АвторТема: PF7257  (Прочитано 31427 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1936
  • Страна: ru
  • Рейтинг +357/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #90 : 05 Декабрь 2016, 11:26:08 »

На CTS8690 и L87 вообще не надо обращать внимание, так как они положительны и для некоторых других гаплогрупп.


У меня CTS8690 и L87 отрицательны, я их тестировал!

А у Вас есть его vcf-файл после Big Y? Можно в нем попробовать проверить.

Лично у меня нет но его эккаунтом управляет админ армянского проекта, могу у него попросить. Правда он BAM заказал только вчера. Я не помню, VCF  сразу дается или вместе с ВАМом?

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 392
  • Страна: ru
  • Рейтинг +159/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Re: PF7257
« Ответ #91 : 05 Декабрь 2016, 11:57:19 »
Интересное дерево: http://forum.molgen.org/index.php/topic,8559.msg348560.html#msg348560
Если #380929_Kuzmichev на этом дереве принадлежит ветви #172507_Kalantarian, то будут три Big Y из разных ветвей. И это хорошо.

Для научных образцов Azerb13 и  tur-16  имеется немного STR-маркеров в приложениях к соответствующим статьям. У меня возникло подозрение, что они оба попадают в ветвь #174753_Zarian. Если это действительно так, то они к Вам, Александр, должны быть ближе чем к #242159_Shahumyan. Может у них даже есть общие с Вами снипы, которых нет у Шахумяна. Если такие снипы найдутся, то будет разветвление. Если есть желание, можем такие снипы поискать.

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 392
  • Страна: ru
  • Рейтинг +159/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Re: PF7257
« Ответ #92 : 05 Декабрь 2016, 12:01:50 »
Я не помню, VCF  сразу дается или вместе с ВАМом?
Вроде VCF сразу можно скачать.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1936
  • Страна: ru
  • Рейтинг +357/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #93 : 05 Декабрь 2016, 12:24:02 »
Интересное дерево: http://forum.molgen.org/index.php/topic,8559.msg348560.html#msg348560
Если #380929_Kuzmichev на этом дереве принадлежит ветви #172507_Kalantarian, то будут три Big Y из разных ветвей. И это хорошо.

Для научных образцов Azerb13 и  tur-16  имеется немного STR-маркеров в приложениях к соответствующим статьям. У меня возникло подозрение, что они оба попадают в ветвь #174753_Zarian. Если это действительно так, то они к Вам, Александр, должны быть ближе чем к #242159_Shahumyan. Может у них даже есть общие с Вами снипы, которых нет у Шахумяна. Если такие снипы найдутся, то будет разветвление. Если есть желание, можем такие снипы поискать.

У меня самый близкий Madatov (347635 - его даже FTDNA показывает на 37 маркерах), за ним идет Зарян (в FTDNA - приближенец на 25 маркерах). Шанумян от меня действительно самый дальний из 12 человек в кластере, по этому принципу его и выбирали ...

В PF7257 кстати есть пара тестов перенесенных из Geno 2.0 - может их  снипы тоже есть смысл посмотреть?

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 392
  • Страна: ru
  • Рейтинг +159/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Re: PF7257
« Ответ #94 : 05 Декабрь 2016, 13:36:09 »
В PF7257 кстати есть пара тестов перенесенных из Geno 2.0 - может их  снипы тоже есть смысл посмотреть?
Я посмотрю, но Geno 2.0 проверял известные снипы. А самые интересные снипы еще не имеют своих имен и будут найдены в результате анализа Big Y.
Этим Keeling надо Big Y делать. Вроде бы они в стороне от наших стоят. При помощи их результатов можно будет выделить самый старый уровень, так сказать корень ветви. А то снипов сейчас много, но не понятно, какие из них старые, а какие - новые.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17097
  • Страна: az
  • Рейтинг +5908/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: PF7257
« Ответ #95 : 05 Декабрь 2016, 19:22:39 »
Цитировать
А Вы его в Гедматч не заливали? Может так проще?

Скиньте пожалуйста.
Скинул на мыло

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 392
  • Страна: ru
  • Рейтинг +159/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Re: PF7257
« Ответ #96 : 06 Декабрь 2016, 08:55:03 »
Для научных образцов Azerb13 и  tur-16  имеется немного STR-маркеров в приложениях к соответствующим статьям. У меня возникло подозрение, что они оба попадают в ветвь #174753_Zarian. Если это действительно так, то они к Вам, Александр, должны быть ближе чем к #242159_Shahumyan. Может у них даже есть общие с Вами снипы, которых нет у Шахумяна. Если такие снипы найдутся, то будет разветвление. Если есть желание, можем такие снипы поискать.
Большое спасибо Александру за предоставленную информацию из Big Y Matching. Ближе всего к нему оказался научный образец Azerb13  (из работы Karmin et al., 2015 A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture). Удалось найти 6 общих снипов, которые отрицательны у HG03767 и их не видно у tur-16, Shahumyan и Alnasser.
Теперь у Александра есть своя ветвь и снипы, которые когда-нибудь в будущем можно будет проверять разным приближенцам.
Вот эти снипы:
6845320   C>T
8016140   G>A       
17985148   C>T   
21653969   C>T   
21888749   A>T   
22473880   A>T   

bam-файлы из работы Karmin et al., 2015 мы наверное никогда не увидим на дереве YFull. Будет жалко, если пропадет полезная информация. Может у уважаемой команды YFull будет время проверить качество этих снипов и присвоить им имена из серии YP? После этого можно будет продвигать их в тестирование.

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 392
  • Страна: ru
  • Рейтинг +159/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Re: PF7257
« Ответ #97 : 06 Декабрь 2016, 09:13:02 »
Еще раз убедился, что нельзя полностью доверять Big Y Matching  и обязательно надо отправлять bam-файлы на анализ YFull.com. Сначала нашел несколько снипов Azerb13, которые есть у Shahumyan, но FTDNA с их фильтрами не показывает эти снипы у Александра. Возникло даже подозрение, что Azerb13 входит в ветку Шахумяна. Но потом эти снипы нашлись у HG03767 и Alnasser, которые в стороне от наших стоят. И еще надо обязательно смотреть исходники (vcf-файлы) научных работ, а не только их таблички вспомогательных материалов. В этих табличках многие важные снипы могут отсутствовать. 

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: PF7257
« Ответ #98 : 06 Декабрь 2016, 15:40:41 »
Вот эти снипы:
6845320   C>T
8016140   G>A       
17985148   C>T   
21653969   C>T   
21888749   A>T   
22473880   A>T   

YP5852   6845320
YP5853   8016140
YP5854   17985148
YP5855   21653969
YP5856   21888749

22473880 - регион "мусорный" есть гомология с Y, не очень рекомендуется использовать, пока пусть будет под "наблюдением"

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: PF7257
« Ответ #99 : 06 Декабрь 2016, 15:44:36 »
Цитировать
bam-файлы из работы Karmin et al., 2015 мы наверное никогда не увидим на дереве
есть статистика качества исходников? длина рида, средне покрытие? ссылка

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 392
  • Страна: ru
  • Рейтинг +159/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Re: PF7257
« Ответ #100 : 07 Декабрь 2016, 00:12:40 »
Большое спасибо за снипы!
Цитировать
bam-файлы из работы Karmin et al., 2015 мы наверное никогда не увидим на дереве
есть статистика качества исходников? длина рида, средне покрытие? ссылка
Я имел в виду, что самих бамов нет в открытом доступе.  :(   А многим бы хотелось.  Эстонский биоцентр очень интересные результаты выдает. С нетерпением жду их новую статью с 2244 эстонскими образцами.
 

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 392
  • Страна: ru
  • Рейтинг +159/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Re: PF7257
« Ответ #101 : 07 Декабрь 2016, 10:39:25 »
Научный образец tur-16, без сомнения, принадлежит кластеру B, т.е должен быть где-то на этом дереве http://forum.molgen.org/index.php/topic,8559.msg348560.html#msg348560
Но в какую ветвь он попадает, пока не понятно. Точно не в ветвь Александра и не в ветвь Шахумяна. Ждем Big Y Кузьмичева.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1936
  • Страна: ru
  • Рейтинг +357/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #102 : 07 Декабрь 2016, 11:23:13 »
Научный образец tur-16, без сомнения, принадлежит кластеру B, т.е должен быть где-то на этом дереве http://forum.molgen.org/index.php/topic,8559.msg348560.html#msg348560
Но в какую ветвь он попадает, пока не понятно. Точно не в ветвь Александра и не в ветвь Шахумяна. Ждем Big Y Кузьмичева.

 tur-16  или все-таки Azerb13? Или оба?

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 392
  • Страна: ru
  • Рейтинг +159/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Re: PF7257
« Ответ #103 : 07 Декабрь 2016, 11:41:17 »
tur-16  или все-таки Azerb13? Или оба?
Azerb13 из Вашей подветви, так что он точно из кластера B.
tur-16 из кластера B, но из какой подветви пока не понятно. Нужны новые Big Y.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1936
  • Страна: ru
  • Рейтинг +357/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #104 : 07 Декабрь 2016, 17:29:06 »
Farroukh любезно обновил дерево. Что изменилось:
1) Убран Кияшко, так как у него только 37 маркеров а решили делать всем по 67
2) Добавлен Кузьмичев

Вот что получилось:


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.