получились наиболее уверенные прочтения:



Все ниже лежащие подветви у него либо отрицательны(-) либо нет прочтений(?), т.е. по всем видам он все таки именно I-DF29*

IJ
I
I1

I-Y19086(Y19091-)
I-z131-
I-Z17943(S2304-)

I-DF29+V3772+
\I-z63-
\I-Y11248(Y11251-)
\I-Z2336(Y2593-)
\I-Y11205(Y11210-)
\I-FGC15556(FGC15560-)
\I-A5697(A5738-)

\I-Y14628 ?
\_I-Y16449-
 \_I-Y18389(Y18797-)

\I-Y11252-
\I-Y18697 ?
\_I-Y7282-
 \_I-Y10633-

\Z58 ?
\_I-Z138-
 \_I-Z59 ?
  \__I-PF856 ?
  \__I-Z2040-
  \__I-CTS8647 ?
   \___I-F3916 ?
   \___I-Z60 ?
    \____I-Y12342(Y12343-)
    \____I-Z140(Z141-)
    \____I-CTS7362-

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100