АвторТема: Презентация программы для поиска Y-DNA совпаденцев и составления баз данных  (Прочитано 5726 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11275
  • Страна: az
  • Рейтинг +2023/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
32-битную дайте тоже.

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Я кстати перезалил уже. Кое-чего исправил там.

Но вот другой глюк есть, отображает одинаковые записи повторные при поиске и не сортирует поступательно.

Надо с этим разобраться)).
Насчет 32 битов тоже. Просто файлы вроде бы 64 разрядные копировал, которых не хватало, а с 32 разрядными не работала. Ну надо тоже с этим разобраться.

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
32-битную дайте тоже.

Ну все, сделал 32 битную версию (в принципе 64 битная и не нужна), исправил там множество грубых ошибок. И назвал Genosearch 0.2 уже.
http://www.genofond.com/wp-content/uploads/2015/12/Release.rar

Ну так что скажете? Запустили хоть ее? Запускается на 32 разрядной системе?



Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Добавил новую версию. Уже Genosearch 0.3 Beta

Добавлена функция удаления как  из таблицы, так и из базы данных.

Ссылка на загрузку прежняя.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1119/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
1) как должен выглядеть файл для загрузки данных? Формат, описание? Лучше - пример.
2) для 12-маркерных гаплотипов работает?

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Да, для 12 маркерных гаплотипов работает.

А примеры файлов тут:

http://www.genofond.com/wp-content/uploads/2015/12/standart.txt

Просто скопировано из проекта))

А вот для наглядности. Например проект
https://www.familytreedna.com/public/J2-M172?iframe=yresults

Выделяете например так:

Копировать J2 ? marker upgrade to Y37 or Y67 suggested to find subgroup не надо!
И лучше выделять все до краев:


Потом создавайте текстовый файл и копируете это туда:

В проекте как видите скрыт столбец Name. Выбираете меню - импорт, пропущен столбец Name.
153150 M172+ , han,China 19c.,Kyrgyzstan 20c. Kazakhstan J-M172 11 23 14 10 14-19 11 16 12 13 11 29                                                                                                                                                                                    
179342 Arab Iraq J-M172 11 23 14 10 16-21 11 16 11 13 11 30                                                                                                                                                                                    
N101310 John Steigerwald 1818-1852, Baltimore Md from Summ Germany J-M172 12 22 13 11 13-17 11 15 11 13 11 30                                                                                                                                                                                    
169853 Ferreira Damião de Araújo Portugal J-M172 12 22 14 10 12-15 11 16 10 14 11 31                                                                                                                                                                                    
343355 Bonaliev, Yazgulami, Zhamag Tajikistan J-M172 12 22 14 10 15-20 11 14 13 14 11 30                                                                                                                                                                                    
N55375   Italy J-M172 12 22 14 11 13-14 11 15 13 14 11 31                                                                                                                                                                                    
N30925   Germany J-M172 12 22 14 11 13-16 11 15 12 13 11 31                                                                                                                                                                                    
417478   Palestinian Territory J-M172 12 22 15 10 13-18 11 16 12 12 11 28                                                                                                                                                                                    
38424 Moses Julius Kraus, Galicia Poland J-M172 12 23 13 10 14-16 11 15 11 14 11 33                                                                                                                                                                                    
38425 Moses Julius Kraus, Galicia, Austria-Hungary Poland J-M172 12 23 13 10 14-16 11 15 11 14 11 33                                                                                                                                                                                    
N49229 Punjabi Arora Pakistan J-M172 12 23 13 10 17-17 11 15 12 12 11 28                                                                                                                                                                                    
N89015   Unknown Origin J-M172 12 23 14 10 13-19 11 15 14 13 11 29                                                                                                                                                                                    
N30512   Portugal J-M172 12 23 14 10 15-15 11 15 10 14 11 32                                                                                                                                                                                    
250348 Yervant Aghababian, b 1887 and d. 1945 Turkey J-M172 12 23 14 11 12-13 11 16 13 13 12 29                                                                                                                                                                                    
216392 peter tomasulo. approx. b1885 Italy J-M172 12 23 14 11 13-16 11 16 12 12 12 28                                                                                                                                                                                    
274177 Domenico Pedrollo, 1620 - 1665 Italy J-M172 12 23 15 10 12-16 11 15 12 13 11 30                                                                                                                                                                                    
194496 Pietro Ciarrocchi, born about 1855 Italy J-M172 12 23 15 10 12-17 11 15 11 13 11 30                                                                                                                                                                                    
342035 Alexandre Toledo, b. 1900 Unknown Origin J-M172 12 23 15 10 13-15 11 14 10 12 11 29                                                                                                                                                                                    
88069 GIOIOSA IONICA , RC, ITALIA Italy J-M172 12 23 15 10 13-16 11 15 12 14 11 30                                                                                                                                                                                    
373680 Greek from Gumushane (Livadia), Turkey Greece - 12 23 15 10 14-17 11 16 11 13 11 30                                                                                                                                                                                    
342396 Tamur, Gücük Elbistan Turkey J-M172 12 23 15 11 12-17 11 15 11 13 11 29                                                                                                                                                                                    
294854 Edward Tredwell, b. 1607 England J-M172 12 23 15 9 11-17 11 18 12 13 11 29                                                                                                                                                                                    
279990 Semen Kazakov, ab. 1907-1941, Ust-Cheptsa, Russia Russian Federation J-M172 12 23 15 9 13-13 11 14 12 13 11 29                                                                                                                                                                                    
N14701   Lebanon J-M172 12 23 15 9 14-16 11 15 11 13 11 30                                                                                                                                                                                    
M8590   Oman J-M172 12 23 15 9 19-19 11 15 11 12 11 29                                                                                                                                                                                    
414189   United Arab Emirates J-M172 12 23 16 10 12-13 11 15 12 14 11 30                                                                                                                                                                                    
119537   Unknown Origin J-M172 12 23 16 10 13-16 11 15 12 14 11 30                                                                                                                                                                                    
374273 Felipe Castello Unknown Origin J-M172 12 23 16 10 13-17 10 15 10 13 11 29                                                                                                                                                                                    
213248 abbasi Sudan J-M172 12 23 16 10 16-16 11 15 11 12 11 29                                                                                                                                                                                    
123762 Jose Puente, born c. Ecuador Spain J-M172 12 23 16 11 12-16 11 15 11 12 11 28                                                                                                                                                                                    
B13206 Vix Dillenschneider b.1522 France - 12 23 16 9 11-16 11 16 12 13 11 29 14 8-9 11 11 25 14 21 31 11-13-16-16 10 11 18-22 17         12 9                                   13     16                                                   8 31 6 12 21 14 11                       21           13
N56028   Unknown Origin J-M172 12 23 16 9 13-13 11 14 11 13 11 29                                                                                                                                                                                    
97404 KE Unknown Origin J-M172 12 23 16 9 13-13 11 15 11 14 11 30                                                                                                                                                                                    
106204 Philimon Stolarjuk, b.c.1896, Shepatovka, Ukraine Ukraine J-M172 12 24 14 10 13-18 11 15 12 13 11 29                                                                                                                                                                                    
204098 Aït Ikene Clan, Aït Idir Tribe Algeria J-M172 12 24 14 10 14-15 11 15 13 12 11 27                                                                                                                                                                                    
N101119 Frank Unknown Origin J-M172 12 24 14 11 13-18 11 15 12 13 11 30                                                                                                                                                                                    
55146   Unknown Origin J-M172 12 24 14 9 13-15 11 15 11 13 11 28                                                                                                                                                                                    
264569 Carmelo Rigoli, 1810-1852, Ucria, Messina Italy J-M172 12 24 15 10 10-17 11 15 11 13 11 29                                                                                                                                                                                    
277498 Benjamin Franklin Decker Unknown Origin J-M172 12 24 15 10 10-18 11 14 11 12 11 28                                                                                                                                                                                    
414185 العقبي - العياط الجيزة Egypt J-M172 12 24 15 10 12-17 11 15 11 13 11 30                                                                                                                                                                                    
415192 Najaf Iraq J-M172 12 24 15 10 13-15 11 15 11 13 11 30                                                                                                                                                                                    
193342 Taghlib ibn Wa'il (بنو تغلب‎) Iraq Iraq J-M172 12 24 15 10 13-17 11 15 12 13 11 29                                                                                                                                                                                    
187249 Pavlikeni, Bulgaria Bulgaria J-M172 12 24 15 10 13-17 11 17 12 13 11 29                                                                                                                                                                                    
243262 Taji Iraq J-M172 12 24 15 10 13-19 11 15 11 10 11 27                                                                                                                                                                                    
M9471 (Arab T Studies) Unknown Origin J-M172 12 24 15 10 13-20 11 15 13 13 11 29                                                                                                                                                                                    
374754 Gogishvili Toneti Georgia J-M172 12 24 15 10 17-20 11 15 12 12 11 28                                                                                                                                                                                    
M8723   Oman J-M172 12 24 15 9 16-20 11 15 12 12 11 28                                                                                                                                                                                    
M7455   United Arab Emirates J-M172 12 24 16 10 14-16 11 16 12 13 11 29                                                                                                                                                                                    
126461 Johann Martin Doster b. 1655 Niederhofen Stuttgart Germany J-M172 12 24 17 9 13-15 11 15 12 14 11 30                                                                                                                                                                                    
369464 Hasan Çoban (Şarki Karahisar) Turkey J-M172 12 25 14 10 13-13 11 15 13 13 11 30                                                                                                                                                                                    
279799   Yemen J-M172 12 25 14 10 13-14 11 14 11 14 11 30                                                                                                                                                                                    
193281   Sudan J-M172 12 25 14 10 13-18 11 19 12 14 11 31                                                                                                                                                                                    
276239 Karachay Russian Federation J-M172 12 25 15 10 14-16 11 16 13 13 11 29                                                                                                                                                                                    
277028 Akhba, Abazin, Starokuvinsk Russian Federation J-M172 12 25 15 10 15-15 11 16 13 14 11 31                                                                                                                                                                                    
N115796   Unknown Origin J-M172 12 25 15 11 15-15 11 15 12 13 11 29                                                                                                                                                                                    
255674   Yemen J-M172 12 25 15 9 13-18 11 17 12 13 11 29                                                                                                                                                                                    
N84334   Turkey J-M172 12 25 16 11 16-17 11 15 13 12 11 27                                                                                                                                                                                    
173653   Syrian Arab Republic J-M172 12 25 17 10 15-18 11 15 11 12 11 28                                                                                                                                                                                    
265099 Antonio de Medina b. 1790 d.1873 Unknown Origin J-M172 13 21 15 10 16-18-18 11 14 11 14 11 30                                                                                                                                                                                    
277340   Italy J-M172 13 22 14 10 12-17 11 15 12 12 11 30                                                                                                                                                                                    
334991   Italy J-M172 13 22 14 10 12-17 11 15 12 12 11 30                                                                                                                                                                                    
N88276 Shah Abdul Khalique Siddiquee Bangladesh J-M172 13 22 14 10 14-18 11 16 11 14 11 32                                                                                                                                                                                    
N82512   Unknown Origin J-M172 13 22 15 10 13-13 11 15 11 14 11 31                                                                                                                                                                                    
N95110   Italy J-M172 13 22 15 9 13-16 11 16 14 13 11 28                                                                                                                                                                                    
N6016   Hungary J-M172 13 23 14 10 14-16 11 14 11 14 11 30                                                                                                                                                                                    
N94359 need earliest known paternal ancestor info Unknown Origin J-M172 13 23 14 10 14-19 11 17 12 13 11 30                                                                                                                                                                                    
238368 Ferri Italy J-M172 13 24 14 11 13-14 11 15 11 13 11 29                                                                                                                                                                                    
N83023   Unknown Origin J-M172 13 24 14 11 14-18 11 15 12 14 11 30                                                                                                                                                                                    
N57895   Lebanon J-M172 13 25 16 10 13-17 11 15 12 13 11 27                                                                                                                                                                                    
N70762   Italy J-M172 15 24 14 10 14-18 11 15 12 13 11 30                                                                                                                                                                                    

Получится в файле нечто вроде такого.

Потом нажимайте Файл, импорт, пропущен столбец Name, и все.

Гаплотипы загружены в базу данных.

В поисковую строку вводите:
12 22 14 - 10 12 15 11 16 10 14 11 31Прочерк означает то, что когда ищете в гаплотипе нету DYS19b маркера.

Дистстеп означает, на сколько мутаций от того гаплотипа, по которому ищете, хотите найти совпадающие гаплотипы.

Потом еще можно будет строить TMRCA таблицы по найденным гаплотипам.




Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Ну и вот можете теперь искать по 12 маркерам:


Ну единственное с арабскими буквами не знаю как видите в русском Виндовск если в текстовом файле сохранять одни знаки вопроса будут)).

Ну а стандартный метод добавления - если копируете не из проекта ФТДНА.

Принцип добавления такой:

разделением значений являются знаки пробела или табуляции. Если отсутствует значение, вставляйте   —  (черточку обычную);
далее не забывайте,  если какие значения пропущены, например Name или еще какое, указывайте черточки. Если правильно не указать, гаплотипы добавятся не правильно или вообще возникнет ошибка;

Например

153150    -   M172+_,_han,China_19c.,Kyrgyzstan_20c._Kazakhstan    J-M172    11    23    14    - 10    14 19    11    16    12    13    11    29

Порядок столбцов первых такой:
Kit_Number Name Paternal_Ancestor_Name Country Haplogrup

Ну например первое это номер гаплотипа, имени просто нет, ставите - или пишите имя.
Потом M172+_,_han,China_19c.,Kyrgyzstan_20c._Kazakhstan, это Paternal Ancestor Name столбец. Соединяте это все _ или когда что будете писать между словами вставляйте _ чтобы не было пробелов.
Потом гаплогруппа идет и уже сам гаплотип.
У гаплотипа например нет  DYS19b, вставляйте вместо него черточку, потом например если так 13 14 16 16 для DYS464 пишите 13 14 16 16 - - - , так как у него 4 значения а там максимально возможное количество 7.




Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Вышла новая версия программы, Genosearch 0.32 Beta.

Еще исправлено несколько ошибок.

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
ох пока удалю программу, оказывается каких-то глюков последних версиях понаделал, извиняюсь))

 :) И насчет поиска дистанций надо кое-чего переделать.
« Последнее редактирование: 07 Декабрь 2015, 04:30:05 от SSlava »

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Вышла новая версия, Genosearch 0.5 Beta


Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Добавил версию Genosearch 0.5.1 Beta

Исправил несколько ошибок.

http://www.genofond.com/wp-content/uploads/2015/12/Release.rar

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Добавил версию 0.5.2 Beta

Еще нашел ошибки.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11275
  • Страна: az
  • Рейтинг +2023/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Not Found

The requested URL /wp-content/uploads/2015/12/Release.rar was not found on this server.

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804
Ага.
Ну я добавил функцию построения деревьев в формате Newcik.


А на сайте стоят какие-то ограничения, не могу залить)).

Ну сегодня разберусь.

Ну так еще и ошибки обнаружились, там индексы забыл поменять для высчитывания dys464, поэтому не совсем верный результат получался для TMRCA что там у меня.

И еще одну ошибку обнаружил.
Поэтому надо над программой немного поработать, все перепроверить.
« Последнее редактирование: 20 Декабрь 2015, 04:20:20 от SSlava »

Оффлайн SSlavaАвтор темы

  • Сообщений: 957
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-107
  • Y-ДНК: J-CTS6804

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100