АвторТема: PF7257  (Прочитано 14277 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2095/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #30 : 24 Октябрь 2016, 10:01:52 »
Ярослав, у саудита сделавшего BigY (это ведь 445137 Alnasser, правильно?)' похоже то же самое. Гаплогруппа у него J-PF7261 а не J-PF7257. Почему Виктар его записал в  J-PF7257 Cluster B2 - непонятно. На 67 маркерах в Семаргле единственный J-PF7257 совпаденец это N111629 (итальянец Percoco), на расстоянии 34. Остальные 250 "совпаденцев" (а больще семаргл не показывает)    совсем из других гаплогруп.

Да, саудит - это 445137 Alnasser. Тем не менее, судя по дереву Виктара Маса, саудит, пенджабец, турок и азербайджанец делят другие снипы узла PF7257, о которых я говорил выше:

PF7261, PH20, PH77, PH128, PH152, PH351, PH469, PH629, PH1231, PH1284, PH1413, PH1549, PH1651, PH1689, PH1828, PH2095, PH2107, PH2267, PH2375, PH2478, PH2601, PH3112, PH3132, PH3147, ZS3249, ZS3301, ZS3316, ZS3317, ZS3337, ZS3341, ZS3349, ZS3363, ZS3365, ZS3367, ZS3369, ZS3382, ZS3397, ZS3399, ZS3414, ZS3421, ZS3429, ZS3442, ZS3450, ZS3457, ZS3476, ZS3480, ZS3482, ZS3485, ZS3494, ZS3504 PH3532, PH3547, PH3641, PH3948, PH3965, PH4156, PH4391, PH4422, PH4603, PH4961, PH526

И насколько я понимаю, у турка и азербайджанца PF7257+. Почему я и начал задумываться о стабильности снипа PF7257.

Но, подождём, что ответит Виктар. Я смотрю, Вы тоже присоединились к моему вопросу в фб группе проекта J1 :)

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #31 : 24 Октябрь 2016, 10:52:00 »
Тем не менее, судя по дереву Виктара Маса, саудит, пенджабец, турок и азербайджанец делят другие снипы узла PF7257, о которых я говорил выше:

То что кто-то с кем-то делит снипы - вовсе не означает что они принадлежат к одной ветке. Снип F2594 турка у FTDNA находится в субскладе O-M209. CTS8690 это терминальный снип в ветке J-L228 (это вроде J2?) и еще в O-P49.  И мой F999+ тоже очевидно из какого-то совсем другого субсклада - раз он для заказа на FTDNA доступен - то значит у кого-то его обнаружили. 

Но, подождём, что ответит Виктар. Я смотрю, Вы тоже присоединились к моему вопросу в фб группе проекта J1 :)

Я тут Питеру на мыло написал вопрос про азербайджанца - как ответит, спрошу его и про саудита. Вначале попрошу разобраться с кластером - ну а потом выясню насчет возможности заказать для этого саудита YFull.

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2095/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #32 : 24 Октябрь 2016, 11:14:46 »
Посмотрите на количество снипов узла PF7257, которые делят эти 4 товарища. Вы считаете, что все они мусорные? :)

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #33 : 24 Октябрь 2016, 15:09:06 »
Посмотрите на количество снипов узла PF7257, которые делят эти 4 товарища. Вы считаете, что все они мусорные? :)

Не факт что они все делят все эти снипы. Например мы уже знаем что у саудита PF7257- а этот снип вряд ли можно назвать мусорным :)
 
Так и не пойму - тест пенджабца в YFull есть? Если да - то где он у них в дереве, не подскажете?

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #34 : 24 Октябрь 2016, 15:27:58 »
Посмотрите на количество снипов узла PF7257, которые делят эти 4 товарища.

Вообще термин "узел PF7257" в данном контексте сомнителен. Как минимум у 2 "товарищей" из 4  PF7257- так что логично было бы говорить что они "делят узел PF7261". 

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #35 : 27 Октябрь 2016, 00:03:07 »

Да, саудит - это 445137 Alnasser. Тем не менее, судя по дереву Виктара Маса, саудит, пенджабец, турок и азербайджанец делят другие снипы узла PF7257, о которых я говорил выше:

 

Ярослав, я посмотрел СНИПы  этого 445137 в J1 Project - и что-то у меня сложилось впечатление что PF7257 у него вообще не тестировался, так как там его нет ни с плюсом ни с минусом! Посмотрите пожалуйста!

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2095/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #36 : 27 Октябрь 2016, 21:53:26 »
Не факт что они все делят все эти снипы. Например мы уже знаем что у саудита PF7257- а этот снип вряд ли можно назвать мусорным :)

Ярослав, я посмотрел СНИПы  этого 445137 в J1 Project - и что-то у меня сложилось впечатление что PF7257 у него вообще не тестировался, так как там его нет ни с плюсом ни с минусом! Посмотрите пожалуйста!

У саудита не указано, положительный ли у него PF7257 или отрицательный. Вполне возможно, что у него там вообще no call (то есть непонятно, плюс там или минус). У пенджабца вроде как отрицательный, но там всего один read, как сказал выше уважаемый Centurion, поэтому неясно. Почему Виктар пока что его и оставил PF7257 в узле, как думаю.
 
Так и не пойму - тест пенджабца в YFull есть? Если да - то где он у них в дереве, не подскажете?

Вот тут он (d:HG03767).

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #37 : 27 Октябрь 2016, 22:23:54 »
У саудита не указано, положительный ли у него PF7257 или отрицательный. Вполне возможно, что у него там вообще no call (то есть непонятно, плюс там или минус). У пенджабца вроде как отрицательный, но там всего один read, как сказал выше уважаемый Centurion, поэтому неясно. Почему Виктар пока что его и оставил PF7257 в узле, как думаю.

Полный бардак. Прямо подстава какая-то - самый критичный снип и не протестирован  ;D  Запросил Питера. Он правда ответил что на этой неделе крайне занят, но на следующей обещал этим делом заняться. А пока с такой "дырой" имхо даже нет смысла пытаться делать Y-Full ....

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2095/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #38 : 27 Октябрь 2016, 22:42:25 »
Полный бардак. Прямо подстава какая-то - самый критичный снип и не протестирован  ;D  Запросил Питера. Он правда ответил что на этой неделе крайне занят, но на следующей обещал этим делом заняться. А пока с такой "дырой" имхо даже нет смысла пытаться делать Y-Full ....

Ничего критичного в PF7257 нет, просто это первый найденный снип на этой ветви, почему и тестируют на него всех желающих.

Саудита тестировали на него, просто на данном участке хромосомы, где находится этот полиморфизм, у него ничего не выдало, положительный он или отрицательный. Я не совсем точно знаю природу этих no call-ов, но такой shit happens временами :)

Не понимаю, а почему нет смысла пытаться делать Y-Full?

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #39 : 27 Октябрь 2016, 22:59:04 »
Ярослав, а посмотрите пожалуйста еще в J1 Y-DNA Project - Y-DNA SNP kit # N115246   Keeling.  Тоже J-PF7257 и очень глубоко протестирован на снипы. В частности у него PF7257+, PF7261+, PF7262+ - а PF7262+ есть в дереве Виктара Маса стоит ниже PF7257. Более того - и в дереве FTDNA  он стоит следующим после PF7257 и у меня отмечен синим цветом, Test Available - но увы, ссылка не активна и в списке Advanced Order Form этогоо снипа тоже нет :(  Неделю уже переписываюсь с саппортом FTDNA на тему этого снипа - но что-то они тупят.

Ярослав, посмотрите пожалуйста - мне кажется что этот Keeling тоже BigY. Правда тогда непонятно, почему если он в проекте - его нет в дереве Виктара...

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2095/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #40 : 28 Октябрь 2016, 00:38:19 »
Ярослав, а посмотрите пожалуйста еще в J1 Y-DNA Project - Y-DNA SNP kit # N115246   Keeling.  Тоже J-PF7257 и очень глубоко протестирован на снипы. В частности у него PF7257+, PF7261+, PF7262+ - а PF7262+ есть в дереве Виктара Маса стоит ниже PF7257. Более того - и в дереве FTDNA  он стоит следующим после PF7257 и у меня отмечен синим цветом, Test Available - но увы, ссылка не активна и в списке Advanced Order Form этогоо снипа тоже нет :(  Неделю уже переписываюсь с саппортом FTDNA на тему этого снипа - но что-то они тупят.

Ярослав, посмотрите пожалуйста - мне кажется что этот Keeling тоже BigY. Правда тогда непонятно, почему если он в проекте - его нет в дереве Виктара...

Нет, это не Big Y, это Гена :) В смысле тест Geno 2.0, в результате которого у Keeling-а был найден снип PF7262. Кроме Keeling-а N115246 он был найден только у Keeling-а N112784. Возможно, что FTDNA решили, что это их приватный снип и сняли его с тестирования.

Тест Geno 2.0 когда-то был детищем Genographic Project (результаты которого в дальнейшем стало возможным перекачивать в FTDNA) в попытке определить новые снипы. Все эти тесты (Deep Clade, Walk Through Y, Geno 2.0) для наших ветвей P58- смогли отловить лишь единицы снипов. Наши снипы оказались теми ещё партизанами ;D Только с применением тяжёлой артиллерии в виде Big Y дело решительно сдвинулось с места.
« Последнее редактирование: 28 Октябрь 2016, 00:48:57 от Yaroslav »

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #41 : 28 Октябрь 2016, 02:45:04 »
Нет, это не Big Y, это Гена :) В смысле тест Geno 2.0, в результате которого у Keeling-а был найден снип PF7262. Кроме Keeling-а N115246 он был найден только у Keeling-а N112784. Возможно, что FTDNA решили, что это их приватный снип и сняли его с тестирования.

А откуда Виктар этот снип взял?  И кстати - этого Гены что, недостаточно для размещения этих самых Килингов на дереве YFull?

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #42 : 28 Октябрь 2016, 10:05:41 »
Нет, это не Big Y, это Гена :) В смысле тест Geno 2.0, в результате которого у Keeling-а был найден снип PF7262. Кроме Keeling-а N115246 он был найден только у Keeling-а N112784. Возможно, что FTDNA решили, что это их приватный снип и сняли его с тестирования.

Тест Geno 2.0 когда-то был детищем Genographic Project (результаты которого в дальнейшем стало возможным перекачивать в FTDNA) в попытке определить новые снипы. Все эти тесты (Deep Clade, Walk Through Y, Geno 2.0) для наших ветвей P58- смогли отловить лишь единицы снипов. Наши снипы оказались теми ещё партизанами ;D Только с применением тяжёлой артиллерии в виде Big Y дело решительно сдвинулось с места.

Цитировать
Так и не пойму - тест пенджабца в YFull есть? Если да - то где он у них в дереве, не подскажете?

Вот тут он (d:HG03767).


Ярослав, а вот там же, в проекте J1 - есть список протестированных снипов саудита 445137 Alnasser. Ну то есть в настоящий момент есть данные о пенджабце из 1000 genomes как я понял они недостаточно четкие так как делались за один проход), результаты Geno 2.0 Keeling, список снипов саудита. Семаргл писал в параллельной теме что в исключительных случаях YFull может создать ветку на основе неполных данных. Может похадатайствуете как модератор J1 чтобы они сна основе имеющихся неполных данных этих троих создали в YTree ветку J-PF7261? 

Оффлайн YaroslavАвтор темы

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2095/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: PF7257
« Ответ #43 : 29 Октябрь 2016, 15:56:41 »
А откуда Виктар этот снип взял?

Как я говорил выше, со временем результаты тестирования снипов в Geno 2.0 стало возможным переводить в FTDNA, так он и узнал. Стало даже возможным, протестировав снипы в Geno 2.0, заказать тесты STR в FTDNA без отправки нового набора, как например вот в этом случае.

И кстати - этого Гены что, недостаточно для размещения этих самых Килингов на дереве YFull?

Нет, в YFull деревья строятся только на основании BAM файлов, которых в Geno 2.0 нет. Утром BAM - днём интерпретация, днём BAM - вечером интерпретация, вечером BAM - утром интерпретация. Но BAMы вперёд! :)

Ярослав, а вот там же, в проекте J1 - есть список протестированных снипов саудита 445137 Alnasser. Ну то есть в настоящий момент есть данные о пенджабце из 1000 genomes как я понял они недостаточно четкие так как делались за один проход), результаты Geno 2.0 Keeling, список снипов саудита. Семаргл писал в параллельной теме что в исключительных случаях YFull может создать ветку на основе неполных данных. Может похадатайствуете как модератор J1 чтобы они сна основе имеющихся неполных данных этих троих создали в YTree ветку J-PF7261?

Дело в том, что нет никакого основания для выделения отдельной ветви даже в порядке исключения. У одного (пенджабца) на этом участке его Y-хромосомы всего одно прочтение, у второго (саудита) - no call. Всё пока что крайне туманно.
« Последнее редактирование: 29 Октябрь 2016, 16:16:52 от Yaroslav »

Оффлайн AlexanderK

  • Сообщений: 1971
  • Страна: ru
  • Рейтинг +347/-1
  • Y-ДНК: J1-PF7257
  • мтДНК: H11a1
Re: PF7257
« Ответ #44 : 29 Октябрь 2016, 19:48:45 »
Ярослав, а вот там же, в проекте J1 - есть список протестированных снипов саудита 445137 Alnasser. Ну то есть в настоящий момент есть данные о пенджабце из 1000 genomes как я понял они недостаточно четкие так как делались за один проход), результаты Geno 2.0 Keeling, список снипов саудита. Семаргл писал в параллельной теме что в исключительных случаях YFull может создать ветку на основе неполных данных. Может похадатайствуете как модератор J1 чтобы они сна основе имеющихся неполных данных этих троих создали в YTree ветку J-PF7261?

Дело в том, что нет никакого основания для выделения отдельной ветви даже в порядке исключения. У одного (пенджабца) на этом участке его Y-хромосомы всего одно прочтение, у второго (саудита) - no call. Всё пока что крайне туманно.

Я про ветку J-PF7261, там у саудита "+"... Кстати, а то что у саудита PF7257 - no call означает ли что если он закажет отдельно этот снип, то вполне возможно что он прочтется и там будет уже конкретно "+" или "-"?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100