АвторТема: PF7257  (Прочитано 15309 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12299
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2365/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #45 : 30 Октябрь 2016, 09:37:21 »
Я про ветку J-PF7261, там у саудита "+"...

Если про ветку PF7261, то тогда просто дождёмся результатов Вашего Big Y, передадим Ваш BAM файл на интерпретацию в YFull, и Вы вместе с пенджабцем обязательно создадите новую ветвь PF7261 на дереве YFull. В совпаденцах по Big Y в FTDNA у Вас по идее должен будет появиться саудит, тогда попытаемся с ним связаться и перекинуть его BAM файл в YFull, чтобы стало понятно, что там у него.

Кстати, а то что у саудита PF7257 - no call означает ли что если он закажет отдельно этот снип, то вполне возможно что он прочтется и там будет уже конкретно "+" или "-"?

Вот тут пока что затрудняюсь ответить, может ли индивидуальное тестирование снипа определить его наличие/отсутствие, если при Big Y в этом месте выдало no call. Нужна будет помощь зала :)
« Последнее редактирование: 30 Октябрь 2016, 09:55:03 от Yaroslav »

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #46 : 30 Октябрь 2016, 11:07:44 »
Если про ветку PF7261, то тогда просто дождёмся результатов Вашего Big Y, передадим Ваш BAM файл на интерпретацию в YFull, и Вы вместе с пенджабцем обязательно создадите новую ветвь PF7261 на дереве YFull. В совпаденцах по Big Y в FTDNA у Вас по идее должен будет появиться саудит, тогда попытаемся с ним связаться и перекинуть его BAM файл в YFull, чтобы стало понятно, что там у него.

А в BigY как ищутся совпаденцы - по Y-str маркерам или по снипам?  Если первое - то на 111 маркерах в семаргле у меня с ним расхождение 45|75 - а в BigY несомненно будет больше, так как мы с ним совсем в разных кластерах.

Спешить с передачей своего ВАМ в YFull я скорее всего не буду, мне гораздо интереснее дерево Виктора Маса (оно и полнее и еще и бесплатно). Отдам Виктору и дождусь пока он его интерпретирует и сапгрейдит свое дерево.

Сейчас думаю кому бы из своего кластера проспонсировать BigY - беда в том что из 12 человек сами за себя платили только трое (включая меня). То есть остальные даже $200 не готовы за BigY отдать :(

Цитировать
Вот тут пока что затрудняюсь ответить, может ли индивидуальное тестирование снипа определить его наличие/отсутствие, если при Big Y в этом месте выдало no call. Нужна будет помощь зала :)

Я поступил проще - запросил Виктара в личке сможет ли он запустить тест PF7257 если я его оплачу.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11285
  • Страна: az
  • Рейтинг +2031/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: PF7257
« Ответ #47 : 30 Октябрь 2016, 11:17:55 »
Цитировать
как ищутся совпаденцы - по Y-str маркерам или по снипам?
По снипам разумеется.
Цитировать
Спешить с передачей своего ВАМ в YFull я скорее всего не буду, мне гораздо интереснее дерево Виктора Маса (оно и полнее и еще и бесплатно).
Напрасно. Ибо древо Мааса, конечно, бесплатное, но весьма нестабильное, ибо основано на Y-STR-предикции.

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #48 : 30 Октябрь 2016, 11:32:16 »
Цитировать
как ищутся совпаденцы - по Y-str маркерам или по снипам?
По снипам разумеется.

Это радует.

Цитировать
Спешить с передачей своего ВАМ в YFull я скорее всего не буду, мне гораздо интереснее дерево Виктора Маса (оно и полнее и еще и бесплатно).
Напрасно. Ибо древо Мааса, конечно, бесплатное, но весьма нестабильное, ибо основано на Y-STR-предикции.

Peter на этой неделе будет не так занят - поговорю с ним про интерпретацию ВАМа саудита. Главное его достать, YFull я и сам оплачУ.

А сколько по времени занимает интерпретация YFull?  И потом - дерево они ведь не после кажого нового Бига апгрейдят, а раз в 2-3 месяца? Или при появлении абсолютно новой ветки почти от корня они готовы будут ускорить процесс?

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12299
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2365/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #49 : 30 Октябрь 2016, 12:54:13 »
Спешить с передачей своего ВАМ в YFull я скорее всего не буду, мне гораздо интереснее дерево Виктора Маса (оно и полнее и еще и бесплатно). Отдам Виктору и дождусь пока он его интерпретирует и сапгрейдит свое дерево.

Да, дерево Виктара Маса бесплатно и более полное, это его плюсы. Так как для его построения он использует результаты всех участников проекта J1, заказавших Big Y или Y-Elite (а не все заказавшие, к сожалению, отдают свои BAMы в YFull). Плюс ещё использует результаты предыдущих тестов, о которых говорилось выше - Deep Clade, Walk Through the Y, Geno 2.0 и т.п. Из минусов - то, что он имеет доступ далеко не ко всем BAM файлам, да и физически ему в одиночку практически невозможно проверить все BAMы, поэтому в основном он использует VCF файлы. А тут время от времени создаёт препятствие жёсткий фильтр Томаса Крана, из-за чего имеющийся у кого-то снип может интерпретироваться как отсутствующий. В J1-Z1828, например, несколько таких случаев уже было.

Поэтому дерево YFull хоть и не такое полное, но на сегодняшний день наиболее точное из всех существующих. Думаю, что если бы удалось добраться до BAMа саудита, то возможно стало бы ясно, что там у него всё-таки с PF7257.

Сейчас думаю кому бы из своего кластера проспонсировать BigY - беда в том что из 12 человек сами за себя платили только трое (включая меня). То есть остальные даже $200 не готовы за BigY отдать :(

Если Вы хотите определить субклад у Вашего кластера PF7257 Cluster B, из всех лично общался только с Кияшко, но он поближе к Вам, а нужен кто-нибудь из Вашего кластера как можно подальше. В фб есть Шаумян (242159 Shahumyan), потомок Мелик-Шаумянов из Алашкерта (кстати, вроде бы русскоязычный). Наверно его Big Y был бы более полезен для этой цели. Кстати, на фб тоже дружит с Хованном Симоняном.

Я поступил проще - запросил Виктара в личке сможет ли он запустить тест PF7257 если я его оплачу
.

Ну, посмотрим, что скажет гроссмейстер :)

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: PF7257
« Ответ #50 : 30 Октябрь 2016, 13:58:14 »
Цитировать
более полное, это его плюсы.
в нем много филогенетических ошибок, потому что оно строится вручную, так же просматривать его не удобно в pdf

yfull tree строится и верифицируется специальными алгоритмами все время сканирующими и отслеживающими положение снипов на основе реальных сиквенсов, а также данных по качеству снипов, регионов где они находятся, колву контроверсий, локализаций и тд

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #51 : 30 Октябрь 2016, 14:28:32 »
Сейчас думаю кому бы из своего кластера проспонсировать BigY - беда в том что из 12 человек сами за себя платили только трое (включая меня). То есть остальные даже $200 не готовы за BigY отдать :(

Если Вы хотите определить субклад у Вашего кластера PF7257 Cluster B, из всех лично общался только с Кияшко, но он поближе к Вам, а нужен кто-нибудь из Вашего кластера как можно подальше. В фб есть Шаумян (242159 Shahumyan), потомок Мелик-Шаумянов из Алашкерта (кстати, вроде бы русскоязычный). Наверно его Big Y был бы более полезен для этой цели. Кстати, на фб тоже дружит с Хованном Симоняном.

C Hovann Simonian (админом Armenian DNA Project) он тоже дружит в ФБ. Потому что именно Hovann ему оплачивал  Y67+FF. Денег на тесты у него нет. Хованн предлагает оплатить его БигУ 50/50.

С Кияшко вчера общался в ФБ. Он готов оплатить половину (даже меньше, если мне еще YFull делать за свой счет).

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #52 : 30 Октябрь 2016, 14:39:15 »
Цитировать
более полное, это его плюсы.
в нем много филогенетических ошибок, потому что оно строится вручную, так же просматривать его не удобно в pdf

yfull tree строится и верифицируется специальными алгоритмами все время сканирующими и отслеживающими положение снипов на основе реальных сиквенсов, а также данных по качеству снипов, регионов где они находятся, колву контроверсий, локализаций и тд

Это всё понятно - но лично меня интересует только то что ниже PF7257. Там у Виктара уже четыре результата - саудит с БигУ, пенджабец с 1000геномес плюс турок и азербайджанец из каких-то научных статей. В результате PF7257 у него уже разделен на 4 ветки. Более того - я нашел доступные в FTDNA 4 снипа ниже PF7257 из разных ветвей и все их протестил. Совпал только один, как и ожидалось - зато теперь я знаю в какую из веток я попадаю.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10074
  • Страна: ru
  • Рейтинг +566/-2
Re: PF7257
« Ответ #53 : 30 Октябрь 2016, 16:44:07 »
Цитировать
четыре результата... у него уже разделен на 4 ветки
для выделения филогенетической (не приватной) ветки нужно как минимум 2 образца

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #54 : 30 Октябрь 2016, 17:06:12 »
Цитировать
четыре результата... у него уже разделен на 4 ветки
для выделения филогенетической (не приватной) ветки нужно как минимум 2 образца

Понятно. Ну в таком случае мой единственный BigY практически ничего не даст.  Ладно, чего  сейчас гадать - может к Рождеству у YFull  будут скидки.

Никто не в курсе, тут на форуме есть кто-либо из YFull?

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5675
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1814/-12
  • мтДНК: H1b
Re: PF7257
« Ответ #55 : 30 Октябрь 2016, 18:17:16 »
Конечно. Читайте первые сообщения темы: http://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg190070.html#msg190070

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #56 : 30 Октябрь 2016, 20:48:12 »
Я поступил проще - запросил Виктара в личке сможет ли он запустить тест PF7257 если я его оплачу
.

Ну, посмотрим, что скажет гроссмейстер :)

Гроссмейстер меня послал куда подальше ...   Ну конечно Виктар человек вежливый, поэтому сделал это в завуалированной форме - написал что ему сейчас некогда заниматься DNA  и посоветовал обратиться к админу Arabian Y-DNA J1 Project  Который явно не в теме проблемы так как Alnasser там единственный из этого кластера и размещен в группу J1 (+M267 & +YSC65).

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #57 : 03 Ноябрь 2016, 09:28:54 »
BygY 242159 Shahumyan - ушел в batch 701

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 12299
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2365/-10
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653, МЖМ: G2a2b1a1a1a2-Y92117
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #58 : 03 Ноябрь 2016, 13:54:26 »
BygY 242159 Shahumyan - ушел в batch 701

Отлично! Я просто в восхищении, даже начинаю жалеть, что Вы не Z1842 :)

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #59 : 03 Ноябрь 2016, 21:43:12 »
BygY 242159 Shahumyan - ушел в batch 701

Отлично! Я просто в восхищении, даже начинаю жалеть, что Вы не Z1842 :)

Так я не один - это мы с Хованном Симоняном (модератором Armenian DNA) впополаме :)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100