АвторТема: Реконструкция миграций по палеоДНК  (Прочитано 29880 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5375
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #30 : 02 Декабрь 2015, 18:48:55 »
да я не про него)
Так остальные вполне в линии EHG-CHG. С 5-10% WHG я не спорю, поправил почти сразу )

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9805
  • Страна: id
  • Рейтинг +511/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #31 : 02 Декабрь 2015, 18:49:45 »
А что за "СВ Сибирь" в карасук попала, напомните. Какие популяции туда входят в основном?

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 1947
  • Страна: 00
  • Рейтинг +493/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #32 : 02 Декабрь 2015, 18:52:44 »
да я не про него)
Так остальные вполне в линии EHG-CHG. С 5-10% WHG я не спорю, пост поправил почти сразу )
имхо, они скорее на линии с современными кавказцами, чем с CHG, но не суть)
по IBD-сегментам у ямников не было больше WHG, чем у Карела?

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5375
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #33 : 02 Декабрь 2015, 18:56:37 »
А что за "СВ Сибирь" в карасук попала, напомните. Какие популяции туда входят в основном?
В этом случае я подразумевал что-то типа смеси окуневцев с нынешними якутами и эвенками. Из ныне живущих популяций нет таких.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 1947
  • Страна: 00
  • Рейтинг +493/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #34 : 02 Декабрь 2015, 18:58:25 »
по IBD-сегментам у ямников не было больше WHG, чем у Карела?
кривовато выразился, конечно)))

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5375
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #35 : 02 Декабрь 2015, 19:02:35 »
имхо, они скорее на линии с современными кавказцами, чем с CHG, но не суть)
Первый слишком близко, а второй на линии с CHG
Цитировать
по IBD-сегментам у ямников не было больше WHG, чем у Карела?
По логике, у них должно быть меньше (если "карел" на 60% WHG). Позже сравним с тремя WHG (Loscbour+la Brana +Bichon), может, что и выйдет.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 1947
  • Страна: 00
  • Рейтинг +493/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #36 : 02 Декабрь 2015, 19:04:35 »
имхо, они скорее на линии с современными кавказцами, чем с CHG, но не суть)
Первый слишком близко, а второй на линии с CHG
так то хвалынцы, мы же про ямников=)
Цитировать
По логике, у них должно быть меньше (если "карел" на 60% WHG). Позже сравним с тремя WHG (Loscbour+la Brana +Bichon), может, что и выйдет.
ок, погядим)

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5375
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #37 : 02 Декабрь 2015, 19:07:00 »
так то хвалынцы, мы же про ямников=)
Ок ;D
Подскажите, компоненты Синташта и Андроново в каких сегодняшних популяциях наблюдаются в большинстве?
Они сами смесь нескольких компонентов, поэтому нельзя определенно сказать

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9805
  • Страна: id
  • Рейтинг +511/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #38 : 02 Декабрь 2015, 19:10:02 »
Из ныне живущих популяций нет таких.
Откуда ж тогда живущие происходят, если древние исчезают... ::)

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 1947
  • Страна: 00
  • Рейтинг +493/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #39 : 02 Декабрь 2015, 19:23:04 »
Подскажите, компоненты Синташта и Андроново в каких сегодняшних популяциях наблюдаются в большинстве?
Вы, наверное, имеете в виду IBD-сегменты
Обзор работы Allentoft et al «Популяционная геномика Евразии бронзового века»

синташтинец
https://verenich.files.wordpress.com/2015/06/rise395_sintashta_lqibdext.png

андроновец
https://verenich.files.wordpress.com/2015/06/andronovoibdexts.png
Macedonian 66,43
German 65,17
Cornish 64,6
Estonian 64,52
Balt 63,41
Polish 62,95
Russian-North-East 62,36
Russian-South 62,05
Russian-North-Kargopol 61,66
Belarusian 61,01
English 60,41
Kosovar 60,29
Karelian 60,18
Russian-West 59,78
Finnish-West 59,76
Ukrainian-West-and-Center 59,42
Norwegian 59,14
Gagauz 58,99
BR2 58,69
French 58,38
Hungarian 58,25
Veps 58,06
Komi 58,04
Finnish-East 57,58
Croatian 57,32
Bosnian 56,06
Ukrainian-East-and-Center 55,92
Udmurt 55,78
LBK-Stuttgart 55,7
Greek_Azov 55,56
Kurd 55,54
Tatar-Volga 54,23
Erzya 54,07
Tuscan 53,52
Irish-and-Scottish 53,35
Balkarian 53,23
Serbian 53,15
Chuvash 52,79
Montenegrian 52,7
Cypriot 52,58
Romanian 51,86
Chechen 51,74
Saami 51,74
Sicilian 51,71
Adygei 51,53
Basque 51,24
Spanish 50,93
Swedish 50,17
Shor 50,16
Nogay 49,2
Lezgin 48,82
Mari 48,72
Greek 47,76
Pamiri 47,15
Bulgarian 46,9
Uttar-Pradesh-HC 46,88
Ust-Ishim 46,44
Sephard 46
Ashkenazi 45,73
Kumyk 45,35
Georgian 45,23
Sindhi 44,72
Abkhazian 44,71
Tatar-Crimean 44,57
Sardinian 44,44
Tatar_Lithuanian 44,38
Armenian 44,28
Bashkir 44,08
Moksha 43,98
Azerbaijani 43,51
NE1 43,1
Syrian 42,79
Pathan 42,19
Brahui 41,54
Ossetian 41,53
Tadjik 41,4
Kalash 39,89
Italian-South 39,77
Burusho 39,6
Uzbek 39,52
Uygur 39,46
Turkish 39,18
Iranian 38,64
Druze 38,62
Turkmen 38,29
Makrani 38,23
Mansi 37,54
Gujarati 37,32
Hazara 37,09
Jordanian 36,29
Bedouin 35,69
Palestinian 35,2
Moroccan 34,86
Balochi 33,35
Altaian 33,32
Saud 33,18
Tunisian 32,4
Hakas 32,2
Egyptian 32,17
UAE 31,15
Kol 30,47
Kanjar 29,39
Andhra-Pradesh 29,08
Kirgiz 28,99
Selkup 28,14
Nenets 27,86
Ket 27,77
Kazah 27,64
Uttar-Pradesh 26,62
Yemenite 25,75
Dolgan 25,55
Mongol 24,9
Tamil-Nadu 23,42
Kalmyk 23,4
Mongola 21,52
Tuvinian 21,46
Yakut 21,23
Loschbour 18,91
Karnataka 18,28
Buryat 18
Kerala 17,93
Burmese 17,41
Munda 17,04
Nganassan 16,57
Maya 16,51
Lahu 15,54
Nivh 14,66
Xibo 14,66
Evenk 14,09
Ethiopian 14,06
Han 12
Cambodian 11,78
Oroqen 11,17
Anzick-1 11
Miao 10,54
Hezhen 10,38
Even 10,34
Naxi 10,31
Melanesian 10,18
Tu 10,16
Dai 10,15
Han-North 10,1
Tujia 9,34
Daur 9
Japanese 8,8
Naga 8,35
Yi 7,86
Karitiana 6,64
She 6,43
BantuKenia 4,25
Papuan 4,09
BiakaPygmy 1,54
Yoruba 0,65
MbutiPygmy 0,49
- 0,0
(андроновцы, видимо - смесь синташтинцев и ямников)
« Последнее редактирование: 02 Декабрь 2015, 19:49:02 от FenriR »

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5375
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #40 : 06 Декабрь 2015, 17:36:14 »
Последние дни экспериментирую с новыми подходами к подсчету IBD -сегментов, думаю радикально переработать алгоритмы работы с палеогеномами (поскольку прочитанные на уровне современных коммерческих тестов образцы можно пересчитать по пальцам). И вот один из промежуточных результатов - можно попробовать разделить более древнее и относительно свежее родство со срубником I0232 (как обычно, картинки кликабельны):
"Фоновое" родство:

Доминируют северные европейцы и примкнувшие к ним отдельные балканцы
BR2 76,34242424
Kosovar 69,51212121
English 69,25757576
Polish 69,05757576
Swedish 68,87878788
Russian-North-Kargopol 68,86060606
Russian-North-East 68,34545455
Balt 68,0969697
Russian-West 68,06666667
Moksha 68,04848485
Slovak 67,32727273
Cornish 67,20909091
Hungarian 67,12121212
Norwegian 67,07878788
Finnish-East 66,99090909
Russian-South 66,95454545
Estonian 66,73030303
Belarusian 66,5969697
Irish-and-Scottish 66,37878788
Ukrainian-West-and-Center 66,21212121
French 66,05151515
Serbian 65,75454545
Ukrainian-East-and-Center 65,58181818
Bosnian 65,46060606
Macedonian 65,27878788
Gagauz 65,27575758
Finnish-West 64,92121212
Veps 64,86666667
Erzya 64,71818182
German 64,71515152
Komi 64,43333333
Montenegrian 64,16060606
Karelian 64,06060606
Slovenian 63,87272727
Tatar-Volga 63,81818182
Bulgarian 63,41515152
Romanian 63,17878788
Chechen 62,94545455
Croatian 62,47272727
Spanish 62,2969697
Lezgin 62,0030303
Tuscan 61,92727273
Chuvash 61,79090909
NE1 61,30909091
Pamiri 61,03939394
Udmurt 60,9030303
Ossetian 60,69090909
Abkhazian 60,63636364
Balkarian 60,4030303
Basque 60,34545455
Sicilian 60,33636364
Ashkenazi 60,10606061
Kumyk 60,02424242
Italian-South 59,56363636
Mari 59,25454545
Tatar-Crimean 59,06969697
Adygei 59,02727273
Greek 59,01515152
Tadjik 58,72424242
Kurd 57,91515152
Turkish 57,77272727
Azerbaijani 57,6030303
Nogay 57,24545455
Cypriot 57,16060606
Sephard 56,69090909
Greek_Azov 56,22424242
Tatar_Lithuanian 56,22424242
Bashkir 56,11212121
Georgian 56,05757576
Pathan 55,33939394
Turkmen 55,33030303
Armenian 55,03030303
Sardinian 54,92121212
Iranian 54,8969697
Kalash 54,09090909
Syrian 53,70909091
Druze 53,66363636
Saami 53,36363636
Brahui 52,82727273
Burusho 52,56363636
Uzbek 52,54242424
Mansi 52,52424242
Uttar-Pradesh-HC 52,01818182
LBK 51,86060606
Makrani 51,65757576
Palestinian 51,03939394
Jordanian 50,37272727
UAE 50,26666667
Balochi 50,22424242
Sindhi 48,94848485
Egyptian 48,04545455
Tunisian 47,75454545
Ust-Ishim 47,7030303
Kazah 47,43030303
Uttar-Pradesh 46,74545455
Uygur 46,7
Hazara 46,62121212
Gujarati 46,22727273
Loschbour 46,21515152
Bedouin 46,14242424
Moroccan 46,08787879
Saud 45,86363636
Shor 45,75151515
Yemenite 45,4
Hakas 44,46666667
Kanjar 43,74545455
Nenets 43,49393939
Selkup 43,26060606
Altaian 43,11818182
Kol 42,41515152
Ket 42,29393939
Andhra-Pradesh 42,19393939
Kirgiz 41,62424242
Kalmyk 39,92121212
Karnataka 38,45454545
Anzick-1 37,52121212
Tamil-Nadu 36,94848485
Dolgan 36,27575758
Yakut 34,91818182
Tuvinian 34,53939394
Kerala 34,30606061
Mongol 33,53333333
Buryat 32,39090909
Evenk 31,13939394
Burmese 30,60909091
Nivh 30,6030303
Maya 30,14848485
Munda 28,92424242
Daur 28,46060606
Nganassan 28,26969697
Xibo 27,76060606
Mongola 26,5
Ethiopian 26,24242424
Oroqen 26,18484848
Lahu 25,97575758
Cambodian 25,42121212
Tu 24,67272727
Even 24,57575758
Hezhen 24,31515152
She 24,00909091
Han-North 23,63939394
Japanese 23,25454545
Naxi 23,13030303
Miao 22,23939394
Tujia 21,47575758
Han 21,3969697
Yi 21,01515152
Dai 20,43939394
Naga 20,32424242
Melanesian 17,93636364
Karitiana 17,4030303
Papuan 11,31515152
BantuKenia 8,912121212
Yoruba 7,339393939
BiakaPygmy 4,66969697
MbutiPygmy 4,193939394
"Свежее" родство:

Выделяются три или четыре группы - Балканы, Британия+Норвегия, западные географические соседи срубников (южные русские, восточные украинцы, эрзя) и примкнувшие к ним беларусы, прибалты, вепсы и карелы.
NE1 105,408
Bosnian 70,281
Russian-South 66,825
English 66,177
Cornish 65,232
Hungarian 64,314
Croatian 63,504
Veps 62,694
Kosovar 62,424
Ukrainian-East-and-Center 61,668
Balt 60,426
Belarusian 60,183
Erzya 60,183
Irish-and-Scottish 60,021
Karelian 59,265
Slovenian 59,265
Norwegian 57,294
Russian-North-East 55,998
Russian-North-Kargopol 55,89
Slovak 55,836
Macedonian 53,649
Polish 52,758
Gagauz 51,921
Russian-West 51,813
Bulgarian 50,976
Estonian 50,787
Basque 50,679
Montenegrian 50,571
Pamiri 50,409
Komi 49,977
Serbian 49,761
Finnish-East 49,167
German 49,113
Finnish-West 48,816
Balkarian 46,548
Mari 46,494
Moksha 45,927
Chuvash 45,846
French 44,928
Saami 44,874
Ukrainian-West-and-Center 43,875
Spanish 43,281
Lezgin 41,418
Anzick-1 40,662
Kalash 39,744
Tatar-Volga 39,744
Cypriot 38,313
LBK 38,043
Chechen 37,017
Sicilian 36,828
Tadjik 36,639
Romanian 36,045
Bashkir 35,505
Tuscan 35,343
Swedish 35,154
Udmurt 35,127
Ossetian 34,668
Azerbaijani 34,533
Sardinian 34,398
Greek_Azov 34,209
Armenian 34,02
Sephard 33,183
Greek 32,562
Adygei 32,265
Ashkenazi 32,184
Georgian 31,968
Shor 31,455
Hazara 30,78
Tatar-Crimean 30,294
Mansi 29,7
Turkish 29,403
Italian-South 28,62
Kumyk 28,215
Pathan 28,215
Uzbek 28,161
Syrian 28,053
Burusho 27,351
Loschbour 27,297
Balochi 27,243
Druze 26,973
Palestinian 26,757
Makrani 26,73
Uttar-Pradesh-HC 26,325
Abkhazian 26,271
Bedouin 25,407
UAE 25,191
Sindhi 23,382
Ket 22,842
Brahui 22,626
Nogay 22,41
Iranian 21,708
Jordanian 21,681
Yemenite 21,465
Kanjar 21,114
BR2 21,087
Selkup 21,087
Ust-Ishim 21,033
Turkmen 20,547
Uygur 20,088
Kazah 19,629
Saud 18,981
Kirgiz 16,767
Kurd 16,74
Mongol 16,713
Nenets 16,281
Moroccan 16,065
Uttar-Pradesh 16,011
Egyptian 15,876
Gujarati 14,769
Altaian 14,067
Tunisian 13,986
Karnataka 13,284
Hakas 12,852
Karitiana 12,555
Kalmyk 11,232
Tamil-Nadu 8,559
Andhra-Pradesh 8,154
Maya 7,29
Kol 7,02
Cambodian 6,831
Mongola 6,426
Nganassan 6,318
Yi 6,156
Tuvinian 5,967
Dai 5,859
Yakut 5,724
Nivh 5,616
Lahu 5,481
Munda 4,671
Oroqen 4,617
Ethiopian 4,401
Daur 4,293
Kerala 4,077
Han-North 3,942
Buryat 3,753
Dolgan 3,645
Evenk 3,294
Even 2,835
Naxi 2,619
Burmese 2,592
Han 2,511
Hezhen 2,484
Xibo 2,457
Tu 2,43
Miao 2,052
Japanese 1,62
Papuan 1,215

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19448
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1434/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #41 : 07 Декабрь 2015, 20:48:02 »
Древнее и относительно свежее как-то можно прикинуть по возрасту?

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5375
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #42 : 07 Декабрь 2015, 21:30:03 »
Древнее и относительно свежее как-то можно прикинуть по возрасту?
По "свежему" пока не понимаю, при каких настройках наиболее объективная картина, потому что она достаточно заметно меняется. "Фон" это явно уровень предковых компонентов, а "свежее" тогда - миграции бронзы? Срубный образец заметно отличается от андроновского на этом уровне.

Вот мое "свежее" для сравнения (тоже пока экспериментальный вариант)

Пожалуй, яркое где-то пара тысячелетий  :)
« Последнее редактирование: 07 Декабрь 2015, 21:37:29 от Srkz »

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19448
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1434/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #43 : 07 Декабрь 2015, 22:17:58 »
Не понял, выше андроновский?

Оффлайн SrkzАвтор темы

  • Сообщений: 5375
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Реконструкция миграций по палеоДНК
« Ответ #44 : 07 Декабрь 2015, 22:26:50 »
Не понял, выше андроновский?
Это я, андроновский будет позже

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100