АвторТема: Гаплогруппа D  (Прочитано 31257 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6313
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1211/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #90 : 20 Октябрь 2014, 16:29:19 »
Ждать результатов биг У придётся, в лучшем случае, 3 месяца?

Примерно так.

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 585
  • Страна: aq
  • Рейтинг +96/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #91 : 20 Октябрь 2014, 16:38:36 »
Спасибо!

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2202
  • Рейтинг +642/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #92 : 20 Октябрь 2014, 17:03:46 »
А по Вашей гаплогруппе и субкладу протестированных по полному - вообще практически нет.
Думаю, что просто нет протестированных Big Y.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2202
  • Рейтинг +642/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #93 : 10 Ноябрь 2014, 13:03:01 »
The genome of a Mongolian individual reveals the genetic imprints of Mongolians on modern human populations

Haihua Bai etc.

Abstract

Mongolians have played a significant role in modern human evolution, especially after the rise of Genghis Khan (1162?-1227). Although the social cultural impacts of Genghis Khan and the Mongolian population have been well documented, explorations of their genome structure and genetic imprints on other human populations have been lacking. We here present the genome of a Mongolian male individual. The genome was de novo assembled using a total of 130.8-fold genomic data produced from massively parallel whole genome sequencing. We identified high-confidence variation sets, including 3.7 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 756,234 short insertions and deletions (Indels). Functional SNP analysis predicted the individual has a pathogenic risk for carnitine deficiency. We located the patrilineal inheritance of the Mongolian genome to the lineage D3a through Y haplogroup analysis and inferred that the individual has a common patrilineal ancestor with Tibeto-Burman populations and is likely to be the progeny of the earliest settlers in East Asia. We finally investigated the genetic imprints of Mongolians on other human populations using different approaches. We found varying degrees of gene flows between Mongolians and populations living in Europe, South/Central Asia and the Indian subcontinent. The analyses demonstrate that the genetic impacts of Mongolians likely resulted from the expansion of the Mongolian Empire in the 13th century. The genome will be of great help in further explorations of modern human evolution and genetic causes of diseases/traits specific to Mongolians.

http://gbe.oxfordjournals.org/content/early/2014/11/05/gbe.evu242.full.pdf


Гаплогруппа Y-хромосомы у монгола - D3a-P47. Надо посмотреть BAM файл на предмет М533.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2202
  • Рейтинг +642/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #94 : 10 Ноябрь 2014, 13:33:22 »
Не удается скачать vcf файл.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6313
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1211/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #95 : 10 Ноябрь 2014, 14:10:25 »
Я правильно понял, что все исследованные монголы оказались D и DE? Во всяком случае в приложении есть только филогенетическое дерево по этим гаплогруппам...

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2202
  • Рейтинг +642/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #96 : 10 Ноябрь 2014, 14:26:41 »
В статье только один монгол c гаплогруппой Y-хромосомы D3a-P47. Десять образцов монголов из HGDP были использованы для идентификации блоков гаплотипов (haplotype blocks) всего генотипа, т.е. по сути аутосом. Среди них три женщины. Про Y-хромосомы семи мужчин в статье ничего не говорится. Но из других работ известно, что среди них:
O3e 3/7,
C 1/7,
N3 1/7,
Q(xQ3a) 1/7,
D(xD2) 1/7.
Обозначения старые (YCC 2002), других под рукой не было.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2202
  • Рейтинг +642/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #97 : 10 Ноябрь 2014, 14:59:07 »
17-маркерный гаплотип монгола из базы данных HGDP (HGDP01226) в формате YHRD:
15-14-30-25-10-7-13-11,11-12-12-14-19-16-16-21-11

Видно, что он тоже D3a1-М533+.

Выше он был обозначен как D(xD2).

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 585
  • Страна: aq
  • Рейтинг +96/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #98 : 10 Ноябрь 2014, 20:10:41 »

Видно, что он тоже D3a1-М533+.

Выше он был обозначен как D(xD2).
Вот не думал ни гадал, что будут общие корни с монголами!
Теперь придётся вступать и в монгольский проект :)
Ну а если серьёзно, то у меня всё пока тихо. На ФТДНА срок сейчас указан: 6-8 недель. Может быть, к Новому году будут результаты теста бигУ.

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 585
  • Страна: aq
  • Рейтинг +96/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #99 : 22 Ноябрь 2014, 20:23:49 »
У меня появились результаты 23иЯ. Они также определили гг D3a. Кроме того, они выявили 14,5% монгольской составляющей. Пошёл записываться в монгольский проект...

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 585
  • Страна: aq
  • Рейтинг +96/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #100 : 04 Декабрь 2014, 22:19:13 »
Сегодня появились результаты бигУ. Снип Р99 оказался всё-таки положительный!
Теперь результат записан D-M15. Привожу снипы:
CTS6135+, CTS623+, CTS7400+, CTS7659+, CTS7660+, CTS852+, CTS8591+, CTS8665+, CTS94+, F1034+, F1066+, F1137+, F1264+, F1278+, F1287+, F1306+, F1344+, F1379+, F1439+, F1447+, F1533+, F1612+, F1620+, F1927+, F2062+, F2147+, F2161+, F2318+, F2325+, F2455+, F2473+, F2662+, F2765+, F2923+, F2956+, F2967+, F3289+, F3321+, F3328+, F3370+, F3572+, F3666+, F3835+, F3845+, F3920+, F4030+, F975+, F986+, IMS-JST021355+, M145+, M168+, M174+, M203+, M294+, M299+, M42+, M94+, P144+, P153+, P165+, P167+, P183+, PAGES00026+, PAGES00081+, PF1442+, CTS10714+, CTS10834+, CTS11468+, CTS11577+, CTS1171+, CTS12632+, CTS3334+, CTS3536+, CTS3868+, CTS3996+, CTS4437+, CTS4443+, CTS5001+, CTS5577+, CTS5884+, M174+, P99+, P47+, M533+, CTS101+, CTS1014+, V241+, V250+, YSC0000207+, YSC0000227+, CTS10228-, CTS5966-, V19-
Хотелось бы узнать мнение специалистов по поводу результатов моего бигУ.
Заранее благодарен.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6313
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1211/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #101 : 04 Декабрь 2014, 22:45:28 »
Сегодня появились результаты бигУ. Снип Р99 оказался всё-таки положительный!
Теперь результат записан D-M15. Привожу снипы:
CTS6135+, CTS623+, CTS7400+, CTS7659+, CTS7660+, CTS852+, CTS8591+, CTS8665+, CTS94+, F1034+, F1066+, F1137+, F1264+, F1278+, F1287+, F1306+, F1344+, F1379+, F1439+, F1447+, F1533+, F1612+, F1620+, F1927+, F2062+, F2147+, F2161+, F2318+, F2325+, F2455+, F2473+, F2662+, F2765+, F2923+, F2956+, F2967+, F3289+, F3321+, F3328+, F3370+, F3572+, F3666+, F3835+, F3845+, F3920+, F4030+, F975+, F986+, IMS-JST021355+, M145+, M168+, M174+, M203+, M294+, M299+, M42+, M94+, P144+, P153+, P165+, P167+, P183+, PAGES00026+, PAGES00081+, PF1442+, CTS10714+, CTS10834+, CTS11468+, CTS11577+, CTS1171+, CTS12632+, CTS3334+, CTS3536+, CTS3868+, CTS3996+, CTS4437+, CTS4443+, CTS5001+, CTS5577+, CTS5884+, M174+, P99+, P47+, M533+, CTS101+, CTS1014+, V241+, V250+, YSC0000207+, YSC0000227+, CTS10228-, CTS5966-, V19-
Хотелось бы узнать мнение специалистов по поводу результатов моего бигУ.
Заранее благодарен.

Вы уже заказали BAM файл с данными? В верхнем правом углу должна быть кнопка для скачивания?
После этого если Вы хотите прислать его в YFull для интерпретации, то закачайте на Yandex Disk или Dropbox и перешлите ссылку мне.

По снипам. Насколько я понимаю, главное, что подтверждено текущее дерево. P99+ P47+ M533+
Поэтому анализируем в YFull и параллельно смотрим полные сиквенсы, где могли встречаться эти снипы.

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 585
  • Страна: aq
  • Рейтинг +96/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #102 : 04 Декабрь 2014, 22:57:40 »
ВАМ файл обязательно закажу и ссылку сразу же пришлю.

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 585
  • Страна: aq
  • Рейтинг +96/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #103 : 19 Январь 2015, 22:35:26 »
Посмотрел, что написали мне в сертификате SNP:

This lineage is a descendent of the D lineage and is currently present in Southeast Asia and Tibet. Like its progenitor it is also found in low frequencies in Mongolian populations, but unlike D it is completely absent from Japan.

Есть и другие новости. Меня наконец-таки убрали из группы M174+ & not tested for all subgroups
Теперь я рядом с крымским татаром. У нас обоих почему-то DYS643=0 Что бы это означало?

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 585
  • Страна: aq
  • Рейтинг +96/-0
Re: Re: Гаплогруппа D
« Ответ #104 : 21 Январь 2015, 21:37:08 »
Меня опять переместили. Теперь мы с крымским татарином относимся к субкладу D1a2a, у меня даже D1a2a1. Субклад D1c больше не существует!
Что-то они никак не определятся с обозначением подгрупп...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100