Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians

[FELIX]

Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians

Ancient DNA makes it possible to observe natural selection directly by analysing samples from populations before, during and after adaptation events. Here we report a genome-wide scan for selection using ancient DNA, capitalizing on the largest ancient DNA data set yet assembled: 230 West Eurasians who lived between 6500 and 300 bc, including 163 with newly reported data. The new samples include, to our knowledge, the first genome-wide ancient DNA from Anatolian Neolithic farmers, whose genetic material we obtained by extracting from petrous bones, and who we show were members of the population that was the source of Europe’s first farmers. We also report a transect of the steppe region in Samara between 5600 and 300 bc, which allows us to identify admixture into the steppe from at least two external sources. We detect selection at loci associated with diet, pigmentation and immunity, and two independent episodes of selection on height.

http://www.nature.com/articles/nature16152.epdf?referrer_access_token=FhziLgNcPWOkQtoXFUDjH9RgN0jAjWel9jnR3ZoTv0MnVrBcbOUxeDwMEyOFwmvxdndV3GwJP6NXwe5AOu3Qv-EhGjiAgbO3cLP83TL3qdCVAjkTSyg0eanGeSl1hYOrlnJyHJLjd9UMC1jB44cg7BixtfPK3QkvGmkxl6AydlAj_PHHIJyQq0Bb9kiPWX9nWVYJIBAVlf4IZnlf2G90TT9IMb7do8r5LbX5okSn2Jha2tY9p6xxNOhXu5Hy5HZz02oKsbVGpkMYo8iz76gj5JGKV6nGMzuPeZrOC4WtfbwulG83uJGdFZsP6kZ_6Ofa9GddzRCF-ytfyFWERKpdSw0Epn-6hnC-GvnjGNzoML21MmN0iCpyGG-4bBPPa4JsgoWTea77CVn8xO1KIGSe0A%3D%3D&tracking_referrer=www.nytimes.com

Гены рассказали о становлении современных европейцев

Международный коллектив ученых определил основные генетические изменения, определившие облик современных жителей Европы — в частности, приток каких народов повлиял на цвет кожи и рост обитателей континента. Об этом сообщается в журнале Nature.
Исследователи работали с ДНК, извлеченной из останков 230 древних людей, живших 8500-3000 лет назад на территории Европы, Сибири и Малой Азии. 83 генома из данной выборки были секвенированы впервые. Последовательности ДНК древних европейцев сравнивали друг с другом и с современными индивидами.
Авторы статьи заявляют: им удалось окончательно доказать, что появление земледелия в Европе ознаменовалось не переходом местного населения к новым практикам, а активной миграцией ближневосточных земледельцев на Балканы, в Центральную Европу и далее по континенту.
http://lenta.ru/news/2015/11/24/europegenes/?f

[FELIX]

Agriculture Linked to DNA Changes in Ancient Europe

The agricultural revolution was one of the most profound events in human history, leading to the rise of modern civilization. Now, in the first study of its kind, an international team of scientists has found that after agriculture arrived in Europe 8,500 years ago, people’s DNA underwent widespread changes, altering their height, digestion, immune system and skin color.

http://www.nytimes.com/2015/11/24/science/agriculture-linked-to-dna-changes-in-ancient-europe.html?hp&action=click&pgtype=Homepage&clickSource=story-heading&module=second-column-region&region=top-news&WT.nav=top-news&_r=1

[пенелопа]

http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature16152.html
Видимо, тут будут геномы: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB11450

[FELIX]

[Teresh]

Список всех образцов с гаплогруппами
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/extref/nature16152-s2.xlsx

[Eugene]

Куча новых образцов. Но вроде ничего принципиально нового?

[пенелопа]

83 новых генома.

[Yaroslav]

83 новых генома.

Это те геномы, которые отмечены как "New 1240k data" в столбце Data source таблицы со списком?

[Аббат Бузони]

Где в столбце Reference for first report of data from this sample стоит прочерк

[Аббат Бузони]

I2c в Анатолии нашли, интересно

[Srkz]

Это те геномы, которые отмечены как "New 1240k data" в столбце Data source таблицы со списком?

1240k Data это и заново прочтенные с более хорошим качеством (например, la Brana улучшили прочтение)

[Arame]

I2c много у армян. 90% армянского I2.
Очередная грустная новость для балканской теорий.

[Srkz]

Кроме Барчина среди анатолийских неолитчиков еще Menteşe (Ментеше?), похоже, юго-западная Анатолия. Востока и Центра не видно.

[zastrug]

I2c много у армян. 90% армянского I2.
Очередная грустная новость для балканской теорий.

В балканскую теорию я и не верил, но вот I2c очень похоже на возвратную миграцию. Все остальные клады I2 в Малой Азии и Закавказье представлены эпизодически и молоды, зато в мезолите и уже палеолите Европы полный букет от Испании до Скандинавии.

[Аббат Бузони]

I2c много у армян. 90% армянского I2.
Очередная грустная новость для балканской теорий.

В балканскую теорию я и не верил, но вот I2c очень похоже на возвратную миграцию. Все остальные клады I2 в Малой Азии и Закавказье представлены эпизодически и молоды, зато в мезолите и уже палеолите Европы полный букет от Испании до Скандинавии.

Ага, к армянам залетела только одна веточка I.