Филогения гаплогруппы E1b1b1c1

[I2a1a]

Можно с опцией -G NOPOOL

А что хорошего даёт?

Гаплотипы не объединяются в один узел, идентичные гаплотипы показываются отдельно

[mouglley]

[Sergey Lutak]

Уважаемый mouglley, возраст общего предка несколько увеличился. Почему?

Фаррух, просьба, сделай пояснения, кто такие J1 и J2?
По остальным, вроде понятно. Это названия стран.

[mouglley]

Так количество гаплотипов добавилось, вот и возраст уточнился.

[Sergey Lutak]

С уточнением возраста понятно.
И всё же...

Так надо ли делать поправку на возвратные мутации или нет?
Я от кого-то здесь на форуме слышал, что "Мурка" считает уже с учётом ВМ. Или это не так? Или есть какие-то чёткие критерии: когда к MУРКиным расчётам надо делать ВМ-поправку, а когда она сама это учитывает?

Мой вопрос отнюдь не праздный. Судите сами, одинаковые ли выводы можно сделать при возрасте 10000-11000 лет или при возрасте 16000-17000 лет!?

[Valery]

С уточнением возраста понятно.
И всё же...

Так надо ли делать поправку на возвратные мутации или нет?
Я от кого-то здесь на форуме слышал, что "Мурка" считает уже с учётом ВМ. Или это не так? Или есть какие-то чёткие критерии: когда к MУРКиным расчётам надо делать ВМ-поправку, а когда она сама это учитывает?

Мой вопрос отнюдь не праздный. Судите сами, одинаковые ли выводы можно сделать при возрасте 10000-11000 лет или при возрасте 16000-17000 лет!?

поправку делать все равно нужно, но уже на меньшее значение, вот только на какое именно очень трудно сказать без строгого теоретического и экспериментального обоснования.

[Farroukh]

Пояснения к древу. Буквами обозначены:
J - евреи
Br, UK - британцы (англичане, ирландцы, шотландцы, валлийцы)
Grm - немцы, австрийцы, швейцарцы
Fr - французы
Gr - греки
Ass - ассирийцы
Esp - испанцы, португальцы и латиноамериканцы из этих стран
Hun - венгры

Ну и Az - автор этих строк

[Sergey Lutak]

Спасибо за пояснение, уважаемый Valery! Теперь ясно.
 
Вероятно, можно сказать, что общий предок E1b1b1c1 жил в интервале от 11000 до 17000 лет назад.
Знать бы ещё, к какой цыфре ближе.

[mouglley]

Так надо ли делать поправку на возвратные мутации или нет?
Я от кого-то здесь на форуме слышал, что "Мурка" считает уже с учётом ВМ. Или это не так? Или есть какие-то чёткие критерии: когда к MУРКиным расчётам надо делать ВМ-поправку, а когда она сама это учитывает?

От меня и слышали.

По моим прикидкам, на основании гаплогруппы N1, на выборках когда отношение количества гаплотипов к возрасту рассчитываемой ветки (в тысячах лет) начинает превышать 40, влияние возвратных мутаций в расчётах Мурки уже более-менее учитывается. Тогда и дальнейшее накопление гаплотипов не ведёт к изменению отражённого на графе возраста.

По данному дереву, несомненно, надо вводить поправку на ВМ.

[Овод]

Так надо ли делать поправку на возвратные мутации или нет?
Я от кого-то здесь на форуме слышал, что "Мурка" считает уже с учётом ВМ. Или это не так? Или есть какие-то чёткие критерии: когда к MУРКиным расчётам надо делать ВМ-поправку, а когда она сама это учитывает?

Мурка, как и любая другая филогенетическая программа, может "восстановить" некоторые обратные мутации, при условии, что они произошли на одной ветви, но на различных её рёбрах. Возвр. мутации на одном ребре теряются безвозвратною
 
В целом, любая парсимония не любит как возвратных, так и параллельных мутаций. Первые она, как может, "экономит", вторые - пытается объединить в одну ветку. Таков уж принцип "бритвы Оккама".
 
Прикинуть метод коррекции на возвратные мутации можно - исходя из количества прямых. Но насколько такое предсказание оправдает себя - не берусь утверждать.

[Sergey Lutak]

Фарр, а чем "J1" отличаюся от "J2"?

[Sergey Lutak]

Уважаемый mouglley, на ваш взгляд, какую именно делать поправку: из таблицы (в данном случае примерно +6000 лет) или некую "уменьшенную"(как говорил Valery)?

[mouglley]

А у нас и никакой другой нет, кроме поправки Адамова.

[Овод]

А у нас и никакой другой нет, кроме поправки Адамова.

Можно поступить так: взять из Мурки среднее к-во мутаций на маркер и, подставив его в формулу Адамова (или по таблице), найти поправку к возрасту. Однако, эта формула выведена в предположении, что это количество менее 0.8 (по моему). Для больших её величин, характерных для более, чем неолитических возрастов непонятно, как себя эта поправка поведёт.

[Valery]

А у нас и никакой другой нет, кроме поправки Адамова.

Можно поступить так: взять из Мурки среднее к-во мутаций на маркер и, подставив его в формулу Адамова (или по таблице), найти поправку к возрасту. Однако, эта формула выведена в предположении, что это количество менее 0.8 (по моему). Для больших её величин, характерных для более, чем неолитических возрастов непонятно, как себя эта поправка поведёт.

Этот процесс мне следует автоматизировать. Сейчас в выходных файлах есть только общее количество изменений, а надо знать сколько таковых от корня до листиков. чтобы делить на количество локусов.