АвторТема: Гаплогруппа D  (Прочитано 58701 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #285 : 20 Май 2016, 19:21:27 »
Ранее уважаемый Nimissin уже реконструировал бутанцев как D-Y15407
В работе Hallast et al. (2014) http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2014/12/13/molbev.msu327.full
есть два образца бутанцев с гаплогруппой D-Y15407. В ветви первого образца bhu-1150 51 снип, в ветви второго, bhu-1561, - 34 снипа. Возраст ветвей солидный, так как область измерений авторов Hallast et al. (2014) составляла всего 3.7 Mbp, примерно в три раза меньше, чем у теста Big Y. К датировке по данным этой работы у меня есть вопросы. Думаю, часть реальных мутаций была исключена из-за чрезмерно жестких требований к качеству чтения. Но для целей нашей оценки систематическое занижение будет несущественно. Разделение ветвей  bhu-1150 и bhu-1561 произошло (51+34)/ (2 х 3700000 х 0.82 х 10(-9)) = 14000 лет назад. То есть давно.
У нас есть 344 снипа уровня D3a1-D3, обнаруженных одновременно в образцах YF02800 и YF03396. Из них не совпал с 51 снипом образца bhu-1150 ни один. Зато образец bhu-1561 показал значительно более близкое родство. Совпало со снипами YF02800 и YF03396 23 мутации (из 34-х). Эти 23 мутации есть и у монгола. Возникает вопрос, к какой ветви относится бутанец bhu-1561 - к ветви YF02800 или ветви монгола (Bai et al., 2014)? Анализ оставшихся 11 снипов не дал окончательного ответа. Координаты одного снипа у бутанца совпали с координатами приватного снипа YF02800 (13939435 С А), в VCF файле монгола этого снипа нет. С другой стороны, два снипа бутанца показали совпадение со снипами монгола. Из них первый (14501840 G A) не был прочитан в образце YF02800 (no call), а второй снип (15940065 T G) был прочитан с плохим качеством в YF02800 (1T, 1G). Есть ощущение, что ветвь  бутанца bhu-1561 образовалась одновременно с ветвями YF02800 и монгола, то есть примерно 2500-2600 лет назад. Восемь приватных мутаций бутанца не противоречат этому предположению: 8/ (3700000 х 0.82 х 10(-9)) = 2600 лет назад.
Часть бутанцев родственна тибетцам. Поэтому обнаруженное родство дает важное указание на происхождение предков образца  bhu-1561 и монгола.

Дешифровка снипов бутанца bhu-1561
14501840 PH1278
14568259 PH1335
14665046 PH1427
13939435 PH726
14140293 Y14780/PH1154
14333067 Y14783
16052016 Y14806/PH2008
16284526 Y14807
17302680 Y14822
17553183 Y14824
17891017 Y14829
17898051 Y14830
18784732 Y14842

15940065 T G - прочитан в высоком качестве (Best qual) в образце крымского татарина YF03396. Таким образом, он однозначно общий для YF02800,  YF03396 и bhu-1561.

Также насчитал у монгола MongolD1 и bhu-1561 25 общих мутаций. Все они общие для YF02800, YF03396.
« Последнее редактирование: 20 Май 2016, 23:26:50 от Шад »

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9609
  • Страна: kz
  • Рейтинг +945/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #286 : 20 Май 2016, 21:54:44 »
Интересно - а кто такой YF05088?
Из Казахских Кожа.
240724 его номер в ФТДНА

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #287 : 20 Май 2016, 22:31:57 »
Интересно - а кто такой YF05088?
Из Казахских Кожа.
240724 его номер в ФТДНА

Понял. Он из родственников Аскара.
А второй?
Можно ли подключить обоих к группе https://yfull.com/groups/d/ ?

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9609
  • Страна: kz
  • Рейтинг +945/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #288 : 20 Май 2016, 22:48:40 »
Второй тоже Кожа, только Западный.
Подключу их к проекту вскоре.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #289 : 20 Май 2016, 22:53:18 »
Второй тоже Кожа, только Западный.
Подключу их к проекту вскоре.

Спасибо. Кстати, гаплогруппой D я впервые занялся из-за Аскара:)


UPD Из списка бутанских снипов отсутствует у монгола MongolD1 только 9.
Но по совокупности анализа трех этих четырех образцов можно сделать вывод, что они ДОЛЖНЫ быть у него и просто не прочитаны и не попали в VCF.
7 из 9 общие для YF02800, YF03396 и YF04591 (D-Y19637). Только 2 (13939435, 14567652) с нюансами некачественного прочтения. Но это исключение только подтверждает правило - монголо и бутанец по снипам бутанца полностью совпадают. Правда, следует отметить, явно неполную картину по снипам в данных Hallast et al, 2014, но определенное представление оно дает.
« Последнее редактирование: 20 Май 2016, 23:36:19 от Шад »

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 687
  • Страна: aq
  • Рейтинг +118/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #290 : 21 Май 2016, 10:52:44 »
У нас только одна проблема: слишком мало образцов для составления ветки D1a2. :(
Учитывая тот факт, что японцы прилежно оплачивают тесты бигУ, возникает вопрос: где взять нужные образцы для тестирования? География распространения, к сожалению, очень большая: Бутан, Тибет, Монголия (также внутренняя), Казахстан, возможно Уйгурский район Китая.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #291 : 21 Май 2016, 12:00:16 »
Кстати, на HGDP у нас не только монгол HGDP01226
HGDP01183 Yi EastAsia D(xD2)
HGDP01185 Yi EastAsia D(xD2)
HGDP01214 Daur EastAsia D(xD2)
HGDP01226 Mongola EastAsia D(xD2)

Интересно бы их тоже посмотреть.

UPD
Из Poznik et al, 2013
HGDP01214 D-M15 Daur
HGDP01183 D-M15 Yizu
HGDP00752 D-M55 Japanese
HGDP00757 D-M55 Japanese
HGDP01226 D-P47 Mongol
M15 на дереве YFull отсутствует
У Бэнкса D-M15 это промежуточный уровень
• D1   CTS11577, CTS9290, F2285
• • D1a   F6251/Z27276, Z27283
• • • D1a1   M15
• • • • D1a1a   N1
F6251 у YFull это уровень https://yfull.com/tree/D-Y15407/
N1 - https://yfull.com/tree/D-Y19637/
Таким образом, M15 будет (наверное) соответствовать D-F901, так как у Бэнкса D-M15 и D-P99 показаны как параллельные субклады под D-Y15407 aka D1a по Бэнксу.
Таким образом, для анализа D-P99 у нас действительно нет никого кроме уже перечисленных. 
« Последнее редактирование: 21 Май 2016, 12:33:03 от Шад »

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #292 : 21 Май 2016, 12:42:56 »
Кстати, еще нашел
Цитировать
Mongol/Central Mongolia (DiCristofaro et al. 2013)
1/18 = 5.6% C2e1a-M407
4/18 = 22.2% C2b2a-M86
3/18 = 16.7% C2-M532
1/18 = 5.6% C2-M401
2/18 = 11.1% D1c1a-M533
1/18 = 5.6% J1a2b-Page8
1/18 = 5.6% N1c2b-P43
1/18 = 5.6% O3a2c1a-M117
1/18 = 5.6% Q1a1a1-M120
1/18 = 5.6% Q1a1b-M25
2/18 = 11.1% R1b1a1-M478/M73

Цитировать
Mongol/Southeast Mongolia (DiCristofaro et al. 2013)
2/23 = 8.7% C2e1a-M407
1/23 = 4.3% C2b2a-M86
1/23 = 4.3% C2-M532
1/23 = 4.3% C2e-M546(xC2e1a-M407)
6/23 = 26.1% C2-M401
2/23 = 8.7% D1c1a-M533
1/23 = 4.3% G1-M285
1/23 = 4.3% N1c2b-P43
1/23 = 4.3% O1a-M119
2/23 = 8.7% O3a2c1-M134(xO3a2c1a-M117)
1/23 = 4.3% O3a2c1a-M117
1/23 = 4.3% Q-M242(xQ1a1a1-M120, Q1a1b-M25, Q1a2-M346, Q1b1-M378)
1/23 = 4.3% R2a-M124
1/23 = 4.3% R1b1a1-M478/M73
1/23 = 4.3% R1b1a2-M269(xR1b1a2a-L23)
http://eurogenes.blogspot.ru/2014/08/complex-paternal-origins-of-han-chinese.html

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 687
  • Страна: aq
  • Рейтинг +118/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #293 : 21 Май 2016, 13:30:23 »
Свершилось чудо!
Вчера Рэй Бэнкс добавил две новые веточки ниже М533, назвав их D1a2a1a и D1a2a1b. Одна из них моя!
Таким образом, Рэй рискнул сделать две новые веточки по единичным результатам. По всей видимости, для него было убедительно, что оба образца сделали тест бигУ, а также анализ результатов на YFULL.
Я надеюсь, что в ближайшее время мы увидим результаты теста бигУ у образца К2171. :)

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #294 : 21 Май 2016, 14:08:50 »
Свершилось чудо!
Вчера Рэй Бэнкс добавил две новые веточки ниже М533, назвав их D1a2a1a и D1a2a1b. Одна из них моя!
Таким образом, Рэй рискнул сделать две новые веточки по единичным результатам. По всей видимости, для него было убедительно, что оба образца сделали тест бигУ, а также анализ результатов на YFULL.
Я надеюсь, что в ближайшее время мы увидим результаты теста бигУ у образца К2171. :)

Это новая политика ISOGG, которую инициировал Бэнкс - включать приватные снипы, находящиеся в процессе исследования, на дерево. Такие ветви выделяются серым цветом.
http://isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpD.html
Строго говоря, это еще не само дерево, а направления его исследования.
Но тем не менее поздравляю!

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #295 : 21 Май 2016, 14:47:35 »
Информация от Семаргла (спасибо ему) по монголу HGDP01226:
Цитировать
D-P99: Y15412+ Z34200/Y15310+ Y15309+ Y14767+ Y14765+ SK555+ SK558+ Y14824+ Y14789+ F1287+ F1313+ F1317+ F1507+ F1852+ F2465+ F3322+ Y14732+ Y14759+ Y14760+ Y14761+ Y14762+ Y14766+ Y14772+ Y15347+ Y15348+ Y14773+ Z34246/Y15366+ SK561+ PH3088+ Y14829+ Y14831+ PH4327+ Y14849+ Y14885+ Y15321+
D-P47: P47+
на все остальные ветви - отрицательные значения
совпадений (нормальных) с YF03396 или YF02800 не обнаружено

Оффлайн осколок империи

  • Сообщений: 687
  • Страна: aq
  • Рейтинг +118/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #296 : 23 Май 2016, 18:40:54 »
Информация от Семаргла (спасибо ему) по монголу HGDP01226:

на все остальные ветви - отрицательные значения
совпадений (нормальных) с YF03396 или YF02800 не обнаружено
Таким образом, у нас был бы первый образец веточки Р47?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #297 : 23 Май 2016, 20:36:49 »
Информация от Семаргла (спасибо ему) по монголу HGDP01226:

на все остальные ветви - отрицательные значения
совпадений (нормальных) с YF03396 или YF02800 не обнаружено
Таким образом, у нас был бы первый образец веточки Р47?

Не совсем:( M533 в нем не прочитан. Поэтому однозначно отнести его к M533-  невозможно. Хотя, чисто интуитивно, с учетом отсутствия совпадений по приватным снипам обоих образцов его можно отнести к D-P47*

Оффлайн ydnahgd

  • Сообщений: 7
  • Страна: jp
  • Рейтинг +8/-0
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #298 : 24 Май 2016, 02:10:55 »
K2171 закончил тест BigY.


Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Гаплогруппа D
« Ответ #299 : 24 Май 2016, 14:49:10 »
Информация от Семаргла (спасибо ему) по монголу HGDP01226:

на все остальные ветви - отрицательные значения
совпадений (нормальных) с YF03396 или YF02800 не обнаружено
Таким образом, у нас был бы первый образец веточки Р47?

Не совсем:( M533 в нем не прочитан. Поэтому однозначно отнести его к M533-  невозможно. Хотя, чисто интуитивно, с учетом отсутствия совпадений по приватным снипам обоих образцов его можно отнести к D-P47*
BAM файл образца монгола HGDP01226 покрывает всего 0.5 Mbp, поэтому позиция мутации M533 оказалась непрочитанной.
Мутация M533 есть в образце другого монгола - из АРВМ (Bai et al., 2014). В области combBED у монгола из АРВМ 18 приватных мутаций, отсутствующих в образце YF02800. У монгола HGDP01226 случайно оказалась прочитанной позиция 23571814 A. В ней - производный аллель G, такой же как и у монгола Bai et al. (2014). А это - один из 18 приватных снипов. Вывод: монголы HGDP01226 и Bai et al. (2014) - из одного и того же мужского рода, с MRCA моложе 2600 лет. Очевидно, что HGDP01226 имеет мутацию M533.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.