АвторТема: Расшифровка full mtDNA  (Прочитано 1911 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн e38Автор темы

  • Сообщений: 10
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: I-M253, I-CTS11603
  • мтДНК: H35
Расшифровка full mtDNA
« : 31 Декабрь 2015, 15:00:00 »
Помогите пожалуйста начинающему что делать с результатами full mdDNA, у меня следующие вопросы:
1. Общий вопрос где еще можно и как дополнительно сделать анализ полученных результатов mtDNA ?
2. Ни где не вижу на сайте FTDNA в matches дистанции от совпаденцев. Некоторые пишут о цифрах (1,2,3 и т.д.) но у меня такого ни чего нет. Где это можно посмотреть ?
3. В поиске matches FDNA у меня ищет только по HVR1 и HVR2, а при поиске по CODING REGION DIFFERENCES пишет ошибку сервера. Это ошибка сервера или же у меня просто нет совпадений по CODING REGION DIFFERENCES ?
4. Загрузил с FTDNA на mitosearch свои данные, там появились только мутации RCRS по HVR1 и HVR2 , в моем случае всего 1 мутация в HVR1 и 3 в HVR2 ,
но нет поля CODING REGION DIFFERENCES FROM rCRS. Где можно проверить дополнительно полностью свои данные включая CODING REGION DIFFERENCES ?


Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2052
  • Страна: ru
  • Рейтинг +416/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #1 : 31 Декабрь 2015, 15:56:00 »
Помогите пожалуйста начинающему что делать с результатами full mdDNA, у меня следующие вопросы:
1. Общий вопрос где еще можно и как дополнительно сделать анализ полученных результатов mtDNA ?
2. Ни где не вижу на сайте FTDNA в matches дистанции от совпаденцев. Некоторые пишут о цифрах (1,2,3 и т.д.) но у меня такого ни чего нет. Где это можно посмотреть ?
3. В поиске matches FDNA у меня ищет только по HVR1 и HVR2, а при поиске по CODING REGION DIFFERENCES пишет ошибку сервера. Это ошибка сервера или же у меня просто нет совпадений по CODING REGION DIFFERENCES ?
4. Загрузил с FTDNA на mitosearch свои данные, там появились только мутации RCRS по HVR1 и HVR2 , в моем случае всего 1 мутация в HVR1 и 3 в HVR2 ,
но нет поля CODING REGION DIFFERENCES FROM rCRS. Где можно проверить дополнительно полностью свои данные включая CODING REGION DIFFERENCES ?
Для начала вступите в какой-нибудь проект. Можите попробовать залить данные в GenBank. Найти там кого-нибудь с такой же группой. Здесь поискать http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/h35_genbank_sequences.htm
RCRS почему-то нигде не публикуют. Только в GenBanke самостоятельно можно скачать FASTA file и прогнать через утилиту.

Оффлайн e38Автор темы

  • Сообщений: 10
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: I-M253, I-CTS11603
  • мтДНК: H35
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #2 : 31 Декабрь 2015, 19:31:50 »
Спасибо за ответ.
Данные в GENBANK отправил через емайл предварительно сконвертировав нужный файл из своего FASTA файла
Про RSRS понял что его формат лучше не использовать.
По той причине что внятных совпадений на самом сайте FTDNA по их базе не обнаружил (всего 122 человека, почти все из Европы , предполагаю что если и возможные то это очень дальние совпадения), то хотелось бы воспользоваться преимуществом полного Full mtDNA и поискать совпаденцев по другим базам тестировавшихся с поиском по CODING REGION DIFFERENCES FROM rCRS.
Я так понял что эти данные возможно связаны с медициной и считаются конфеденциальными и их мало в свободном обращении ?
Или полный full mtDNA ни кто кроме FTDNA не делает и искать по другим базам бесполезно ?
В общем интересно где еще поискать совпаденцев именно с использованием CODING REGION DIFFERENCES FROM rCRS ?

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 812
  • Страна: ru
  • Рейтинг +261/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #3 : 31 Декабрь 2015, 19:32:58 »
e38,
2. Дистанция есть только в Coding Region. В HVR1 и HVR2 если есть совпадение, то оно полное, впрочем и участки небольшие.
3. А где у вас слово differences выскакивает? Что происходит, если просто зайти в matches без всякого поиска? Если нет совпадений, то сайт пишет, обычно "No matches found at this level of testing. In 5... " и автоматически переходит на другой уровень тестирования. Ошибок никаких не выскакивает при этом. Я думаю, стоит недельку подождать, если результаты появились только что, а потом писать в поддержку FTDNA.
4. А что именно вы хотите проверить? Сравнить с кем-то?
Разницу с rCRS можно посмотреть тут, заодно узнать тут можно, какие именно мутации определили гаплогруппу (нужен FASTA-файл):
http://dna.jameslick.com/mthap/
p.s. Информация по мт-ДНК ресурсам есть тут:
http://isogg.org/wiki/Mitochondrial_DNA_tests
Там же пишут, что всего две компании делают тесты FMS.
« Последнее редактирование: 31 Декабрь 2015, 19:41:07 от rLin »

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 439
  • Страна: aq
  • Рейтинг +56/-0
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #4 : 31 Декабрь 2015, 19:45:25 »
3. В поиске matches FDNA у меня ищет только по HVR1 и HVR2, а при поиске по CODING REGION DIFFERENCES пишет ошибку сервера. Это ошибка сервера или же у меня
Совпаденцев стоит искать только по HVR1. Одна дополнительная мутация означает дистанцию 3500 лет.
Если вам повезёт, и вы найдёте такого совпаденца, то тогда можно сравнить результаты по HVR2.
Ошибки на сервере ФТДНА бывают. Может быть они просто не до конца доделали ваш тест.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6059
  • Страна: ru
  • Рейтинг +701/-38
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-CTS8173
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #5 : 31 Декабрь 2015, 21:16:32 »
Или это как Y-12?
Именно так. Стоит рассматривать только HVR1+HVR2+CR c дистанцией не более 1-2.

Оффлайн e38Автор темы

  • Сообщений: 10
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: I-M253, I-CTS11603
  • мтДНК: H35
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #6 : 03 Январь 2016, 20:08:46 »
Залил данные fullmtDNA на mtdnacommunity.org
у меня два 100% совпаденца по HVR1+HVR2+CR (то есть полностью с CODE REGION) c дистанцией 7 и 8. Что это означает ?

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6059
  • Страна: ru
  • Рейтинг +701/-38
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-CTS8173
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #7 : 03 Январь 2016, 20:17:09 »
Залил данные fullmtDNA на mtdnacommunity.org
у меня два 100% совпаденца по HVR1+HVR2+CR (то есть полностью с CODE REGION) c дистанцией 7 и 8. Что это означает ?
7-8 мутаций означает десятки тысяч лет. Совпаденцы должны быть только 0-1 и максимум 2 мутации, только в этом случае есть шанс что они с нашей эры.

Оффлайн ......

  • Сообщений: 2
  • Рейтинг +0/-0
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #8 : 03 Январь 2016, 22:16:12 »
Подскажите, как в ручную загрузить данные в mtdnacommunity.org?



Не пойму, как вводить через запятую такие значения как: "16519;T;C 16399;A;G 16362;T;C" и т.д.?

Также, обязательно ли им отправлять файл на почту?

Пардон за размер картинки.

Оффлайн e38Автор темы

  • Сообщений: 10
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: I-M253, I-CTS11603
  • мтДНК: H35
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #9 : 08 Январь 2016, 02:38:43 »
Я забивал через запятую как Values DIFFERENCES FROM rCRS
16519C,146C  и т.д.

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2052
  • Страна: ru
  • Рейтинг +416/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #10 : 08 Январь 2016, 03:46:10 »
Спасибо за ответ.
Данные в GENBANK отправил через емайл предварительно сконвертировав нужный файл из своего FASTA файла
Про RSRS понял что его формат лучше не использовать.
По той причине что внятных совпадений на самом сайте FTDNA по их базе не обнаружил (всего 122 человека, почти все из Европы , предполагаю что если и возможные то это очень дальние совпадения), то хотелось бы воспользоваться преимуществом полного Full mtDNA и поискать совпаденцев по другим базам тестировавшихся с поиском по CODING REGION DIFFERENCES FROM rCRS.
Я так понял что эти данные возможно связаны с медициной и считаются конфеденциальными и их мало в свободном обращении ?
Или полный full mtDNA ни кто кроме FTDNA не делает и искать по другим базам бесполезно ?
В общем интересно где еще поискать совпаденцев именно с использованием CODING REGION DIFFERENCES FROM rCRS ?
Проблема в том что coding region ни в одной базе сравнить нельзя, даже вступив в проект. Я по своей u3b прошерстил все FASTA которые нашел в GenBank . И состряпал деревце. Можете глянуть в соответствующей теме. По вашей группе h35 здесь посмотрите http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/h35_genbank_sequences.htm

Оффлайн e38Автор темы

  • Сообщений: 10
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
  • Y-ДНК: I-M253, I-CTS11603
  • мтДНК: H35
Re: Расшифровка full mtDNA
« Ответ #11 : 18 Январь 2016, 00:14:08 »
По вашей группе h35 здесь посмотрите http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/h35_genbank_sequences.htm
Спасибо, я видел. Я так понял там в основном финны. А по CODING REGION в самой FTDNA совпадений не обнаружилось, по этому и спрашивал где поискать еще.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100