АвторТема: Презентация программы для поиска Y-DNA совпаденцев и составления баз данных  (Прочитано 5725 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11263
  • Страна: az
  • Рейтинг +2015/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Ругается
Цитировать
Подробная информация об использовании оперативной
(JIT) отладки вместо данного диалогового
окна содержится в конце этого сообщения.

************** Текст исключения **************
System.ArgumentException: Указанный поставщик хранилища не найден в конфигурации или недопустим. ---> System.ArgumentException: Не удалось найти запрошенного поставщика данных .Net Framework. Возможно он не установлен.
   в System.Data.Common.DbProviderFactories.GetFactory(String providerInvariantName)
   в System.Data.EntityClient.EntityConnection.GetFactory(String providerString)
   --- Конец трассировки внутреннего стека исключений ---
   в System.Data.EntityClient.EntityConnection.GetFactory(String providerString)
   в System.Data.EntityClient.EntityConnection.ChangeConnectionString(String newConnectionString)
   в System.Data.EntityClient.EntityConnection..ctor(String connectionString)
   в System.Data.Entity.Internal.LazyInternalConnection.InitializeFromConnectionStringSetting(ConnectionStringSettings appConfigConnection)
   в System.Data.Entity.Internal.LazyInternalConnection.TryInitializeFromAppConfig(String name, AppConfig config)
   в System.Data.Entity.Internal.LazyInternalConnection.Initialize()
   в System.Data.Entity.Internal.LazyInternalConnection.CreateObjectContextFromConnectionModel()
   в System.Data.Entity.Internal.LazyInternalContext.InitializeContext()
   в System.Data.Entity.Internal.InternalContext.GetEntitySetAndBaseTypeForType(Type entityType)
   в System.Data.Entity.Internal.Linq.InternalSet`1.Initialize()
   в System.Data.Entity.Internal.Linq.InternalSet`1.get_InternalContext()
   в System.Data.Entity.Internal.Linq.InternalSet`1.ActOnSet(Action action, EntityState newState, Object entity, String methodName)
   в System.Data.Entity.Internal.Linq.InternalSet`1.Add(Object entity)
   в System.Data.Entity.DbSet`1.Add(TEntity entity)
   в Genosearch.Util.poisk_v_baze(String text, Boolean Gybrid_else_infinite, DataGridView datagrid, Int32 Combo) в C:\Users\Slava\Documents\Visual Studio 2015\Projects\Genosearch\Genosearch\Class1.cs:строка 1127
   в Genosearch.Genosearch.button1_Click(Object sender, EventArgs e) в C:\Users\Slava\Documents\Visual Studio 2015\Projects\Genosearch\Genosearch\Form1.cs:строка 114
   в System.Windows.Forms.Control.OnClick(EventArgs e)
   в System.Windows.Forms.Button.OnClick(EventArgs e)
   в System.Windows.Forms.Button.OnMouseUp(MouseEventArgs mevent)
   в System.Windows.Forms.Control.WmMouseUp(Message& m, MouseButtons button, Int32 clicks)
   в System.Windows.Forms.Control.WndProc(Message& m)
   в System.Windows.Forms.ButtonBase.WndProc(Message& m)
   в System.Windows.Forms.Button.WndProc(Message& m)
   в System.Windows.Forms.Control.ControlNativeWindow.OnMessage(Message& m)
   в System.Windows.Forms.Control.ControlNativeWindow.WndProc(Message& m)
   в System.Windows.Forms.NativeWindow.Callback(IntPtr hWnd, Int32 msg, IntPtr wparam, IntPtr lparam)


************** Загруженные сборки **************
mscorlib
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.127.1 built by: NETFXREL3STAGE
    CodeBase: file:///C:/Windows/Microsoft.NET/Framework/v4.0.30319/mscorlib.dll
----------------------------------------
Genosearch
    Версия сборки: 1.0.0.0
    Версия Win32: 1.0.0.0
    CodeBase: file:///C:/Users/1/Desktop/Release/Genosearch.exe
----------------------------------------
System.Windows.Forms
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Windows.Forms/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/System.Windows.Forms.dll
----------------------------------------
System
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/System.dll
----------------------------------------
System.Drawing
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.93.0 built by: NETFXREL2STAGE
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Drawing/v4.0_4.0.0.0__b03f5f7f11d50a3a/System.Drawing.dll
----------------------------------------
System.Windows.Forms.resources
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Windows.Forms.resources/v4.0_4.0.0.0_ru_b77a5c561934e089/System.Windows.Forms.resources.dll
----------------------------------------
System.Configuration
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Configuration/v4.0_4.0.0.0__b03f5f7f11d50a3a/System.Configuration.dll
----------------------------------------
System.Core
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Core/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/System.Core.dll
----------------------------------------
System.Xml
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Xml/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/System.Xml.dll
----------------------------------------
System.Data.SqlServerCe
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.0.8876.1
    CodeBase: file:///C:/Users/1/Desktop/Release/System.Data.SqlServerCe.DLL
----------------------------------------
System.Data
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.127.1 built by: NETFXREL3STAGE
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_32/System.Data/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/System.Data.dll
----------------------------------------
System.Transactions
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_32/System.Transactions/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/System.Transactions.dll
----------------------------------------
System.EnterpriseServices
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_32/System.EnterpriseServices/v4.0_4.0.0.0__b03f5f7f11d50a3a/System.EnterpriseServices.dll
----------------------------------------
System.Data.resources
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Data.resources/v4.0_4.0.0.0_ru_b77a5c561934e089/System.Data.resources.dll
----------------------------------------
mscorlib.resources
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/mscorlib.resources/v4.0_4.0.0.0_ru_b77a5c561934e089/mscorlib.resources.dll
----------------------------------------
EntityFramework
    Версия сборки: 5.0.0.0
    Версия Win32: 5.0.20627.0
    CodeBase: file:///C:/Users/1/Desktop/Release/EntityFramework.DLL
----------------------------------------
System.Numerics
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Numerics/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/System.Numerics.dll
----------------------------------------
System.Data.Entity
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Data.Entity/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/System.Data.Entity.dll
----------------------------------------
Anonymously Hosted DynamicMethods Assembly
    Версия сборки: 0.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.127.1 built by: NETFXREL3STAGE
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_32/mscorlib/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/mscorlib.dll
----------------------------------------
System.Data.OracleClient
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_32/System.Data.OracleClient/v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089/System.Data.OracleClient.dll
----------------------------------------
System.Data.Entity.resources
    Версия сборки: 4.0.0.0
    Версия Win32: 4.6.79.0 built by: NETFXREL2
    CodeBase: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.Net/assembly/GAC_MSIL/System.Data.Entity.resources/v4.0_4.0.0.0_ru_b77a5c561934e089/System.Data.Entity.resources.dll
----------------------------------------

************** Оперативная отладка (JIT) **************
Для подключения оперативной (JIT) отладки файл .config данного
приложения или компьютера (machine.config) должен иметь
значение jitDebugging, установленное в секции system.windows.forms.
Приложение также должно быть скомпилировано с включенной
отладкой.

Например:

<configuration>
    <system.windows.forms jitDebugging="true" />
</configuration>

При включенной отладке JIT любое необрабатываемое исключение
пересылается отладчику JIT, зарегистрированному на данном компьютере,
вместо того чтобы обрабатываться данным диалоговым окном.



Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Хм, это в 32 разрядной версии?

при запуске?

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
 ;D да уж хоть там и пишет в настройках приоритет на 32 разрядную систему, все-равно не работает выходит.

Ну на 64 разрядной вроде все нормально.



Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Ну ладно я программу буду переделывать.

Оказывается уже устаревшие технологии использовал, базу данных SQL Compact, она скоро уже не будет поддерживаться.

И еще, добавить новые значения для некоторых маркеров.

Как смотрел J-Project, не редко встречаются вплоть до 3- 4 значений в DYS385.

Например 14-14-21

И не только у J гаплогруппы, дубликации подобные обнаружил и у R1b и так далее.

Так же у DYS413 бывает по три значения.

Ну я планирую тогда их добавить. Ну с возможностью отключения, чтобы не мешались когда результаты будут пустыми полями. Но все равно нужно сделать, чтобы информация не терялась о таких мутациях.

А не знаете еще подобные случаи? может упустил в других таких маркерах еще?

Поэтому возможность добавления я думаю надо включить.

И саму базу данных, как писал использовать другую.
Но тоже не требующую установку всяких серверов, SQLite думаю сделать.

А потом уже начать более тщательно тестировать на совместимость, больше таких переделок уже не буду делать надеюсь в ближайшее время))

« Последнее редактирование: 14 Декабрь 2015, 13:15:22 от SSlava »

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Ну сегодня займусь переделкой, а потом уже и тестированием надо заняться на разных компьютерах.
Я проверял только на Windows Home 64  где ничего не предустановленно (SQL сервера например и так далее нет). Программа работала.

Но видать на 32-разрядной все равно не запускается.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11263
  • Страна: az
  • Рейтинг +2015/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Цитировать
это в 32 разрядной версии?
Она самая

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Цитировать
это в 32 разрядной версии?
Она самая

 :) Ну я делаю новую версию, под Sqlite.
Может быть даже сегодня выложу.

Поэтому старые базы данных из программы не будут поддерживаться.
Ну все больше таких переделок пока не буду делать.
Ну старую версию программы можете удалять))

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Кстати теперь можно будет вводить в поиск так:

12    23    13    10    13-14    11    15    10    13    11    29    17    9-9    11    11    25    14    20    31    12-12-16-16    10    10    19-23    15    15    17    17    35-36    11    9

Я думаю так удобнее, чем ставить черточки для "недостающих" маркеров.
Дополнительные маркеры сделал для DYS385 - до 4 значений,  DYS459, CDY, DYS413 по три значения.
https://www.familytreedna.com/public/J2-M172/default.aspx?section=yresults
В этом проекте полно таких гаплотипов. Поэтому дубликация в этих маркерах, во всяком случае для гаплогруппы J2 не редкость наверное))
Так же есть 19b и DXYS 156-Y.
Ну все дополнительные значения можно включать или выключать.
Правда что за маркер DXYS 156-Y? Пока не совсем разобрался, обычно высчитывается? Ну его в конце списка добавил, как у Семаргла.
http://forum.molgen.org/index.php?topic=7258.90
Надо эту тему почитать.
Больше пока никаких дополнительных значений не нашел. Если есть, напишите пожалуйста)). Ну сколько проектов вот смотрел.
« Последнее редактирование: 19 Декабрь 2015, 15:51:56 от SSlava »

Оффлайн Аббат Бузони

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19593
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1477/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
464-ый тоже полиндром.

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
464-ый тоже полиндром.

 :) Ну да, для него там у меня 7 значений. И несколько способов высчитывания расстояний.
Хотя, как посмотрел, надо даже сделать 8. Редко, но встречается. Ну тогда сделаю)).
« Последнее редактирование: 19 Декабрь 2015, 19:16:56 от SSlava »

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Добавил новую версию. Программу переименовал, код довольно серьезно переработал.

http://www.genofond.com/wp-content/uploads/2015/12/Release.rar

Все лишнее оттуда поудалял.

 :) Хм, вроде должна запуститься уже без глюков. Но ошибки еще есть. И не мало думаю еще ошибок.

До конца не успел переименовать все, Висуал Студио глюканул. Надо переставлять все)).

Ну напишете у кого как.
Ну надо еще справку сделать, без справки думаю не очень.
И еще планирую добавить различные функции.


« Последнее редактирование: 21 Декабрь 2015, 04:44:28 от SSlava »

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Вот с помощью своей программы сделал дерево J2 из 67 маркерных гаплотипов, скопировал гаплотипы из проекта J2 две страницы.

И построил дерево. На вычисление ушло около трех минут, загрузка процессора 30 процентов была. Процессор i5 2320.

Визуализировал в Mega6. Правда не очень хорошо разбираюсь в программе этой.

Ну свою ветвь выделил где там Брюэры, я и другие. Ну вот большая ветвь получилась, там и чеченцы и еще всякие не знаю кто это)). Надо внимательнее изучить.

Вот фрагмент дерева:


Вот ссылка для закачки. Файл сильно большой для сайта, сюда залить не могу:

 http://rusfolder.com/44562116




« Последнее редактирование: 21 Декабрь 2015, 04:45:37 от SSlava »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11263
  • Страна: az
  • Рейтинг +2015/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Как правильно вводить гаплотип для поиска? (между аллелями пробелы, табы или что?)

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Да можно и пробелы и табы, например:

12    22    14    9    15-18    11    14    11    13    11    30    18    9-9    11    11    26    16    19    29    11-14-14-16    11    10    20-23    15    14    17    18    35-35    12    9

Или

12    22    15    10    14-15    11    15    12    14    11    30    16    8-9-9    11    11    26    14    21    30    13-13-15-15-16-16    12    10    20-22    15    13    18    17    35-36-37    11    9

Мультиаллельные маркеры должны быть соединены черточками.

Но по 25 маркерам не ищет, знаю, глюк есть. Надо его исправить)).
 :) Но пока ничего не могу сделать, я программу в Visual Studio 2015 писал вот сейчас. А она глюканула, компоненты все пропали непонятно что с ней твориться.
Вот пробую переставлять. Удаляется час, ставиться два часа. Так еще и все глючит там. Или это сам Виндовс 10 еще к тому-же. net framework вообще отвалился, любых версий перестал работать)). Не показывает компоненты.
 ;D Да уж подстава от Билла Гейтса явная.

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Выложил новую версию, YSTRSearcher 07.1 Beta

Главные изменения:

-Исправил ошибку по поиску по 25 и 111 маркерам. Теперь не будет выдавать ошибку.

-Теперь если выбрано менее 4 гаплотипов, при построении дерева программа не будет вылетать с ошибкой, а выдаст предупреждение. Ну вообще можно и по 3 сделать, но смысл)).  Там связано это с одним методом, который использую, а алгоритм вроде без ошибок работает, оставлю как есть)).

- При добавлении гаплотипов со значениями DYS464  более 6 могли не совсем правильные значения вставляться. Вроде бы исправил, надо еще проверять)).

- Добавил возможность поиска и добавления гаплотипов формата YFiler 17 маркерных. Последовательность использовать можно и стандартную, и как в России у Гентиса например.
Формат добавления:

Brewer1 Unknown_Origin J-CTS6804 14 31 23 15 14 13 16 17 14 9 20 9 10 11 12 11 21
Brewer2 Unknown_Origin J-CTS6804 16 31 23 15 14 13 16 17 14 9 21 9 10 11 12 11 21


 ;D ну я думаю наверняка там еще не мало глюков в программе. ЕЩе по 17 маркерам не все оттестировал.



 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100