АвторТема: Гаплогруппа D  (Прочитано 24258 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 567
  • Страна: aq
  • Рейтинг +93/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #45 : 10 Август 2014, 20:57:14 »
Посмотрел сегодня на результаты в разделе гг D на ФТДНА. У меня стоит М174+, Р99-
То же самое в казахском и русском проектах.
Если я правильно понимаю, то знак + означает положительный результат? Или я что-то опять неправильно понял?

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 567
  • Страна: aq
  • Рейтинг +93/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #46 : 10 Август 2014, 22:37:58 »
В разделе гг D на ФТДНА меня записали так: M174+ & not tested for all subgroups, отметив красным цветом.
Т. е. тест на снип Р99 не подтвердился. Ну и дела...

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #47 : 10 Август 2014, 22:39:44 »
Посмотрел сегодня на результаты в разделе гг D на ФТДНА. У меня стоит М174+, Р99-
То же самое в казахском и русском проектах.
Если я правильно понимаю, то знак + означает положительный результат? Или я что-то опять неправильно понял?

Поняли правильно. А вот с прогнозом мы ошиблись. D3 (P99+) исключаем. Соответственно, исключаем и D3a (P47+). Хотя бывает такая редкость, как обратная снип-мутация, но не будем на данном этапе лезть в такие дебри...
Если исключить японцев (хотя они тоже империя:) и прочую экзотику, то следующим снипом на проверку должен стать M15. То есть проверяем версию о том, что Вы - D1-M15.

UPD По STR-маркерам Вы очень далеки от D1-M15. Есть в Вашем проекте два казаха. Далеко, очень далеко, ничего общего.
А близкий крымский татарин - D3a.
Поэтому рекомендую BigY или Full Genomes Prime. Иначе по снипам можно долго ставить фишки как в казино. И доступные для тестирования снипы закончатся раньше, чем деньги:)
« Последнее редактирование: 10 Август 2014, 22:47:52 от Шад »

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 567
  • Страна: aq
  • Рейтинг +93/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #48 : 10 Август 2014, 22:55:18 »
Я также подумал, что снипы закончатся быстро, а результат будет всё-таки отрицательный.
Насколько я понял, делать всё-таки лучше fullgenoms, потому-что у них качество гораздо лучше, чем бигУ?
Если я правильно понимаю, у меня вообще нет поблизости никаких совпаденцев?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #49 : 10 Август 2014, 23:06:35 »
Я также подумал, что снипы закончатся быстро, а результат будет всё-таки отрицательный.
Насколько я понял, делать всё-таки лучше fullgenoms, потому-что у них качество гораздо лучше, чем бигУ?
Если я правильно понимаю, у меня вообще нет поблизости никаких совпаденцев?

У Full Genomes больше покрытие, меньше вероятность "выпадения" интересующих нас снипов. По цене они сейчас практически сравнялись, так что лучше конечно их. Хотя не буду отрицать, что BigY при приемлемом качестве хорош меньшими хлопотами - ничего не нужно повторно заказывать и отсылать. Но, если это не смущает, то FG Prime лучше.
Плюс потом получим две интерпретации - от Грега Магуна (Full Genomes) и от YFull. В случае с BigY придется рассчитывать только на внимание администратора Вашего проекта. Которому просто может не хватить глубины погружения в тему. Хотя и Магуну придется нелегко - в публичном доступе много японцев D2, но практически не видел D1 и D3. Хотя у YFull в базе фигурирует D* (то есть ни D1, ни D2, ни D3). Это некто из китайской народности дай.


Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2723
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #50 : 11 Август 2014, 00:29:16 »
Посмотрел сегодня на результаты в разделе гг D на ФТДНА. У меня стоит М174+, Р99-
То же самое в казахском и русском проектах.
Если я правильно понимаю, то знак + означает положительный результат? Или я что-то опять неправильно понял?

Поняли правильно. А вот с прогнозом мы ошиблись. D3 (P99+) исключаем. Соответственно, исключаем и D3a (P47+). Хотя бывает такая редкость, как обратная снип-мутация, но не будем на данном этапе лезть в такие дебри...
Крымский татарин Р47+, а Осколок явно к нему ближе, чем к другим D. Совпадение по некоторым медленным маркерам (DYS392,YCA) и существенное отличие по этим маркерам от других вряд ли может быть случайным.  Что странно, Р99 у кр.т. не показан, несмотря на BigY. В то же время у него показан CTS11577+, который объединяет Р99 и М15. Тут можно предполагать два варианта(кроме обратной снип-мутации). Либо какие-то проблемы с снипом Р99(например ненадёжность) и у Осколка будет Р47+. Либо Осколок - CTS11577*, а снип объединяющий его с Р99 пока не найден. Вероятность, что у него будет М15+, на мой взгляд, практически нулевая.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #51 : 11 Август 2014, 07:16:29 »
Спорить не буду, так как выше я отметил, что вариант с M15 имеет смысл проверять скорее в силу географических причин, а не филогенетических:) Хотя на практике и мне и Вам встречались ситуации, когда снипы были, мягко говоря, не очень подтверждены филогенией по СТР-маркерам. Особенно когда речь идет о редких субкладах.
Поэтому я и рекомендую сделать полный сиквенс в Full Genomes. Чтобы сразу расставить все точки над i.
Хотел уточнить - откуда информация о том, что крымский татарин сделал BigY? Может это терминальный снип из Geno 2.0?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #52 : 11 Август 2014, 07:20:14 »
Я также подумал, что снипы закончатся быстро, а результат будет всё-таки отрицательный.
Насколько я понял, делать всё-таки лучше fullgenoms, потому-что у них качество гораздо лучше, чем бигУ?
Если я правильно понимаю, у меня вообще нет поблизости никаких совпаденцев?

Самым близким к Вам является упомянутый крымский татарин из проекта D. Попробуйте через администратора проекта установить с ним контакт. В любом случае обмениваясь с ним информацией мы сможем продвигаться вперед более эффективно.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2723
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #53 : 12 Август 2014, 20:31:35 »
Хотел уточнить - откуда информация о том, что крымский татарин сделал BigY? Может это терминальный снип из Geno 2.0?
Моё предположение, возможно ошибочное. Вполне может быть и Гено2.
Хотя на практике и мне и Вам встречались ситуации, когда снипы были, мягко говоря, не очень подтверждены филогенией по СТР-маркерам.
Безусловно, но в таком виде ни разу. Совсем наоборот. Такое совпадение очень редких мутаций у двух гаплотипов всегда в дальнейшем подтверждало, что они реально ближе друг к другу, чем к другим гт, не имеющим таким мутаций. Это именно тот случай.
Любопытный момент. В проекте D кр.тат. обозначен ФТДНА в разделе маркеров как D-CTS11577, а в разделе снипов как D-M15(!), хотя М15, как и Р99 в проверенных маркерах у него не показан. Я скорее поверю, что они оба М15, чем то что они из разных субкладов.
Итого. Есть проблема, причина которой нам непонятна. Поэтому, я абсолютно соглашусь с Вами:
Поэтому я и рекомендую сделать полный сиквенс в Full Genomes. Чтобы сразу расставить все точки над i.
В данном случае это будет самое правильное решение.

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 567
  • Страна: aq
  • Рейтинг +93/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #54 : 12 Август 2014, 21:07:37 »
Научившись "горьким опытом одиночества" на ФТДНА возникае вопрос: что будем делать, если результаты теста фуллгеном окажуться отрицательными? Я имею в виду результаты теста, которые невозможно будет разместить на филогенетическом древе.
Уже сейчас ясно, что у меня какой-то редкий случай и дальнейшее уточнение результатов схоже по смыслу с поговоркой: "чем дальше в лес, тем больше дров!"
Были ли уже подобные случаи в практике?

Оффлайн Таракан

  • "На стяге твоем такой же кот, лишь только цвет другой" (с)
  • Сообщений: 2070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +228/-0
    • Татарский ДНК-проект "Идель"
  • Y-ДНК: R1a-YP5233
  • мтДНК: U4 (Ulrike)
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #55 : 12 Август 2014, 21:16:39 »
Научившись "горьким опытом одиночества" на ФТДНА возникае вопрос: что будем делать, если результаты теста фуллгеном окажуться отрицательными? Я имею в виду результаты теста, которые невозможно будет разместить на филогенетическом древе.
Уже сейчас ясно, что у меня какой-то редкий случай и дальнейшее уточнение результатов схоже по смыслу с поговоркой: "чем дальше в лес, тем больше дров!"
Были ли уже подобные случаи в практике?

Сам такой тест еще не проходил, но для выявления новых снипов и, соответственно, размещение их филогенетическом древе нужно как минимум 2 протестированных человека из предполагаемой общей ветви.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2723
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #56 : 12 Август 2014, 21:28:14 »
Если YFull сделает интерпретацию по FGS, то в любом случае разместят на этом дереве http://www.yfull.com/tree/D/
А то там одни японцы и один китаец. А близкие гт ещё появятся.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #57 : 12 Август 2014, 21:41:15 »
Научившись "горьким опытом одиночества" на ФТДНА возникае вопрос: что будем делать, если результаты теста фуллгеном окажуться отрицательными? Я имею в виду результаты теста, которые невозможно будет разместить на филогенетическом древе.
Уже сейчас ясно, что у меня какой-то редкий случай и дальнейшее уточнение результатов схоже по смыслу с поговоркой: "чем дальше в лес, тем больше дров!"
Были ли уже подобные случаи в практике?

Сам такой тест еще не проходил, но для выявления новых снипов и, соответственно, размещение их филогенетическом древе нужно как минимум 2 протестированных человека из предполагаемой общей ветви.

Это нужно для того, чтобы определить новый субклад согласно критериям ISOGG. Но даже если второго человека нет, то результаты полного сиквенса позволят спозиционировать себя относительно уже описанных снипов. То есть, как минимум, будет возможность дальше ориентироваться по типированным образцам из научных выборок. Это позволит в итоге идентифицировать искомую нами популяцию.

Оффлайн Таракан

  • "На стяге твоем такой же кот, лишь только цвет другой" (с)
  • Сообщений: 2070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +228/-0
    • Татарский ДНК-проект "Идель"
  • Y-ДНК: R1a-YP5233
  • мтДНК: U4 (Ulrike)
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #58 : 12 Август 2014, 22:02:50 »
Это нужно для того, чтобы определить новый субклад согласно критериям ISOGG. Но даже если второго человека нет, то результаты полного сиквенса позволят спозиционировать себя относительно уже описанных снипов. То есть, как минимум, будет возможность дальше ориентироваться по типированным образцам из научных выборок. Это позволит в итоге идентифицировать искомую нами популяцию.

Просто речь идет, на мой взгляд, о достаточно серьезных деньгах и стоит предупредить о том, что результат может быть не самым информативным на данный момент. Т.е. человек может и получит множество новых и до этого не выявленных снипов, но ни их возраст, ни филогения могут быть не ясными достаточно долгое время... особенно это касается гаплотипов из стран бывшего СССР.

А так конечно лучше сделать данный тест, чем не делать.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1120/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #59 : 14 Август 2014, 16:12:38 »
Мнение китайских товарищей (ясности не добавило):
Цитировать
He's undoubtedly D3-P99, since his DYS392=7, and his closest matches are inside Han Chinese in my own database
Но там только научные 17-маркерные образцы, так что близки - это не значит, что идентичны. Пока что больше вырисовывается D*.

UPD Всё таки настаивают на том, что Осколок империи близок именно к китайским P99+
Цитировать
I'm nearly sure he is P99+, and the SNP test made some error.
Возможно прав уважаемый VVR - P99 представляет собой ненадежный снип и только полный сиквенс позволит расставить все точки над i
« Последнее редактирование: 14 Август 2014, 16:44:28 от Шад »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100