АвторТема: PF7257  (Прочитано 15819 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5315
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2622/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: PF7257
« Ответ #60 : 03 Ноябрь 2016, 22:21:07 »
Цитировать
более полное, это его плюсы.
в нем много филогенетических ошибок, потому что оно строится вручную, так же просматривать его не удобно в pdf

yfull tree строится и верифицируется специальными алгоритмами все время сканирующими и отслеживающими положение снипов на основе реальных сиквенсов, а также данных по качеству снипов, регионов где они находятся, колву контроверсий, локализаций и тд

Это всё понятно - но лично меня интересует только то что ниже PF7257. Там у Виктара уже четыре результата - саудит с БигУ, пенджабец с 1000геномес плюс турок и азербайджанец из каких-то научных статей. В результате PF7257 у него уже разделен на 4 ветки. Более того - я нашел доступные в FTDNA 4 снипа ниже PF7257 из разных ветвей и все их протестил. Совпал только один, как и ожидалось - зато теперь я знаю в какую из веток я попадаю.
Приведу мой вам ответ на этот же вопрос, но из другой темы:
Цитировать
Например образец Azerb13 указан как PH1443-, но я проверил этот снип в этом образце и он указан как no-call, то есть остается под вопросом. Далее Azerb13 указан как PH5003-, но я проверил этот снип и он 100% положительный у Azerb13. Таким образом у Виктара часто появляются фантомные ветви и уровни.
Вывод прост - разделение на 4 ветви в указанной выше схеме не верное.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1975
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #61 : 03 Ноябрь 2016, 23:54:01 »
Приведу мой вам ответ на этот же вопрос, но из другой темы:
Цитировать
Например образец Azerb13 указан как PH1443-, но я проверил этот снип в этом образце и он указан как no-call, то есть остается под вопросом. Далее Azerb13 указан как PH5003-, но я проверил этот снип и он 100% положительный у Azerb13. Таким образом у Виктара часто появляются фантомные ветви и уровни.
Вывод прост - разделение на 4 ветви в указанной выше схеме не верное.

О, замечательно. Отрицательный результат - тоже результат ;) Вот снипы по дереву Витора которые я у себя проверял:
F999+, L87-, CTS8690-, F2594-  Еще на всякий случай запустил проверить PF7261 но результат еще не готов. Но Кияшко (263262) его проверял, у него PF7261+ PF7257+.

Попробовал связаться с админом Arabian J1 Project. Ответа пока нет :(

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12771
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2539/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #62 : 18 Ноябрь 2016, 20:07:33 »
Александр, у Вас саудит появился в совпаденцах Big Y?

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1975
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #63 : 23 Ноябрь 2016, 05:16:47 »
Александр, у Вас саудит появился в совпаденцах Big Y?

Да. И что интересно - у него F999- и L76+ в то время как у меня и у Шахумяна с точностью до наоборот, F999+ L76-! То есть видимо по этим снипам разделяются армянская и арабская ветки (у Мадатова тоже F999+)

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1975
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #64 : 26 Ноябрь 2016, 14:50:24 »
Вот табличка с указанием моих двух совпаденцев. Растолкуйте плиз - что такое Shared Novell Variants (ну и вообще - что все это означает)!



Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12771
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2539/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #65 : 27 Ноябрь 2016, 11:03:11 »
Вот табличка с указанием моих двух совпаденцев. Растолкуйте плиз - что такое Shared Novell Variants (ну и вообще - что все это означает)!

1. Shared Novel Variants - количество новых снипов, найденных у Вас и у Вашего совпаденца.

2. Known SNP Difference - количество известных снипов вашего субклада, которые Вы не делите с Вашим совпаденцем.

3. Non-Matching Known SNPs - перечисление снипов из пункта 2.

4. Matching SNPs - общее количество снипов, которые Вы делите с Вашим совпаденцем.

Насколько я знаю, в таблицах FTDNA пока что ещё масса мусорных снипов. Например, L76 и PF1907, перечисленные в Вашей таблице как Non-Matching Known SNPs - как раз мусорные снипы.

Поэтому все точки над ё расставит интерпретация YFull.
« Последнее редактирование: 27 Ноябрь 2016, 11:27:33 от Yaroslav »

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12771
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2539/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #66 : 27 Ноябрь 2016, 11:06:56 »
Да. И что интересно - у него F999- и L76+ в то время как у меня и у Шахумяна с точностью до наоборот, F999+ L76-! То есть видимо по этим снипам разделяются армянская и арабская ветки (у Мадатова тоже F999+)

Вы с ним ещё не списывались по поводу YFull? Если ещё нет, могу накатать ему коротенькое письмецо на английском и попросить одного знакомого перевести его также на арабский (если вдруг он английского не знает). Чтобы Вы потом перекинули ему по e-mail.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1975
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #67 : 27 Ноябрь 2016, 12:57:36 »
Ярослав, ну перевести я вроде как и сам могу. Меня интересует _смысл_  полученной мною информации.

- означает ли п.4 что араб Алнассер генетически мне ближе чем армянин Шахумян? У меня же с ним заметно больше общих снипов!!!  А сколько у меня и у них было сделано снипов - никак не узнать?

- в чем смысл информации п.1 ? При сравнении моего Бига с Бигом Шахумяна обнаружено 158 новых снипов. Что это значит - что по 158 адресам либо у меня есть мутация а у него нет, либо наоборот - у него нет а у меня есть. Какую информацию из данной цифры можно извлечь?  Сколько поколений назад наши предки разошлись?  И кстати тут опять - при сравнении меня и Алнассера видно что новых снипов обнаружено заметно меньше. Значит ли это что мы с ним гораздо ближе? А может вначале мой У сравнили с Шахумяном, обнаружили 158 новых снипов, и они стали уже не новыми а старыми. А потом уже сравнили с Алнассером, у нас с ним расхождение в те же 158 плюс еще в 67 но так как 158 уже не новые потому что были обнаружены раньше, то новыми считаются только эти 67?

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12771
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2539/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #68 : 27 Ноябрь 2016, 13:41:18 »
Ярослав, ну перевести я вроде как и сам могу. Меня интересует _смысл_  полученной мною информации.

Александр, конкретные ответы получают те, кто задаёт конкретные вопросы. Вопрос был:

Цитировать
Растолкуйте плиз - что такое Shared Novell Variants (ну и вообще - что все это означает)

Я же не могу при всём желании написать семистраничный трактат-объяснялку, охватывающий все вопросы по данной таблице.

- означает ли п.4 что араб Алнассер генетически мне ближе чем армянин Шахумян? У меня же с ним заметно больше общих снипов!!!  А сколько у меня и у них было сделано снипов - никак не узнать?

Не означает. Выше я говорил, что у FTDNA пока что ещё масса мусорных снипов. Плюс ещё определённое число снипов не проходят через фильтр, а найти их можно только в BAMах. Почему и сказал, что все точки над ё в данном вопросе расставляет YFull.

- в чем смысл информации п.1 ?


Компания FTDNA Вам показывает, сколько новонайденных ею снипов есть у Вас с Шаумяном, и у Вас с Альнассером. В чём смысл я сам не мог понять, т.к. при проверке в поиске YFull или Ybrowser'е ISOGG лично у меня выдало новые снипы аля узлов J и J1.

При сравнении моего Бига с Бигом Шахумяна обнаружено 158 новых снипов. Что это значит - что по 158 адресам либо у меня есть мутация а у него нет, либо наоборот - у него нет а у меня есть.

А говорите, что не нуждаетесь в переводе :) Ещё раз: 158 - это Shared Novel Variants. То есть эти 158 новонайденных компанией FTDNA полиморфизма есть как у Вас, так и у Шаумяна.

Какую информацию из данной цифры можно извлечь?

Никакой практической. Почему мы и просим всех сделавших Big Y, чтобы сдавали BAMы на интерпретацию в YFull, потому что только тогда они смогут получить какую-либо практическую информацию как для себя, так и для других, а не потому, что мы на комиссионных у YFull :)

Сколько поколений назад наши предки разошлись?

По этой таблице FTDNA это невозможно определить (во всяком случае, людям с Вашим и с моим уровнем знаний), об этом может сказать YFull после интепретации.

И кстати тут опять - при сравнении меня и Алнассера видно что новых снипов обнаружено заметно меньше. Значит ли это что мы с ним гораздо ближе?

Не означает. См. выше про мусорные снипы и не пропускающий фильтр.

А может вначале мой У сравнили с Шахумяном, обнаружили 158 новых снипов, и они стали уже не новыми а старыми. А потом уже сравнили с Алнассером, у нас с ним расхождение в те же 158 плюс еще в 67 но так как 158 уже не новые потому что были обнаружены раньше, то новыми считаются только эти 67?

Нет, с FTDNA пока что ещё не всё так плохо :)
« Последнее редактирование: 27 Ноябрь 2016, 13:49:10 от Yaroslav »

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1975
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #69 : 27 Ноябрь 2016, 22:35:53 »
Ярослав, ну перевести я вроде как и сам могу. Меня интересует _смысл_  полученной мною информации.

Александр, конкретные ответы получают те, кто задаёт конкретные вопросы. Вопрос был:

Да сложно кокретизировать. Вот Вы все время апеллируете к YFull. Но тогда получается что без YFull  этот BigY  вообще бесполезен? Ну точнее - он полезен только для FTDNA котоая на бабки клиентов пополняет базу и генерит все новые и новые SNP Pack. Которые уже образовывают многоуровневую матрешку и даже предикторов не дают.

Ярослав, вот давайте представим что YFull не существует. Есть ли какой-то смысл  делать  BigY если он дает такую вот убогую информацию? Для чего он нужен?

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12771
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2539/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #70 : 27 Ноябрь 2016, 23:05:49 »
Да сложно кокретизировать. Вот Вы все время апеллируете к YFull. Но тогда получается что без YFull  этот BigY  вообще бесполезен? Ну точнее - он полезен только для FTDNA котоая на бабки клиентов пополняет базу и генерит все новые и новые SNP Pack. Которые уже образовывают многоуровневую матрешку и даже предикторов не дают.

Ярослав, вот давайте представим что YFull не существует. Есть ли какой-то смысл  делать  BigY если он дает такую вот убогую информацию? Для чего он нужен?

Нет, сам Big Y крайне полезен, просто ему нужна качественная интерпретация.

А представьте, Александр, что было бы, если бы не было, например, админов гаплогруппных проектов, которые интерпретируют полученные результаты Y тестов, группируют по субкладам, подсказывают, что заказать дальше, а они ведь не от FTDNA работают. Такова изначальная политика: FTDNA делает самые продвинутые на сегодняшний день тесты, а их интерпретацией занимаются другие.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1975
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #71 : 27 Ноябрь 2016, 23:52:15 »
А представьте, Александр, что было бы, если бы не было, например, админов гаплогруппных проектов, которые интерпретируют полученные результаты Y тестов, группируют по субкладам, подсказывают, что заказать дальше, а они ведь не от FTDNA работают. Такова изначальная политика: FTDNA делает самые продвинутые на сегодняшний день тесты, а их интерпретацией занимаются другие.

Ярослав, ну для этого же надо узнать что существуют какие-то проекты, админы и т.д. Про 23&Me знаю много лет, через меня прошло 20-25 китов, но никаких проектов и никаких админов там нет и не надо. Я-то на FTDNA попал случайно и заказал так, из любопытства. При этом и про molgen и про проекты и админов узнал много позже. А про то что в проектах есть таблицы а в талицах все разбиты на кластеры или скажем что есть такой семаргл - узнал еще позже. Сам вспомни как ты же меня уговаривал отменить заказ на 1842 Pack а я не понимал с чего это!

Это я к тому что из 600 тыс сделавших FTDNA тесты - дай бог 6000 понимают что такое админы и проекты. 

Ну и про интерпретацию в YFull сложно что-то узнать и понять. Интересно, сколько всего человек его сделали. Не бесплатно - а именно осознанно оформили заказ. Именно в заказчиках, то есть если один человек сделал несколько тестов до он считается за одного... Ну понятно никто  не скажет ...
« Последнее редактирование: 28 Ноябрь 2016, 04:24:14 от AlexanderK »

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1975
  • Страна: ru
  • Рейтинг +353/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #72 : 30 Ноябрь 2016, 01:22:49 »
BAM загружен в YFull
---------------------------------
While your sample is being processed...    Expected date: 01/20/2017
STR data is being processed...    Expected date: 08/23/2017

Почему так долго STR-ы делаются, никто не знает?

Оффлайн Teresh

  • Сообщений: 391
  • Страна: ru
  • Рейтинг +155/-0
  • Y-ДНК: R1a [YP237+ YP578+]
  • мтДНК: U5a1f
Re: PF7257
« Ответ #73 : 04 Декабрь 2016, 13:58:25 »
Принимайте еще одного PF7257+: #380929_Kuzmichev.
Протестировал своего дядю. Предки его по этой линии - русские  ;D из Краснодарского края. В Краснодарском крае конечно много чего можно ожидать, но результат оказался неожиданным.
111 маркеров есть в проекте J1-M267 и в semargl.me.
Big Y заказан. Если все четыре Big Y удастся загрузить на YFull.com, то можно будет найти снипы, отвечающие за разветвление на подветви.

Онлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12771
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2539/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a-FT40739
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #74 : 04 Декабрь 2016, 14:30:02 »
Принимайте еще одного PF7257+: #380929_Kuzmichev.
Протестировал своего дядю. Предки его по этой линии - русские  ;D из Краснодарского края. В Краснодарском крае конечно много чего можно ожидать, но результат оказался неожиданным.
111 маркеров есть в проекте J1-M267 и в semargl.me.
Big Y заказан. Если все четыре Big Y удастся загрузить на YFull.com, то можно будет найти снипы, отвечающие за разветвление на подветви.

Отличная новость, спасибо! Полностью укомплектованное пополнение, Александр обрадуется :)

Однозначно PF7257 Cluster B, куда его, собственно, уже и распределили. В Семаргле ближайший Калантарян:

10   172507   Kalantarian   J1-M267>YSC65>PF7257
12   347635   Madatov   J1-M267>YSC65>PF7257
12   444666   Tangiev   J1-M267>YSC65>PF7257
13   291758   Melik-Adamian   J1-M267>YSC65>PF7257
13   501039   Katalov   J1-M267>YSC65>PF7257
13   156195   Melik-Tangiyev   J1-M267>YSC65>PF7257
14   2SGNE   Melik-Ovanesov   J1-M267>YSC65>PF7257

На мой взгляд вполне возможны армянские корни по мужской предковой линии. Насколько глубоко известна документальная генеалогия по этой линии?
« Последнее редактирование: 04 Декабрь 2016, 14:39:01 от Yaroslav »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100