АвторТема: Гаплогруппа D  (Прочитано 24979 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8270
  • Страна: kz
  • Рейтинг +751/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #270 : 14 Февраль 2016, 08:03:13 »
http://www.yfull.com/tree/D/
Так как Бам-файлы не выдают сейчас, дерево не обновляется.

Оффлайн ydnahgd

  • Сообщений: 7
  • Страна: jp
  • Рейтинг +8/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #271 : 22 Апрель 2016, 09:28:36 »
Я заказал BigY г-на Майтпасова(K2171).

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8270
  • Страна: kz
  • Рейтинг +751/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #272 : 22 Апрель 2016, 09:35:48 »
Спасибо.

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 570
  • Страна: aq
  • Рейтинг +94/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #273 : 15 Май 2016, 14:25:53 »
Вчера Рэй Бэнкс на странице ISOGG
http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpD.html
обновил древо гг D. Теперь веточка D1a1 содержит большое количество снипов. К сожалению, веточка D1a2 так и осталась без изменения. :(

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 570
  • Страна: aq
  • Рейтинг +94/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #274 : 17 Май 2016, 23:46:40 »
Сегодня новое обновление на древе гг D.
Рэй Бэнкс добавил в веточку D1a2 около 100 снипов ниже М533.
У меня, однако, по результатам теста бигУ нашли 318 новых снипов. Куда же подевались ещё 200 штук?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6260
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1134/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #275 : 18 Май 2016, 13:03:37 »
Сегодня новое обновление на древе гг D.
Рэй Бэнкс добавил в веточку D1a2 около 100 снипов ниже М533.
У меня, однако, по результатам теста бигУ нашли 318 новых снипов. Куда же подевались ещё 200 штук?

У FTDNA что не снип, то новый:) Хотя они работают над этим, но по многим "переферийным" гаплогруппам они не обновляли свой список "известных снипов" достаточно давно. А все, что не входит в этот список попадает в новые.

Кстати, а BigY для K2171 пока не готов?

UPD Посмотрел снипы уровня  D1a2a1~  у Бэнкса. Они в YFull все на уровне D-P99.
Просто YFull придерживается консервативного принципа в распределении снипов по ветвям и приписывает их к наиболее вероятному уровню. У них (да и у нас) нет в распоряжении образцов D-P99* и D-P47*. Поэтому общие снипы двух образцов уровня D-M533 приписаны к D-P99. Ведь мы не можем пока достоверно утверждать ничего про нижестоящие уровни. Они показаны только для филогенетической структуры.
« Последнее редактирование: 18 Май 2016, 13:11:33 от Шад »

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 570
  • Страна: aq
  • Рейтинг +94/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #276 : 18 Май 2016, 13:18:27 »
Да, очень жаль, что отсутствуют образцы уровней Р47 и Р99.
Образец К2171 находится ко мне ещё ближе, чем крымский татар. По этой причине с нетерпением ждём не только результатов бигУ, но и результатов автосомного теста. :)

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6260
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1134/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #277 : 18 Май 2016, 19:53:07 »
Уважаемый Шад обеспечил меня VCF файлом игрек-хромосомы монгола (Bai et al., 2014). В нем содержится 2441 снип. Предварительно я выяснил, что в позиции 19067134 производный аллель T вместо предкового G. Это означает, что у монгола есть мутация М533. Можно предположить, что его родство с донором образца YF02800 относительно недавнее. Из данных YFull я отобрал 355 снипов уровня D3a1-D3, которые были выявлены одновременно в образцах YF02800 и YF03396. Предварительно отсеял кандидатуры с числом ридов 1 или 2. Сравнение показало, что из 355 кандидатур совпало со снипами монгола 338 позиций. Не совпало - 17 позиций.
Дальнейший анализ этих 17-ти кандидатур производился следующим образом. Две кандидатуры, Y14776 и Y15354, располагаются в соседних позициях - 13960921 и 13960921. Поскольку двойной нуклеотидный полиморфизм не является целью нашего исследования, эти кандидатуры я исключил. Затем просмотрел, как читаются позиции оставшихся 15 кандидатур в других гаплогруппах. Я выбрал группу Q, состоящую из 133 образцов. Оказалось, что в координатах 4-х снипов наблюдается некачественное чтение. Это одновременное чтение и предкового, и производного аллелей в разных образцах одной и той же гаплогруппы, неустойчивые результаты чтения или отсутствие ридов. На нашем жаргоне это называется "пестрота". Таким образом, остается 11 реальных мутаций. Они есть в образцах YF02800 и YF03396, но отсутствуют у монгола.
Есть еще 7 приватных снипов YF02800, которые не были обнаружены в образце YF03396. Этих мутаций не должно быть у монгола. Проверка по снипам монгола показала, что шесть мутаций действительно отсутствуют, но в позиции 3719484 у монгола также производный аллель Т вместо предкового С. Возможно, эта позиция не была прочтена в образце YF03396.
Вывод, который можно сделать по результатам этой стадии исследования: монгол - более удаленный родственник донора образца YF02800 по мужской линии, чем донор YF03396.

Посмотрел VCF файл по монголу из Bai et al., 2014 (далее обозначаю его как MongolD1). Мои выводы полностью совпадают с выводами уважаемого Nimissin.
Результаты анализа показали, что два приватных YF02800 являются общими для YF03396 и MongolD1.
BZ2951   15791171   C   T
BZ2952   3719484   C   T
Они явно заслуживают перемещения на уровень D-P99. Несмотря на некоторые сомнения по качеству, они есть в трех образцах, что само по себе подтверждает их стабильность.

Все остальные снипы общие только для YF03396 (но некоторые не прочитаны у YF02800, что оставляет вероятность их общности на более высоком уровне, чем D-M533).
При этом по не вызывающим сомнения 11 снипам мы можем выделить под D-M533 отдельную ветвь D-BZ2960 со следующими снипами:
BZ2953   3343829   A   G
BZ2954   15743017   C   T
BZ2955   17158565   G   C
BZ2956   6771724   T   A
BZ2957   14799884   A   G
BZ2958   15092315   G   A
BZ2959   16059911   C   T
BZ2960   15940065   T   G
BZ2961   17382476   T   C
BZ2962   21391681   C   T
BZ2963   6201662   A   T

Что касается снипов уровней D-P47 и D-M533, то эти ветви заполнятся снипами после появления образцов полного сиквенса D-P99* и D-P47*


« Последнее редактирование: 18 Май 2016, 22:08:36 от Шад »

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6260
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1134/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #278 : 18 Май 2016, 22:14:26 »
@Nimissin

А наш MongolD1 из Внутренней Монголии?

Вот тут еще данные по монголам из Китая:
Xiaoliang Fu et al
To study the population data of Y chromosome STR (Y-STRs) of the Mongolian minority population residing in the Horqin district, we analyzed haplotypes of 26 Y-STRs (DYS19, DYS385a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS448, DYS456, DYS458, DYS481, DYS533, DYS549, DYS570, DYS576, DYS635, DYS643, DYS388, DYS449, DYS460, and YGATAH4) in 298 unrelated Chinese Mongolian individuals using the commercially available Goldeneye® DNA ID 26Y system. We also investigated blood stains, saliva spots, semen spots, hair follicles, fingernails, and sweat latent
fingerprints from ten healthy males for testing the efficiency of direct amplification of this new Y-STRs system. The calculated average gene diversity values of the Mongolian population ranged from 0.3024 to 0.9510 for the DYS389I and DYS385a/b loci, respectively. The discriminatory capacity was 92.95 % with 277 observed haplotypes using 23 Y-STR loci (DYS19, DYS385a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS448, DYS456, DYS458, DYS481, DYS533, DYS549, DYS570, DYS576, DYS635, DYS643, and YGATAH4). By adding three more Y-STRs (DYS388, DYS449, and DYS460) to the 26Y system, the discriminatory capacity was increased to 94.63 % with a total of 282 observed haplotypes. Population relationships were calculated and compared with seven populations available from the Y chromosome haplotype reference database and data from ten Asian populations published previously. The Mongolian minority population residing in Horqin district is significantly different from other populations. Our results indicated that these 26 Y-STRs were highly genetically polymorphic in the Mongolian group and this contributes greatly to existing Chinese ethnic genetic information. As a result of direct amplification, we have obtained full profile from all blood stains, saliva spots, hair follicles, and fingernails; six semen spots; and one sweat latent fingerprint. It revealed that the 26 Y-STR system was a valuable tool for male sex analysis in forensic field and the kit was highly adaptive to direct amplification of various samples including blood stain, saliva spot, hair follicle, and fingernail.
http://link.springer.com/article/10.1007/s00414-016-1387-3

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2140
  • Рейтинг +592/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #279 : 19 Май 2016, 16:19:52 »
@Nimissin

А наш MongolD1 из Внутренней Монголии?

Да, монгол из АРВМ

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 570
  • Страна: aq
  • Рейтинг +94/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #280 : 20 Май 2016, 08:44:12 »
Вчера Рэй Бэнкс снова обновил древо гг D, добавив новых снипов под М533. Теперь там всего 257 штук. Но ещё полсотни где-то затерялись. :)

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6260
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1134/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #281 : 20 Май 2016, 10:20:05 »
Вчера Рэй Бэнкс снова обновил древо гг D, добавив новых снипов под М533. Теперь там всего 257 штук. Но ещё полсотни где-то затерялись. :)

Неугомонный:)

Вообще интересно помещение на этот уровень снипов PH. Значит какой-то образец D-M533 должен быть описан в Hallast et al., 2014 (PH = Pille Hallast, Ph.D., University of Leicester, Department of Genetics, United Kingdom)
« Последнее редактирование: 20 Май 2016, 10:52:19 от Шад »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2140
  • Рейтинг +592/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #282 : 20 Май 2016, 14:28:33 »

Вообще интересно помещение на этот уровень снипов PH. Значит какой-то образец D-M533 должен быть описан в Hallast et al., 2014 (PH = Pille Hallast, Ph.D., University of Leicester, Department of Genetics, United Kingdom)
Это образец bhu-1561 (Hallast et al., 2014)

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6260
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1134/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #283 : 20 Май 2016, 17:43:38 »

Вообще интересно помещение на этот уровень снипов PH. Значит какой-то образец D-M533 должен быть описан в Hallast et al., 2014 (PH = Pille Hallast, Ph.D., University of Leicester, Department of Genetics, United Kingdom)
Это образец bhu-1561 (Hallast et al., 2014)

Цитировать
A2879486G T6628529G C7053135G C7408470T C13939435A C14004682T G14140293A G14333067A G14501840A C14567652A G14568259A T14630180C T14665046C T15940065G G16052016A A16196727C C16284526T T16402247C G16646341A G16850297A A17302680G A17553183T A17668790G G17712690A G17891017A G17898051A T17921771C G18564239A G18723672A G18747270A A18784732G C18804972T G19122587A A19481914T


Странно, как раз M533 (G19067134T) я там и не нахожу вообще. Хотя все снипы кроме двух (2879486, 14568259) присутствуют в обоих образцах с аллельными значениями, отличными от референса. Эти два снипа находятся явно не ниже уровня https://yfull.com/tree/D-CTS11577/ который будет общим для YF02800, YF03396 и YF04591 (D-Y19637).
Интересно - а кто такой YF05088?

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 570
  • Страна: aq
  • Рейтинг +94/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #284 : 20 Май 2016, 18:24:41 »
Насколько я знаю, образцы YF05088 и YF04591 принадлежат казахам.
Однако, они от меня о-очень далеко, поэтому я особенно не интересовался.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100