Филогения гаплогруппы E1b1b1c1

[Овод]

Этот процесс мне следует автоматизировать. Сейчас в выходных файлах есть только общее количество изменений, а надо знать сколько таковых от корня до листиков. чтобы делить на количество локусов.

Ну а ро вы как считаете - разве не от корня до листиков, причём - по каждой ветке? Так что эта цифра может сойти.
 
Но, строго говоря, надо бы пересчитать заново, анниглируя учтённые уже возвратные мутации от корня к листьям. А потом уже - делать поправку, чтобы никого не "пересчитать" два раза.
 
А если честно, не нравится мне вся эта идея. Я вообще не люблю поправок делать, когда заведомо не знаю их функцию распределения и дисперсию. Именно поэтому и по ЛЖ не считаю. Берёшь нормальную, пусть и смещенную величину. Затем делаешь к ней поправку с неизвестным (или очень большим) разбросом среднего. Получаешь туфту без гарантии, что она хоть сколько либо соответствует истине.
 
Ну, понятно, Адамова это не касается. Это я о своём, о наболевшем. 

[Valery]

Ну а ро вы как считаете - разве не от корня до листиков, причём - по каждой ветке? Так что эта цифра может сойти.

именно так и считаю Но нет уверенности в том на что делить - на общее число неконстантных маркеров или это нужно делать вдоль каждой ветви. Наверняка вторая величина будет больше.

Ладно, черт с поправками

[mouglley]

Да, ладно с поправками.
Накопится сотни три-четыре гаплотипов с субкладе, так и поправки уже и лишними будут.

[Farroukh]

J1,J2,J3 - это просто порядковые номера еврейских гаплотипов. По аналогии UK1, UK2. Здесь важно, откуда человек, а не его китнум или имя.

[Farroukh]

Судя по древу, было 4 группы E1b1b1c1.
1) Европейцы. Около 6 тыс. лет назад кто-то из М34 ломанулся с Ближнего ВОстока в Евросоюзы. Я грешным делом думал, что все европейские  - это поголовно крещёные евреи, ан нет. Среди них есть крещёные евреи, но их крайне мало. Европейцы - потомки самой первой отколовшейся популяции.
2) Евреи. Они легко выделяются по отдельной ветви с предком 3600 лет назад. Эта цифра, кстати, полностью совпадает с расчётами Клёсова.
3) Арабы Аравийского полуострова. Точнее, арабы стран Персидского залива (ОАЭ, Оман, Кувейт, Бахрейн). Где-то 500 лет назад какой-то бедолага решил совершить тур в Дубай, да там, видать, и остался. От него потом народ попёрся в Эфиопию и аж до Алжира дошёл. Все эти кореша - потомки одного человека, попашего в ОАЭ.
4) И последние. Те, кто так и остался киснуть на Ближнем Востоке. Это арабы Сирии и Ливана (причём как мусульмане, так и марониты), турки, ассирийцы, армяне, и ваш покорный слуга.

Смысл в том, что арабы E1b1b1c1 чётко делятся на две ветви - одна старая, под червонец тысяч лет, вторая - молодая, лет пятьсот. Причём эти молодые, плюс европейцы и  богоизбранные делают 80% общей выборки.

[Valery]

3) Арабы Аравийского полуострова. Точнее, арабы стран Персидского залива (ОАЭ, Оман, Кувейт, Бахрейн). Где-то 500 лет назад какой-то бедолага решил совершить тур в Дубай, да там, видать, и остался. От него потом народ попёрся в Эфиопию и аж до Алжира дошёл. Все эти кореша - потомки одного человека, попашего в ОАЭ.

Вторая массовая миграция бедуинов Аравии в Ирак и страны Залива имела место в 18 веке. Основатель линии мог быть и старше. Первая же была в 7 веке, судя по Вашим расчетам, она здесь не подходит.

[Farroukh]

Валерий, ситуация несколько иная. Все носители E1b1b1c1 в Аравии имеют родство на уровне 15 в. н. э. На Ближнем Востоке нет таких молодых линий М34. Я во всяком случае, ничего не нахожу. Более того, большой возраст древу придают как раз ближневосточные гаплотипы.
Молодая аравийская ветвь выделена в отдельный кластер под названием E1b1b1c1*-B или M34-UAE (Объединённые арабские эмираты).

Арабы, естественно, неоднократно вторгались на Ближний Восток. Но они не были М34. Скорее всего, это были J1

[wertner]

Если и вводить поправки Адамова, то отдельно по каждому ребру.

[Овод]

Если и вводить поправки Адамова, то отдельно по каждому ребру.

Согласен. Поскольку возвратные мутации теряются именно внутри рёбер. Однако возникает другая проблема: сумма поправок не будет равна поправке, полученной по суммарной ветви ввиду нелинейности функции. Причём - разница будет колоссальной (в сторону уменьшения).
 
Собственно, я уже высказался по поводу целесообразности поправок. Однако, в экспериментальных целях попробовать можно. Пока же у нас проблема в другом - и без поправок возраст явно зашкаливает.

[Valery]

Если улучшить дерево (в смысле уменьшения стоимости) то возраст тоже уменьшится, но не намного.

[Sergey Lutak]

[Отправлено: Сегодня в 00:41:15
Автор: Farroukh
Цитата: ... 2) Евреи. Они легко выделяются по отдельной ветви с предком 3600 лет назад. Эта цифра, кстати, полностью совпадает с расчётами Клёсова.]

Фаррух, общий предок "еврейской" ветви E1b1b1c1 жил незадолго до прихода израильтян в Ханаан. И так как все на ветви евреи, то можно предположить, что их предок тоже был евреем, точнее хананеем принявшим иудаизм и влившимся в еврейское общество.

Но есть одно "но".
Если бы это был хананей, то "еврейская" ветвь должна была бы ответвляться от "сирийско-ливанского" куста.
А мы видим другую картину - от "европейского", ниже ответвления - греки и немцы.

С другой стороны, очевидно, что во II-ом тыс. до н.э. нигде, кроме как в Ханаане, принять иудаизм было не возможно.
На мой взгляд, одним из согласующих вариантов мог быть тот, что так называемая "европейская" ветвь - это потомки крещёных евреев хананейского происхождения.

[Farroukh]

Серж, тут если принять во внимание доверительные интервалы, средне-примерно еврейские E1b1b1c1 выходят ханаанскими.

У меня просто нет 25-маркерных сирийских, ливанских и турецких гаплотипов, только 9-11 маркеров из статей. Поэтому они и отсутствуют на этом 25-маркерном древе. Если построить древо 10-маркерных гаплотипов всех сразу - евреев, европейцев и Ближний Восток, то картина будет примерно такая: одна ветвь - Ближний Восток (ок. 10000 лет), другая - евреи/европейцы (ок. 4000 лет), третья - европейцы (ок. 6000 лет).

[Alesh]

их предок тоже был евреем, точнее хананеем принявшим иудаизм и влившимся в еврейское общество.

Извини брат Серж, не сочти за придирки. Ну если говорить детально, то не влились а участвовали в создании еврейского общества, ибо пришедших явно было меньше. Исхожу из того, что потомки кочевой семьи Авраама основавшей иудаизм, не могли превышать коренное население Ханаана. Скорее всего, что население Ханаана было благоприятной «почвой» создания еврейского народа.

[Farroukh]

Думаю, среди ханаанейцев могли быть сразу 4 гаплогруппы E1b1b1c1, J2, T, G2a, которые и влились в еврейское сообщество

[Centurion]

Думаю, среди ханаанейцев могли быть сразу 4 гаплогруппы E1b1b1c1, J2, T, G2a, которые и влились в еврейское сообщество

А куда делаcь J1?